View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2966-Insertion-9 (Length: 731)

Name: NF2966-Insertion-9
Description: NF2966
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2966-Insertion-9
NF2966-Insertion-9
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-731)||(39835011-39835730)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 587; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 587; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 731
Target Start/End: Complemental strand, 39835730 - 39835011
Alignment:
Q  8 gccctagtagggatatccattcattgttgtagaattcatttataatggtcatggaataaaaataaatgaaggaggataatataaactatgcgatataatt 107  Q
    |||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39835730 gccctagtagggatatccatt----gttgtagaattcatttataatggtcatggaataaaaataaatgaaggaggataatataaactatgcgatataatt 39835635  T
Q  108 tataaatgtcaaatggaaagataagctcctattaaacccattgtttcgccattgtaaggctttgctaacatataattggtggctaaattccattatgcaa 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  39835634 tataaatgtcaaatggaaagataagctcctattaaacccattgtttcgccattgtaaggctttgctaacatataattggtggctaaattccattatgcta 39835535  T
Q  208 ctccttttttattttatgataatctatcagtccattagtgtgcttaacttttggaaaaaataattaattgtaatacaaaagctaaattaattagcatatt 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||    
T  39835534 ctccttttttattttatgataatctatcagtctattagtgtgcttaacttttggaaaaaataattaattgtaatacaaaagctaa----attagcatatt 39835439  T
Q  308 ccacaattagtggttgttcagtaaattgtcagcactgtgcatactactaccccatctttaaattatagatcttgatatagggtggacttggatcaaacgc 407  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  39835438 ccacaattagtggttgttaagtaaattgtctgcactgtgcatactactatcccatctttaaattatagatcttgatatagggtggacttggatcaaccgc 39835339  T
Q  408 tggaggcgtcgtaagagggcagtgattgagctcacaaaaggtgttaatatgtcgcccaagaacgtttagatgagaagacacatgtttcttcttagagaga 507  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  39835338 tggaggcgtcgtaagagggcggtgattgagctcacaaaaggtgctaatctgtcgcctaagagcgtttagatgagaagacacatgtttcttcttagagata 39835239  T
Q  508 tatatgagtgtnnnnnnntgaga-tgtacatatatcatttttgtttaaaagtagatggacgattagcatagaaaatgac---aattttagtttagaggca 603  Q
    |||||||||||       ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||||    
T  39835238 tatatgagtgtaaaaaaatgatattgtacatatatcatttttgtttaaaagtagatggacgattagcataggaaatgacttgaattttagtttagaggca 39835139  T
Q  604 gtgtatatatgtaatggggtacgtagtgatatgtaaaaatttaagacaaggaaactaaaggacccatactttttctgtagaaccaatatcttgacccaag 703  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39835138 gtgtatatatgtaatggggtacgtagtgatatgtaaatatttaagacaaggaaactaaaggacccatactttttctgtagaaccaatatcttgacccaag 39835039  T
Q  704 tggacacgaaactgagtagaaataatgt 731  Q
     |||||||||||||||||||||||||||    
T  39835038 aggacacgaaactgagtagaaataatgt 39835011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University