View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2966R-Insertion-1 (Length: 946)

Name: NF2966R-Insertion-1
Description: NF2966R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2966R-Insertion-1
NF2966R-Insertion-1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (7-933)||(32504931-32505855)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 856; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 856; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 933
Target Start/End: Complemental strand, 32505855 - 32504931
Alignment:
Q  7 caagttctacaacccgacgcaaacagcgtccgtgaaactctcgctaattcaaaacccaaaagtaccctcacacgacttgtttcttcttactttgatcaca 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32505855 caagttctacaacccgacgcaaacagcgtccgtgaaactctcgctaattcaaaacccaaaagtaccctcacacgtcttgtttcttcttactttgatcaca 32505756  T
Q  107 gtgaaaccgcttcacatctttgtctaattctctttcgcactgttaatcgtgctcgtgaaatgtataaccctgtctttgatctcatatctgttcttcctgc 206  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32505755 gtgaaaccacttcacatctttgtctaattctctttcgcaccgttaatcgtgctcgtgaaatgtataaccctgtctttgatctcatatctgttcttcctgc 32505656  T
Q  207 agactgttcttcactatctcaaccgcaatgtgacactgcttatgatcttttcgtcgaatttaacgttcatgaaaatccgtttattttccctcattttaat 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32505655 agactgttcttcactatctcaaccgcaatgtgacactgcttatgatcttttcgtcgaatttaacgttcatgaaaatccgtttattttccctcattttaat 32505556  T
Q  307 accctgcggaatagtttctccgatttgaaacatgaaattcagctcgataggcgtaaatgccggcatagaattcgtttatttcgtcgcgccaatgttggtt 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  32505555 accctgcggaatagtttctccgatttgaaacatgaaattcagctcgataggcgtaaatgccagcatagaattcgtttatttcgtggcgccaatgttggtt 32505456  T
Q  407 gtgccgtttgtgtacttgcaactgtgtccatagctgttgtcaccgcggtaattgttgctacacatgcttcgattggattcgcgtcaatggtgccgttttg 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32505455 gtgccgtttgtgtacttgcaactgtgtccatagctgttgtcaccgcggtaatcgttgctacacatgcttcgattggattcacgtcaatggtgccgttttg 32505356  T
Q  507 tattccttttcagaagagaagaaagaaaaaggaattggctaggttgaagcagcttgatgcagctgagagtggaacttttgttgtgaatcatgttaacact 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32505355 tattccttttcagaagagaagaaagaaaaaggaattggctaggttgaagcagcttgatgctgctgagagtggaacttttgttgtgaatcatgttaacact 32505256  T
Q  607 attgatagtcttgtggaccggcttcaaactgcggtggaaggcgataaggcttatgttcggttcgcgttggagaggggaagggatagacatcctatacagg 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32505255 attgatagtcttgtggaccggcttcaaactgcggtggaaggcgataaggcttatgttcggttcgcgttggagaggggaagggatagacatcctatacagg 32505156  T
Q  707 aagtgatcaagcaactgaggaagacgcagccgatttttgaacagttgcttaaaggatcttgagcagcatatatatttatgcttttatactgttaac-aag 805  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  32505155 aagtgatcaagcaactgaggaagacgcagccgatttttgaacagttgctt-aaggatcttgagcagcatatatatttatgcttttatactgttaacaaag 32505057  T
Q  806 ctagaggtgcattactcaaagagatatcacatcatcaaactgtagtaagttagtttaacaatgttggggaaatgtaaatttaaggtatgattttggaaat 905  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32505056 ctagaggtgcattactcaaagagatatcacatcatcaaactgtagtaagttagtttaacaatgttgggg-aatgtaaatttaaggtatgatttt-gaaat 32504959  T
Q  906 tttctataattgactcacaataggtctt 933  Q
    || || ||||||||||||||||||||||    
T  32504958 ttactgtaattgactcacaataggtctt 32504931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University