View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2968_low_4 (Length: 331)

Name: NF2968_low_4
Description: NF2968
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2968_low_4
NF2968_low_4
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (11-314)||(2711108-2711411)
chr8 (13-314)||(2989327-2989628)
chr8 (11-236)||(3170170-3170395)
chr8 (19-237)||(2980225-2980443)
chr8 (19-237)||(3142065-3142283)
chr8 (19-244)||(3002318-3002543)
chr8 (19-237)||(9850999-9851217)
chr8 (19-237)||(2916030-2916248)
chr8 (86-224)||(3173747-3173885)
chr8 (85-236)||(2911073-2911224)
chr8 (95-236)||(3282404-3282545)
chr8 (99-236)||(13791353-13791490)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (13-314)||(18355727-18356028)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-237)||(10755559-10755777)
[»] scaffold0065 (2 HSPs)
scaffold0065 (22-237)||(45455-45670)
scaffold0065 (22-228)||(50625-50830)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (19-215)||(3919073-3919269)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (95-165)||(32408650-32408720)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 228; Significance: 1e-126; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 11 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 2711411 - 2711108
Alignment:
Q  11 cagagattattggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtat 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2711411 cagagattattggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtat 2711312  T
Q  111 tggtggtttgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggtatgtgtctctgatagc 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |    
T  2711311 tggtggtttgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgatcaagtgcaaaatttgtttgaaaagagtatgtgggtatgtgtctcggataac 2711212  T
Q  211 tttgatgtcaaaactattctgaagaacttggttgcgttgttaaccaaagacagtgttgtaaacaagacattagaagaattacaaaatatgattcaagcca 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||| | | ||||  |||||||| || || |||||| ||| |||||    
T  2711211 tttgatgtcaaaactattctgaagaacatggttgcgttgttaaccaaagacaatattgcagataagaatttagaagagttgcagaatatgcttcgagcca 2711112  T
Q  311 attt 314  Q
    ||||    
T  2711111 attt 2711108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Original strand, 2989327 - 2989628
Alignment:
Q  13 gagattattggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtattg 112  Q
    ||||| |||||||||||||| ||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2989327 gagatcattggaagagaagaagatcaaaacacgattataagcttgttgaggcaatcacatgaacatcagaatgtctcattggttgctattgttggtattg 2989426  T
Q  113 gtggtttgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggtatgtgtctctgatagctt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||| ||||||||||  | |||||||||||||||| |||| |||    
T  2989427 gtggtttgggaaagacagctcttgctcaactggtatacaaagatggtgaagtgaaaaatttgtttgaaaagcatatgtgggtatgtgtctcggataactt 2989526  T
Q  213 tgatgtcaaaactattctgaagaacttggttgcgttgttaaccaaagacagtgttgtaaacaagacattagaagaattacaaaatatgattcaagccaat 312  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||   ||||||||| ||||||||| |||| || |||| |||| |||||| ||||    
T  2989527 tgatttcaaaactattctgaagaacatggttgcgtcattaaccaaagatgatgttgtaaataagacattacaagagttgcaaagtatgcttcaagtcaat 2989626  T
Q  313 tt 314  Q
    ||    
T  2989627 tt 2989628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 11 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 3170395 - 3170170
Alignment:
Q  11 cagagattattggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtat 110  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3170395 cagagatcattggaagagaagatgataaaaagaagatcataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtat 3170296  T
Q  111 tggtggtttgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggtatgtgtctctgatagc 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||| |  |||||||||||  ||||||||||||||||||||| |    
T  3170295 tggtggtttgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctcaagtaacaaagtcttttgaaaagaggatgtgggtatgtgtctctgataac 3170196  T
Q  211 tttgatgtcaaaactattctgaagaa 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  3170195 tttgatgtcaaaactattctgaagaa 3170170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 19 - 237
Target Start/End: Original strand, 2980225 - 2980443
Alignment:
Q  19 attggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtattggtggtt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | || ||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  2980225 attggaagagaagatgataaaaacaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcaacaagtttctgtggttgctattgttggtattggtggtt 2980324  T
Q  119 tgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggtatgtgtctctgatagctttgatgt 218  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2980325 tgggaaagacggctcttgctcaattggtatacaacgatgaagaagtgcagaatttgtttgaaaagagaatgtgggtatgtgtctctgataactttgatgt 2980424  T
Q  219 caaaactattctgaagaac 237  Q
    |||||||||||||||||||    
T  2980425 caaaactattctgaagaac 2980443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 19 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 3142283 - 3142065
Alignment:
Q  19 attggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtattggtggtt 118  Q
    ||||||||||| |||||||||||  | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||||  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  3142283 attggaagagatgatgataaaaatgacattgtaagcatgttgaggcaatcacatgaaaatcaacgtgtctctgtggttgctattgttgggattggtggtt 3142184  T
Q  119 tgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggtatgtgtctctgatagctttgatgt 218  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||   |||||  ||||||||| || ||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  3142183 tgggaaagacagctctttctcaattggtatacaatgatggtgaagtaacaaattattttgaaaagtgtatgtgggtttgtgtctctgataactttgatgt 3142084  T
Q  219 caaaactattctgaagaac 237  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  3142083 caaaactattgtgaagaac 3142065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 19 - 244
Target Start/End: Original strand, 3002318 - 3002543
Alignment:
Q  19 attggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtattggtggtt 118  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||  | | ||||| ||| |||||| ||| || |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  3002318 attggaagagaagacgataaaaaggagattatacaccttttgagacaaccacatggaaaccaaaatgtctccttgattgctattgttgggattggtggtt 3002417  T
Q  119 tgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggtatgtgtctctgatagctttgatgt 218  Q
    | ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  3002418 taggaaagacaactcttgctcagttggtatataatgatggagaagtgcaaaatttgtttgaaataagtatgtgggtatgtgtctctgaaaactttgatgt 3002517  T
Q  219 caaaactattctgaagaacttggttg 244  Q
     ||||||||| |||||||| ||||||    
T  3002518 aaaaactattgtgaagaacatggttg 3002543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 19 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 9851217 - 9850999
Alignment:
Q  19 attggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtattggtggtt 118  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||||| |||||||  |||||||||    
T  9851217 attggaagagaagatgataaaatgaagattataagcttgttgagacaaccacatgaaaatcaaaatgtctctttgattgctgttgttggatttggtggtt 9851118  T
Q  119 tgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggtatgtgtctctgatagctttgatgt 218  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || | ||   |||    |||||| |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||| | |||||| ||    
T  9851117 tgggaaagacaactcttgctcaaatgatttattgtgacatggaagtgaaaaatttgtttgaaaagaggatgtgggtatgtgtctctgaaaactttgaagt 9851018  T
Q  219 caaaactattctgaagaac 237  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  9851017 caaaactattgtgaagaac 9850999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 19 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 2916248 - 2916030
Alignment:
Q  19 attggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtattggtggtt 118  Q
    ||||| ||||||||| |||||||  ||||| |||  || ||||||||| |||||  ||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||    
T  2916248 attggtagagaagataataaaaaagagattgtaaatttattgaggcaaccacatagaaaccacaatgtctccttgattgccattgttggtattggcggtt 2916149  T
Q  119 tgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggtatgtgtctctgatagctttgatgt 218  Q
    | || |||||||||||||||||| ||||||| |||||||  |||||||||||   |||||||||||   | ||||||||||| |||||   |||||||||    
T  2916148 taggtaagacagctcttgctcaactggtatataatgatggggaagtgcaaaaaaagtttgaaaagaagatatgggtatgtgtgtctgaagactttgatgt 2916049  T
Q  219 caaaactattctgaagaac 237  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  2916048 caaaactattttgaagaac 2916030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 86 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 3173885 - 3173747
Alignment:
Q  86 tctccttggttgctattgttggtattggtggtttgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagag 185  Q
    ||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||   || |||| ||     
T  3173885 tctccctggttgcaatagttggaattggtggtttggggaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatggagaagtgcaaaatcttttcgaaatgac 3173786  T
Q  186 tttgtgggtatgtgtctctgatagctttgatgtcaaaac 224  Q
      ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3173785 gatgtgggtttgtgtctctgataactttgatgtcaaaac 3173747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 85 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 2911224 - 2911073
Alignment:
Q  85 gtctccttggttgctattgttggtattggtggtttgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaaga 184  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||||  ||||    || |||||||    
T  2911224 gtctccttgatagctattgttggtattggtggtttaggcaagacagctcttgctcagttggtatacaatgataaggaagtagaaaacattttcgaaaaga 2911125  T
Q  185 gtttgtgggtatgtgtctctgatagctttgatgtcaaaactattctgaagaa 236  Q
       | ||||| ||||||||| | | ||||||||||||||||||| |||||||    
T  2911124 agatatgggtgtgtgtctctaaaaactttgatgtcaaaactattttgaagaa 2911073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 95 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 3282545 - 3282404
Alignment:
Q  95 ttgctattgttggtattggtggtttgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggt 194  Q
    |||||||||| |||||||| ||| | || |||||| |||||||||| ||  | || |||||||  ||||||||||||   ||||||||||   |||||||    
T  3282545 ttgctattgtaggtattggaggtataggcaagacaactcttgctcagttcatttataatgatgaggaagtgcaaaatcattttgaaaagaaaatgtgggt 3282446  T
Q  195 atgtgtctctgatagctttgatgtcaaaactattctgaagaa 236  Q
    |||| | ||| ||| |||||||||||| || ||| |||||||    
T  3282445 atgtatatctaataactttgatgtcaagaccattgtgaagaa 3282404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 99 - 236
Target Start/End: Original strand, 13791353 - 13791490
Alignment:
Q  99 tattgttggtattggtggtttgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggtatgt 198  Q
    |||||| |||||||| ||| | || |||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||  |||||||||||    ||||||||||   |||||||||||    
T  13791353 tattgtaggtattggaggtattggcaagacaactcttgctcgattcgtatataatgatgtggaagtgcaaaagcattttgaaaagaaaatgtgggtatgt 13791452  T
Q  199 gtctctgatagctttgatgtcaaaactattctgaagaa 236  Q
    || |||  || |||||||||||| || ||| |||||||    
T  13791453 gtatctagtaactttgatgtcaagaccattgtgaagaa 13791490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Original strand, 18355727 - 18356028
Alignment:
Q  13 gagattattggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtattg 112  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18355727 gagatcattggaagagaagaagataaaaacaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaacatcagaatgtctcattggttgctattgttggtattg 18355826  T
Q  113 gtggtttgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggtatgtgtctctgatagctt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||| ||||||||||  | |||||||||||||||| |||| |||    
T  18355827 gtggtttgggaaagacagctcttgctcaactggtatacaaagatggtgaagtgaaaaatttgtttgaaaagcatatgtgggtatgtgtctcagataactt 18355926  T
Q  213 tgatgtcaaaactattctgaagaacttggttgcgttgttaaccaaagacagtgttgtaaacaagacattagaagaattacaaaatatgattcaagccaat 312  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    |||||||| |||||||||||||| || |||| |||| |||||| ||||    
T  18355927 tgatttcaaaactattctgaagaacatggttgcgttattaaccaaagaggacgttgtaaataagacattagaagagttgcaaagtatgcttcaagtcaat 18356026  T
Q  313 tt 314  Q
    ||    
T  18356027 tt 18356028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 151; Significance: 7e-80; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 19 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 10755777 - 10755559
Alignment:
Q  19 attggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtattggtggtt 118  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10755777 attggaagagaatatgataaaaagaaaattataagtttgttgatgcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtattggtggtt 10755678  T
Q  119 tgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggtatgtgtctctgatagctttgatgt 218  Q
    | || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||   ||||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  10755677 tagggaagacggctcttgctcaattggtatacaacgatagagaagtgcaagatttgtttgagaagagtatgtgggtatgtgtctctgataactttgacgt 10755578  T
Q  219 caaaactattctgaagaac 237  Q
    |||||||||||||||||||    
T  10755577 caaaactattctgaagaac 10755559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0065 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 2)
Name: scaffold0065
Description:

Target: scaffold0065; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 22 - 237
Target Start/End: Original strand, 45455 - 45670
Alignment:
Q  22 ggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtattggtggtttgg 121  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||    
T  45455 ggaagagaagatgatagaaataagatcataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgtagggattggcggtttgg 45554  T
Q  122 gaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggtatgtgtctctgatagctttgatgtcaa 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||| |  |||||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  45555 gaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatggtgaagtaacaaagtcttttgaaaagaggatgtgggtatgtgtctctaataactttgatgtcaa 45654  T
Q  222 aactattctgaagaac 237  Q
    ||||||||| ||||||    
T  45655 aactattctaaagaac 45670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0065; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 22 - 228
Target Start/End: Original strand, 50625 - 50830
Alignment:
Q  22 ggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtattggtggtttgg 121  Q
    ||||||||||| ||| ||||  ||||| |||||||||||||| || |||||||||| ||| |||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  50625 ggaagagaagacgattaaaatgagattttaagcttgttgaggtaaccacatgaaaaccagcatgtttctgtggttgctattgttgggattggtggtttgg 50724  T
Q  122 gaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggtatgtgtctctgatagctttgatgtcaa 221  Q
    |||||||| ||||||||||||| || |||||||| | ||||||  ||||  | |||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| | | ||||||||    
T  50725 gaaagacaactcttgctcaattagtttacaatgacggtgaagtaaaaaagagttttggaaagagtatgtgggtgtgtgtctctgataac-tggatgtcaa 50823  T
Q  222 aactatt 228  Q
    |||||||    
T  50824 aactatt 50830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 117; Significance: 1e-59; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 3919269 - 3919073
Alignment:
Q  19 attggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtattggtggtt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||| |||||||   |||||| ||||||||| ||||||||||    
T  3919269 attggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgatgcaaccacatggaaatcaaaatgtctttgtggttggtattgttgggattggtggtt 3919170  T
Q  119 tgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggtatgtgtctctgatagctttga 215  Q
    | ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| | |||||||| |||| |||||||||||||||| |||| ||||||    
T  3919169 taggaaagacaactcttgctcaattgatatacaatgatgtggaagtgcaaaactcgtttgaaaggagtatgtgggtatgtgtctccgataactttga 3919073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 95 - 165
Target Start/End: Original strand, 32408650 - 32408720
Alignment:
Q  95 ttgctattgttggtattggtggtttgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtg 165  Q
    ||||| |||||||||| || || ||||||||||| || ||||| |||||||| || ||||||| |||||||    
T  32408650 ttgctgttgttggtatgggcgggttgggaaagacggcgcttgcgcaattggtttataatgatgatgaagtg 32408720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University