View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2982_low_5 (Length: 473)

Name: NF2982_low_5
Description: NF2982
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2982_low_5
NF2982_low_5
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (13-457)||(37392874-37393318)
chr5 (13-443)||(37702402-37702832)
chr5 (29-447)||(37823639-37824063)
chr5 (65-442)||(37594110-37594487)
chr5 (62-457)||(37696498-37696899)
chr5 (65-457)||(37400860-37401252)
chr5 (65-457)||(37711410-37711802)
chr5 (65-442)||(37639652-37640035)
chr5 (29-442)||(37532835-37533263)
chr5 (16-205)||(37711226-37711415)
chr5 (29-205)||(37639481-37639657)
chr5 (29-205)||(37401247-37401423)
chr5 (25-442)||(37435441-37435870)
chr5 (29-205)||(37593939-37594115)
chr5 (29-205)||(37696330-37696506)
chr5 (25-442)||(37382332-37382755)
chr5 (132-306)||(37428578-37428753)
chr5 (174-427)||(37413268-37413527)
chr5 (25-72)||(37413547-37413594)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (62-457)||(16842858-16843253)
chr4 (29-205)||(16843245-16843421)
chr4 (62-274)||(16845840-16846052)
chr4 (20-422)||(24217757-24218165)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (25-111)||(14553103-14553189)
chr3 (357-447)||(14553188-14553278)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 13 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 37393318 - 37392874
Alignment:
Q  13 aatatagagattaggaaatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaat 112  Q
    |||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  37393318 aatagagagataagaaaatgttcctagacattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattgaggatataaagggaactagcattgcagaat 37393219  T
Q  113 gttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaattggaagatctccttgaaagttgttgaaactga 212  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |    
T  37393218 gttgaagaaatatctcctgtgaagttgttgtttgagagtaaaaagtcttcaatgccatcaggtggaattggaagatcaccttgtaacttgttgaaactca 37393119  T
Q  213 ggtcaatttgttgaatgttcttccacgagtttaagagtttcttatgaaaccatttgggaattctcgcatgaatgttgctattggagagatctaagctttc 312  Q
    ||||||| |||  ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37393118 ggtcaatgtgtataatgtccttccatgagtttaagagcttcttatgaaaccatttgggaattctcgcatgaatgttgctattggagagatctaagctttc 37393019  T
Q  313 cagatttcgtgcttggaatttaggaaaactattaatattagaataagataaatctaagtaaacaaggttgggtaagatggtgtcagcactgctatcaatg 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||  ||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37393018 cagatttcgtgcttggaatttaggaaaactattaatattggcatatgataaatctaatgaaaaaaggttaggtaagatggtgtcaacactgctatcaatg 37392919  T
Q  413 ttgatagaaagaaaagtattgtgtgaaagaacgagataccatagt 457  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||  |||||||||||||    
T  37392918 ttgatagaaagaaaaccattgtgtgaaagatagagataccatagt 37392874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 13 - 443
Target Start/End: Original strand, 37702402 - 37702832
Alignment:
Q  13 aatatagagattaggaaatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaat 112  Q
    |||| |||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||    
T  37702402 aatagagagatgaggaaatgttcccagacattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattgagaatgtaaagggaacttgcattgcagaat 37702501  T
Q  113 gttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaattggaagatctccttgaaagttgttgaaactga 212  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |  |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||  | |||||||| |    
T  37702502 gttgaagagatatttcctgtgaagttgttgtttgagagtaaaaagtgtacaatgccatgaggtggaattggaagatgtccttgcaacattttgaaactca 37702601  T
Q  213 ggtcaatttgttgaatgttcttccacgagtttaagagtttcttatgaaaccatttgggaattctcgcatgaatgttgctattggagagatctaagctttc 312  Q
    ||| ||| |||  ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | ||||||||||||||||  |||     
T  37702602 ggttaatgtgtataatgtccttccatgagtttaagagtttcttatgaaaccatttgggaattttcccatgaatgtagttattggagagatctaatgtttg 37702701  T
Q  313 cagatttcgtgcttggaatttaggaaaactattaatattagaataagataaatctaagtaaacaaggttgggtaagatggtgtcagcactgctatcaatg 412  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37702702 cagattttgtgcttggaatttaggaaaactattaatattagcagacgagaaatctaagtcaacaaggttgggtaagatggagtcagcactgctatcaatg 37702801  T
Q  413 ttgatagaaagaaaagtattgtgtgaaagaa 443  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  37702802 ttgatagaaataaaactattgtgtgaaagaa 37702832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 29 - 447
Target Start/End: Original strand, 37823639 - 37824063
Alignment:
Q  29 aatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatc 128  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37823639 aatgttcccaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatc 37823738  T
Q  129 ctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaattggaagatctccttgaaagttgttgaaactgaggtcaatttgttgaat 228  Q
    ||||||||||||| ||||||||| || ||| || |||||||  |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||       |||    
T  37823739 ctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaatgccagaaggtggaattggaagatctccttgtaacttgttgaaactgaggtcaacggaccaaat 37823838  T
Q  229 gttcttccacgagtttaagagtttcttatgaaaccatttgggaattctcgcatgaatgttgctattggagagatctaagctttccagatttcgt------ 322  Q
    || |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | ||||||||||||||   || ||||||| ||          
T  37823839 gtccttccatgagtttaagagcttcttatgaaaccatttgggaattttcccatgaatgttgttgttggagagatctaatgattgcagatttggtagttgc 37823938  T
Q  323 gcttggaatttaggaaaactattaatattagaataagataaatctaagtaaacaaggttgggtaagatggtgtcagcactgctatcaatgttgatagaaa 422  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||  ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  37823939 gctaggaatttaggaaaactattaatattagcagaggataaatctaatgaaaaaaggttgggtaagatggagtcagcactgctatcagtgttgatagcaa 37824038  T
Q  423 gaaaagtattgtgtgaaagaacgag 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  37824039 gaaaagtattgtgtgaaagaacgag 37824063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 65 - 442
Target Start/End: Original strand, 37594110 - 37594487
Alignment:
Q  65 ttgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaa 164  Q
    |||||||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| || ||| || ||    
T  37594110 ttgttgtgagccaaattgagggtataaagggaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatttcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaa 37594209  T
Q  165 tgccatcaggtggaattggaagatctccttgaaagttgttgaaactgaggtcaatttgttgaatgttcttccacgagtttaagagtttcttatgaaacca 264  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | |||||| |    ||| |  ||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  37594210 tgccagaaggtggaattggaagatctccttgtaacttgttgaaactcaagtcaatgtacgaaatctcattccatgagtttaagagcttcttatgaaacca 37594309  T
Q  265 tttgggaattctcgcatgaatgttgctattggagagatctaagctttccagatttcgtgcttggaatttaggaaaactattaatattagaataagataaa 364  Q
    |||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||| ||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37594310 tttgggaattttcccatgaatgttgttattggagagatctaatctttgaagatttcgtgtttggaatttaggaaaactattaatattagaataagataaa 37594409  T
Q  365 tctaagtaaacaaggttgggtaagatggtgtcagcactgctatcaatgttgatagaaagaaaagtattgtgtgaaaga 442  Q
     |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37594410 actaagtcaacaaggttgggtaagatggagtcagcactgctatcaaagttgatagaaagaaaactattgtgtgaaaga 37594487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 62 - 457
Target Start/End: Original strand, 37696498 - 37696899
Alignment:
Q  62 aaattgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttt 161  Q
    ||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||| |     
T  37696498 aaattgttgtgagccaaattgagggtataaagggaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatttcctgtgaagttgttgtttgagagtgaaaagtatc 37696597  T
Q  162 taatgccatcaggtggaattggaagatctccttgaaagttgttgaaactgaggtcaatttgttgaatgttcttccacgagtttaagagtttcttatgaaa 261  Q
     ||||| |  |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |  |  ||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  37696598 caatgctagaaggtggaattggaagatctccttgtaacttgttgaaactgaggtctaagtcctgaatgtccttccatgagtttaagagcttcttatgaaa 37696697  T
Q  262 ccatttgggaattctcgcatgaatgttgctattggagagatctaagctttccagatttcgt------gcttggaatttaggaaaactattaatattagaa 355  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||| | ||||||||||||||   || ||||||| ||      ||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  37696698 ccatttgggaattttcccatgaatgttgttgttggagagatctaacgattgcagatttggtagttgcgctaggaatttaggaaaactattaatattagca 37696797  T
Q  356 taagataaatctaagtaaacaaggttgggtaagatggtgtcagcactgctatcaatgttgatagaaagaaaagtattgtgtgaaagaacgagataccata 455  Q
    | |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37696798 ttagataattctaagtcaacaaggttgggtaagatggagtcagcactgctatcagtgttgatagcaagaaaagtattgtgtgaaagaacgagatgccata 37696897  T
Q  456 gt 457  Q
    ||    
T  37696898 gt 37696899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 65 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 37401252 - 37400860
Alignment:
Q  65 ttgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaa 164  Q
    |||||||||||||||| |||  ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || ||| || ||    
T  37401252 ttgttgtgagccaaattgagggtacgaagggaacttgcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattcaa 37401153  T
Q  165 tgccatcaggtggaattggaagatctccttgaaagttgttgaaactgaggtcaatttgttgaatgttcttccacgagtttaagagtttcttatgaaacca 264  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |  |  ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  37401152 tgccagaaggtggaattggaagatctccttgtaacttgttgaaactgaggtctaagtactgaatgtccttccatgagtttaagagcttcttatgaaacca 37401053  T
Q  265 tttgggaattctcgcatgaatgttgctattggagagatctaagctttccagatttcgtgcttggaatttaggaaaactattaatattagaataagataaa 364  Q
    |||||||||| || || |||||||| |||||||||||| ||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||    
T  37401052 tttgggaattttcccacgaatgttgttattggagagatataatcttttcagatttcgtgctgggaatttaggaaaactattaatattagcagaggataaa 37400953  T
Q  365 tctaagtaaacaaggttgggtaagatggtgtcagcactgctatcaatgttgatagaaagaaaagtattgtgtgaaagaacgagataccatagt 457  Q
    |||||  ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||  |||| ||||||||    
T  37400952 tctaataaaaaaaggttgggtaagatggagtcagcactgctatcaatgttgatagaaagaaaactattatgggaaagatggagaaaccatagt 37400860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 65 - 457
Target Start/End: Original strand, 37711410 - 37711802
Alignment:
Q  65 ttgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaa 164  Q
    |||||||||||||||| |||  ||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| || ||| || ||    
T  37711410 ttgttgtgagccaaattgagggtataaagggaacttgcgttgcggaatgttgaagaaatatttcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaa 37711509  T
Q  165 tgccatcaggtggaattggaagatctccttgaaagttgttgaaactgaggtcaatttgttgaatgttcttccacgagtttaagagtttcttatgaaacca 264  Q
    |||||   ||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| || ||||| |   |||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||||||    
T  37711510 tgccagatggtggaattggaagatctccttgcaacatgttgaaactaagatcaatgtaccgaatgtccttccatgagtttaagagcttcgtatgaaacca 37711609  T
Q  265 tttgggaattctcgcatgaatgttgctattggagagatctaagctttccagatttcgtgcttggaatttaggaaaactattaatattagaataagataaa 364  Q
    |||||||||| || ||||||||||| | ||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||    
T  37711610 tttgggaattttcccatgaatgttgttgttggagagatctaatgtttgcagatttcgtgcttggaatttaggaaaactattaatattagcagaggataaa 37711709  T
Q  365 tctaagtaaacaaggttgggtaagatggtgtcagcactgctatcaatgttgatagaaagaaaagtattgtgtgaaagaacgagataccatagt 457  Q
    |||||  ||| ||||||||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37711710 tctaatgaaaaaaggttgggtatgatggagtcaatactgctatcaatgttgatagaaagaaaagtattgtgtgaaagaacgagataccatagt 37711802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 173; E-Value: 8e-93
Query Start/End: Original strand, 65 - 442
Target Start/End: Original strand, 37639652 - 37640035
Alignment:
Q  65 ttgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaa 164  Q
    |||||||||||||||| |||  ||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||| |  ||    
T  37639652 ttgttgtgagccaaattgagggtataaagggaacttgcgttgcggaatgttgaagaaatatttcctgtgaagttgttatttgagagtaaaaagtatacaa 37639751  T
Q  165 tgccatcaggtggaattggaagatctccttgaaagttgttgaaactgaggtcaatttgttgaatgttcttccacgagtttaagagtttcttatgaaacca 264  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| ||  |||||||||| || ||||| |   |||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||||||    
T  37639752 tgccatcaggtggaattggaagatgtccttgcaacatgttgaaactaagatcaatgtaccgaatgtccttccatgtgtttaagagcttcttatgaaacca 37639851  T
Q  265 tttgggaattctcgcatgaatgttgctattggagagatctaagctttccagatt------tcgtgcttggaatttaggaaaactattaatattagaataa 358  Q
    |||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||| | || || |||      ||||||| ||||||| |||||||| |||||||||| | ||    
T  37639852 tttgggaattttcccatgaatgttgttattggagagatctaaccattgcaaattatgtactcgtgctaggaatttgggaaaacttttaatattagcagaa 37639951  T
Q  359 gataaatctaagtaaacaaggttgggtaagatggtgtcagcactgctatcaatgttgatagaaagaaaagtattgtgtgaaaga 442  Q
    ||||||| |||  |  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||    
T  37639952 gataaatataatgattcaaggttgggtaagatggagtcagcactgctatcaatgttgatagaaagaaaactattatgggaaaga 37640035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 29 - 442
Target Start/End: Original strand, 37532835 - 37533263
Alignment:
Q  29 aatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatc 128  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | ||  ||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37532835 aatgttcccaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattgagaacattcaggtaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatctc 37532934  T
Q  129 ctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaattggaagatctccttgaaagttgttgaaactgaggtcaatttgttgaat 228  Q
    ||||||||||||| ||||||||| || ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | |||||| |    |||    
T  37532935 ctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtatccaatgccatcaggtggaattggaagatctccttgtaacttgttgaaactcaagtcaatgtacgaaat 37533034  T
Q  229 gttcttccacgagttt---------aagagtttcttatgaaaccatttgggaattctcgcatgaatgttgctattggagagatctaagctttccagattt 319  Q
        ||||| ||||||         | ||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | ||||||||||||||   || |||||||    
T  37533035 cccattccatgagttttcccattccatgagcttcttatgaaaccatttgggaattttcccatgaatgttgttgttggagagatctaacgattgcagattt 37533134  T
Q  320 cgt------gcttggaatttaggaaaactattaatattagaataagataaatctaagtaaacaaggttgggtaagatggtgtcagcactgctatcaatgt 413  Q
     ||      ||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||    
T  37533135 ggtagttgcgctaggaatttaggaaaactattaatattagcattagataattctaagtcaacaaggttgggtaagatggagtcaacattgctattaatgt 37533234  T
Q  414 tgatagaaagaaaagtattgtgtgaaaga 442  Q
    |||||||||||||| |||| || ||||||    
T  37533235 tgatagaaagaaaactattatgggaaaga 37533263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 16 - 205
Target Start/End: Original strand, 37711226 - 37711415
Alignment:
Q  16 atagagattaggaaatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgtt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37711226 atagagattaggaaatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaatcgagcacataaagggaactggcattgcagaatgtt 37711325  T
Q  116 gaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaattggaagatctccttgaaagttgttg 205  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || ||| || |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37711326 gaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaatgccagaaggtggaattggaagatctccttgaaagttgttg 37711415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 29 - 205
Target Start/End: Original strand, 37639481 - 37639657
Alignment:
Q  29 aatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatc 128  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37639481 aatgttcccaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatc 37639580  T
Q  129 ctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaattggaagatctccttgaaagttgttg 205  Q
    ||||||||||||| ||||||||| || ||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37639581 ctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtatttaatgccagaaggtggaattggaagatctccttgaaagttgttg 37639657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 29 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 37401423 - 37401247
Alignment:
Q  29 aatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatc 128  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37401423 aatgttcccaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaatcgagcacataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatc 37401324  T
Q  129 ctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaattggaagatctccttgaaagttgttg 205  Q
    ||||||||||||| ||||||||| || ||| || |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37401323 ctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaatgccagaaggtggaattggaagatctccttgaaagttgttg 37401247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 25 - 442
Target Start/End: Original strand, 37435441 - 37435870
Alignment:
Q  25 aggaaatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaata 124  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||| || ||| |||| |||||||| ||||||| |||||  |  | ||| || || | ||| ||| ||||||||||     
T  37435441 aggaaatgttcccaggcattttggaattatgcctgtcaatttgttgtgggccaaattgagcacgttcatggagcttgcttggcacaattttgaagaaatg 37435540  T
Q  125 tatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaattggaagatctccttgaaagttgttgaaactgaggtcaat----- 219  Q
    | ||||| |||||||||||||||||| ||| ||| || ||||||||| | |||||||||||  |||||||| || ||||||||||||||||||||         
T  37435541 tctcctgcgaagttgttgtttgagagcaaaaagtattcaatgccatcggatggaattggaatgtctccttgcaatttgttgaaactgaggtcaatgtaac 37435640  T
Q  220 ----ttgttg---aatgttcttccacgagtttaagagtttcttatgaaaccatttgggaattctcgcatgaatgttgctattggagagatctaagctttc 312  Q
        ||  ||   ||| |  ||| | | ||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||  |||     
T  37435641 taatttcatgggcaatatcattcaatgtgtttaagagcttcttatgaaaccatttgggaattttcccatgaatgttgttattggagagatctaatgtttg 37435740  T
Q  313 cagatttcgtgcttggaatttaggaaaactattaatattagaataagataaatctaagtaaacaaggttgggtaagatggtgtcagcactgctatcaatg 412  Q
     || ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||     |||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||    
T  37435741 aagtttttgtgcgtggaatttaggaaaactattaatattagcagaagataaatctaacatctcaaggttgggtaagatggagtcagcactgctattagtg 37435840  T
Q  413 ttgatagaaagaaaagtattgtgtgaaaga 442  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  37435841 ttgatagaaagaaaactattgtgcgaaaga 37435870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 29 - 205
Target Start/End: Original strand, 37593939 - 37594115
Alignment:
Q  29 aatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatc 128  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| | ||  ||| |||| |||||||||||||||||||| |||| ||    
T  37593939 aatgttcccaggcattgtggaatcatacctgttaaattgttgtgagccaaattgagaacattcaggtaacttgcattgcagaatgttgaagatatatctc 37594038  T
Q  129 ctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaattggaagatctccttgaaagttgttg 205  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37594039 ctgtgaaattgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaattggaagatctccttgaaagttgttg 37594115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 29 - 205
Target Start/End: Original strand, 37696330 - 37696506
Alignment:
Q  29 aatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatc 128  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| | ||  ||| |||| |||||||||||||||||||| |||| ||    
T  37696330 aatgttcccaggcattgtggaatcatacctgttaaattgttgtgagccaaattgagaacattcaggtaacttgcattgcagaatgttgaagatatatctc 37696429  T
Q  129 ctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaattggaagatctccttgaaagttgttg 205  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37696430 ctgtgaaattgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaattggaagatctccttgaaaattgttg 37696506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 25 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 37382755 - 37382332
Alignment:
Q  25 aggaaatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaata 124  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||| || ||||| ||||   ||  |||     
T  37382755 aggaaatgttcccaagcattgtggaatcatgccagttaaattgttgtgagccaaattgagcacattcagggaacttgcgttgcacaatgaaaaatcaatg 37382656  T
Q  125 tatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaattggaagatctccttgaaagttgttgaaactgaggtcaatttgtt 224  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||||| |||  | |||||||| | |||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||  ||||    
T  37382655 tttcctgtgaagttgttgttcgagagtaaaaagtagtaaatgccataacgtgggattggaagatctccttgcaacttgttgaaactgagatcaacatgtt 37382556  T
Q  225 gaatgttcttccacgagtttaagagtttcttatgaaaccatttgggaattctcgcatgaatgttgctattggagagatctaagctttcca------gatt 318  Q
    |||||| | |||| | || |||||| |||| |||||||||||| |||| | || | ||||| ||| | || |||||||||||   | |||      ||||    
T  37382555 gaatgtccctccatgtgtgtaagagcttctcatgaaaccatttaggaactttcccttgaattttgtttttagagagatctaattctaccagattttgatt 37382456  T
Q  319 tcgtgcttggaatttaggaaaactattaatattagaataagataaatctaagtaaacaaggttgggtaagatggtgtcagcactgctatcaatgttgata 418  Q
    | |||||  |||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||| |||     |||||||||||||||||| |||| | ||||| ||||| ||||||    
T  37382455 ttgtgctaagaatttaggaaaactactaatattactagaagataaatataatatcccaaggttgggtaagatggagtcaactctgctttcaatattgata 37382356  T
Q  419 gaaagaaaagtattgtgtgaaaga 442  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||    
T  37382355 gaaagcaaactattgtgggaaaga 37382332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 132 - 306
Target Start/End: Original strand, 37428578 - 37428753
Alignment:
Q  132 tgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaattggaagatctccttgaaagttgttgaaactgaggtcaatttgttgaatgtt 231  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||  ||   ||| |     
T  37428578 tgaagttgttgttagagagtaaaaagtattcaatgccataaggtggaattggaagatctccttgcaacttgttgaaactgagatcaacgtgccaaatata 37428677  T
Q  232 cttccacgagtttaagagtttcttatgaaaccatttgggaa-ttctcgcatgaatgttgctattggagagatctaa 306  Q
    |||||| |||||||||||  | |||||||||||| ||| || || || ||||||||||| | ||||||||||||||    
T  37428678 cttccatgagtttaagagcattttatgaaaccatatggaaatttttcccatgaatgttgtttttggagagatctaa 37428753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 174 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 37413527 - 37413268
Alignment:
Q  174 gtggaattggaagatctccttgaaagttgttgaaactgaggtcaatttgttgaatgttcttccacgagtttaagagtttcttatgaaaccatttgggaat 273  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || || ||| |||| | | |||| | || |||||| |||| |||||||||||| ||||     
T  37413527 gtggaattggaagatctccttgcaacttgttgaaactgagatcgatatgtcgaatttccctccatgtgtgtaagagcttctcatgaaaccatttaggaac 37413428  T
Q  274 tctcgcatgaatgttgctattggagagatctaagctttccagatttcgtgcttg------gaatttaggaaaactattaatattagaataagataaatct 367  Q
    | |  | |||||  || |||| || ||||||||   || ||||||| |   |||      ||| |||||||||||||||||||||  | ||||||||| |    
T  37413427 ttttccttgaattatgttattagatagatctaactcttgcagattttgaagttgtgcgaagaaattaggaaaactattaatattactagaagataaatat 37413328  T
Q  368 aagtaaacaaggttgggtaagatggtgtcagcactgctatcaatgttgatagaaagaaaa 427  Q
    ||  |  ||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  37413327 aatgattcaaggttgggtgagatggagtcaacactgctaccaatgttgacagaaagaaaa 37413268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 25 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 37413594 - 37413547
Alignment:
Q  25 aggaaatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtg 72  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||    
T  37413594 aggaaatgttcctaggcattgtggaatcatgcctgttaaattgttgtg 37413547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 62 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 16843253 - 16842858
Alignment:
Q  62 aaattgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttt 161  Q
    ||||||||||||||||||| ||| | ||  | | |||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||  || ||| ||    
T  16843253 aaattgttgtgagccaaattgagaacattcaagaaacttgcattgcagaatgttgaagaaatgtctcctgtgaagttgttgtttgagagcgaaaagtatt 16843154  T
Q  162 taatgccatcaggtggaattggaagatctccttgaaagttgttgaaactgaggtcaatttgttgaatgttcttccacgagtttaagagtttcttatgaaa 261  Q
     || ||||| || |||||||||||  |||||||| || ||||||||||| || ||||| |    |||||  ||||| | ||||||||| |||||||||||    
T  16843153 gaaggccataagatggaattggaatgtctccttgcaatttgttgaaactaagatcaatgtaccaaatgtcattccatgtgtttaagagcttcttatgaaa 16843054  T
Q  262 ccatttgggaattctcgcatgaatgttgctattggagagatctaagctttccagatttcgtgcttggaatttaggaaaactattaatattagaataagat 361  Q
    ||||||||||||| |  ||||||||||| |||||||||||||||| ||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  16843053 ccatttgggaattttaccatgaatgttgttattggagagatctaatctttgaagatttcgtgtttggaatttaggaaaactattaatattagcataagat 16842954  T
Q  362 aaatctaagtaaacaaggttgggtaagatggtgtcagcactgctatcaatgttgatagaaagaaaagtattgtgtgaaagaacgagataccatagt 457  Q
    ||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  16842953 aaatctaatgaaaaaaggttgggtaagatggagtcagcaatgctatcagtgttgatagaaagaaaagtattgtgtgaaagatcgagataccctagt 16842858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 29 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 16843421 - 16843245
Alignment:
Q  29 aatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatc 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||| || ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  16843421 aatgttcctaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattaagcaaattaagggtacttgcattgcagaatgttgaagaaatatctc 16843322  T
Q  129 ctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaattggaagatctccttgaaagttgttg 205  Q
    ||||||||||||| ||||||||| || ||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16843321 ctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtatacaatgccatcaggtggaattggaagatctccttgaaaattgttg 16843245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 62 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 16846052 - 16845840
Alignment:
Q  62 aaattgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttt 161  Q
    ||||||||||||||||||| ||| | |   ||| |||| ||| |||||||||| ||||| |||| | |||||||||||||||||||||| ||| ||| ||    
T  16846052 aaattgttgtgagccaaattgagaacaatcaggaaacttgcactgcagaatgtggaagacatatcttctgtgaagttgttgtttgagagcaaaaagtatt 16845953  T
Q  162 taatgccatcaggtggaattggaagatctccttgaaagttgttgaaactgaggtcaatttgttgaatgttcttccacgagtttaagagtttcttatgaaa 261  Q
    ||||||||| |  |||||||||||  |||||||| || |||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16845952 taatgccataatatggaattggaatgtctccttgcaatttgttgaaactgaggtcaatgtgtcgaatgtccttccacgagtttaagagcttcttatgaaa 16845853  T
Q  262 ccatttgggaatt 274  Q
    |||||| ||||||    
T  16845852 ccattttggaatt 16845840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 20 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 24218165 - 24217757
Alignment:
Q  20 agattaggaaatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaag 119  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||| | ||| | |||||||||| |||||||| ||||| ||  |||||||| |||||||| | ||   |||    
T  24218165 agataaggaaatgttcccaggcattgtggaatcgttcctgttaaattgttgttagccaaattgagcaaattcagggaacttgcattgcacagtgacaaag 24218066  T
Q  120 aaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaattggaagatctccttgaaagttgttgaaactgaggtcaat 219  Q
     ||| | ||||||||||||||||||||||||| || ||| || ||| ||||  |||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||| | |||    
T  24218065 caatgtctcctgtgaagttgttgtttgagagtgaaaagtattgaattccatagggtggaatcggaaggtctccttgcaacttgttgaaactgagattaat 24217966  T
Q  220 ttgttgaatgttcttccacgagtttaagagtttcttatgaaaccatttgggaattctcgcatgaatgttgctattggagagatctaagctttccagattt 319  Q
       | |||| | |||||| | || |||||| |||| |||||||||||| |||| | |  | ||||| ||| |||| ||||||||||| | || |||||||    
T  24217965 aattcgaatttccttccatgtgtgtaagagcttctcatgaaaccatttaggaacttttccttgaattttgttattagagagatctaatccttgcagattt 24217866  T
Q  320 ------cgtgcttggaatttaggaaaactattaatattagaataagataaatctaagtaaacaaggttgggtaagatggtgtcagcactgctatcaatgt 413  Q
          | ||||  |||||||||||||| ||||| |||| || ||||||||  ||| | | |||||||||||||||||  |||||| | |||| ||| ||    
T  24217865 tcaagacttgctaagaatttaggaaaaccattaacattacaagaagataaagataaatcatcaaggttgggtaagatgtagtcagcgccgctaccaacgt 24217766  T
Q  414 tgatagaaa 422  Q
    | |||||||    
T  24217765 taatagaaa 24217757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 25 - 111
Target Start/End: Original strand, 14553103 - 14553189
Alignment:
Q  25 aggaaatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaa 111  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14553103 aggaaatgtccccaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattgagcatataaagggaacttgcattgcagaa 14553189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 357 - 447
Target Start/End: Original strand, 14553188 - 14553278
Alignment:
Q  357 aagataaatctaagtaaacaaggttgggtaagatggtgtcagcactgctatcaatgttgatagaaagaaaagtattgtgtgaaagaacgag 447  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||    
T  14553188 aagataaatctaagttaacaaggttgggtaagatggagttagcactgctatcaatgttgatagaaataaaactattgtgtgaaagatcgag 14553278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University