View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2986-Insertion-1 (Length: 1132)

Name: NF2986-Insertion-1
Description: NF2986
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2986-Insertion-1
NF2986-Insertion-1
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (155-1047)||(28599783-28600682)
chr1 (357-994)||(6838036-6838669)
chr1 (170-657)||(8977123-8977597)
chr1 (8-155)||(28600597-28600744)
chr1 (339-482)||(2797349-2797492)
chr1 (171-301)||(2797494-2797624)
chr1 (590-687)||(6385273-6385370)
chr1 (171-266)||(6838724-6838819)
chr1 (249-390)||(6384938-6385083)
chr1 (40-155)||(8977527-8977642)
chr1 (805-1016)||(8976573-8976787)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (178-1016)||(2802795-2803612)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (357-994)||(32525910-32526543)
chr8 (171-301)||(32525760-32525890)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (171-399)||(13812251-13812483)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (220-687)||(20082875-20083333)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 774; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 774; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 155 - 1047
Target Start/End: Complemental strand, 28600682 - 28599783
Alignment:
Q  155 aaccgtcattgcctcagagaataccaaggatttttcaaaaatatctttggaagaattgattaaaccattgaaggtgcaagaacatagaagattgatgaga 254  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28600682 aaccgtcgttgcctcagagaataccaaggatttttcaaaaatatctttggaagaattgattaaaccattgaaggtgcaagaacatagaagattgatgaga 28600583  T
Q  255 gaggacacaacaacgaaaggagcttcagcagccaatcagcaaaatgttggaaaattcaagaaggattttggtgaaattggagtaggctcaacattggcga 354  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  28600582 gaggacacaacaacgaaaggagcttcagcagccaatcagcaaaatgttggaaaattcaagaaggattttggtgaaattggagtaggctcaacatcagcga 28600483  T
Q  355 aagcaaaagaaaagaatgaaattcgaagaaaatcttatccacctttccaatattgtggaaagaaatgtcatccatcatttaaatgttggagaaaaccaaa 454  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  28600482 aagcaaaagaaaagaatgaaatttgaagaaaatcttatccacctttccaatattgtggaaagaaatgtcatccatcatttaaatgttggagaaaacgaaa 28600383  T
Q  455 tgctaagtgcactatgtgtagtcaaatgagacatgaatctcttatatttcagaataggaatcaacaacatagtgatgaggcaagtgatgttgatcaagaa 554  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28600382 tgctaagtgcactatgtctagtcaaatgagacatgaagctcttatatttcagaataggaatcaacaacatagtgatgaggcaagtgatgt-gatcaagaa 28600284  T
Q  555 gaagaggagcaggatcacttgttcaatccaaaatgcatgtttctctagaatcgaatcaagtgagaattggctaattgacaacagttgtactaaccacatg 654  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28600283 gaagaggaggaggatcacttgttcaatgcaaaatgcatgtttctctagaatcgaatcaagtgagaattggctaattgacaacagttgtactaaccacatg 28600184  T
Q  655 acacataacaaggatttattcaggaaagtaagcggtgcaagttcattaaaagttcggttggaaatgacaactatattgttgtaaaagttaaaggaacaat 754  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28600183 acacataacaaggatttattcaggaaagtaaacggtgcaagttcattaaaagttcggttggaaatgacaactatactgttgtaaaagttaaaggaacaat 28600084  T
Q  755 aacaatcgcaacctattcagttacaaagttcattgccgatgtgttgtacgtccctgaaattgataaaaatatttgaagtgtcgagcaatttattgaaaag 854  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  28600083 agcaatcgcaacctattcaattacaaagttcattgccgatgtgttgtacgtccctgaaattgataaaaatatttgaagtgtcgggcaatttattgaaaag 28599984  T
Q  855 ggctataaagttttgtttgaaacaaaaagattcttgattaacgatggtaatggtaaagatgttttcagagtaaaaatgagagg-aaaatttttgctctaa 953  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  28599983 ggctataaagttttgtttgaaacaaaaagattcttgattaacgatggtaatggtaaagatgttttcagagtaaaaatgagaggaaaaagttttgctctaa 28599884  T
Q  954 atctattgaaggaggag-aaattagttttc-aaatgaaag-aaatgtaacagatttgtggcacaaa--gctcagac-atatcatcatca-ggcctgctgc 1046  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  28599883 atctattgaaggaggagaaaattagttttcaaaatgaaagaaaatgtaacagatttgtggcacaaaaggctcagacaatatcatcatcagggcctgctgc 28599784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 357 - 994
Target Start/End: Complemental strand, 6838669 - 6838036
Alignment:
Q  357 gcaaaagaaaagaatgaaattcgaagaaaatcttatccacctttccaatattgtggaaagaaatgtcatccatcatttaaatgttggagaaaaccaaatg 456  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    ||| | |||||||||||| |||||||| | |||| ||||||||||| |||  |||    
T  6838669 gcaacagaaaagaatgcaattcgaagaaaatcttatcctccacgtcaacactgtggaaagaaaggtcatccaccctttagatgttggagaagacctgatg 6838570  T
Q  457 ctaagtgcactatgtgtagtcaaatgagacatgaatctcttatatttcagaataggaatcaacaacatagtgatgaggcaagtgatgttgatcaagaaga 556  Q
    ||||||| || | ||||| ||||||| | |||||| || |||| | | | ||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||||||||| ||    
T  6838569 ctaagtgtaccaagtgtaatcaaatggggcatgaagctgttatttgtaaaaataggaatcaacaacataatgatgaggcaaaggttgttgatcaagagga 6838470  T
Q  557 agaggagcaggatcacttgttcaatccaaaatgcatgtttctctagaatcgaatcaagtgagaattggctaattgacaacagttgtactaaccacatgac 656  Q
    |||||||   |||||||| |||  | |||    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |   ||||||| |||||||||||    
T  6838469 agaggag---gatcacttattcgttgcaa----catgtttctctagcatcgaatcaagtgagaattggctgattgatagtggttgtaccaaccacatgac 6838377  T
Q  657 acataacaaggatttattcaggaaagtaagcggtgcaagttcattaaaagttcgg-ttggaaatgacaactatattgttgtaaaagttaaaggaacaata 755  Q
    |||||| |||||||| |||||| || ||| |  |||||  |||  |||||||||| ||||||||| ||| || |||| ||| ||||  ||||||||||||    
T  6838376 acataataaggattttttcagggaactaatcaatgcaaactcaacaaaagttcgggttggaaatggcaattacattgctgtgaaaggaaaaggaacaata 6838277  T
Q  756 acaatcgcaacctattcagttacaaagttcattgccgatgtgttgtacgtccctgaaattgataaaaatatttgaagtgtcgagcaatttattgaaaagg 855  Q
     ||||| |||||||||| | ||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||| | ||| | | |||||| | ||||||  ||||||  |    
T  6838276 gcaatctcaacctattctggtacaaagttaatttctgatgtgttgtacgtccctgaaattgatcagaatttgttaagtgttgggcaattacttgaaagag 6838177  T
Q  856 gctataaagttttgtttgaaacaaaaagattcttgattaacgatggtaatggtaaagatgttttcagagtaaaaatgagagg-aaaatttttgctctaaa 954  Q
    | |||||||| ||||| ||||   |||| | ||||||||| ||| || |||| |||||  |||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  6838176 gttataaagtgttgttcgaaaatgaaagctgcttgattaaagatagtgatggcaaagacattttcaaagtaaaaatgagaggaaaaagttttgctctaaa 6838077  T
Q  955 tctattgaaggaggag-aaattagttttcaaatgaaagaaa 994  Q
    ||  ||| |||| ||| |||||  |||||||||||||||||    
T  6838076 tccgttggaggaagagcaaattgcttttcaaatgaaagaaa 6838036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 170 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 8977597 - 8977123
Alignment:
Q  170 agagaataccaaggatttttcaaaaatatctttggaagaattgattaaaccattgaaggtgcaagaacatagaagattgatgagagaggacacaacaacg 269  Q
    |||||||||||  ||||| | ||||| |||||||| ||||||| ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||       
T  8977597 agagaataccagagatttctaaaaaaaatctttggcagaattgcttaatgcattgaaggggcaagaacatagaagattgatgaaagaagaaacaacactt 8977498  T
Q  270 aaaggagcttcagcagccaatcagcaaaatgttggaaaattcaagaaggattttggtgaaattggagtaggctcaacattggcgaaagcaaaagaaaaga 369  Q
     ||||||| | ||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||| |||   ||||| ||  || || |||| ||||||||    
T  8977497 gaaggagcattagcagccaagcatcaaaatgtaggtaaattcaagaaggattttgatgaaattgaagtgtactcaaaatcagccaatgcaacagaaaaga 8977398  T
Q  370 atgaaattcgaagaaaatcttatccacctttccaatattgtggaaagaaatgtcatccatcatttaaatgttggagaaaaccaaatgctaagtgcactat 469  Q
    ||||||||| ||||||||||||| | || || ||| |||||||||| ||| |||||||| | |||| ||||||||||| |||  |||||||||||||       
T  8977397 atgaaattcaaagaaaatcttatacgccatttcaacattgtggaaaaaaaggtcatccaccctttagatgttggagaagacctgatgctaagtgcac--- 8977301  T
Q  470 gtgtagtcaaatgagacatgaatctcttatatttcagaataggaatcaacaacatagtgatgaggcaagtgatgttgatcaagaagaagaggagcaggat 569  Q
       || ||||||| | ||||||  | |||| | | | ||||||||||||||| ||| |||||||||||  | |||||||||| | ||||| |   |||||    
T  8977300 ---taatcaaatggggcatgaagttgttatttgtaaaaataggaatcaacaagatattgatgaggcaaaggttgttgatcaaaaggaagatg---aggat 8977207  T
Q  570 cacttgttcaatccaaaatgcatgtttctctagaatcgaatcaagtgagaattggctaattgacaacagttgtactaaccacatgaca 657  Q
    ||||| |||  | |||    ||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||    
T  8977206 cacttattcgttgcaa----catgtttctctagcatcaaatcaaatgagaattggctgattgacagtggttgtactaaccacatgaca 8977123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 8e-58
Query Start/End: Original strand, 8 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 28600744 - 28600597
Alignment:
Q  8 gaattcaatgacacaagaattgttgnnnnnnntcttgtaacggtacccaaaagatatgaagcaaccgtcgttgcctcagagaataccaaggatttttcaa 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28600744 gaattcaatgacacaagaattgttgaaaaaaatcttgtaacggtacccaaaagatatgaaacaaccgtcgttgcctcagagaataccaaggatttttcaa 28600645  T
Q  108 aaatatctttggaataattgattaaacccttgaaggtgcaagaacata 155  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28600644 aaatatctttggaagaattgattaaaccattgaaggtgcaagaacata 28600597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 339 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 2797492 - 2797349
Alignment:
Q  339 ggctcaacattggcgaaagcaaaagaaaagaatgaaattcgaagaaaatcttatccacctttccaatattgtggaaagaaatgtcatccatcatttaaat 438  Q
    ||||||||||  || || |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |  ||| | |||||||||||| |||||||| | |||| ||    
T  2797492 ggctcaacatcagccaatgcaacagaaaagaatgtaattcgaagaaaatcttatcctccatgtcaacactgtggaaagaaaggtcatccaccctttagat 2797393  T
Q  439 gttggagaaaaccaaatgctaagtgcactatgtgtagtcaaatg 482  Q
    ||||||||| |||  |||||||||| || | ||||| |||||||    
T  2797392 gttggagaagacctgatgctaagtgtaccaagtgtaatcaaatg 2797349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 171 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 2797624 - 2797494
Alignment:
Q  171 gagaataccaaggatttttcaaaaatatctttggaagaattgattaaaccattgaaggtgcaagaacatagaagattgatgagagaggacacaacaacga 270  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||| ||||  |||||||||  | |||||| |||||||||||||||||||| ||||||        
T  2797624 gagaataccaaagatttctcaaaaatttctttggcagaattgcttaatgcattgaaggcactagaacagagaagattgatgagagaggaaacaacacttg 2797525  T
Q  271 aaggagcttcagcagccaatcagcaaaatgt 301  Q
    ||||||| | ||||||||| ||||| |||||    
T  2797524 aaggagcattagcagccaagcagcataatgt 2797494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 590 - 687
Target Start/End: Original strand, 6385273 - 6385370
Alignment:
Q  590 catgtttctctagaatcgaatcaagtgagaattggctaattgacaacagttgtactaaccacatgacacataacaaggatttattcaggaaagtaagc 687  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||  | ||||||||  | |||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||| |||||    
T  6385273 catgtttctctaacatcgaatcaagtgagaattgattgattgacaatgggtgtactaaccacatgaaacataacaacgatctattcaggaaactaagc 6385370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 171 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 6838819 - 6838724
Alignment:
Q  171 gagaataccaaggatttttcaaaaatatctttggaagaattgattaaaccattgaaggtgcaagaacatagaagattgatgagagaggacacaaca 266  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| | ||||||| ||||  |||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  6838819 gagaataccaaagatttctcaaaaatttcttttgcagaattgcttaatgcattgaaggcacaagaacagagaagattgatgagagaggaaacaaca 6838724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 249 - 390
Target Start/End: Original strand, 6384938 - 6385083
Alignment:
Q  249 atgagagaggacacaacaacgaaaggagcttcagcagccaatcagcaaaatgttggaaaattcaagaaggattttggtgaaattggagtaggctcaac-- 346  Q
    ||||||||||| ||||||    ||| ||||| |||| |||| ||  ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||      
T  6384938 atgagagaggaaacaacatgagaagcagctttagcaaccaagcaaaaaaatgtgggcaaattcaagaaggattttggtgaaattgaagtcgactcaacgt 6385037  T
Q  347 --attggcgaaagcaaaagaaaagaatgaaattcgaagaaaatctt 390  Q
       |  || || | ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6385038 cagtcagccaatgtaaaagaaaataatgaaattcgaagaaaatctt 6385083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 40 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 8977642 - 8977527
Alignment:
Q  40 tcttgtaacggtacccaaaagatatgaagcaaccgtcgttgcctcagagaataccaaggatttttcaaaaatatctttggaataattgattaaacccttg 139  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||| |||| ||  | | | |||||||||||  ||||| | ||||| |||||||| | ||||| ||||  | |||    
T  8977642 tcttgtaatggtacccgaaagatatgaagtaaccatcactactttagagaataccagagatttctaaaaaaaatctttggcagaattgcttaatgcattg 8977543  T
Q  140 aaggtgcaagaacata 155  Q
    |||| |||||||||||    
T  8977542 aaggggcaagaacata 8977527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 805 - 1016
Target Start/End: Complemental strand, 8976787 - 8976573
Alignment:
Q  805 tccctgaaattgataaaaatatttgaagtgtcgagcaatttattgaaaagggctataaagttttgtttgaaacaaaaagattcttgattaacgatggtaa 904  Q
    ||||||||| |||| | ||| | | |||||| ||| |||| ||| |||  || |||||||||||||| ||||    ||| | ||||||||  ||| || |    
T  8976787 tccctgaaaatgatcataatttgttaagtgttgaggaattaattcaaagaggttataaagttttgttcgaaagcgtaagctacttgattatagatagtga 8976688  T
Q  905 tggtaaagatgttttcagagtaaaaatgagaggaaa-atttttgctctaaatctattgaaggaggag-aaattagttttcaaatgaaag-aaatgtaaca 1001  Q
    |||||||||  | |||| ||||||||||||| |||| | |||| ||||||||| |||| |||||| | ||| |  |||||||||||||| |||||| |||    
T  8976687 tggtaaagacatgttcaaagtaaaaatgagatgaaatagtttttctctaaatccattggaggaggggcaaactgcttttcaaatgaaagaaaatgtcaca 8976588  T
Q  1002 gatttgtggcacaaa 1016  Q
     | ||||||||||||    
T  8976587 tacttgtggcacaaa 8976573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 178 - 1016
Target Start/End: Original strand, 2802795 - 2803612
Alignment:
Q  178 ccaaggatttttcaaaaatatctttggaagaattgattaaaccattgaaggtgcaagaacatagaagattgatgagagaggacacaacaacgaaaggagc 277  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| ||||  ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    || |||     
T  2802795 ccaaggatttctcaaaaatttctttggtagaattgcttaatgcattgaaggcgcaagaacatggaagattgatgagagaggacacaacagtcgaacgagt 2802894  T
Q  278 ttcagcagccaatcagcaaaatgttggaaaattcaagaaggattttggtgaaattggagtaggctcaacattggcgaaagcaaaaga-aaagaatgaaat 376  Q
    || |||||| || || |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||  || || |||||| | ||||||||||||    
T  2802895 tt-agcagcaaagcatcaaaatgtgggaaaattcaaaaaagattttggtgaaattggagtaggatcaacatcagccaatgcaaaacataaagaatgaaat 2802993  T
Q  377 tcgaagaaaatcttatccacctttccaatattgtggaaagaaatgtcatccatcatttaaatgttggagaaaaccaaatgctaagtgcactatgtgtagt 476  Q
    |||| ||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||| ||||| || |||||| | | ||||||| |||  |||||||||||| |  ||||| |    
T  2802994 tcgatgaaaatcttatccaccttgtcaacattgtggaaagaaaggtcattcaccatttatagggtggagaagacctgatgctaagtgcatt--gtgtaat 2803091  T
Q  477 caaatgagacatgaatctcttatatttcagaatag-gaatcaacaacatagtgatgaggcaagtgatgttgatcaagaagaagaggagcaggatcacttg 575  Q
    |||||| ||| ||||  | |||||| | |||| |  |||||||||| ||||||||| |||||  ||||||| ||||||      |||| ||||| |||||    
T  2803092 caaatgggacgtgaagttgttatatgtaagaaaaaagaatcaacaaaatagtgatggggcaaaggatgttggtcaaga------ggaggaggattacttg 2803185  T
Q  576 ttcaatccaaaatgcatgtttctctagaatcgaatcaagtgagaattggctaattgacaacagttgtactaaccacatgacacataacaaggatttattc 675  Q
    ||   | |||    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||| |||   |||||||||||| ||||||||||||   ||||||||||    
T  2803186 tttgttacaa----catgtttctctagcatcgaatcaagtgagaattggtttattaacagtggttgtactaaccccatgacacataa---ggatttattc 2803278  T
Q  676 aggaaagtaagcggtgcaagttcattaaaagttcgg-ttggaaatgacaactatattgttgtaaaagttaaaggaacaataacaatcgcaacctattcag 774  Q
    |   || |||||| |||||||||||  || |||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||| |||     
T  2803279 acagaactaagcg-tgcaagttcatcgaatgttcgggttggaaatggccactatattgttgtaaaagaaaaaggaacaatagcaatctcaacctagtcaa 2803377  T
Q  775 ttacaaagttcattgccgatgtgttgtacgtccctgaaattgataaaaatatttgaagtgtcgagcaatttattgaaaagggctataaagttttgtttga 874  Q
     ||||||||||||| | |||||||| || |||| |||||||||          | |||||| |  ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  2803378 gtacaaagttcatttctgatgtgttataagtccttgaaattga----------tcaagtgttggtcaattaattgaaaggggctataaaattttgtttga 2803467  T
Q  875 aacaaaaagattcttgattaacgatggtaatggtaaagatgttttcagagtaaaaatgagagg-aaaatttttgctctaaatctattgaaggagg-agaa 972  Q
    ||   |||| | |||| |||| |||||| |||  |||||  |||||| ||| ||||||||||| |||| |||| ||||||||| |||| | |||| | ||    
T  2803468 aaacgaaagttgcttgtttaaagatggtgatgacaaagacattttcaaagtgaaaatgagaggaaaaagttttcctctaaatccattggatgaggaacaa 2803567  T
Q  973 attagttttcaaatgaaag-aaatgtaacagatttgtggcacaaa 1016  Q
    |||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  2803568 attgtttttcaaatgaaagaaaatgtaacaaatttgtggcacaaa 2803612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 178; Significance: 2e-95; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 357 - 994
Target Start/End: Original strand, 32525910 - 32526543
Alignment:
Q  357 gcaaaagaaaagaatgaaattcgaagaaaatcttatccacctttccaatattgtggaaagaaatgtcatccatcatttaaatgttggagaaaaccaaatg 456  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |  ||| | | |||||||||| |||||||| | || | ||||||||||| |||  |||    
T  32525910 gcaacagaaaagaatgtaattcgaagaaaatcttatcctccatgtcaacactatggaaagaaaggtcatccacccttaagatgttggagaagacctgatg 32526009  T
Q  457 ctaagtgcactatgtgtagtcaaatgagacatgaatctcttatatttcagaataggaatcaacaacatagtgatgaggcaagtgatgttgatcaagaaga 556  Q
    ||||||| || | ||||| ||||||| | |||||| ||  ||| | | | ||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||||||||| ||    
T  32526010 ctaagtgtaccaagtgtaatcaaatggggcatgaagctgatatttgtaaaaataggaatcaacaacataatgatgaggcaaaggttgttgatcaagagga 32526109  T
Q  557 agaggagcaggatcacttgttcaatccaaaatgcatgtttctctagaatcgaatcaagtgagaattggctaattgacaacagttgtactaaccacatgac 656  Q
    |||||||   |||||||| |||  | |||    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |   ||||||| |||||||||||    
T  32526110 agaggag---gatcacttattcgttgcaa----catgtttctctagcatcgaatcaagtgagaattggctgattgatagtggttgtaccaaccacatgac 32526202  T
Q  657 acataacaaggatttattcaggaaagtaagcggtgcaagttcattaaaagttcgg-ttggaaatgacaactatattgttgtaaaagttaaaggaacaata 755  Q
    |||||| ||||||||| ||||| || ||| |  |||||  |||  |||||||||| ||||||||| ||| || |||| ||| ||||  ||||||||||||    
T  32526203 acataataaggatttaatcagggaactaaacaatgcaaactcaacaaaagttcgggttggaaatggcaattacattgctgtgaaaggaaaaggaacaata 32526302  T
Q  756 acaatcgcaacctattcagttacaaagttcattgccgatgtgttgtacgtccctgaaattgataaaaatatttgaagtgtcgagcaatttattgaaaagg 855  Q
     ||||| |||||||||||| ||||||||| | | | ||||||||||||||||||||||||||| | ||| | | |||||| | ||||||  ||||||  |    
T  32526303 gcaatctcaacctattcaggtacaaagttaaattctgatgtgttgtacgtccctgaaattgatcagaatttgttaagtgttgggcaattacttgaaagag 32526402  T
Q  856 gctataaagttttgtttgaaacaaaaagattcttgattaacgatggtaatggtaaagatgttttcagagtaaaaatgagagg-aaaatttttgctctaaa 954  Q
    | |||||||| ||||| ||||   |||| | ||||||||| ||| || |||| |||||  |||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  32526403 gttataaagtgttgttcgaaaatgaaagctgcttgattaaagatagtgatggcaaagacattttcaaagtaaaaatgagaggaaaaagttttgctctaaa 32526502  T
Q  955 tctattgaaggaggag-aaattagttttcaaatgaaagaaa 994  Q
    || |||| |||||||| |||||  |||||||||||||||||    
T  32526503 tccattggaggaggagcaaattgcttttcaaatgaaagaaa 32526543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 171 - 301
Target Start/End: Original strand, 32525760 - 32525890
Alignment:
Q  171 gagaataccaaggatttttcaaaaatatctttggaagaattgattaaaccattgaaggtgcaagaacatagaagattgatgagagaggacacaacaacga 270  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| | ||||||| ||||  |||||||||  |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||        
T  32525760 gagaataccaaagatttctcaaaaatttcttttgcagaattgcttaatgcattgaaggcacaagaacagaggagattgatgagagaggaaacaacacttg 32525859  T
Q  271 aaggagcttcagcagccaatcagcaaaatgt 301  Q
    ||||||| | ||||||||| ||||| |||||    
T  32525860 aaggagcattagcagccaagcagcagaatgt 32525890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 76; Significance: 1e-34; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 171 - 399
Target Start/End: Original strand, 13812251 - 13812483
Alignment:
Q  171 gagaataccaaggatttttcaaaaatatctttggaagaattg----attaaaccattgaaggtgcaagaacatagaagattgatgagagaggacacaaca 266  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | | |||||    |||||  ||||||||  ||||||||| |||||| | ||||||||||||||| ||    
T  13812251 gagaatatcaaggatttttcaaaaatttctttcgcaaaattgcttaattaatgcattgaagtcgcaagaacaaagaagactaatgagagaggacacacca 13812350  T
Q  267 acgaaaggagcttcagcagccaatcagcaaaatgttggaaaattcaagaaggattttggtgaaattggagtaggctcaacattggcgaaagcaaaagaaa 366  Q
     |  ||||| | | ||| ||||| || || ||| | || ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| | || || ||||||||||    
T  13812351 gctgaaggaaccttagcggccaagcaacataatttgggcaaattcaagaatggttttggtgaaattggagtaggctcaacactagccaatgcaaaagaaa 13812450  T
Q  367 agaatgaaattcgaagaaaatcttatccacctt 399  Q
    |||||||||||| || |||||||||||| ||||    
T  13812451 agaatgaaattcaaaaaaaatcttatccgcctt 13812483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 69; Significance: 2e-30; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 220 - 687
Target Start/End: Complemental strand, 20083333 - 20082875
Alignment:
Q  220 cattgaaggtgcaagaacatagaagattgatgagagaggacacaacaacgaaaggagcttcagcagccaatcagcaaaatgttggaaaattcaagaagga 319  Q
    |||| |||| ||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||||    ||||||| | |||| |||| |||| |||||| |||||||||||||||||    
T  20083333 cattaaaggcgcaagaagagagaagattaatgagagaggaaacaacatttgaaggagcattagcatccaagcagccaaatgtgggaaaattcaagaagga 20083234  T
Q  320 ttttggtgaaattggagtaggctcaacattggcgaaagcaaaagaaaagaatgaaattcgaagaaaatcttatccacctttccaatattgtggaaagaaa 419  Q
    |||||||| |||| |||| || || ||||  || |   ||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||||| || |   || | || || ||||||    
T  20083233 ttttggtgtaattagagtgggatcgacatcagccactacaagagaaaagaatgaaattcgaag-aaattgtatcctccctgttaacactgagggaagaaa 20083135  T
Q  420 tgtcatccatcatttaaatgttggagaaaaccaaatgctaagtgcactatgtgtagtcaaatgagacatgaatctcttatatttcagaataggaatcaac 519  Q
     || || || | |||| ||||||| ||  ||  ||||||||||| |||| |||||  ||||||||  ||||| || |||| | | | ||| | |||||||    
T  20083134 ggtaattcaccctttagatgttggggatgacataatgctaagtgtactaagtgtaaccaaatgaggaatgaagctattatttgtaaaaat-gaaatcaac 20083036  T
Q  520 aacatagtgatgaggcaagtgatgttgatcaagaagaagaggagcaggatcacttgttcaatccaaaatgcatgtttctctagaatcgaatcaagtgaga 619  Q
    ||| ||||||||| |||| || |||| || ||||||||||||   |||||||||| ||   | |||     ||||||||||||  | ||||||||  |||    
T  20083035 aacttagtgatgacgcaaatgttgttaatgaagaagaagagg---aggatcacttatttgttgcaa----gatgtttctctagctttgaatcaagataga 20082943  T
Q  620 attggctaattgacaacagttgtactaaccacatgacacataacaaggatttattcaggaaagtaagc 687  Q
    ||||| | ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| || |||||    
T  20082942 attggttgattgacaatggttgtactaaccaaatgacacataacaaggatttatttagggaactaagc 20082875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University