View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF2986R-Insertion-5 (Length: 394)
Name: NF2986R-Insertion-5
Description: NF2986R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF2986R-Insertion-5 |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 371; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 390
Target Start/End: Original strand, 35370479 - 35370861
Alignment:
| Q |
9 |
gaagtatctctcttacacaccatcgtaagtttacaatgtt-aatattgtaatgaaattcataacttctacaatcaaagtccatatactaatttattttct |
107 |
Q |
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| T |
35370479 |
gaagtatctctcttacacaccatcgtaagtttacaatgtttaatattgtaatgaaattcataacttctacaatcaaagtccatatactaatttattttct |
35370578 |
T |
|
| Q |
108 |
tcttggtttccataggtttcactcattacatcacactaaattcaggagaaattactcactttttatgccaatgtatgactacatttatggtacggtagat |
207 |
Q |
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| T |
35370579 |
tcttggtttccataggtttcactcattacatcacactaaattcaggagaaattactcactttttatgccaatgtatgactacatttatggtacggtagat |
35370678 |
T |
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| Q |
208 |
aaatccacagatgttatatatgaaacctcattgataagaccaaaggagtcaccagatgtggtccacttaacacatttaacaacatttaattccatctatc |
307 |
Q |
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| T |
35370679 |
aaatccacagatgttatatatgaaacctcattgatgagaccaaaggagtcaccagatgtggtccacttaacacatttaacaacatttaattccatctatc |
35370778 |
T |
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| Q |
308 |
aattacgtttaggctttgcttcattagcatccaaccctcaaacatctaaatggtacctacatttaatgtggccctttacaatg |
390 |
Q |
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| T |
35370779 |
aattacgtttaggctttgcttcattagcatccaaccctcaaacatctaaatggtacctacatttaatgtggccctttacaatg |
35370861 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 10 - 390
Target Start/End: Original strand, 35381042 - 35381428
Alignment:
| Q |
10 |
aagtatctctcttacacaccatcgtaagtttacaatgttaatattg-taatgaaattcataacttctacaatcaaagtccatatactaat---ttatttt |
105 |
Q |
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| T |
35381042 |
aagtatctctcatacacaccatcgtaagtttacaatgttactattgttaatgaacttcatagtgtct--aatcaaagtccatatgctaattaattatttt |
35381139 |
T |
|
| Q |
106 |
cttcttg----gtttccataggtttcactcattacatcacactaaattcaggagaaattactcactttttatgccaatgtatgactacatttatggtacg |
201 |
Q |
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| T |
35381140 |
cttcttgatatatttccacaggtttcactcattgcatcacaccaaatttaggtctaattactcactcttcatgcctatatatgactacatttatggcacc |
35381239 |
T |
|
| Q |
202 |
gtagataaatccacagatgttatatatgaaacctcattgataagaccaaaggagtcaccagatgtggtccacttaacacatttaacaacatttaattcca |
301 |
Q |
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| T |
35381240 |
gtagataaatccacagatgctacatatgaagcctcattgatgagaccaaaggagtcaccagatgtggtccacttaacacatttaactacacttagttcca |
35381339 |
T |
|
| Q |
302 |
tctatcaattacgtttaggctttgcttcattagcatccaaccctcaaacatctaaatggtacctacatttaatgtggccctttacaatg |
390 |
Q |
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| T |
35381340 |
tctatcaattacgtttaggctttacttcattagcctccaatcctcaaacatctaaatggtacctatatttaatgtggccctttacaatg |
35381428 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 114 - 390
Target Start/End: Original strand, 35355138 - 35355414
Alignment:
| Q |
114 |
tttccataggtttcactcattacatcacactaaattcaggagaaattactcactttttatgccaatgtatgactacatttatggtacggtagataaatcc |
213 |
Q |
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| T |
35355138 |
tttccacaggtttcactcactgcatcacaccaaattcagggctaactactcacttttcatgccaatgtatgactacatttatggtacagtgcataaatcc |
35355237 |
T |
|
| Q |
214 |
acagatgttatatatgaaacctcattgataagaccaaaggagtcaccagatgtggtccacttaacacatttaacaacatttaattccatctatcaattac |
313 |
Q |
| |
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| T |
35355238 |
acagatgctacatatgaaacctcattgatgagaccaaaggagtcaccagatgtggtccacttaacacatttaactacacttgattcaatttatcaaatgc |
35355337 |
T |
|
| Q |
314 |
gtttaggctttgcttcattagcatccaaccctcaaacatctaaatggtacctacatttaatgtggccctttacaatg |
390 |
Q |
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|
|
| T |
35355338 |
gtttaggctttgcttccttagcttccaatcctcaaacatctaaatggtatctacacttaatgtggccatttacaatg |
35355414 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 106; Significance: 6e-53; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 121 - 390
Target Start/End: Original strand, 19685137 - 19685406
Alignment:
| Q |
121 |
aggtttcactcattacatcacactaaattcaggagaaattactcactttttatgccaatgtatgactacatttatggtacggtagataaatccacagatg |
220 |
Q |
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|
| T |
19685137 |
aggtttcactcgctgcatcacacaaaatttaggtcaaattactcactcttcatgcctatatatgaccacatttatggtactgtggatacatcctcagatg |
19685236 |
T |
|
| Q |
221 |
ttatatatgaaacctcattgataagaccaaaggagtcaccagatgtggtccacttaacacatttaacaacatttaattccatctatcaattacgtttagg |
320 |
Q |
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| T |
19685237 |
ctacatatgaagcttgttcgaagagacaagaggagtcaccagatgtggtgcacttaacacatttaacaacacttgattccatctttcaactacgtttagg |
19685336 |
T |
|
| Q |
321 |
ctttgcttcattagcatccaaccctcaaacatctaaatggtacctacatttaatgtggccctttacaatg |
390 |
Q |
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| T |
19685337 |
gcttgcttccttagcctccaaccctcaaacatcgaaatggtatctcaatttaatgtggccttttacaatg |
19685406 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 136 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 19629499 - 19629248
Alignment:
| Q |
136 |
catcacactaaattcaggagaaattactcactttttatgccaatgtatgactacatttatggtacggtagataaatccacagatgttatatatgaaacct |
235 |
Q |
| |
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|||||||| ||||| ||| |||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||| || ||||||| | | |
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| T |
19629499 |
catcacacaaaatttaggtcaaattactcactcttcatgcctatatatgactacatttatggtacagtggatgcatccacagatgctacatatgaatctt |
19629400 |
T |
|
| Q |
236 |
cattgataagaccaaaggagtcaccagatgtggtccacttaacacatttaacaacatttaattccatctatcaattacgtttaggctttgcttcattagc |
335 |
Q |
| |
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|||| |||| | |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| |||| |||| |||| ||||| |||||||| ||||| |
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| T |
19629399 |
gtttgaagagacaagaggaatcaccagatgtggtgcacttaacacatttaacaacacttgattctatctttcaactacgcttagggtttgcttccttagc |
19629300 |
T |
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| Q |
336 |
atccaaccctcaaacatctaaatggtacctacatttaatgtggccctttaca |
387 |
Q |
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| T |
19629299 |
ctccaaccctcaaacttctaaatggtatctcaatttaatgtggccttttaca |
19629248 |
T |
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