View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2990_low_8 (Length: 270)

Name: NF2990_low_8
Description: NF2990
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2990_low_8
NF2990_low_8
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (1-254)||(15040702-15040955)
chr1 (9-254)||(15032409-15032669)
chr1 (3-254)||(14532646-14532912)
chr1 (9-254)||(14522525-14522785)
chr1 (9-254)||(15036971-15037231)
chr1 (9-254)||(15002058-15002318)
chr1 (9-254)||(15010951-15011211)
chr1 (9-254)||(15017066-15017326)
chr1 (19-254)||(14481946-14482196)
chr1 (9-100)||(15025068-15025159)
chr1 (19-254)||(14467764-14468014)
chr1 (96-254)||(14504035-14504193)
chr1 (3-100)||(14503927-14504024)
[»] scaffold0400 (2 HSPs)
scaffold0400 (10-253)||(6443-6701)
scaffold0400 (7-254)||(12728-12990)
[»] scaffold0365 (2 HSPs)
scaffold0365 (10-253)||(7087-7345)
scaffold0365 (7-254)||(13371-13633)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (139-182)||(16102976-16103019)
chr7 (217-254)||(31215598-31215635)
chr7 (149-193)||(15665210-15665254)
[»] scaffold0289 (1 HSPs)
scaffold0289 (149-193)||(18078-18122)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Original strand, 15040702 - 15040955
Alignment:
Q  1 agttaaaagttattgagaatcttaatcttagtgggaattctttgaatggaaccataccaacaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatct 100  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15040702 agttaaaagttattgaaaatcttgatcttagtgggaattctttgaatggaaccataccaacaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatct 15040801  T
Q  101 ttcttgtaccattcccttgacctatggtgagatgtcaggcttgacaactgttgatatatcatacaaccaattgaagggtccaattccaaacatttcagcc 200  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  15040802 tttttgtaccattcccttgacctatggtgagatgtcaggcttgacaactgttgatatatcatgcaaccaattgaagggtccaattccaaaaatttcatcc 15040901  T
Q  201 ttcctaaaagccccatttgaagcattaagaaataacaaaggcttgtgtggtaat 254  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15040902 ttcctacaagccccatttgaagcattaagaaataacaaaggcttgtgtggtaat 15040955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 9 - 254
Target Start/End: Original strand, 15032409 - 15032669
Alignment:
Q  9 gttattgagaatcttaatcttagtgggaattctttgaatggaaccataccaacaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatctttc----- 103  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||         
T  15032409 gttattgaaaatcttgatcttagtgggaattttatgaatggaaccataccatcaatgcttgggcagttaaatcgcttagaaacattgaatctctcacata 15032508  T
Q  104 ----------ttgtaccattcccttgacctatggtgagatgtcaggcttgacaactgttgatatatcatacaaccaattgaagggtccaattccaaacat 193  Q
              | ||||||||||||  | || || ||| |||| | |||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  15032509 acaatctctctggtaccattccctcaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaaccagttggagggtccaattccaaacat 15032608  T
Q  194 ttcagccttcctaaaagccccatttgaagcattaagaaataacaaaggcttgtgtggtaat 254  Q
    | |||| |||  |||||| ||| |||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||    
T  15032609 tacagctttcaaaaaagctccaattgaagcattgacaaataacaaaggcttatgtggtaat 15032669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 3 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 14532912 - 14532646
Alignment:
Q  3 ttaaaagttattgagaatcttaatcttagtgggaattctttgaatggaaccataccaacaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatcttt 102  Q
    ||||| ||||||||  ||||| |||||||||  |||  | ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  14532912 ttaaaggttattgaagatcttgatcttagtgaaaatgttatgagtggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcacttacaaacattgaatcttt 14532813  T
Q  103 c---------------ttgtaccattcccttgacctatggtgagatgtcaggcttgacaactgttgatatatcatacaaccaattgaagggtccaattcc 187  Q
    |               | | |||||||| |||| ||| ||| |||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14532812 cacataataatctttctggaaccattcctttgagctacggtaagatgttaagcttgacaattgttgatatatcatacaaccaattggagggtccaattcc 14532713  T
Q  188 aaacatttcagccttcctaaaagccccatttgaagcattaagaaataacaaaggcttgtgtggtaat 254  Q
    || |||| ||||||||| |||||| ||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  14532712 aagcattacagccttccaaaaagctccaattgaagcacttagaaataacaaaggcttgtgtggtaat 14532646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 9 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 14522785 - 14522525
Alignment:
Q  9 gttattgagaatcttaatcttagtgggaattctttgaatggaaccataccaacaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatctttc----- 103  Q
    ||||||||  ||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||         
T  14522785 gttattgaagatcttgatcttagcgggaattttttgaatggaaccataccaacaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatctctcacata 14522686  T
Q  104 ----------ttgtaccattcccttgacctatggtgagatgtcaggcttgacaactgttgatatatcatacaaccaattgaagggtccaattccaaacat 193  Q
              | ||| ||||||||| | || |  ||| |||| | | |||||||||||||||||||| |||||||  ||| |||||||||||||||||||    
T  14522685 ataatctctatggtaacattcccttaagcttttttgatatgttaagtttgacaactgttgatatatcttacaaccggttggagggtccaattccaaacat 14522586  T
Q  194 ttcagccttcctaaaagccccatttgaagcattaagaaataacaaaggcttgtgtggtaat 254  Q
    | |||| |||| || ||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  14522585 tacagcattccaaagagctccagttgaagcatttagaaataacaaaggcttgtgcggtaat 14522525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 9 - 254
Target Start/End: Original strand, 15036971 - 15037231
Alignment:
Q  9 gttattgagaatcttaatcttagtgggaattctttgaatggaaccataccaacaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatctttc----- 103  Q
    |||||||| || ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||         
T  15036971 gttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaacattgaatctctcacata 15037070  T
Q  104 ----------ttgtaccattcccttgacctatggtgagatgtcaggcttgacaactgttgatatatcatacaaccaattgaagggtccaattccaaacat 193  Q
              | ||||||||||||| | || || ||| |||| | |||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||||    
T  15037071 acaatctctctggtaccattcccttaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaaccagttggagggtccgattccaaacat 15037170  T
Q  194 ttcagccttcctaaaagccccatttgaagcattaagaaataacaaaggcttgtgtggtaat 254  Q
    | |||| |||  || ||| ||| |||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||    
T  15037171 tacagctttcaaaagagctccaattgaagcattgacaaataacaaaggcttatgtggtaat 15037231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 9 - 254
Target Start/End: Original strand, 15002058 - 15002318
Alignment:
Q  9 gttattgagaatcttaatcttagtgggaattctttgaatggaaccataccaacaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattg------------- 95  Q
    |||||||| || ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||                 
T  15002058 gttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaacattgaatctctcacata 15002157  T
Q  96 --aatctttcttgtaccattcccttgacctatggtgagatgtcaggcttgacaactgttgatatatcatacaaccaattgaagggtccaattccaaacat 193  Q
      ||||| ||| ||||||||||||  | || || ||| |||| | |||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| | |||||||||    
T  15002158 acaatctctctggtaccattccctaaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaaccagttggagggtccgactccaaacat 15002257  T
Q  194 ttcagccttcctaaaagccccatttgaagcattaagaaataacaaaggcttgtgtggtaat 254  Q
    | |||| |||  || ||| ||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  15002258 tacagctttcgaaagagctccaattgaagcactgagaaataacaaaggcttgtgtggtaat 15002318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 9 - 254
Target Start/End: Original strand, 15010951 - 15011211
Alignment:
Q  9 gttattgagaatcttaatcttagtgggaattctttgaatggaaccataccaacaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattg------------- 95  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||                 
T  15010951 gttattgaaaatcttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaacattgaatctctcacata 15011050  T
Q  96 --aatctttcttgtaccattcccttgacctatggtgagatgtcaggcttgacaactgttgatatatcatacaaccaattgaagggtccaattccaaacat 193  Q
      ||||| ||| ||||||||||||  | || || ||| |||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||  |    
T  15011051 acaatctctctggtaccattccctcaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaaccaattggagggtccgattccaaatgt 15011150  T
Q  194 ttcagccttcctaaaagccccatttgaagcattaagaaataacaaaggcttgtgtggtaat 254  Q
    | |||| |||  || ||| ||| |||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||    
T  15011151 tacagctttcaaaagagctccaattgaagcattgacaaataacaaaggcttatgtggtaat 15011211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 9 - 254
Target Start/End: Original strand, 15017066 - 15017326
Alignment:
Q  9 gttattgagaatcttaatcttagtgggaattctttgaatggaaccataccaacaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattg------------- 95  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||                 
T  15017066 gttattgaaaatcttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaacattgaatctctcacata 15017165  T
Q  96 --aatctttcttgtaccattcccttgacctatggtgagatgtcaggcttgacaactgttgatatatcatacaaccaattgaagggtccaattccaaacat 193  Q
      ||||| ||| ||||||||||||  | || || ||| |||| | ||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| ||||||| | |||||||||    
T  15017166 acaatctctctggtaccattccctcaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatgtatcttacaaccagttggagggtccgactccaaacat 15017265  T
Q  194 ttcagccttcctaaaagccccatttgaagcattaagaaataacaaaggcttgtgtggtaat 254  Q
    | |||| |||  || ||| ||| |||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||    
T  15017266 tacagctttcggaagagctccaattgaagcattgacaaataacaagggcttgtgtggtaat 15017326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 19 - 254
Target Start/End: Original strand, 14481946 - 14482196
Alignment:
Q  19 atcttaatcttagtgggaattctttgaatggaaccataccaacaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatct---------------ttc 103  Q
    ||||| ||||||||| ||||| |||||| |||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||               |||    
T  14481946 atcttgatcttagtgagaattttttgaacggaaccattccagcaatgtttggacagttaaatcacttagaaacattgaatctctcacataataatctttc 14482045  T
Q  104 ttgtaccattcccttgacctatggtgagatgtcaggcttgacaactgttgatatatcatacaaccaattgaagggtccaattccaaacatttcagccttc 203  Q
    | ||||||||||||| |  |||||| |||||| | |||||| |||||| |||||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||    
T  14482046 tggtaccattcccttcagatatggttagatgttaagcttgataactgtagatatatcgtacaaccagttggagggtccgattccaagcattccagccttc 14482145  T
Q  204 ctaaaagccccatttgaagcattaagaaataacaaaggcttgtgtggtaat 254  Q
    |  ||| | ||| |||||||| | ||||| ||||||| |||||||||||||    
T  14482146 cagaaaactccaattgaagcactgagaaacaacaaagacttgtgtggtaat 14482196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 9 - 100
Target Start/End: Original strand, 15025068 - 15025159
Alignment:
Q  9 gttattgagaatcttaatcttagtgggaattctttgaatggaaccataccaacaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatct 100  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15025068 gttattgaaaatcttgatcttagtgggaattttatgaatggaaccataccatcaatgcttgggcagttaaatcgcttagaaacattgaatct 15025159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 19 - 254
Target Start/End: Original strand, 14467764 - 14468014
Alignment:
Q  19 atcttaatcttagtgggaattctttgaatggaaccataccaacaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatct---------------ttc 103  Q
    ||||| ||||||||| ||||| |||||| |||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||               |||    
T  14467764 atcttgatcttagtgagaattttttgaacggaaccattccagcaatgtttggacagttaaatcacttagaaacattgaatctctcacataataatctttc 14467863  T
Q  104 ttgtaccattcccttgacctatggtgagatgtcaggcttgacaactgttgatatatcatacaaccaattgaagggtccaattccaaacatttcagccttc 203  Q
    | ||||||||| ||| | ||  | ||| |||| | ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||    
T  14467864 tggtaccattctcttcagctcagttgatatgttaagcttgacaactgtagatatatcgtacaaccagttggagggtccgattccaagcattccagccttc 14467963  T
Q  204 ctaaaagccccatttgaagcattaagaaataacaaaggcttgtgtggtaat 254  Q
    | | | || ||| |||||||| | ||||| ||||||| |||||||||||||    
T  14467964 caacaggctccaattgaagcactgagaaacaacaaagacttgtgtggtaat 14468014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 96 - 254
Target Start/End: Original strand, 14504035 - 14504193
Alignment:
Q  96 aatctttcttgtaccattcccttgacctatggtgagatgtcaggcttgacaactgttgatatatcatacaaccaattgaagggtccaattccaaacattt 195  Q
    ||||| ||| |||| || ||||| | || |||||| |||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||     
T  14504035 aatctgtctggtacgatcccctttagctctggtgatatgttaagcttgacaattattgatatatcatacaaccaattggagggtccgattccaagcattc 14504134  T
Q  196 cagccttcctaaaagccccatttgaagcattaagaaataacaaaggcttgtgtggtaat 254  Q
    ||||||||| | |||| ||| |||||||| | ||||| ||||||| |||||||||||||    
T  14504135 cagccttccaacaagctccaattgaagcactgagaaacaacaaagacttgtgtggtaat 14504193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 3 - 100
Target Start/End: Original strand, 14503927 - 14504024
Alignment:
Q  3 ttaaaagttattgagaatcttaatcttagtgggaattctttgaatggaaccataccaacaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatct 100  Q
    ||||| ||||||||  ||||| |||| ||||| |||| | |||||||||| |||||  ||||| |||||  ||||||||  |||||||||||||||||    
T  14503927 ttaaatgttattgaagatcttgatctcagtggaaattttatgaatggaacgataccttcaatgtttggagtgttaaatcatttagaaacattgaatct 14504024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400 (Bit Score: 129; Significance: 8e-67; HSPs: 2)
Name: scaffold0400
Description:

Target: scaffold0400; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 10 - 253
Target Start/End: Original strand, 6443 - 6701
Alignment:
Q  10 ttattgagaatcttaatcttagtgggaattctttgaatggaaccataccaacaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatct--------- 100  Q
    ||||||| |||||| ||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||             
T  6443 ttattgaaaatcttgatcttagcgagaatgttttgaatggaaccataccaacaatgcttggagagttaaatcgcttagaaacattgaatctctcacataa 6542  T
Q  101 ------ttcttgtaccattcccttgacctatggtgagatgtcaggcttgacaactgttgatatatcatacaaccaattgaagggtccaattccaaacatt 194  Q
          |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||    
T  6543 taatttttctggtaccattcccttgacctatggtgagatgtcaagcttaacaactattgatatatcatacaaccaatttgaaggtccaattccaaacatt 6642  T
Q  195 tcagccttcctaaaagccccatttgaagcattaagaaataacaaaggcttgtgtggtaa 253  Q
     ||||||||  ||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6643 ccagccttcaaaaatgctccaattgaagcattaagaaataacaaaggcttgtgtggtaa 6701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 7 - 254
Target Start/End: Original strand, 12728 - 12990
Alignment:
Q  7 aagttattgagaatcttaatcttagtgggaattctttgaatggaaccataccaacaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatctttc--- 103  Q
    ||||||||||  ||||| | |||||||| |||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||       
T  12728 aagttattgaagatcttgaccttagtggaaattttttgaacggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcacatacaaacattgaatctttcaca 12827  T
Q  104 ------------ttgtaccattcccttgacctatggtgagatgtcaggcttgacaactgttgatatatcatacaaccaattgaagggtccaattccaaac 191  Q
                | | |||||||| |||| ||| ||| |||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||    
T  12828 taataatctttctggaaccattcctttgagctacggtaagatgttaagcttgacaattgttgatatatcatacaaccaattggagggtccgattcctaac 12927  T
Q  192 atttcagccttcctaaaagccccatttgaagcattaagaaataacaaaggcttgtgtggtaat 254  Q
    ||| |||||||||||||||| ||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  12928 attccagccttcctaaaagctccaattgaagcactgagaaataacaaaggcttgtgtggtaat 12990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365 (Bit Score: 129; Significance: 8e-67; HSPs: 2)
Name: scaffold0365
Description:

Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 10 - 253
Target Start/End: Original strand, 7087 - 7345
Alignment:
Q  10 ttattgagaatcttaatcttagtgggaattctttgaatggaaccataccaacaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatct--------- 100  Q
    ||||||| |||||| ||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||             
T  7087 ttattgaaaatcttgatcttagcgagaatgttttgaatggaaccataccaacaatgcttggagagttaaatcgcttagaaacattgaatctctcacataa 7186  T
Q  101 ------ttcttgtaccattcccttgacctatggtgagatgtcaggcttgacaactgttgatatatcatacaaccaattgaagggtccaattccaaacatt 194  Q
          |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||    
T  7187 taatttttctggtaccattcccttgacctatggtgagatgtcaagcttaacaactattgatatatcatacaaccaatttgaaggtccaattccaaacatt 7286  T
Q  195 tcagccttcctaaaagccccatttgaagcattaagaaataacaaaggcttgtgtggtaa 253  Q
     ||||||||  ||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7287 ccagccttcaaaaatgctccaattgaagcattaagaaataacaaaggcttgtgtggtaa 7345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 7 - 254
Target Start/End: Original strand, 13371 - 13633
Alignment:
Q  7 aagttattgagaatcttaatcttagtgggaattctttgaatggaaccataccaacaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatctttc--- 103  Q
    ||||||||||  ||||| | |||||||| |||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||       
T  13371 aagttattgaagatcttgaccttagtggaaattttttgaacggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcacatacaaacattgaatctttcaca 13470  T
Q  104 ------------ttgtaccattcccttgacctatggtgagatgtcaggcttgacaactgttgatatatcatacaaccaattgaagggtccaattccaaac 191  Q
                | | |||||||| |||| ||| ||| |||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||    
T  13471 taataatctttctggaaccattcctttgagctacggtaagatgttaagcttgacaattgttgatatatcatacaaccaattggagggtccgattcctaac 13570  T
Q  192 atttcagccttcctaaaagccccatttgaagcattaagaaataacaaaggcttgtgtggtaat 254  Q
    ||| |||||||||||||||| ||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  13571 attccagccttcctaaaagctccaattgaagcactgagaaataacaaaggcttgtgtggtaat 13633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000006; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 139 - 182
Target Start/End: Original strand, 16102976 - 16103019
Alignment:
Q  139 gcttgacaactgttgatatatcatacaaccaattgaagggtcca 182  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  16102976 gcttgacatctgttgatatatcatataaccaattggagggtcca 16103019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 217 - 254
Target Start/End: Original strand, 31215598 - 31215635
Alignment:
Q  217 ttgaagcattaagaaataacaaaggcttgtgtggtaat 254  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  31215598 ttgaatcattaaaaaataacaaaggcttgtgtggtaat 31215635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 149 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 15665254 - 15665210
Alignment:
Q  149 tgttgatatatcatacaaccaattgaagggtccaattccaaacat 193  Q
    ||||||||||||||| ||||||||  |||||||| ||||||||||    
T  15665254 tgttgatatatcatataaccaattcgagggtccacttccaaacat 15665210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0289 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0289
Description:

Target: scaffold0289; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 149 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 18122 - 18078
Alignment:
Q  149 tgttgatatatcatacaaccaattgaagggtccaattccaaacat 193  Q
    ||||||||||||||| ||||||||  |||||||| ||||||||||    
T  18122 tgttgatatatcatataaccaattcgagggtccacttccaaacat 18078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University