View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2991_low_1 (Length: 820)

Name: NF2991_low_1
Description: NF2991
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2991_low_1
NF2991_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (10-803)||(42183841-42184634)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 701; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 701; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 803
Target Start/End: Original strand, 42183841 - 42184634
Alignment:
Q  10 catcatcaaatcaaaaaggctcgttgtgattctaaccctttttctgtgcctgattttactatggctgctcctaatccaactacaagaaaatatggatctt 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42183841 catcatcaaatcaaaaaggctcgttgtgattctaaccctttttctgtgcctgattttactgtggctgttcctaatccaactacaagaaaatatggatctt 42183940  T
Q  110 catcacattttcttgcttctactccccttcatccttatctccaatcttcccttgctttgcataatagcagctttgagggttcaaataagcaaccaaggtg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42183941 catcacattttcttgcttctactccccttcatccttatctccaatcttccctttctttgcataatagcagctttgagggttcaaataagcaaccaaggtg 42184040  T
Q  210 agtttatatctgtcttttgctatatctgtttagaatcacatgttttgattcatatcatatgagtttcatgaaatcaggttgccaatgtgattttgttgaa 309  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42184041 agtttatatctgtattttgctatatctgtttagaatcacatgttttgattcatatcatatgagtttcatgaaatcaggttgccaatgtgattttgttgaa 42184140  T
Q  310 ggcttaagcttcaaagtatagcttttgctaaaatctgtggttcttctaaatttatcatgaatccaaacatgtactatgcctatgttttgttttgtacttt 409  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42184141 ggcttaagcttctaagtatagcttttgctaaaatctgtgattcttctaaatttatcatgaatccaaacatgtactatgcctatgttttgttttgtacttt 42184240  T
Q  410 tgatttagtttatctgattttcccttattcactttcatgttttgttgtgatttggtctaaagactctaaactctaaaacaaaaacaaaatcaacataata 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42184241 tgatttagtttatctgattttcccttattcactttcatgttttgttgtgatttggtctaaagactctaaactctaaaacaaaaacaaaatcaacataata 42184340  T
Q  510 aagcttga----nnnnnnnnncctctatgaaattcactcttcagagataaatgttttgttttatgttgttaataatatggactttttctagtttgttatt 605  Q
    ||||||||             ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42184341 aagcttgattttttttttcttcctctattaaattcactcttcagagataaatgctttgttttatgttgttaataatatggactttttctagtttgttatt 42184440  T
Q  606 gatttggtgaattgaatgaatgaaaaggggcttggagtggatgctgaatggagatccaatttcccttggtgcttctaattcaagatggaaccctctgatg 705  Q
    ||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  42184441 gatttggtgaat----tgaatgaaaaggggcttggagtggatgctgaatggagatccaatttcccttggtgcttctaattcaggatggaaccctctgatg 42184536  T
Q  706 cataacaacaaacttggaatgaccaatgaaagttcttatcataataacactgaatctcagtatctgaattcatttccactatataacagttctgaact 803  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42184537 cataacaacaaacttggaatgaccaatgaaagttcttatcataataacactgaatctcagtatctgaattcatttccactatataacagttctgaact 42184634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University