View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2993_high_4 (Length: 679)

Name: NF2993_high_4
Description: NF2993
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2993_high_4
NF2993_high_4
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (12-679)||(15040044-15040711)
chr1 (132-657)||(14522806-14523328)
chr1 (145-662)||(15024538-15025052)
chr1 (145-662)||(15031879-15032393)
chr1 (12-655)||(14503270-14503910)
chr1 (51-657)||(14467130-14467733)
chr1 (129-667)||(15016520-15017055)
chr1 (50-667)||(15001433-15002047)
chr1 (53-662)||(14532922-14533528)
chr1 (129-667)||(15010405-15010940)
chr1 (145-667)||(15036441-15036960)
chr1 (580-657)||(14481838-14481915)
[»] scaffold0400 (2 HSPs)
scaffold0400 (52-670)||(5819-6434)
scaffold0400 (44-655)||(12099-12707)
[»] scaffold0365 (2 HSPs)
scaffold0365 (52-670)||(6463-7078)
scaffold0365 (44-655)||(12742-13350)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (190-237)||(17847997-17848044)
chr7 (123-223)||(14605297-14605397)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 620; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 620; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 679
Target Start/End: Original strand, 15040044 - 15040711
Alignment:
Q  12 atgaataggcttaacaaattgaagattctgcagttaggtgataataatttcataggtcatttacctcacaatatatgtaatagtggaaagttaactgtgt 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15040044 atgaataggcttaacaaattgaagattctgcagtttggtgataataatttcataggtcatttacctcccaatatatgtagtagtggaaagttaactgtgt 15040143  T
Q  112 tctcggctagaaataatcagttcacaggtccaattccaaagagtttgaagaattgttcaagtctaaagagagtgagaattgaacaaaaccaacttgctgg 211  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15040144 tctcggctagaaatactcagttcacaggtccaattccaaagagtttgaagaattgttcaagtctaaagagagtgagacttgaacaaaaccaacttgctgg 15040243  T
Q  212 aaatataacagatagctttggtgtgtgtccaaacttgtactgcatggaattgagtggtaataaaatttttggccatatttcacctaattggggaagacac 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  15040244 aaatataacagatagctttggtgtgtgtccaaacttgtactacatggaattgagtggtaataaatattttggccatatttcacctaattggggaaaacgc 15040343  T
Q  312 aagaatctcataagccttaaaatctccaacaataatttaacagggagtataccactagaattggttggggcaaccaatttacatttacttgatttgtcct 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15040344 aagaatctcataagccttaaaatctccaacaataatttaacagggagtataccactagaattggttggggcaaccaatttacatttacttgatttgtcct 15040443  T
Q  412 cgaatcaactaacaggagaaattccaaaggagctaggcaacttatcttcattgatccaacaactctcgataagtagcaattacttttcaggggaagttcc 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15040444 cgaatcaactaacaggagaaattccaatggagctaggcaacttatcttcattgatccaacaactctcgataagtagcaattacttttcaggggaagttcc 15040543  T
Q  512 tgtacaaattgcctcattgaaggaggttgctatcttggagctggcaacaaataatttaagtggcttcgtcccaaaacaacttggaagattatctatgtta 611  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15040544 tgtacaaattgcctcattgaaggaagttgctatcttggagctggcaacaaataatttaagtggcttcgtcccaaaacaacttggaagattatctatgtta 15040643  T
Q  612 ttacacttaaatatgagccaaaataagtttgaaggaaacattcctgatgagattggacagttaaaagt 679  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15040644 ttacacttaaatatgagccaaaataagtttgaaggaaacattcctgatgagattggacagttaaaagt 15040711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 132 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 14523328 - 14522806
Alignment:
Q  132 ttcacaggtccaattccaaagagtttgaagaattgttcaagtctaaagagagtgagaattgaacaaaaccaacttgctggaaatataacagatagctttg 231  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| || || |  ||| ||||| || | |||||| || |  | ||||||||||||||||| ||||    
T  14523328 ttcactggtccaattccagagagtttgaagaactgttctagccttataagattgagacttaaccaaaacaaaatgacaggaaatataacagatagttttg 14523229  T
Q  232 gtgtgtgtccaaacttgtactgcatggaattgagtggtaataaaatttttggccatatttcacctaattggggaagacacaagaatctcataagccttaa 331  Q
    |||||| |||||| ||| ||| ||| ||||| |||| ||||||  ||| |||  || |||| || |||||||| |    ||||||||| | |||||||||    
T  14523228 gtgtgtatccaaatttggactacatagaattaagtgataataatttttatggttatctttctccaaattgggggaagtgcaagaatctgacaagccttaa 14523129  T
Q  332 aatctccaacaataatttaacagggagtataccactagaattggttggggcaaccaatttacatttacttgatttgtcctcgaatcaactaacaggagaa 431  Q
    ||||||||| |||||||||| ||| || ||||||| |||||||| ||  ||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| | |||| ||    
T  14523128 aatctccaataataatttaataggaagcataccaccagaattggctgaagcaaccaatttacatatacttgacttgtcctcaaatcaacttataggaaaa 14523029  T
Q  432 attccaaaggagctaggcaacttatcttcattgatccaacaactctcgataagtagcaattacttttcaggggaagttcctgtacaaattgcctcattga 531  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||| || |||||   ||||||||||||||||  ||| |  |||| || ||||||||| | || ||||| ||||||     
T  14523028 attccaaaggatctaggaaacttatctgcactgatc---caactctcgataagtaataatcatctttcgggagaagttcctatgcagattgcatcattgc 14522932  T
Q  532 aggaggttgctatcttggagctggcaacaaataatttaagtggcttcgtcccaaaacaacttggaagattatctatgttattacacttaaatatgagcca 631  Q
    | ||  |  |||  ||||| || |||||||||||||||||||| ||  ||||  || |||||||||| || |||| |||||| || || ||| |||||||    
T  14522931 atgaactaactacattggatcttgcaacaaataatttaagtggttttatccctgaaaaacttggaaggttgtctaggttattgcagttgaatttgagcca 14522832  T
Q  632 aaataagtttgaaggaaacattcctg 657  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  14522831 aaataagtttgaaggaaacattcctg 14522806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 145 - 662
Target Start/End: Original strand, 15024538 - 15025052
Alignment:
Q  145 ttccaaagagtttgaagaattgttcaagtctaaagagagtgagaattgaacaaaaccaacttgctggaaatataacagatagctttggtgtgtgtccaaa 244  Q
    ||||| |||||||||||||||| | ||| || || ||||||||  |||| |||||||||||  |||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||    
T  15024538 ttccagagagtttgaagaattgcttaagccttaaaagagtgaggcttgatcaaaaccaactgactggaaatataacaaatagttttggtgtgtatccaaa 15024637  T
Q  245 cttgtactgcatggaattgagtggtaataaaatttttggccatatttcacctaattggggaagacacaagaatctcataagccttaaaatctccaacaat 344  Q
    |||||||| |||||| |||| || ||||||  ||| ||| ||| |||| || ||||||||||    ||||||||||| |||||||||||||||    |||    
T  15024638 cttgtactacatggacttgaatgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctctggtaat 15024737  T
Q  345 aatttaacagggagtataccactagaattggttggggcaaccaatttacatttacttgatttgtcctcgaatcaactaacaggagaaattccaaaggagc 444  Q
    ||||||||||| || ||||||| |||  | |   | ||||| ||||||||    ||| | ||||| || || || ||||| ||| |||||||||||||||    
T  15024738 aatttaacaggaagaataccaccagagctaggcagcgcaacaaatttacaggagcttaacttgtcttcaaaccatctaacgggaaaaattccaaaggagc 15024837  T
Q  445 taggcaacttatcttcattgatccaacaactctcgataagtagcaattacttttcaggggaagttcctgtacaaattgcctcattgaaggaggttgctat 544  Q
    |||  ||||||||||  ||||||    |||||||| |||||| |||| || |||| || |||||||||||||||||||| |||||| | ||| |  ||      
T  15024838 tagaaaacttatctttgttgatc---aaactctcgttaagtaacaatcacctttctggagaagttcctgtacaaattgcatcattgcacgagctaactgc 15024934  T
Q  545 cttggagctggcaacaaataatttaagtggcttcgtcccaaaacaacttggaagattatctatgttattacacttaaatatgagccaaaataagtttgaa 644  Q
     |||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |||  |||||| || ||||||| |||||| || |||||| |||||||||||||||||||     
T  15024935 attggagcttgcaacaaataatttgagtggcttcatccctaaaagacttggtaggttatctaggttattgcagttaaatttgagccaaaataagtttgag 15025034  T
Q  645 ggaaacattcctgatgag 662  Q
    || |||||||||| ||||    
T  15025035 gggaacattcctgctgag 15025052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 145 - 662
Target Start/End: Original strand, 15031879 - 15032393
Alignment:
Q  145 ttccaaagagtttgaagaattgttcaagtctaaagagagtgagaattgaacaaaaccaacttgctggaaatataacagatagctttggtgtgtgtccaaa 244  Q
    ||||| |||||||||||||||| | ||| || || ||||||||  |||| |||||||||||  |||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||    
T  15031879 ttccagagagtttgaagaattgcttaagccttaaaagagtgaggcttgatcaaaaccaactgactggaaatataacaaatagttttggtgtgtatccaaa 15031978  T
Q  245 cttgtactgcatggaattgagtggtaataaaatttttggccatatttcacctaattggggaagacacaagaatctcataagccttaaaatctccaacaat 344  Q
    |||||||| |||||| |||| || ||||||  ||| ||| ||| |||| || ||||||||||    ||||||||||| |||||||||||||||    |||    
T  15031979 cttgtactacatggacttgaatgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctctggtaat 15032078  T
Q  345 aatttaacagggagtataccactagaattggttggggcaaccaatttacatttacttgatttgtcctcgaatcaactaacaggagaaattccaaaggagc 444  Q
    ||||||||||| || ||||||| |||  | |   | ||||| ||||||||    ||| | ||||| || || || ||||| ||| |||||||||||||||    
T  15032079 aatttaacaggaagaataccaccagagctaggcagcgcaacaaatttacaggagcttaacttgtcttcaaaccatctaacgggaaaaattccaaaggagc 15032178  T
Q  445 taggcaacttatcttcattgatccaacaactctcgataagtagcaattacttttcaggggaagttcctgtacaaattgcctcattgaaggaggttgctat 544  Q
    |||  ||||||||||  ||||||    |||||||| |||||| |||| || |||| || |||||||||||||||||||| |||||| | ||| |  ||      
T  15032179 tagaaaacttatctttgttgatc---aaactctcgttaagtaacaatcacctttctggagaagttcctgtacaaattgcatcattgcacgagctaactgc 15032275  T
Q  545 cttggagctggcaacaaataatttaagtggcttcgtcccaaaacaacttggaagattatctatgttattacacttaaatatgagccaaaataagtttgaa 644  Q
     |||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |||  |||||| || ||||||| |||||| || |||||| |||||||||||||||||||     
T  15032276 attggagcttgcaacaaataatttgagtggcttcatccctaaaagacttggtaggttatctaggttattgcagttaaatttgagccaaaataagtttgag 15032375  T
Q  645 ggaaacattcctgatgag 662  Q
    || |||||||||| ||||    
T  15032376 gggaacattcctgctgag 15032393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 12 - 655
Target Start/End: Original strand, 14503270 - 14503910
Alignment:
Q  12 atgaataggcttaacaaattgaagattctgcagttaggtgataataatttcataggtcatttacctcacaatatatgtaatagtggaaagttaactgtgt 111  Q
    ||||||||| | | ||| ||||| ||| |||| |||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||  | |||||| ||| ||    |    
T  14503270 atgaataggataaccaatttgaaaattttgcaattatctgataataatttcataggccatttacctcacaacatttgtgttggtggaatgttgacaaatt 14503369  T
Q  112 tctcggctagaaataatcagttcacaggtccaattccaaagagtttgaagaattgttcaagtctaaagagagtgagaattgaacaaaaccaacttgctgg 211  Q
    || | ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || || |  ||||| ||  || || |||| ||| |  ||||    
T  14503370 tcactgctagtaataaccaattcacagggccaattccaaagagtttaaagaattgctccagccttattagagttaggcttcaaaaaaatcaattaactgg 14503469  T
Q  212 aaatataacagatagctttggtgtgtgtccaaacttgtactgcatggaattgagtggtaataaaatttttggccatatttcacctaattggggaagacac 311  Q
    ||||||||||||| | |||||||| | |||| | ||| ||| ||||||||||||||  |||||  | | ||||||| | ||||| ||||||||||    |    
T  14503470 aaatataacagatggttttggtgtttatccacatttggactacatggaattgagtgaaaataatttgtatggccatctatcaccaaattggggaaagtgc 14503569  T
Q  312 aagaatctcataagccttaaaatctccaacaataatttaacagggagtataccactagaattggttggggcaaccaatttacatttacttgatttgtcct 411  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||| | |||||||| |||||||| || | |||  |||||||||  |||| | ||||| |    
T  14503570 aagagtctcacaagccttaaaatctccaataacaatttaacaggaaatataccacaagaattggctgagacaattaatttacatgaacttaacttgtcat 14503669  T
Q  412 cgaatcaactaacaggagaaattccaaaggagctaggcaacttatcttcattgatccaacaactctcgataagtagcaattacttttcaggggaagttcc 511  Q
    | || || || || ||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||  ||||||    ||||||||||||||| |||| |  |||| || || |||||    
T  14503670 caaaccatcttactggaaaaattccaaaggatctaggaaacttgtctttgttgatc---aaactctcgataagtaacaatcatctttctggagaggttcc 14503766  T
Q  512 tgtacaaattgcctcattgaaggaggttgctatcttggagctggcaacaaataatttaagtggcttcgtcccaaaacaacttggaagattatctatgtta 611  Q
    | |||||||||| |||||| | |   |  ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| | |  ||||||||| || |||  ||||    
T  14503767 tatacaaattgcatcattgcaagcactaactaccttggagcttgcaacaaataatttaagtggcttcatccctagaagacttggaaggttgtctgagtta 14503866  T
Q  612 ttacacttaaatatgagccaaaataagtttgaaggaaacattcc 655  Q
     |||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14503867 atacatttgaatttgagccaaaataagtttgaaggaaacattcc 14503910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 51 - 657
Target Start/End: Original strand, 14467130 - 14467733
Alignment:
Q  51 gataataatttcataggtcatttacctcacaatatatgtaatagtggaaagttaactgtgttctcggctagaaataatcagttcacaggtccaattccaa 150  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  | ||||||||||||||  |||||| || || ||||| || |||||||| ||||||||||    
T  14467130 gataataatttcacaggtcatttacctcacaacatatgtgctggtggaaagttaacttggttctccgccagcaataaccaattcacaggcccaattccaa 14467229  T
Q  151 agagtttgaagaattgttcaagtctaaagagagtgagaattgaacaaaaccaacttgctggaaatataacagatagctttggtgtgtgtccaaacttgta 250  Q
    ||||||||||||| || || || ||  | ||||| ||  || ||||||| |||||  |||  |||||||| |||  |||||| |||  |||||| ||| |    
T  14467230 agagtttgaagaactgctctagcctttatagagtaaggcttcaacaaaatcaactaactgacaatataactgatgcctttggcgtgcatccaaaattgga 14467329  T
Q  251 ctgcatggaattgagtggtaataaaatttttggccatatttcacctaattggggaagacacaagaatctcataagccttaaaatctccaacaataattta 350  Q
    || |||||||||||||| ||||||  | | ||||||| | ||||| |||||||||| |  || |||||||| | |||||||||||| ||| || ||||||    
T  14467330 ctacatggaattgagtgataataatttgtatggccatctatcaccgaattggggaaaatgcatgaatctcacatgccttaaaatcttcaataacaattta 14467429  T
Q  351 acagggagtataccactagaattggttggggcaaccaatttacatttacttgatttgtcctcgaatcaactaacaggagaaattccaaaggagctaggca 450  Q
    ||||| || ||||| | |||| | |   | ||||| |||||||||  |||  |  |||| || || || || || ||| ||||||||||||||||||  |    
T  14467430 acaggaagcataccgccagaactaggccgagcaacaaatttacatgaactaaacctgtcttcaaaccatcttacgggaaaaattccaaaggagctagaaa 14467529  T
Q  451 acttatcttcattgatccaacaactctcgataagtagcaattacttttcaggggaagttcctgtacaaattgcctcattgaaggaggttgctatcttgga 550  Q
     ||||||||  ||||||   ||||||||| |||||| |||| |  ||||||| |||||||||| |||| |||| |||||| |  |  | | || ||||||    
T  14467530 gcttatctttgttgatc---caactctcggtaagtaacaatcatctttcaggagaagttcctgcacaagttgcatcattgcaaaaactagataccttgga 14467626  T
Q  551 gctggcaacaaataatttaagtggcttcgtcccaaaacaacttggaagattatctatgttattacacttaaatatgagccaaaataagtttgaaggaaac 650  Q
    |||  ||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| ||| | ||| |||||| |||||||||||||    
T  14467627 gctttcaacaaataatttaagtggttcaatcccaaaacaacttggaagtttgtcaatgttattacacttgaatttaagcaaaaatatgtttgaaggaaac 14467726  T
Q  651 attcctg 657  Q
    |||||||    
T  14467727 attcctg 14467733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 129 - 667
Target Start/End: Original strand, 15016520 - 15017055
Alignment:
Q  129 cagttcacaggtccaattccaaagagtttgaagaattgttcaagtctaaagagagtgagaattgaacaaaaccaacttgctggaaatataacagatagct 228  Q
    ||||||||||| | | ||||| |||||||||||||||| ||||| || |||||| ||||  ||||||||||||||||  |||||||||||||| |||| |    
T  15016520 cagttcacaggcctagttccagagagtttgaagaattgctcaagccttaagagactgaggcttgaacaaaaccaactgactggaaatataacaaatagtt 15016619  T
Q  229 ttggtgtgtgtccaaacttgtactgcatggaattgagtggtaataaaatttttggccatatttcacctaattggggaagacacaagaatctcataagcct 328  Q
    ||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||  | | ||| || ||||| || ||||||||||    ||||||||||| ||||||    
T  15016620 ttggtgtgtatccaaacttggactacatggaattgagtgataataatttgtatggtcaaatttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagcct 15016719  T
Q  329 taaaatctccaacaataatttaacagggagtataccactagaattggttggggcaaccaatttacatttacttgatttgtcctcgaatcaactaacagga 428  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||| |||| | |   | ||||| |||||||||  |||| | ||||| || || || || || ||     
T  15016720 taaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttacgggg 15016819  T
Q  429 gaaattccaaaggagctaggcaacttatcttcattgatccaacaactctcgataagtagcaattacttttcaggggaagttcctgtacaaattgcctcat 528  Q
     ||||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||    |||||||| |||||| |||| |  |||| || |||||||||| ||||||||  ||||    
T  15016820 aaaattccaaaggagctagaaaacttatctttgttgatc---aaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagttcctgaacaaattgaatcat 15016916  T
Q  529 tgaaggaggttgctatcttggagctggcaacaaataatttaagtggcttcgtcccaaaacaacttggaagattatctatgttattacacttaaatatgag 628  Q
    || | ||  |  ||   |||||||| ||| |||||||||| ||||||||| ||||  || ||||||| |  || |||| ||||||  | |||||| ||||    
T  15016917 tgcacgaattaactgcattggagcttgcagcaaataatttcagtggcttcatccctgaaaaacttggtatgttgtctaggttattgaagttaaatttgag 15017016  T
Q  629 ccaaaataagtttgaaggaaacattcctgatgagattgg 667  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||| |||| ||||    
T  15017017 ccaaaataagtttgaggggaacattcctgttgagtttgg 15017055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 50 - 667
Target Start/End: Original strand, 15001433 - 15002047
Alignment:
Q  50 tgataataatttcataggtcatttacctcacaatatatgtaatagtggaaagttaactgtgttctcggctagaaataatcagttcacaggtccaattcca 149  Q
    ||||||||||||  | |||||||||||||||||||| |||||  |||| |||||||   ||||| | | |  |  ||| ||||||||||| | | |||||    
T  15001433 tgataataattttgttggtcatttacctcacaatatttgtaacggtgggaagttaaaaatgttcactgttgcacttaaccagttcacaggcctagttcca 15001532  T
Q  150 aagagtttgaagaattgttcaagtctaaagagagtgagaattgaacaaaaccaacttgctggaaatataacagatagctttggtgtgtgtccaaacttgt 249  Q
     |||||||||||||||| ||||| || | |||||||||| || |||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||     
T  15001533 gagagtttgaagaattgctcaagccttacgagagtgagacttcaacaaaaccaactgactggaaatataacagacagctttggtgtgtatccaaatttgg 15001632  T
Q  250 actgcatggaattgagtggtaataaaatttttggccatatttcacctaattggggaagacacaagaatctcataagccttaaaatctccaacaataattt 349  Q
    | | |||||| ||||||| ||||||  ||| ||| ||| |||| || ||||||||||    ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  15001633 aatacatggatttgagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagcctaaaaatctccaacaataattt 15001732  T
Q  350 aacagggagtataccactagaattggttggggcaaccaatttacatttacttgatttgtcctcgaatcaactaacaggagaaattccaaaggagctaggc 449  Q
     ||||| || ||||||| |||| | |   | ||||| ||||||||    ||| | ||||| || || || ||||   || |||||||||||||| |||      
T  15001733 gacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacaggagcttaacttgtcttcaaaccatctaatgcgaaaaattccaaaggagttagaa 15001832  T
Q  450 aacttatcttcattgatccaacaactctcgataagtagcaattacttttcaggggaagttcctgtacaaattgcctcattgaaggaggttgctatcttgg 549  Q
    ||||||||||  ||||||    |||||||| |||||| |||| |  |||  || |||||||| ||||||||||| |||||| |  |  |  ||   ||||    
T  15001833 aacttatctttgttgatc---aaactctcgttaagtaacaatcatctttatggagaagttccagtacaaattgcatcattgcatcaactaactgcattgg 15001929  T
Q  550 agctggcaacaaataatttaagtggcttcgtcccaaaacaacttggaagattatctatgttattacacttaaatatgagccaaaataagtttgaaggaaa 649  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| ||| ||||  || ||||||| |  || ||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| || ||    
T  15001930 agcttgcaacaaataatttgagtggattcatccctgaaaaacttggtatgttgtctatgttattgcagttaaatttgagccaaaataagtttgaggggaa 15002029  T
Q  650 cattcctgatgagattgg 667  Q
    |||||||| |||| ||||    
T  15002030 cattcctgttgagtttgg 15002047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 53 - 662
Target Start/End: Complemental strand, 14533528 - 14532922
Alignment:
Q  53 taataatttcataggtcatttacctcacaatatatgtaatagtggaaagttaactgtgttctcggctagaaataatcagttcacaggtccaattccaaag 152  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||| || |||  | || |||||||||||  |||||| || || ||||| || |||||||| ||||||||||||    
T  14533528 taataatttcacaggtcatttacctctcaacatttgtgctggtagaaagttaactaagttctccgccagcaataaccaattcacaggcccaattccaaag 14533429  T
Q  153 agtttgaagaattgttcaagtctaaagagagtgagaattgaacaaaaccaacttgctggaaatataacagatagctttggtgtgtgtccaaacttgtact 252  Q
    ||||||||||| || || ||||| |  ||||| ||| || ||||||| ||| |  |||  |||||||| |||  |||||| |||| |||||| ||| |||    
T  14533428 agtttgaagaagtgctccagtcttatcagagtaagacttcaacaaaatcaaataactgacaatataactgatgcctttggcgtgtatccaaatttggact 14533329  T
Q  253 gcatggaattgagtggtaataaaatttttggccatatttcacctaattggggaagacacaagaatctcataagccttaaaatctccaacaataatttaac 352  Q
     |||||||||||||| ||||||  ||| ||||||||| ||||| |||||||| |    |||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  14533328 acatggaattgagtgataataatttttatggccatatatcaccaaattggggtaagtgcaagaaactcacaagtcttcaaatctccaacaataatttaac 14533229  T
Q  353 agggagtataccactagaattggttggggcaaccaatttacatttacttgatttgtcctcgaatcaactaacaggagaaattccaaaggagctaggcaac 452  Q
     || || ||||| | |||| | | ||| |||||  | |||||   |||| || |||| || || || || || ||| |||||||| |||||||||| |||    
T  14533228 tggaagcatacctcaagaactaggtggagcaacacaattacaagaacttaatctgtcttcaaaccatcttactggaaaaattccagaggagctaggaaac 14533129  T
Q  453 ttatcttcattgatccaacaactctcgataagtagcaattacttttcaggggaagttcctgtacaaattgcctcattgaaggaggttgctatcttggagc 552  Q
    |||||||  || |||    |||||||||||| || |||| |  |||  || |||||||||||||||||||| ||| || |||   |  ||  ||||||||    
T  14533128 ttatctttgttaatc---aaactctcgataaataacaataatcttttgggagaagttcctgtacaaattgcatcactgcaggcactaactgccttggagc 14533032  T
Q  553 tggcaacaaataatttaagtggcttcgtcccaaaacaacttggaagattatctatgttattacacttaaatatgagccaaaataagtttgaaggaaacat 652  Q
    | | || ||||||||||||||||||| |||| | |  ||||||||| || |||  |||| |||| || ||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  14533031 ttgaaaaaaataatttaagtggcttcatccctagaagacttggaaggttgtctgagttaatacatttgaatttgagccaaaataagttcgaaggaaacat 14532932  T
Q  653 tcctgatgag 662  Q
    ||||| ||||    
T  14532931 tcctgttgag 14532922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 129 - 667
Target Start/End: Original strand, 15010405 - 15010940
Alignment:
Q  129 cagttcacaggtccaattccaaagagtttgaagaattgttcaagtctaaagagagtgagaattgaacaaaaccaacttgctggaaatataacagatagct 228  Q
    ||||||||||| | | ||||| |||||||||||||||| ||||| || | |||| ||||  |||| |||||||||||| |||||||||||||||| || |    
T  15010405 cagttcacaggcctagttccagagagtttgaagaattgctcaagccttacgagactgaggcttgatcaaaaccaacttactggaaatataacagagagtt 15010504  T
Q  229 ttggtgtgtgtccaaacttgtactgcatggaattgagtggtaataaaatttttggccatatttcacctaattggggaagacacaagaatctcataagcct 328  Q
    ||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||  ||| ||| ||| |||| || ||||||||||    ||||| ||||| ||||||    
T  15010505 ttggtgtgtatccaaacttggactacatggaattgagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagattctcacaagcct 15010604  T
Q  329 taaaatctccaacaataatttaacagggagtataccactagaattggttggggcaaccaatttacatttacttgatttgtcctcgaatcaactaacagga 428  Q
     ||||||||    |||||||||||||| || ||||||| |||| | |   | ||||| ||||||||    ||| | ||||| || || || ||||  |||    
T  15010605 aaaaatctctggtaataatttaacaggaagaataccaccagaactaggaagtgcaacaaatttacaggagcttaacttgtcttcaaaccatctaatggga 15010704  T
Q  429 gaaattccaaaggagctaggcaacttatcttcattgatccaacaactctcgataagtagcaattacttttcaggggaagttcctgtacaaattgcctcat 528  Q
     |||||||||||||| |||   |||||||||  ||| ||    |||||||  |||||| |||| |  |||| || |||||||||||||||||||| ||||    
T  15010705 aaaattccaaaggagttagaatacttatctttgttgttc---aaactctccttaagtaacaatcatctttctggagaagttcctgtacaaattgcatcat 15010801  T
Q  529 tgaaggaggttgctatcttggagctggcaacaaataatttaagtggcttcgtcccaaaacaacttggaagattatctatgttattacacttaaatatgag 628  Q
    || |  |  |  ||   |||||||| |||| ||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||| |  || ||||||||||| || |||||| ||||    
T  15010802 tgcatcaactaactgcattggagcttgcaataaataatttgagtggcttcatccctaaaaaacttggtatgttgtctatgttattgcagttaaatttgag 15010901  T
Q  629 ccaaaataagtttgaaggaaacattcctgatgagattgg 667  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||| |||| ||||    
T  15010902 ccaaaataagtttgaggggaacattcctgttgagtttgg 15010940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 145 - 667
Target Start/End: Original strand, 15036441 - 15036960
Alignment:
Q  145 ttccaaagagtttgaagaattgttcaagtctaaagagagtgagaattgaacaaaaccaacttgctggaaatataacagatagctttggtgtgtgtccaaa 244  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||| ||  ||||| ||||  || | |||||||||||  |||||||||||||||| || |||||||||| ||||||    
T  15036441 ttccagagagtttgaagaattgctcaagccttgagagattgaggcttaaccaaaaccaactgactggaaatataacagagagttttggtgtgtatccaaa 15036540  T
Q  245 cttgtactgcatggaattgagtggtaataaaatttttggccatatttcacctaattggggaagacacaagaatctcataagccttaaaatctccaacaat 344  Q
    |||| ||| |||||| ||||||| ||||||  ||| ||| ||| |||| || ||||||||||    ||||||||||| |||||| |||||||||   |||    
T  15036541 cttggactacatggacttgagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagcctaaaaatctccggtaat 15036640  T
Q  345 aatttaacagggagtataccactagaattggttggggcaaccaatttacatttacttgatttgtcctcgaatcaactaacaggagaaattccaaaggagc 444  Q
    |||||||| || || ||||||| |||| | |   | ||||| ||||||||    ||| | ||||| || ||  | ||||  ||| |||||||||||||||    
T  15036641 aatttaactggaagaataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacaggagcttaacttgtcttcaaacgatctaatgggaaaaattccaaaggagc 15036740  T
Q  445 taggcaacttatcttcattgatccaacaactctcgataagtagcaattacttttcaggggaagttcctgtacaaattgcctcattgaaggaggttgctat 544  Q
    ||    | |||||||  ||| ||    |||||||| |||||| |||| |  |||| || |||||||||||||||||||| |||||| |  |  |  ||      
T  15036741 taaaatatttatctttgttgttc---aaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagttcctgtacaaattgcatcattgcatcaactaactgc 15036837  T
Q  545 cttggagctggcaacaaataatttaagtggcttcgtcccaaaacaacttggaagattatctatgttattacacttaaatatgagccaaaataagtttgaa 644  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||   || ||||||| |  || |||| |||||| || || ||| ||||||| |||||| ||||     
T  15036838 attggagcttgcaacaaataacttaagtggcttcatcctggaaaaacttggtatgttgtctaggttattgcagttgaatttgagccataataagcttgag 15036937  T
Q  645 ggaaacattcctgatgagattgg 667  Q
    || |||||||||| |||| ||||    
T  15036938 gggaacattcctgttgagtttgg 15036960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 580 - 657
Target Start/End: Original strand, 14481838 - 14481915
Alignment:
Q  580 tcccaaaacaacttggaagattatctatgttattacacttaaatatgagccaaaataagtttgaaggaaacattcctg 657  Q
    ||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| ||| | ||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  14481838 tcccaaaacaacttggaagtttgtcaatgttattacacttgaatttaagcaaaaatatgtttgaaggaaacattcctg 14481915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 2)
Name: scaffold0400
Description:

Target: scaffold0400; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 52 - 670
Target Start/End: Original strand, 5819 - 6434
Alignment:
Q  52 ataataatttcataggtcatttacctcacaatatatgtaatagtggaaagttaactgtgttctcggctagaaataatcagttcacaggtccaattccaaa 151  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||   |||||  |||| ||||| |||||||  |||| | |||||||    
T  5819 ataataatttcacaggtcatttacctcacaatatatgtgttagtggaaagttaactcgtttctccactagtaataaccagttcattggtctagttccaaa 5918  T
Q  152 gagtttgaagaattgttcaagtctaaagagagtgagaattgaacaaaaccaacttgctggaaatataacagatagctttggtgtgtgtccaaacttgtac 251  Q
    |||||| || ||||| ||||| || |||||||||||| || |||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| ||| || ||| |     
T  5919 gagtttaaaaaattgctcaagccttaagagagtgagacttcaacaaaaccaactgactgcaaatataacagatagctttggtgtgtatccgaatttggaa 6018  T
Q  252 tgcatggaattgagtggtaataaaatttttggccatatttcacctaattggggaagacacaagaatctcataagccttaaaatctccaacaataatttaa 351  Q
    |  ||||||||||||| ||||||  ||| ||| ||| | || || ||||||||||    ||||||||||| |||||||||| | | ||| |||||| ||     
T  6019 tatatggaattgagtgataataatttttatggtcatctctctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaagttttcaataataatatat 6118  T
Q  352 cagggagtataccactagaattggttggggcaaccaatttacatttacttgatttgtcctcgaatcaactaacaggagaaattccaaaggagctaggcaa 451  Q
    |||| || |||||||  |||||||  |  ||||||||||||  | |||| ||  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  6119 caggaagcataccacccgaattggccgaagcaaccaatttaactatactggacctttcctcgaatcaactcacaggagaaattccaaaggagctaggaaa 6218  T
Q  452 cttatcttcattgatccaacaactctcgataagtagcaattacttttcaggggaagttcctgtacaaattgcctcattgaaggaggttgctatcttggag 551  Q
    |||||| |||||||||   || |||| ||||||||||||| |  ||  ||| |||||||||| ||||||||| | |||| |  |  |  |||||||||||    
T  6219 cttatcctcattgatc---cagctcttgataagtagcaatcatcttgtaggagaagttcctgaacaaattgcattattgcataaaataactatcttggag 6315  T
Q  552 ctggcaacaaataatttaagtggcttcgtcccaaaacaacttggaagattatctatgttattacacttaaatatgagccaaaataagtttgaaggaaaca 651  Q
    || |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||  |||||  |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  6316 cttgcaacaaataatttcagtggcttcatcccagaacaacttggaagattacctaatttattggacttgaatttgagccaaaataagtttgaaggagaca 6415  T
Q  652 ttcctgatgagattggaca 670  Q
    |||||| |||| |||||||    
T  6416 ttcctgctgagtttggaca 6434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 44 - 655
Target Start/End: Original strand, 12099 - 12707
Alignment:
Q  44 gttaggtgataataatttcataggtcatttacctcacaatatatgtaatagtggaaagttaactgtgttctcggctagaaataatcagttcacaggtcca 143  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| || |||  |||||||||||||  |  |||| | ||    |||||||| ||||||||   |    
T  12099 gttaggtgataataatttcacaggtcaattaccgcacaacatttgtgttagtggaaagttatattggttcactgcatccaataatcatttcacaggatta 12198  T
Q  144 attccaaagagtttgaagaattgttcaagtctaaagagagtgagaattgaacaaaaccaacttgctggaaatataacagatagctttggtgtgtgtccaa 243  Q
     |||||| ||||||||||||||| || || || |  ||||| ||  || || |||| ||| |  ||||||||||||||||| | |||||||| | ||||     
T  12199 gttccaatgagtttgaagaattgctccagccttattagagttaggcttcaaaaaaatcaattaactggaaatataacagatggttttggtgtttatccac 12298  T
Q  244 acttgtactgcatggaattgagtggtaataaaatttttggccatatttcacctaattggggaagacacaagaatctcataagccttaaaatctccaacaa 343  Q
    | |||  || ||||||||| |||| ||||||  ||| ||||||||| ||||| |||||||| |    |||||| |||| ||| ||| |||||||||||||    
T  12299 atttggtctacatggaattaagtgataataatttttatggccatatatcaccaaattggggtaagtgcaagaaactcacaagtcttcaaatctccaacaa 12398  T
Q  344 taatttaacagggagtataccactagaattggttggggcaaccaatttacatttacttgatttgtcctcgaatcaactaacaggagaaattccaaaggag 443  Q
    ||||||||| || || ||||| | |||| | | ||| |||||  | |||||   |||| || |||| || || || || || ||| ||||||||||||||    
T  12399 taatttaactggaagcataccgcaagaactaggtggagcaacacaattacaagaacttaatctgtcttcaaaccatcttactggaaaaattccaaaggag 12498  T
Q  444 ctaggcaacttatcttcattgatccaacaactctcgataagtagcaattacttttcaggggaagttcctgtacaaattgcctcattgaaggaggttgcta 543  Q
    ||||| ||||||||||  || |||    |||||||||||| || |||| |  |||  || |||||||||||||||||||| ||| || |||   |  ||     
T  12499 ctaggaaacttatctttgttaatc---aaactctcgataaataacaataatcttttgggagaagttcctgtacaaattgcatcactgcaggcactaactg 12595  T
Q  544 tcttggagctggcaacaaataatttaagtggcttcgtcccaaaacaacttggaagattatctatgttattacacttaaatatgagccaaaataagtttga 643  Q
     ||||||||| | || ||||||||||||||||||| |||| | |  ||||||||| || |||  |||| |||| || ||| |||||||||||| ||||||    
T  12596 ccttggagcttgaaaaaaataatttaagtggcttcatccctagaagacttggaaggttgtctgagttaatacatttgaatttgagccaaaataggtttga 12695  T
Q  644 aggaaacattcc 655  Q
    ||||||||||||    
T  12696 aggaaacattcc 12707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 2)
Name: scaffold0365
Description:

Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 52 - 670
Target Start/End: Original strand, 6463 - 7078
Alignment:
Q  52 ataataatttcataggtcatttacctcacaatatatgtaatagtggaaagttaactgtgttctcggctagaaataatcagttcacaggtccaattccaaa 151  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||   |||||  |||| ||||| |||||||  |||| | |||||||    
T  6463 ataataatttcacaggtcatttacctcacaatatatgtgttagtggaaagttaactcgtttctccactagtaataaccagttcattggtctagttccaaa 6562  T
Q  152 gagtttgaagaattgttcaagtctaaagagagtgagaattgaacaaaaccaacttgctggaaatataacagatagctttggtgtgtgtccaaacttgtac 251  Q
    |||||| || ||||| ||||| || |||||||||||| || |||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| ||| || ||| |     
T  6563 gagtttaaaaaattgctcaagccttaagagagtgagacttcaacaaaaccaactgactgcaaatataacagatagctttggtgtgtatccgaatttggaa 6662  T
Q  252 tgcatggaattgagtggtaataaaatttttggccatatttcacctaattggggaagacacaagaatctcataagccttaaaatctccaacaataatttaa 351  Q
    |  ||||||||||||| ||||||  ||| ||| ||| | || || ||||||||||    ||||||||||| |||||||||| | | ||| |||||| ||     
T  6663 tatatggaattgagtgataataatttttatggtcatctctctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaagttttcaataataatatat 6762  T
Q  352 cagggagtataccactagaattggttggggcaaccaatttacatttacttgatttgtcctcgaatcaactaacaggagaaattccaaaggagctaggcaa 451  Q
    |||| || |||||||  |||||||  |  ||||||||||||  | |||| ||  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  6763 caggaagcataccacccgaattggccgaagcaaccaatttaactatactggacctttcctcgaatcaactcacaggagaaattccaaaggagctaggaaa 6862  T
Q  452 cttatcttcattgatccaacaactctcgataagtagcaattacttttcaggggaagttcctgtacaaattgcctcattgaaggaggttgctatcttggag 551  Q
    |||||| |||||||||   || |||| ||||||||||||| |  ||  ||| |||||||||| ||||||||| | |||| |  |  |  |||||||||||    
T  6863 cttatcctcattgatc---cagctcttgataagtagcaatcatcttgtaggagaagttcctgaacaaattgcattattgcataaaataactatcttggag 6959  T
Q  552 ctggcaacaaataatttaagtggcttcgtcccaaaacaacttggaagattatctatgttattacacttaaatatgagccaaaataagtttgaaggaaaca 651  Q
    || |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||  |||||  |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  6960 cttgcaacaaataatttcagtggcttcatcccagaacaacttggaagattacctaatttattggacttgaatttgagccaaaataagtttgaaggagaca 7059  T
Q  652 ttcctgatgagattggaca 670  Q
    |||||| |||| |||||||    
T  7060 ttcctgctgagtttggaca 7078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 44 - 655
Target Start/End: Original strand, 12742 - 13350
Alignment:
Q  44 gttaggtgataataatttcataggtcatttacctcacaatatatgtaatagtggaaagttaactgtgttctcggctagaaataatcagttcacaggtcca 143  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| || |||  |||||||||||||  |  |||| | ||    |||||||| ||||||||   |    
T  12742 gttaggtgataataatttcacaggtcaattaccgcacaacatttgtgttagtggaaagttatattggttcactgcatccaataatcatttcacaggatta 12841  T
Q  144 attccaaagagtttgaagaattgttcaagtctaaagagagtgagaattgaacaaaaccaacttgctggaaatataacagatagctttggtgtgtgtccaa 243  Q
     |||||| ||||||||||||||| || || || |  ||||| ||  || || |||| ||| |  ||||||||||||||||| | |||||||| | ||||     
T  12842 gttccaatgagtttgaagaattgctccagccttattagagttaggcttcaaaaaaatcaattaactggaaatataacagatggttttggtgtttatccac 12941  T
Q  244 acttgtactgcatggaattgagtggtaataaaatttttggccatatttcacctaattggggaagacacaagaatctcataagccttaaaatctccaacaa 343  Q
    | |||  || ||||||||| |||| ||||||  ||| ||||||||| ||||| |||||||| |    |||||| |||| ||| ||| |||||||||||||    
T  12942 atttggtctacatggaattaagtgataataatttttatggccatatatcaccaaattggggtaagtgcaagaaactcacaagtcttcaaatctccaacaa 13041  T
Q  344 taatttaacagggagtataccactagaattggttggggcaaccaatttacatttacttgatttgtcctcgaatcaactaacaggagaaattccaaaggag 443  Q
    ||||||||| || || ||||| | |||| | | ||| |||||  | |||||   |||| || |||| || || || || || ||| ||||||||||||||    
T  13042 taatttaactggaagcataccgcaagaactaggtggagcaacacaattacaagaacttaatctgtcttcaaaccatcttactggaaaaattccaaaggag 13141  T
Q  444 ctaggcaacttatcttcattgatccaacaactctcgataagtagcaattacttttcaggggaagttcctgtacaaattgcctcattgaaggaggttgcta 543  Q
    ||||| ||||||||||  || |||    |||||||||||| || |||| |  |||  || |||||||||||||||||||| ||| || |||   |  ||     
T  13142 ctaggaaacttatctttgttaatc---aaactctcgataaataacaataatcttttgggagaagttcctgtacaaattgcatcactgcaggcactaactg 13238  T
Q  544 tcttggagctggcaacaaataatttaagtggcttcgtcccaaaacaacttggaagattatctatgttattacacttaaatatgagccaaaataagtttga 643  Q
     ||||||||| | || ||||||||||||||||||| |||| | |  ||||||||| || |||  |||| |||| || ||| |||||||||||| ||||||    
T  13239 ccttggagcttgaaaaaaataatttaagtggcttcatccctagaagacttggaaggttgtctgagttaatacatttgaatttgagccaaaataggtttga 13338  T
Q  644 aggaaacattcc 655  Q
    ||||||||||||    
T  13339 aggaaacattcc 13350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000006; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 190 - 237
Target Start/End: Original strand, 17847997 - 17848044
Alignment:
Q  190 ttgaacaaaaccaacttgctggaaatataacagatagctttggtgtgt 237  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||    
T  17847997 ttgaacaaaaccaactttctggaaatataacagatttctttggtgtgt 17848044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 123 - 223
Target Start/End: Original strand, 14605297 - 14605397
Alignment:
Q  123 aataatcagttcacaggtccaattccaaagagtttgaagaattgttcaagtctaaagagagtgagaattgaacaaaaccaacttgctggaaatataacag 222  Q
    ||||| || ||||||||  || |||||||||||||||||||||| || ||  | |  ||  | ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  14605297 aataaccacttcacaggctcagttccaaagagtttgaagaattgctctagcattattaggattagacttgaacaaaaccaacttactggaaatataacag 14605396  T
Q  223 a 223  Q
    |    
T  14605397 a 14605397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University