View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2993_low_7 (Length: 565)

Name: NF2993_low_7
Description: NF2993
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2993_low_7
NF2993_low_7
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (121-548)||(8936221-8936648)
chr1 (121-521)||(8959769-8960169)
chr1 (111-521)||(8924607-8925017)
chr1 (14-401)||(9335503-9335872)
chr1 (14-395)||(9359247-9359610)
chr1 (121-406)||(9306719-9307004)
chr1 (154-395)||(9475209-9475450)
chr1 (124-401)||(9244945-9245219)
chr1 (166-384)||(8945879-8946097)
chr1 (14-90)||(9244856-9244932)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (111-406)||(9168393-9168685)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (154-395)||(15912700-15912941)
chr6 (35-69)||(15912617-15912651)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 372; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 121 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 8936648 - 8936221
Alignment:
Q  121 tcatcaaacatatgatgcaattactaatacaattaaccaaacatattgtccaccttcttcatgtggtaaaatcacaaacatatcacatccttttcgactt 220  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||| | |||||||||||  ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  8936648 tcatcaaacatgtgatgcaattacaaatactagtaaccaaacattctgtccaccttcttcatgcggcaaaatcacaaacataacacatccatttcgactt 8936549  T
Q  221 aaggatgatccaacatcatgtggtgatccaaggtatgagttatcctgcgaaaacaacatcacaacgttaactctgttgtcgggtaaatactatgtgaaat 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8936548 aaggatgatccaacatcatgtggtgatccaaggtatgagttatcctgcgaaaacaacatcacaatgttaactctgttgtcgggtaaatactatgtgaaat 8936449  T
Q  321 caatcaactacaataactacacaattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctcactattacttatacaattataattt 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8936448 caatcaactacaataactacacaattcggttagttgatcccggaattgaagagggtgattgctccaccattcctcactattacttatacaattataattt 8936349  T
Q  421 caccagctcttatatctacgattctgttgatccatatcaaacataccagagaagaatagttgatactactatatatgaaaatgcagaagctcttactttg 520  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8936348 cagcagctcttatatctacgattctgttgatccatatcaaacttaccagagaagaatagttgatactactatatatgaaaatgcagaagctcttactttg 8936249  T
Q  521 gaaattcttaaatatcctacaacattac 548  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8936248 gaaattcttaaatatcctacaacattac 8936221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 121 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 8960169 - 8959769
Alignment:
Q  121 tcatcaaacatatgatgcaattactaatacaattaaccaaacatattgtccaccttcttcatgtggtaaaatcacaaacatatcacatccttttcgactt 220  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  8960169 tcatcaaacatgtgatgcaattacaaatactagtaaccaaacatattgtccaccttcttcatgtggcaaaattggaaacatatcacatccttttcgactt 8960070  T
Q  221 aaggatgatccaacatcatgtggtgatccaaggtatgagttatcctgcgaaaacaacatcacaacgttaactctgttgtcgggtaaatactatgtgaaat 320  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8960069 aaggatgacccaacatcatgtggtgatccgaggtacgagttatcctgcgaaaacaacatcacaaccttaactttgttgtcgggtaaatactatgtgaaat 8959970  T
Q  321 caatcaactacaataactacacaattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctcactattacttatacaattataattt 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8959969 caatcaactacaataactacacaattcggttagttgatcccggaattgaagagggtgattgctccaccattcctcactattacttgtacaattataattt 8959870  T
Q  421 caccagctcttatatctacgattctgttgatccatatcaaacataccagagaagaatagttgatactactatatatgaaaatgcagaagctcttactttg 520  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||| || || ||  |||||||||||||    
T  8959869 cagcagctcttatatctacgattctgttgatccatatcaaacttaccagagtagaatagttgatactactagatataaatattcaccagctcttactttg 8959770  T
Q  521 g 521  Q
    |    
T  8959769 g 8959769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 111 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 8925017 - 8924607
Alignment:
Q  111 atcatcctcctcatcaaacatatgatgcaattactaatacaattaaccaaacatattgtccaccttcttcatgtggtaaaatcacaaacatatcacatcc 210  Q
    |||||| || ||||||||||| |||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||  | ||||    
T  8925017 atcatcatcatcatcaaacatgtgatgcaattacaaatactagtaaccaaacatattgtccaccttcttcatgtggcaaaatcaacaacataaaatatcc 8924918  T
Q  211 ttttcgacttaaggatgatccaacatcatgtggtgatccaaggtatgagttatcctgcgaaaacaacatcacaacgttaactctgttgtcgggtaaatac 310  Q
     |||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||    
T  8924917 gtttcgacttaagaatgatccaacaacctgtggtgatccgaggtacgagttatcctgcgaaaacaacataacaactttaactctattgtcgagtaaatac 8924818  T
Q  311 tatgtgaaatcaatcaactacaataactacacaattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctcactattacttataca 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||    
T  8924817 tatgtgaaatcaatcaactacaataactacacaatcagaatagttgatcccggaattgaagagggtgattgctcctcctttcctcgctattacttataca 8924718  T
Q  411 attataatttcaccagctcttatatctacgattctgttgatccatatcaaacataccagagaagaatagttgatactactatatatgaaaatgcagaagc 510  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| || || ||  |||    
T  8924717 attataatttcagcagctcttatatcttcgattctgttgatccatatcaaacataccagagcagaatagttgatactactagatataaatattcaccagc 8924618  T
Q  511 tcttactttgg 521  Q
    |||||||||||    
T  8924617 tcttactttgg 8924607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 14 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 9335872 - 9335503
Alignment:
Q  14 aaatccttcaccggttatgcagaatcaatatcacttttatgcttcctccaaattgtgacggtggttactgtgttacttactgtgttaatattgcattatc 113  Q
    |||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||            ||||||| |||    
T  9335872 aaatccttcacctgttatgaggaatcaatatcacttttaagcttcctccaaattgtgatggtggttactgtgttact------------attgcatcatc 9335785  T
Q  114 atcctcctcatcaaacatatgatgcaattactaatacaattaaccaaacatattgtccaccttcttcatgtggtaaaatcacaaacatatcacatccttt 213  Q
    |||      ||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||  |||||   |||||| ||    
T  9335784 atc------atcaaacatgtgatgcaattactaatacaaataacaaaacatattgtccaccttcttcatgcggcaaaatcagcaacatcaaacatccgtt 9335691  T
Q  214 tcgacttaaggatgatccaacatcatgtggtgatccaaggtatgagttatcctgcgaaaacaacatcacaacgttaactctgttgtcgggtaaatactat 313  Q
    |||||||||| |||| ||| || | ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||    
T  9335690 tcgacttaagaatgacccagcaacctgtggtgatccaaagtacgagttatcctgcgaaaacaacatcacagcgttaactctgttttcaggtaaatactat 9335591  T
Q  314 gtgaaatcaatcaactacaataactacacaattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctcactatt 401  Q
    ||| |   |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||| |||| ||||||||| |||||    
T  9335590 gtgcaggaaatcaactacataaactacacaattcggttagttgatccaggaattgaagaaggtgattactcctccattcctcgctatt 9335503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 14 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 9359610 - 9359247
Alignment:
Q  14 aaatccttcaccggttatgcagaatcaatatcacttttatgcttcctccaaattgtgacggtggttactgtgttacttactgtgttaatattgcattatc 113  Q
    |||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||            ||||||| |||    
T  9359610 aaatccttcacctgttatgaggaatcaatatcacttttaagcttcctccaaattgtgaaggtggttactgtgttact------------attgcatcatc 9359523  T
Q  114 atcctcctcatcaaacatatgatgcaattactaatacaattaaccaaacatattgtccaccttcttcatgtggtaaaatcacaaacatatcacatccttt 213  Q
    |||      ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  9359522 atc------atcaaacatgtgatgcaattactaatacaaataaccaaacatattgtccaccttcttcatgcggcaaaatcacaaacatatcacatccttt 9359429  T
Q  214 tcgacttaaggatgatccaacatcatgtggtgatccaaggtatgagttatcctgcgaaaacaacatcacaacgttaactctgttgtcgggtaaatactat 313  Q
    |||||||| | |||| ||||||   ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||| || ||||||||||||    
T  9359428 tcgacttatgaatgacccaacaagctgtggtgatccgaagtacgagttatcctgcgaaaacaacatcaccgtgttaactctgttttcaggtaaatactat 9359329  T
Q  314 gtgaaatcaatcaactacaataactacacaattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctc 395  Q
    ||| |   ||||||||||   || |||||||||||| |||||||||| | |||| |||||||| |||||||| |||||||||    
T  9359328 gtgcaggaaatcaactacgtaaattacacaattcggctagttgatccagtaattgaagagggtaattgctcctccattcctc 9359247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 121 - 406
Target Start/End: Original strand, 9306719 - 9307004
Alignment:
Q  121 tcatcaaacatatgatgcaattactaatacaattaaccaaacatattgtccaccttcttcatgtggtaaaatcacaaacatatcacatccttttcgactt 220  Q
    |||||||| || | |||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||| | || |||||||| | ||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  9306719 tcatcaaagatgttatgcaattactattactaataaccaaacatattgtccatcctcatcatgtggcacaatcagaaacataaaacatccttttcgactt 9306818  T
Q  221 aaggatgatccaacatcatgtggtgatccaaggtatgagttatcctgcgaaaacaacatcacaacgttaactctgttgtcgggtaaatactatgtgaaat 320  Q
     || |||||||| ||   || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||    
T  9306819 cagaatgatccagcaaactgcggtgatccgaggtatgagttatcctgcgaaaacaacatcacaacgttaactttgttttcaggtaaatactatgtgaaat 9306918  T
Q  321 caatcaactacaataactacacaattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctcactattactta 406  Q
    ||||||||||||  |||||| ||||  |  |||||||||  ||||||||||| |||||||||||| |||| |||| ||||| ||||    
T  9306919 caatcaactacagaaactactcaatgagagtagttgatcttggaattcaagaaggtgattgctcctccatgcctcgctatttctta 9307004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 154 - 395
Target Start/End: Original strand, 9475209 - 9475450
Alignment:
Q  154 taaccaaacatattgtccaccttcttcatgtggtaaaatcacaaacatatcacatccttttcgacttaaggatgatccaacatcatgtggtgatccaagg 253  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||| |||||||| ||| ||||||||||| | ||||||||||| |||    
T  9475209 taaccaaacaaattgtccaccttcttcatgtggcaaactcacaaacataaaacatccgtttcgactcaagaatgatccaacaacctgtggtgatccgagg 9475308  T
Q  254 tatgagttatcctgcgaaaacaacatcacaacgttaactctgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaataactacacaattcggttag 353  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || | |||||||| ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||  |  |||    
T  9475309 tacgagttatcctgcgtaaacaacatcacaacgttaactttgctttcgggtaactacaatgtgaagtcaatcaactacgataactacacaatcagactag 9475408  T
Q  354 ttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctc 395  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||| | |||||||||    
T  9475409 ttgatcctggaattcaagaggatgattgcttctccattcctc 9475450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 124 - 401
Target Start/End: Original strand, 9244945 - 9245219
Alignment:
Q  124 tcaaacatatgatgcaattactaatacaattaaccaaacatattgtccaccttcttcatgtggtaaaatcacaaacatatcacatccttttcgacttaag 223  Q
    |||||| | |||||| ||||||||| ||| |||||||| ||   ||||||||||||||||||| |||||||  |||||   |||||| |||||||||| |    
T  9244945 tcaaacttgtgatgccattactaattcaaataaccaaatat---gtccaccttcttcatgtggaaaaatcagcaacatcaaacatccgtttcgacttatg 9245041  T
Q  224 gatgatccaacatcatgtggtgatccaaggtatgagttatcctgcgaaaacaacatcacaacgttaactctgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaa 323  Q
     |||| ||||||   ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||    
T  9245042 aatgacccaacaagctgtggtgatccgaagtatgagttatcctgcgaaaacaacatcacagtgttaactctgttttcgggtaagtactatgtgaaggcaa 9245141  T
Q  324 tcaactacaataactacacaattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctcactatt 401  Q
    |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| || |||||| |||||    
T  9245142 tcaactacaacaactacacaattttgttagttgatcccggaattgaagagggtagttgctcctcccttcctcgctatt 9245219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 166 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 8946097 - 8945879
Alignment:
Q  166 ttgtccaccttcttcatgtggtaaaatcacaaacatatcacatccttttcgacttaaggatgatccaacatcatgtggtgatccaaggtatgagttatcc 265  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||  ||||||    |||| || ||||||||| |||||||| || | || |||||||| ||||| |||||||||    
T  8946097 ttgtcccccttcttcatgtggcaaaatcagcaacataaagtatcccttccgacttaagaatgatccagcaacctgcggtgatccgaggtacgagttatcc 8945998  T
Q  266 tgcgaaaacaacatcacaacgttaactctgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaataactacacaattcggttagttgatcccggaa 365  Q
    |||||||| |||||||||| |||||  ||| | || ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8945997 tgcgaaaaaaacatcacaatgttaaagctgctttctggtaaataccatgtaaaatcaatcaactacaataactacacaattcggttagttgatcctggaa 8945898  T
Q  366 ttcaagagggtgattgctc 384  Q
    |  |||| |||||||||||    
T  8945897 taaaagaaggtgattgctc 8945879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 14 - 90
Target Start/End: Original strand, 9244856 - 9244932
Alignment:
Q  14 aaatccttcaccggttatgcagaatcaatatcacttttatgcttcctccaaattgtgacggtggttactgtgttact 90  Q
    ||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  9244856 aaatccttctcctgttatgcggaatcaatatcacttttaagcttcctccaaattgtgacggtggttgctgtgctact 9244932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 110; Significance: 4e-55; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 111 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 9168685 - 9168393
Alignment:
Q  111 atcatcctcctcatcaaacatatgatgcaattactaatacaattaaccaaacatattgtccaccttcttcatgtggtaaaatcacaaacatatcacatcc 210  Q
    |||||| || ||||||| ||| |||||||| || |||||    |||||||| ||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||  ||||||    
T  9168685 atcatcatcatcatcaagcatgtgatgcaactagtaatagtgataaccaaaaattatgtccaccttcttcatgtggcaaaatgagaaacataaaacatcc 9168586  T
Q  211 ttttcgacttaaggatgatccaacatcatgtggtgatccaaggtatgagttatcctgcgaaaacaacatcacaacgttaactctgttgtcgggtaaatac 310  Q
     || ||||||||  |||||||||||   ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||| | ||||||||||    
T  9168585 gttccgacttaaaaatgatccaacaaactgtggtgatccgaggtacgagttatcctgtgaaaacaacatcacaacgctaagtctgttttggggtaaatac 9168486  T
Q  311 tatgtgaaatcaatcaactacaataactacacaattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctcactattactta 406  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |  |||||||||| |||||  |||| ||||||||   ||||||||||| ||||| ||||    
T  9168485 tatgtgaaatcaatcaactacaaaaactacacaatcagagtagttgatcctggaatagaagaaggtgattg---caccattcctcgctatttctta 9168393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 154 - 395
Target Start/End: Original strand, 15912700 - 15912941
Alignment:
Q  154 taaccaaacatattgtccaccttcttcatgtggtaaaatcacaaacatatcacatccttttcgacttaaggatgatccaacatcatgtggtgatccaagg 253  Q
    |||| |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||||  |||||| |||||||||||| |||| ||| |  | ||||| ||||| ||     
T  15912700 taacaaaacattttgtccaacttcttcatgcggtaaaatcagcaacataaaacatccatttcgacttaagaatgacccagcgacctgtggggatccgagc 15912799  T
Q  254 tatgagttatcctgcgaaaacaacatcacaacgttaactctgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaataactacacaattcggttag 353  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| || ||||| |||||||||     ||||||||| || |||||||||||| ||||||    
T  15912800 tacgagttatcctgcgaaaacaacatcacaaccttaaatctgttttcaggtaagtactatgtgttggaaatcaactataaaaactacacaattaggttag 15912899  T
Q  354 ttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctc 395  Q
    ||||| ||||  | |||||||||||||||||| |||||||||    
T  15912900 ttgatgccgggttgcaagagggtgattgctcctccattcctc 15912941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 35 - 69
Target Start/End: Original strand, 15912617 - 15912651
Alignment:
Q  35 gaatcaatatcacttttatgcttcctccaaattgt 69  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15912617 gaatcaatatcacttgtatgcttcctccaaattgt 15912651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University