View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3001_high_3 (Length: 661)

Name: NF3001_high_3
Description: NF3001
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3001_high_3
NF3001_high_3
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (11-644)||(33259394-33260029)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 597; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 597; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 644
Target Start/End: Original strand, 33259394 - 33260029
Alignment:
Q  11 atagatgatgatgtgagactcatatgttttgaaggtggtgttattggacatggatgagtctaaaaatccaccctaaaacatatactacgttctatatttt 110  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33259394 atagatgatgatgcgagacttatatgttttgaaggtggtgttattggacatggatgagtctaaaaatccaccctaaaacatatactacgttctatatttc 33259493  T
Q  111 ccatgaataaattaggacaagttttcaatggaccggtgaaaaaccattgctaagtagtatcatcaattaagcaaacaatttgcaagcaaacaa--taaca 208  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  33259494 ccatgaataaattaggacaagatttgaatggaccggtgaaaaaccattgctaagtagtatcatcaattaagcaaacaatttgcaagcaaacaaactaaca 33259593  T
Q  209 aagattctctcaactgatattccaacctcttttgatcatgttttgaatcttgaattattggaatccatagctgccccacaaggcacatggttaacaactc 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33259594 aagattctctcaactgatattccaacctcttttgatcatgttttgaatcttgaattattggaatccatagctgccccacaaggcacatggttaacaactc 33259693  T
Q  309 ccctatggttgcttccttccaagtacgtggtatccaacacataattccgattggggctatcacatcatttcattttcacctatttttgtaaattacatca 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33259694 ccctatggttgcttccttccaagtacgtggtatccaacacataattccgattgggtctatcacatcatttcattttcacttatttttgtaaattacatca 33259793  T
Q  409 caataatatgtcacaaattttgacattaacccatgaactccgtgtttcatttgtgctcgtccttagtctcaacaaatctcactctgtttagatagtttgg 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33259794 caataatatgtcacaaattttgacattaacccatgaactccgtgtttcatttgtgctcgtccttagtctcaacaaatctcactctgtttagatagtttgg 33259893  T
Q  509 ttgttcaatcagtcacattctcccatcttatggcgacttgattcatttcataaatatctaatttgtggagaaatctcaccgtttatctatttgatccgta 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33259894 ttgttcaatcagtcacattctcccatcttatggcgacttgattcatttcataaatatctaatttgtggagaaatctcaccgtttatctatttgatccgta 33259993  T
Q  609 tggccaagttatttttcttttcacatagacgttaca 644  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33259994 tggccaagttatttttcttttcacatagacgttaca 33260029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University