View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF3010-Insertion-1 (Length: 927)
Name: NF3010-Insertion-1
Description: NF3010
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3010-Insertion-1 |
 | |
|
| [»] chr3 (4 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 760; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 760; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 927
Target Start/End: Complemental strand, 33384036 - 33383117
Alignment:
| Q |
3 |
caacacatccttgagaaataacnnnnnnnngggatgtgaattgcaactccacgtctctaattccaacaactttaatgatgtgcggatgtcccgacaacac |
102 |
Q |
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| T |
33384036 |
caacacatccttaagaaataacttttttttgggatgtgaattgcaactccacgtctctaattccaacaactttaatgatgtgcggatgtcccaacaacat |
33383937 |
T |
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| Q |
103 |
tttcatatcttgagcacctttgtatgttttaaacatagcatgatcataacaaacatggtgtgaggcaccagtgtcgatccactaacaatttgatccacca |
202 |
Q |
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| T |
33383936 |
tttcatatcttgagcacctttgtatgttttaaacatagcatgatcataacaaatatggtgtgaggcaccagtgtcgatccactaacaatttgatccacca |
33383837 |
T |
|
| Q |
203 |
acatagttgatcttagtaatcctagtaattaattactagtcactcaaggtggcttgcggagtatatatgatcttgtttcccacaactatatatagcaagt |
302 |
Q |
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| T |
33383836 |
acatagttgatcttagtaatcctagtaattaattactagtcactcaaggtggcttgcggagtatatatgatcttgtttcccacaactatatatagcaagt |
33383737 |
T |
|
| Q |
303 |
gaattgtgacctagtgtcatttcttgaaggtggttgtcgatttacattttggatccttaaaaggttcccttgttatgcatatggttggagttcttattca |
402 |
Q |
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| T |
33383736 |
gaattgtgacctagtgtcatttcttgaaggtggttgtcgatttacattttggatcctt-aaaggttcccttgt------tatggttggagttcttattca |
33383644 |
T |
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| Q |
403 |
tagccttgttctgattcttgaaaggtttatcaaccgacttaagatcgtcacatgtgaatttctttctattactgttgttcgagacgacaaacactccaca |
502 |
Q |
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| T |
33383643 |
tagccttgttctgattcttaaaaggtttatcaaccgacttaagatcgtcacatgtgaatttctttctattattgttgttcgagatgacaaacactccaca |
33383544 |
T |
|
| Q |
503 |
ttttttatttgctttcaataatattcctcaaagcagaggtgggttatgatactttttagagaaaattcatcggttttgtgtcttcgaataatatttttga |
602 |
Q |
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| T |
33383543 |
ttttttatttgctttctataatattcctcaaagcagaggtgggttatgatactttttagagaaaattcatcggttttgtttcttcgaataatatttttga |
33383444 |
T |
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| Q |
603 |
ggtatttctatgaagggtaattttttctatgataatagctactttaaacaagtcatctgagcannnnnnnncaatgataatagcaacttcagaacttcaa |
702 |
Q |
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| T |
33383443 |
ggtatttctatgaagggtaattttttctatgataatagctactttaaactagtcatctgagcatttttttcctatgataatagcaacttcagaacttcaa |
33383344 |
T |
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| Q |
703 |
gtgataacagctacctcaatgatttgatatttgaggtagtcaggtagatacttgcaacatattttttatcaccaacttccaaaatttcatacttcttttt |
802 |
Q |
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| T |
33383343 |
gtgataatagctacctcaatgatttcatatttgaggtagtcaggtagatacttgcaacatattttttatcaccaacttccaaaatttcatacttcttttt |
33383244 |
T |
|
| Q |
803 |
tagagcttctcaaacttcttaggcagactcacacacactatagtaatcctac-aattgtcggaaaatccattaagaataaaattctattagaggtaattg |
901 |
Q |
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| T |
33383243 |
tagagcttctcaaacttcttaggcagactcacacacactatagtaatcatacaaatcgtcagaaaatccattaagaataaaattctattagaggtaattg |
33383144 |
T |
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| Q |
902 |
ta-tccttccaaatgagcatttcttaa |
927 |
Q |
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| T |
33383143 |
tattcattccaaatgagtatttcttaa |
33383117 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 33385167 - 33384666
Alignment:
| Q |
3 |
caacacatccttgagaaataacnnnnnnnngggatgtgaattgcaactccacgtctctaattccaacaactttaatgatgtgcggatgtcccgacaacac |
102 |
Q |
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|
| T |
33385167 |
caacacatccttaagaaataacttttttttgggatgtgaattgcaactccacgtctctaattccaacaactttaatgatgtgcggatgtcccaacaacat |
33385068 |
T |
|
| Q |
103 |
tttcatatcttgagcacctttgtatgttttaaacatagcatgatcataacaaacatggtgtgaggcaccagtgtcgatccactaacaatttgatccacca |
202 |
Q |
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|
| T |
33385067 |
tttcatatcttgagcacctttgtatgttttaaacatagcatgatcataacaaatatggtgtgaggcaccagtgtcgatccactaacaatttgatccacca |
33384968 |
T |
|
| Q |
203 |
acatagttgatcttagtaatcctagtaattaattactagtcactcaaggtggcttgcggagtatatatgatcttgtttcccacaactatatatagcaagt |
302 |
Q |
| |
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| T |
33384967 |
acatagttgatcttagtaatcctagtaattaattactagtcactcaaggtggcttgcggagtatatatgatcttgtttcccacaactatatatagcaagt |
33384868 |
T |
|
| Q |
303 |
gaattgtgacctagtgtcatttcttgaaggtggttgtcgatttacattttggatccttaaaaggttcccttgttatgcatatggttggagttcttattca |
402 |
Q |
| |
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|
| T |
33384867 |
gaattgtgacctagtgtcatttcttgaaggtggttgtcgatttacattttggatcctt-aaaggttcccttgt------tatggttggagttcttattca |
33384775 |
T |
|
| Q |
403 |
tagccttgttctgattcttgaaaggtttatcaaccgacttaagatcgtcacatgtgaatttctttctattactgttgttcgagacgacaaacactccaca |
502 |
Q |
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| T |
33384774 |
tagccttgttctgattcttgaaaggtttatcaaccgacttaagatcgtcacatgtgaatttctttctattattgttgttcgagacgacaaacactccaca |
33384675 |
T |
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| Q |
503 |
ttttttatt |
511 |
Q |
| |
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||||||||| |
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| T |
33384674 |
ttttttatt |
33384666 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 33384603 - 33384102
Alignment:
| Q |
3 |
caacacatccttgagaaataacnnnnnnnngggatgtgaattgcaactccacgtctctaattccaacaactttaatgatgtgcggatgtcccgacaacac |
102 |
Q |
| |
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|||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |
|
|
| T |
33384603 |
caacacatccttaagaaataacttttttttgggatgtgaattgcaactccacgtctctaattccaacaactttaatgatgtgtggatgtcccaacaacat |
33384504 |
T |
|
| Q |
103 |
tttcatatcttgagcacctttgtatgttttaaacatagcatgatcataacaaacatggtgtgaggcaccagtgtcgatccactaacaatttgatccacca |
202 |
Q |
| |
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|
| T |
33384503 |
tttcatatcttgagcacctttgtatgttttaaacatagcatgatcataacaaatatggtgtgaggcaccagtgtcgatccactaacaatttgatccacca |
33384404 |
T |
|
| Q |
203 |
acatagttgatcttagtaatcctagtaattaattactagtcactcaaggtggcttgcggagtatatatgatcttgtttcccacaactatatatagcaagt |
302 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
33384403 |
acatagttgatcttagtaatcctagtaattaattactagtcactcaaggtggcttgcggagtatatatgatcttgtttcccacaactatatatagcaagt |
33384304 |
T |
|
| Q |
303 |
gaattgtgacctagtgtcatttcttgaaggtggttgtcgatttacattttggatccttaaaaggttcccttgttatgcatatggttggagttcttattca |
402 |
Q |
| |
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|
| T |
33384303 |
gaattgtgacctagtgtcatttcttgaaggtggttgtcgatttacattttggatcctt-aaaggttcccttgt------tatggttggagttcttattca |
33384211 |
T |
|
| Q |
403 |
tagccttgttctgattcttgaaaggtttatcaaccgacttaagatcgtcacatgtgaatttctttctattactgttgttcgagacgacaaacactccaca |
502 |
Q |
| |
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| T |
33384210 |
tagccttgttctgattcttgaaaggtttatcaaccgacttaagatcgtcacatgtgaatttctttctattattgttgttcgagacgacaaacactccaca |
33384111 |
T |
|
| Q |
503 |
ttttttatt |
511 |
Q |
| |
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||||||||| |
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| T |
33384110 |
ttttttatt |
33384102 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 49 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 33090747 - 33090583
Alignment:
| Q |
49 |
ctccacgtctctaattccaacaactttaatgatgtgcggatgtcccgacaacactttcatatcttgagcacctttgtatgttttaaacatagcatgatca |
148 |
Q |
| |
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| T |
33090747 |
ctccacttctccaattccagcaactttagtggtgtgagaatctcccagcaacactttctgatcatcagcagtagtgtatgtcttaaacatagcacggtca |
33090648 |
T |
|
| Q |
149 |
taacaaacatggtgtgaggcaccagtgtcgatccactaacaatttgatccaccaacatagttgat |
213 |
Q |
| |
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| T |
33090647 |
aaacaaacatggcgagaggcgccagtgtctatccaccatccatcagatccaccaactaagttgat |
33090583 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 123 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 13584003 - 13583922
Alignment:
| Q |
123 |
tgtatgttttaaacatagcatgatcataacaaacatggtgtgaggcaccagtgtcgatccactaacaatttgatccaccaac |
204 |
Q |
| |
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||||||| || ||||||||| | ||||||||||||||| | ||||| |||||||| |||||| | | || ||||||||||| |
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| T |
13584003 |
tgtatgtcttgaacatagcacggtcataacaaacatggcgagaggcgccagtgtctatccaccatccatcagatccaccaac |
13583922 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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