View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3010-Insertion-2 (Length: 830)

Name: NF3010-Insertion-2
Description: NF3010
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3010-Insertion-2
NF3010-Insertion-2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (7-830)||(45548494-45549318)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 773; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 773; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 830
Target Start/End: Original strand, 45548494 - 45549318
Alignment:
Q  7 aggaggaaactcttctttctaatgaaaacttgctgttcagaactcctcaccagttacaaacttacaaccaacaaaattgtattgcaaata-cataaaaaa 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  45548494 aggaggaaactcttctttctaatgaaaacttgctgttcagaactcctcaccagttacaaacttacaaccaacaaaattgtattgcaaataacataaaaaa 45548593  T
Q  106 cttccatagtatggttgtcatattcaatcagcgctccttgaatgtgcaatattctttggcgatctcatccagaagtatactaaggatatgcttttctgta 205  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45548594 ctttcatagtatggttgtcatattcaatcagcgctccttgaatgtgcaatattctttggcgatctcatccagaagtatactaaggatatgcttttctgta 45548693  T
Q  206 tcccttataacatcatatttttcgataaatgcagatgtctcatcattccaacctaaatcccacatgcaatctatgtcaggccatttttcgtagatatcat 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  45548694 tcccttataacatcatatttttcgataaatgcagatgtctcatcattccaacctaaatcccacatgcaatctatgtcaggccatttttcatagatatcat 45548793  T
Q  306 gctcaagcatcttaggcaggtagtcctcaacatcaactttgctactctttttccttccgtagaatttaatcttctccatgtcctcgttcagcttcttaac 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45548794 gctcaagcatcttaggcaggtagtcctcaacatcaactttgctactctttttccttccgtagaatttaatcttctccatgtcctcgttcagcttcttaac 45548893  T
Q  406 caagtcatctagagatcttatcaagttaacagtactagtgattgatgatatttttgaacaagtatggattttgagttcctgccgtatcccctttcttttc 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45548894 caagtcatctagagatcttatcaagttaacagtactagtgattgatgatatttttgaacaagtatgaactttgagttcctgccgtatcccctttcttttc 45548993  T
Q  506 atcacttcatagccgcaatctaatatcagcttgctactttggtcttgactgtcttgatgattaccttgaagaataccaaacgggatgtttagtctgaaaa 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  45548994 atcacttcatagccgcaatctaatatcagcttgctacgttggtcttgactgtcttgatgattaccttgaagaataccgaacgggatgtttagtctgaaaa 45549093  T
Q  606 gtgcttctgcagtgttgacgaataattgacccgtgaccaaaatccacttgaggtggttttcactttctgttagtggttgttggatgctcatcttttgatt 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45549094 gtgcttctgcagtgttgacgaataattgactcgtgaccaaaatccacttgaggtggttttcactttctgttagtggttgttggatgctcatattttgatt 45549193  T
Q  706 ttgttgtttcacacccattctgttttcctgaactcctgtgatattaaacaaactaggtaaaatctagaactcaacttgtttccattcatccatgtttagt 805  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  45549194 ttgttgtttcacacccattctgccttcctgaactcctgtgatattaaacaaactaggtaaaatctagaactcaagttgtttccattcatccatgtttagt 45549293  T
Q  806 tagttatactcaccaattgtttttc 830  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  45549294 tagttatactcaccaattgtttttc 45549318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University