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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF3010-Insertion-3 (Length: 849)
Name: NF3010-Insertion-3
Description: NF3010
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3010-Insertion-3 |
 | |
|
| [»] scaffold0012 (2 HSPs) |
| | |
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| [»] scaffold0006 (10 HSPs) |
| | |
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| [»] scaffold0406 (2 HSPs) |
| | |
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| [»] scaffold0069 (3 HSPs) |
| | |
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| [»] scaffold0068 (1 HSPs) |
| | |
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Alignment Details
Target: scaffold0012 (Bit Score: 258; Significance: 1e-143; HSPs: 2)
Name: scaffold0012
Description:
Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 8 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 115816 - 115381
Alignment:
| Q |
8 |
atattgtcttcaagttgtccatatccttgaatatgannnnnnnctaatttcaaaaaatgaacctatgaaatcataaataaccacaatcagtataaataat |
107 |
Q |
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| T |
115816 |
atattgtcttcaagctgtccatatccttcaatatgattttct-ctaatttcaaaaaatgaacctatgaaatcatgaataaccaccatcagtataaataat |
115718 |
T |
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| Q |
108 |
tgtttaaattgcaagttnnnnnnnttggatgttttcaataatagaattaccacacctcttttactgcattatttctatcttctttagctattatctcctc |
207 |
Q |
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| T |
115717 |
tatttaaattacaattttaaaaaattggatgttttcaataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctttagttattatatcctc |
115618 |
T |
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| Q |
208 |
c-tcataggacaattacttatttcaagttgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagatgaaaataaatacttcaatccaacacaattatccaca |
306 |
Q |
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| T |
115617 |
catgataggacaattacttatttcaagatgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatccaca |
115518 |
T |
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| Q |
307 |
atcaagctagtcaagttgcacatagattgataatggtcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagagtatccaaattaggaaact |
406 |
Q |
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| T |
115517 |
atcaagctagtcaagttgcacattgattgatgattctcatcccagactttgttcaaattgagaagtgagcttaatttaagggtatccaaattaggaaatg |
115418 |
T |
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| Q |
407 |
caatctacataaaaacaaactagcataaatcattact |
443 |
Q |
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| T |
115417 |
aaacctacataaaaacaaattaacagaaatcattact |
115381 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0012; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 8 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 107999 - 107601
Alignment:
| Q |
8 |
atattgtcttcaagttgtccatatccttgaatatgannnnnnnctaatttcaaaaaatgaacctatgaaatcataaataaccacaatcagtataaataat |
107 |
Q |
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| T |
107999 |
atattgacttcaagttgtacatatccttgagtatgattttct-ctaatttcaaaaaatgaacctatgaaatcatgaataaccaccatcagtataaataat |
107901 |
T |
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| Q |
108 |
tgtttaaattgcaagttnnnnnnnttggatgttttcaataatagaattaccacacctcttttactgcattatttctatcttctttagctattatctcctc |
207 |
Q |
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| T |
107900 |
tatttaaaattaa-----------ttggatgctcccaataatagaattatcatacctcttttattgcattttttctttcttttttagctattatctcctc |
107812 |
T |
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| Q |
208 |
c-tcataggacaattacttatttcaagttgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagatgaaaataaatacttcaatccaacacaattatccaca |
306 |
Q |
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| T |
107811 |
catcatttgacaattacttatttcaaggtgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagaagatgagaataaatacttcaatccaacacaattatccaca |
107712 |
T |
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| Q |
307 |
atcaagctagtcaagttgcacatagattgataatggtcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagagtatccaaattaggaaact |
406 |
Q |
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| T |
107711 |
atcaagctagtcaagttgcacattgattgatgattttcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagggcatccaaattaggaaatg |
107612 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 258; Significance: 1e-143; HSPs: 22)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 8 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 20477570 - 20477135
Alignment:
| Q |
8 |
atattgtcttcaagttgtccatatccttgaatatgannnnnnnctaatttcaaaaaatgaacctatgaaatcataaataaccacaatcagtataaataat |
107 |
Q |
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| T |
20477570 |
atattgtcttcaagctgtccatatccttcaatatgattttct-ctaatttcaaaaaatgaacctatgaaatcatgaataaccaccatcagtataaataat |
20477472 |
T |
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| Q |
108 |
tgtttaaattgcaagttnnnnnnnttggatgttttcaataatagaattaccacacctcttttactgcattatttctatcttctttagctattatctcctc |
207 |
Q |
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| T |
20477471 |
tatttaaattacaattttaaaaaattggatgttttcaataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctttagttattatatcctc |
20477372 |
T |
|
| Q |
208 |
c-tcataggacaattacttatttcaagttgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagatgaaaataaatacttcaatccaacacaattatccaca |
306 |
Q |
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| T |
20477371 |
catgataggacaattacttatttcaagatgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatccaca |
20477272 |
T |
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| Q |
307 |
atcaagctagtcaagttgcacatagattgataatggtcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagagtatccaaattaggaaact |
406 |
Q |
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| T |
20477271 |
atcaagctagtcaagttgcacattgattgatgattctcatcccagactttgttcaaattgagaagtgagcttaatttaagggtatccaaattaggaaatg |
20477172 |
T |
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| Q |
407 |
caatctacataaaaacaaactagcataaatcattact |
443 |
Q |
| |
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| T |
20477171 |
aaacctacataaaaacaaattaacagaaatcattact |
20477135 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 8 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 20368498 - 20368063
Alignment:
| Q |
8 |
atattgtcttcaagttgtccatatccttgaatatgannnnnnnctaatttcaaaaaatgaacctatgaaatcataaataaccacaatcagtataaataat |
107 |
Q |
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| T |
20368498 |
atattgtcttcaagctgtccatatccttcaatatcattttct-ctaatttcaaaaaatgaacctatgaaatcatgaataaccaccatcagtataaataat |
20368400 |
T |
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| Q |
108 |
tgtttaaattgcaagttnnnnnnnttggatgttttcaataatagaattaccacacctcttttactgcattatttctatcttctttagctattatctcctc |
207 |
Q |
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| T |
20368399 |
tatttaaattacaattttaaaaaattggatgttttcaataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctttagtgattatatcctc |
20368300 |
T |
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| Q |
208 |
c-tcataggacaattacttatttcaagttgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagatgaaaataaatacttcaatccaacacaattatccaca |
306 |
Q |
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| T |
20368299 |
catgataggacaattacttatttcaagatgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatccaca |
20368200 |
T |
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| Q |
307 |
atcaagctagtcaagttgcacatagattgataatggtcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagagtatccaaattaggaaact |
406 |
Q |
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| T |
20368199 |
atcaagctagtcaagttgcacattgattgatgattctcatcccagactttgttcaaattgagaagtgagcttaatttaagggtatccaaattaggaaatg |
20368100 |
T |
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| Q |
407 |
caatctacataaaaacaaactagcataaatcattact |
443 |
Q |
| |
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| T |
20368099 |
aaacctacataaaaacaaattaacagaaatcattact |
20368063 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 8 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 13670602 - 13670170
Alignment:
| Q |
8 |
atattgtcttcaagttgtccatatccttgaatatgannnnnnnctaatttcaaaaaatgaacctatgaaatcataaataaccacaatcagtataaataat |
107 |
Q |
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| T |
13670602 |
atattgtcttcaagctgtccatatccttcaatatgattttct-ctaatttcaaaaaatgaaccta---aatcatgaataaccaccatcagtataaataat |
13670507 |
T |
|
| Q |
108 |
tgtttaaattgcaagttnnnnnnnttggatgttttcaataatagaattaccacacctcttttactgcattatttctatcttctttagctattatctcctc |
207 |
Q |
| |
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| | |||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |
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| T |
13670506 |
tatataaattacaattttaaaaaattggatgttttcaataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctttagttattatatcctc |
13670407 |
T |
|
| Q |
208 |
c-tcataggacaattacttatttcaagttgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagatgaaaataaatacttcaatccaacacaattatccaca |
306 |
Q |
| |
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| T |
13670406 |
cattataagacaattacttatctcaaggtatttgagattcaaaaaactttcaaccaaagtagagggaaataaatacttcaatccaacacaattatccaca |
13670307 |
T |
|
| Q |
307 |
atcaagctagtcaagttgcacatagattgataatggtcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagagtatccaaattaggaaact |
406 |
Q |
| |
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| T |
13670306 |
atcaagctagtcaagttgcacattgattgatgattgacatcccaaattttattcaaattgagaagtgagctcaatttaagggtatccaaattaggaaatg |
13670207 |
T |
|
| Q |
407 |
caatctacataaaaacaaactagcataaatcattact |
443 |
Q |
| |
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| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |
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| T |
13670206 |
cgacctacataaaaacaaattagcagaaatcattact |
13670170 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 12 - 447
Target Start/End: Original strand, 15899218 - 15899637
Alignment:
| Q |
12 |
tgtcttcaagttgtccatatccttgaatatgannnnnnnctaatttcaaaaaatgaacctatgaaatcataaataaccacaatcagtataaataattgtt |
111 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
15899218 |
tgtcttcaagttgtccatatccttcaatatgattttct-ctaatttcaagaaatgaacctatgaattcgtaaataaccactattagtataaataattatt |
15899316 |
T |
|
| Q |
112 |
taaattgcaagttnnnnnnnttggatgttttcaataatagaattaccacacctcttttactgcattatttctatcttctttagctattatctcctcc-tc |
210 |
Q |
| |
|
||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |
|
|
| T |
15899317 |
taaattgcaagttcc----------------cgatagtagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctttaactattatctcctccatc |
15899400 |
T |
|
| Q |
211 |
ataggacaattacttatttcaagttgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagatgaaaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatca |
310 |
Q |
| |
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|||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15899401 |
atagaacaattacttatttcaaggtgtttaaggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatca |
15899500 |
T |
|
| Q |
311 |
agctagtcaagttgcacatagattgataatggtcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagagtatccaaattaggaaactcaat |
410 |
Q |
| |
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| T |
15899501 |
agcaagtcaagttgcacatagattgatgattatcatgccaaacttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagggtatccaaattcggaaactcaac |
15899600 |
T |
|
| Q |
411 |
ctacataaaaacaaactagcataaatcattactgaag |
447 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||| | || ||||||||||||||| |
|
|
| T |
15899601 |
ctacataaaaccaaacaaacagaaatcattactgaag |
15899637 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 138 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 13655087 - 13654820
Alignment:
| Q |
138 |
gttttcaataatagaattaccacacctcttttactgcattatttctatcttctttagctattatctcctcc-tcataggacaattacttatttcaagttg |
236 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||| || | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
13655087 |
gttttcaataacagaattaccatacctcttttaatgcattatttctctcctttttagctattatctcctccatcataggacaattacttatttcaaggtg |
13654988 |
T |
|
| Q |
237 |
tttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagatgaaaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacatagattga |
336 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
13654987 |
tttgaggttcataaaacttttaaccaaagtagagggaaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacatagattga |
13654888 |
T |
|
| Q |
337 |
taatggtcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagagtatccaaattaggaaa |
404 |
Q |
| |
|
| || ||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
13654887 |
tgattgtcatcccagactttattcaaattgagaagtgagctcaatttaagggtatccaaactaggaaa |
13654820 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 190; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 143 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 13684726 - 13684421
Alignment:
| Q |
143 |
caataatagaattaccacacctcttttactgcattatttctatcttctttagctattatctcctcc-tcataggacaattacttatttcaagttgtttga |
241 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| || |||||||| | |||||| |||| || | ||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
13684726 |
caataatagaattagcatacctctttcagtgcattgtttcagtcatttttagctattatctcctccatcatatgacagttacttatttcaaggtgtttga |
13684627 |
T |
|
| Q |
242 |
ggttcataaaactttcaaccaaagtagatgaaaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacatagattgataatg |
341 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || |
|
|
| T |
13684626 |
ggttcataaaactttcaaccaaagaagaagaaaataaatacttcaatccaacacaattatccacaaacaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
13684527 |
T |
|
| Q |
342 |
gtcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagagtatccaaattaggaaactcaatctacataaaaacaaactagcataaatcatta |
441 |
Q |
| |
|
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| || || ||||||||| |
|
|
| T |
13684526 |
gtcatcccaaaattaattcaaattgagaagtgagctcaatttaagggtatccaaattaggaaatgcaacctacataaaaacaaattaacagaaatcatta |
13684427 |
T |
|
| Q |
442 |
ctgaag |
447 |
Q |
| |
|
|||||| |
|
|
| T |
13684426 |
ctgaag |
13684421 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 185; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 8 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 13543442 - 13543021
Alignment:
| Q |
8 |
atattgtcttcaagttgtccatatccttgaatatgannnnnnnctaatttcaaaaaatgaacctatgaaatcataaataaccaca--atcagta----ta |
101 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| | || |||| || |
|
|
| T |
13543442 |
atattgtcttcaagttgtccatatccttcaatatgattttct-ctaatttcaaaaattgaacctatgaattcataaataaccataccattagtaaaaata |
13543344 |
T |
|
| Q |
102 |
aataattgtttaaattgcaagttnnnnnnn--ttggatgttttcaataatagaattaccacacctcttttactgcattatttctatcttctttagctatt |
199 |
Q |
| |
|
||||||| |||||| |||||||| | ||| || |||| |||| |||||| || ||||| | |||||| ||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
13543343 |
aataattatttaaactgcaagtttaaaattaatcggacattccaaatagtagagttaccatacatctttcaatgcattgtttctgtcttctttagctata |
13543244 |
T |
|
| Q |
200 |
atctcctcc-tcataggacaattacttatttcaagttgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagatgaaaataaatacttcaatccaacacaat |
298 |
Q |
| |
|
|||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13543243 |
atctccaccatcataggacaattacttatttcaaggtgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagaagatgagaataaatacttcaatccaacacaat |
13543144 |
T |
|
| Q |
299 |
tatccacaatcaagctagtcaagttgcacatagattgataatggtcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagagtatccaaatt |
398 |
Q |
| |
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| T |
13543143 |
tatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgattgtcatcccaaatttgatttaaattgagaagtgaactcaatttaagggtatccaaaca |
13543044 |
T |
|
| Q |
399 |
aggaaactcaatctacataaaaa |
421 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
13543043 |
tggaaactcaacctacataaaaa |
13543021 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 184; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 143 - 425
Target Start/End: Original strand, 19138450 - 19138733
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241 |
Q |
| |
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|||||||||||||| || |||||||| | |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||| ||||||| |
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| T |
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caataatagaattagcatacctctttcagtgcattgtttctgtcttttttagctattatctcctccatcatatgacagttacttatttcaaggtgtttga |
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T |
|
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242 |
ggttcataaaactttcaaccaaagtagatgaaaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacatagattgataatg |
341 |
Q |
| |
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|
|
| T |
19138550 |
ggttcataaaactttcaaccaaagtagagggaaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
19138649 |
T |
|
| Q |
342 |
gtcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagagtatccaaattaggaaactcaatctacataaaaacaaa |
425 |
Q |
| |
|
||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| |
|
|
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19138650 |
gtcatcccagactttattcaaattgagaagtgagctcaatttaagggtatccaaattaggaaatgcaacctacgtaaaaacaaa |
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T |
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Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 183; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 143 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 13506214 - 13505952
Alignment:
| Q |
143 |
caataatagaattaccacacctcttttactgcattatttctatcttctttagctattatctcctcc-tcataggacaattacttatttcaagttgtttga |
241 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| || |||||||| | |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
13506214 |
caataatagaattagcatacctctttcagtgcattgtttctgtcttttttagctattatctcctccatcatatgacagttacttatttcaaggtgtttga |
13506115 |
T |
|
| Q |
242 |
ggttcataaaactttcaaccaaagtagatgaaaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacatagattgataatg |
341 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
13506114 |
ggttcataaaactttcaaccaaagtagagggaaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacatagattgatgatt |
13506015 |
T |
|
| Q |
342 |
gtcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagagtatccaaattaggaaa |
404 |
Q |
| |
|
||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13506014 |
gtcatcccagactttattcaaattgagaagtgagctcaatttaagggtatccaaattaggaaa |
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T |
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Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 182; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 8 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 13420944 - 13420547
Alignment:
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107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||| |||| || | |||||||||| |
|
|
| T |
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T |
|
| Q |
108 |
tgtttaaattgcaagttnnnnnnnttggatgttttcaataatagaattaccacacctcttttactgcattatttctatcttctttagctattatctcctc |
207 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
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T |
|
| Q |
208 |
c-tcataggacaattacttatttcaagttgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagatgaaaataaatacttcaatccaacacaattatccaca |
306 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | ||| || |||||||||||||||||| |||||||||||| |
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|
| T |
13420761 |
catcataggacaattagttatttcaaggtgtttgaggttcataaaactttcaacaaacgaagaagagaataaatacttcaatccattgcaattatccaca |
13420662 |
T |
|
| Q |
307 |
atcaagctagtcaagttgcacatagattgataatggtcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagagtatccaaattaggaaact |
406 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
13420661 |
atcaagctagtcaagttgcacatagattgatgattgtcatcccaaactttattcaaattgagaagtgagctcaatttaagggtatccaaaataggaaatg |
13420562 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 179; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 8 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 13610404 - 13609999
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| Q |
8 |
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107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| || |||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| |
|
|
| T |
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T |
|
| Q |
108 |
tgtttaaattgcaagttnnnnnnnttggatgttttcaataatagaattaccacacctcttttactgcattatttctatcttctttagctattatctcctc |
207 |
Q |
| |
|
| |||||| | | ||||||| | |||||||||||||| || |||||||| | |||||| ||||| || | |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
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13610218 |
T |
|
| Q |
208 |
c-tcataggacaattacttatttcaagttgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagatgaaaataaatacttcaatccaacacaattatccaca |
306 |
Q |
| |
|
| ||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13610217 |
catcatatgacagttacttatttcaaggtgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagaagagggaaataaatacttcaatccaacacaattatccaca |
13610118 |
T |
|
| Q |
307 |
atcaagctagtcaagttgcacatagattgataatggtcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagagtatccaaattaggaaact |
406 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13610117 |
atcaagctagtcaagttgcacattgattgatgattgtcatcccagactttattcaaattgagaagtgagctcaatttaagggtatccaaattaggaaatg |
13610018 |
T |
|
| Q |
407 |
caatctacataaaaacaaa |
425 |
Q |
| |
|
||| |||| |||||||||| |
|
|
| T |
13610017 |
caacctacgtaaaaacaaa |
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Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 152 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 13649964 - 13649690
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Q |
| |
|
||||| || |||||||| | |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |
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|
| T |
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T |
|
| Q |
251 |
aactttcaaccaaagtagatgaaaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacatagattgataatggtcatccca |
350 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||| |
|
|
| T |
13649864 |
aactttcaaccaaagtagagggaaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgattgtcatccca |
13649765 |
T |
|
| Q |
351 |
aatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagagtatccaaattaggaaactcaatctacataaaaacaaa |
425 |
Q |
| |
|
| || ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| |
|
|
| T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #13
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Query Start/End: Original strand, 149 - 399
Target Start/End: Original strand, 16468659 - 16468910
Alignment:
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247 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||| | ||||| || | ||||||||||| |||||||| ||| ||| ||||||||||| |||||||| |||| |||||| |
|
|
| T |
16468659 |
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16468758 |
T |
|
| Q |
248 |
taaaactttcaaccaaagtagatgaaaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacatagattgataatggtcatc |
347 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||| |||||| || ||||| |||||||| || |||| || |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | || | |||||| |
|
|
| T |
16468759 |
taaaacttccaaccacagtagacgagaataagtacttcaacgcaccacacttctccacaatcaaggtagtcaagttgtacatagaataatgactgtcatc |
16468858 |
T |
|
| Q |
348 |
ccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagagtatccaaatta |
399 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||| || || |||||| |
|
|
| T |
16468859 |
ccaaattttattcaaattgcggagtgagctcaatttaagggtctctaaatta |
16468910 |
T |
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Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 8 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 13650126 - 13650020
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Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| || |||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
13650126 |
atattgtcttcaagctgtccatatccttcaatatgatttttt-ctaaatttaaaaaacgaacctatgaattcataaataaccaccatcagtataaataat |
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T |
|
| Q |
108 |
tgtttaaa |
115 |
Q |
| |
|
| |||||| |
|
|
| T |
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tatttaaa |
13650020 |
T |
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Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 626 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 13684170 - 13684112
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| Q |
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684 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
13684170 |
actaacttttaactttgaaaatcttgagcaagatgtaattgttaatattcttatcattt |
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T |
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Target: chr1; HSP #16
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Query Start/End: Original strand, 8 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 13506336 - 13506230
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| Q |
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atattgtcttcaagttgtccatatccttgaatatgannnnnnnctaatttcaaaaaatgaacctatgaaatcataaataaccacaatcagtataaataat |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| || |||| | ||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||| |
|
|
| T |
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atattgtcttcaagttgttcatatccttcaatatgatttttt-ctaaatttaaaagacgaacctatgaattcataaataactaccatcagaataaataat |
13506238 |
T |
|
| Q |
108 |
tgtttaaa |
115 |
Q |
| |
|
| |||||| |
|
|
| T |
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tatttaaa |
13506230 |
T |
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Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 624 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 13542818 - 13542777
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| Q |
624 |
aaactaacttttaacattgaaaatcttgagcaagatgtaatt |
665 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13542818 |
aaactaacttttaactttgaaaatcttgagcaagatgtaatt |
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T |
|
Back To:
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Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 541 - 586
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| Q |
541 |
tgaaacaacgtataactaatagtttaattaaaaagtaacaactatg |
586 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
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tgaaacaacgtataactaatagtataattaaaaagtaaaaactatg |
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T |
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Back To:
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Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 8 - 115
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107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| || |||| | ||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||| |
|
|
| T |
13684848 |
atattgtcttcaagttgttcatatccttcaatatgatttttt-ctaaatttaaaagacgaacctatgaattcataaataacaaccatcagaataaataat |
13684750 |
T |
|
| Q |
108 |
tgtttaaa |
115 |
Q |
| |
|
| |||||| |
|
|
| T |
13684749 |
tatttaaa |
13684742 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 624 - 681
Target Start/End: Original strand, 15899813 - 15899870
Alignment:
| Q |
624 |
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681 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| | |||||| |
|
|
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aaactaacttttaacattgcaaatcttgagcaagatgtaatcgttattacttttatca |
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T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 8 - 203
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Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||| ||||||||| |||||||| ||||||| ||||| |||| ||||| ||| |
|
|
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atattgtcttcaagttgtccatgtccttcaatatgattttctcc-aatttgaaaaaatgatcctatgaattcataaacaaccattatcatcataaaaaat |
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T |
|
| Q |
108 |
tgtttaaattgcaagttnnnnnnn--ttggatgttttcaataatagaattaccacacctcttttactgcattatttctatcttctttagctattatct |
203 |
Q |
| |
|
| ||||||| |||| || |||||| ||||||| ||||||| || |||||||| | |||||| ||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16497259 |
tatttaaat-gcaaatttaaaattaattggattgtttcaatgggagaattagcatacctctttcaatgcattgtttctctcttctttagctattatct |
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T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 43
Target Start/End: Original strand, 19138320 - 19138355
Alignment:
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| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
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T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006 (Bit Score: 245; Significance: 1e-135; HSPs: 10)
Name: scaffold0006
Description:
Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 8 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 57032 - 56595
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8 |
atattgtcttcaagttgtccatatccttgaatatgannnnnnnctaatttcaaaaaatgaacctatgaaatcataaataaccacaatcagtataaataat |
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Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| | |
|
|
| T |
57032 |
atattgacttcaagttgtccatatccttcagtatgattttct-ctaatttcaaaaaatgaacctatgaaatcataaataaccactattagtataaatagt |
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T |
|
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tgtttaaattgcaagttnnnnnnn--ttggatgttttcaataatagaattaccacacctcttttactgcattatttctatcttctttagctattatctcc |
205 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| | |||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
56933 |
tatttaaattgcaagtttaaaattaattggatgtttcctataatagaattaccatacctctttcaatgcattgtttctgtcttctttagctataatctct |
56834 |
T |
|
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206 |
tcc-tcataggacaattacttatttcaagttgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagatgaaaataaatacttcaatccaacacaattatcca |
304 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
56833 |
tccatcataggacaattacttatttcaaggtgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagagagaaataaatacttcaatccaacacaataatcca |
56734 |
T |
|
| Q |
305 |
caatcaagctagtcaagttgcacatagattgataatggtcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagagtatccaaattaggaaa |
404 |
Q |
| |
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|
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| T |
56733 |
caatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgattgtcatcccatattttattcaaattgagaagtgagctcaatttaagggtatccaaattaggaaa |
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T |
|
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405 |
ctcaatctacataaaaacaaactagcataaatcattact |
443 |
Q |
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||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||| |
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|
| T |
56633 |
ctcaacctacataaaaacaaatcaacagaaatcattact |
56595 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 8 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 168216 - 167784
Alignment:
| Q |
8 |
atattgtcttcaagttgtccatatccttgaatatgannnnnnnctaatttcaaaaaatgaacctatgaaatcataaataaccacaatcagtataaataat |
107 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
168216 |
atattgtcttcaagctgtccatatccttcaatatgattttct-ctaatttcaaaaaatgaaccta---aatcatgaataaccaccatcagtataaataat |
168121 |
T |
|
| Q |
108 |
tgtttaaattgcaagttnnnnnnnttggatgttttcaataatagaattaccacacctcttttactgcattatttctatcttctttagctattatctcctc |
207 |
Q |
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| | |||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |
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| T |
168120 |
tatataaattacaattttaaaaaattggatgttttcaataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctttagttattatatcctc |
168021 |
T |
|
| Q |
208 |
c-tcataggacaattacttatttcaagttgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagatgaaaataaatacttcaatccaacacaattatccaca |
306 |
Q |
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| T |
168020 |
cattataagacaattacttatctcaaggtatttgagattcaaaaaactttcaaccaaagtagagggaaataaatacttcaatccaacacaattatccaca |
167921 |
T |
|
| Q |
307 |
atcaagctagtcaagttgcacatagattgataatggtcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagagtatccaaattaggaaact |
406 |
Q |
| |
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| T |
167920 |
atcaagctagtcaagttgcacattgattgatgattgacatcccaaattttattcaaattgagaagtgagctcaatttaagggtatccaaattaggaaatg |
167821 |
T |
|
| Q |
407 |
caatctacataaaaacaaactagcataaatcattact |
443 |
Q |
| |
|
| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
167820 |
cgacctacataaaaacaaattagcagaaatcattact |
167784 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 8 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 109967 - 109539
Alignment:
| Q |
8 |
atattgtcttcaagttgtccatatccttgaatatgannnnnnnctaatttcaaaaaatgaacctatgaaatcataaataaccacaatcagtataaataat |
107 |
Q |
| |
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|||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
109967 |
atattgtcttcaagatgtccatatccttaaatatgattttct-ctaatttcaaaaaatgaacctatgaaatcatgaataaccaccatcagtataaataat |
109869 |
T |
|
| Q |
108 |
tgtttaaattgcaagttnnnnnnnttggatgttttcaataatagaattaccacacctcttttactgcattatttctatcttctttagctattatctcctc |
207 |
Q |
| |
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| |||||| | | ||||||| | |||||||||||||| || |||||| | | ||||| |||| || | |||||||||||||||||| |
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| T |
109868 |
tatttaaaattaa-----------ttggatgctcccaataatagaattatcatacctctctcaaagcattgtttccgtcatttttagctattatctcctc |
109780 |
T |
|
| Q |
208 |
c-tcataggacaattacttatttcaagttgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagatgaaaataaatacttcaatccaacacaattatccaca |
306 |
Q |
| |
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| ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
109779 |
catcatatgacaattacttatttcaaggtgtctgaggttcataaaactttcaaccaaagaagatgagaataaatacttcaatccaacacaattatccaca |
109680 |
T |
|
| Q |
307 |
atcaagctagtcaagttgcacatagattgataatggtcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagagtatccaaattaggaaact |
406 |
Q |
| |
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|
| T |
109679 |
atcaagctagtcaagttgcacattgattgatgattctcatcccagactttgttcaaattgagaagtgagctcaatttaagggtatccaaattagaaaatg |
109580 |
T |
|
| Q |
407 |
caatctacataaaaacaaactagcataaatcattactgaag |
447 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||| || || ||||||||||||||| |
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|
| T |
109579 |
caacctacataaaaacaaattaacagaaatcattactgaag |
109539 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006; HSP #4
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 138 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 144848 - 144581
Alignment:
| Q |
138 |
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236 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||| || | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
144848 |
gttttcaataacagaattaccatacctcttttaatgcattatttctctcctttttagctattatctcctccatcataggacaattacttatttcaaggtg |
144749 |
T |
|
| Q |
237 |
tttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagatgaaaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacatagattga |
336 |
Q |
| |
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|
| T |
144748 |
tttgaggttcataaaacttttaaccaaagtagagggaaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacatagattga |
144649 |
T |
|
| Q |
337 |
taatggtcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagagtatccaaattaggaaa |
404 |
Q |
| |
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| || ||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |
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|
| T |
144648 |
tgattgtcatcccagactttattcaaattgagaagtgagctcaatttaagggtatccaaactaggaaa |
144581 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006; HSP #5
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 8 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 218807 - 218445
Alignment:
| Q |
8 |
atattgtcttcaagttgtccatatccttgaatatgannnnnnnctaatttcaaaaaatgaacctatgaaatcataaataaccacaatcagtataaataat |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
218807 |
atattgtcttcaagctgtccatatccttcaatat-aattttctctaatttcaaaaaatgaacctatgaaatcatgaataaccaccatcagtataaataat |
218709 |
T |
|
| Q |
108 |
tgtttaaattgcaagttnnnnnnnttggatgttttcaataatagaattaccacacctcttttactgcattatttctatcttctttagctattatctcctc |
207 |
Q |
| |
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| |||||| | | ||||||| | |||||||||||||| || |||||||| | |||||| |||| || | |||||||||||||||||| |
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| T |
218708 |
tatttaaaattaa-----------ttggatgctcccaataatagaattatcatacctctttcagtgcattgtttccgtcatttttagctattatctcctc |
218620 |
T |
|
| Q |
208 |
c-tcataggacaattacttatttcaagttgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagatgaaaataaatacttcaatccaacacaattatccaca |
306 |
Q |
| |
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| ||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
218619 |
catcatatgacagttacttatttcaaggtgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagaagatgagaataaatacttcaatccaacacaattatccaca |
218520 |
T |
|
| Q |
307 |
atcaagctagtcaagttgcacatagattgataatggtcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaat |
381 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
218519 |
atcaagctagtcaagttgcacattgattgatgattgtcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaat |
218445 |
T |
|
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006; HSP #6
Raw Score: 184; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 143 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 139765 - 139482
Alignment:
| Q |
143 |
caataatagaattaccacacctcttttactgcattatttctatcttctttagctattatctcctcc-tcataggacaattacttatttcaagttgtttga |
241 |
Q |
| |
|
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|
| T |
139765 |
caataatagaattagcatacctctttcagtgcattgtttctgtcttttttagctattatctcctccatcatatgacagttacttatttcaaggtgtttga |
139666 |
T |
|
| Q |
242 |
ggttcataaaactttcaaccaaagtagatgaaaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacatagattgataatg |
341 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
139665 |
ggttcataaaactttcaaccaaagtagagggaaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
139566 |
T |
|
| Q |
342 |
gtcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagagtatccaaattaggaaactcaatctacataaaaacaaa |
425 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
139565 |
gtcatcccagactttattcaaattgagaagtgagctcaatttaagggtatccaaattaggaaatgcaacctacgtaaaaacaaa |
139482 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006; HSP #7
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 244 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 205706 - 205507
Alignment:
| Q |
244 |
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343 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
205706 |
ttcataaaactttcaaccaaagaagatgagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgattgt |
205607 |
T |
|
| Q |
344 |
catcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagagtatccaaattaggaaactcaatctacataaaaacaaactagcataaatcattact |
443 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
205606 |
catcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagggtatccaaattaggaaatgcaacctacataaaaacaaattagcagaaatcattact |
205507 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 626 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 109018 - 108960
Alignment:
| Q |
626 |
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684 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
109018 |
actaacttttaactttgaaaatcttgagcaagatgtaattgttaatattcttatcattt |
108960 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 8 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 139887 - 139781
Alignment:
| Q |
8 |
atattgtcttcaagttgtccatatccttgaatatgannnnnnnctaatttcaaaaaatgaacctatgaaatcataaataaccacaatcagtataaataat |
107 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
139887 |
atattgtcttcaagttgttcatatccttcaatatgatttttt-ctaaatttaaaagacgaacctatgaattcataaataactaccatcagaataaataat |
139789 |
T |
|
| Q |
108 |
tgtttaaa |
115 |
Q |
| |
|
| |||||| |
|
|
| T |
139788 |
tatttaaa |
139781 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 541 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 167766 - 167721
Alignment:
| Q |
541 |
tgaaacaacgtataactaatagtttaattaaaaagtaacaactatg |
586 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
167766 |
tgaaacaacgtataactaatagtataattaaaaagtaaaaactatg |
167721 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 8 - 443
Target Start/End: Original strand, 38057859 - 38058278
Alignment:
| Q |
8 |
atattgtcttcaagttgtccatatccttgaatatgannnnnnnctaatttcaaaaaatgaacctatgaaatcataaataaccacaatcagtataaataat |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
38057859 |
atattgtcttcaagttgtccatatccttcaatatgatttttt-ctaatttcaaaaaatgatcctatgaattcatgaataaccatcatcagtataaataat |
38057957 |
T |
|
| Q |
108 |
tgtttaaattgcaagttnnnnnnnttggatgttttcaataatagaattaccacacctcttttactgcattatttctatcttctttagctattatctcctc |
207 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||||||| | |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38057958 |
tatttaaattgcaagcg---------ggag-------atagtagaattaccatacctctttcaatgcattatttctgtcttttttagctattatctcctc |
38058041 |
T |
|
| Q |
208 |
c-tcataggacaattacttatttcaagttgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagatgaaaataaatacttcaatccaacacaattatccaca |
306 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
38058042 |
catcataggacaattacttatttcaaggtgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagaggggaataaatacttcaatccaacacaattatcgaca |
38058141 |
T |
|
| Q |
307 |
atcaagctagtcaagttgcacatagattgataatggtcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagagtatccaaattaggaaact |
406 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |
|
|
| T |
38058142 |
atcaagctagtcaagttgcacatagattgatgattgtcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagggtgtccaaattaggaaatg |
38058241 |
T |
|
| Q |
407 |
caatctacataaaaacaaactagcataaatcattact |
443 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||| || || ||||||||||| |
|
|
| T |
38058242 |
caacctacataaaaacaaattaacagaaatcattact |
38058278 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0406 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 2)
Name: scaffold0406
Description:
Target: scaffold0406; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 8 - 447
Target Start/End: Original strand, 7839 - 8267
Alignment:
| Q |
8 |
atattgtcttcaagttgtccatatccttgaatatgannnnnnnctaatttcaaaaaatgaacctatgaaatcataaataaccacaatcagtataaataat |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
7839 |
atattgtcttcaagttgtccatatccttcagtatgattttct-ctaatttcaaaaaatgaacctatgaaatcatgaataaccaccatcagtataaataat |
7937 |
T |
|
| Q |
108 |
tgtttaaattgcaagttnnnnnnnttggatgttttcaataatagaattaccacacctcttttactgcattatttctatcttctttagctattatctcctc |
207 |
Q |
| |
|
| |||||| | | ||||||| | |||||||||||||| || |||||||| | |||||| |||| || | |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7938 |
tatttaaaattaa-----------ttggatgctcccaataatagaattatcatacctctttcagtgcattgtttccgtcatttttagctattatctcctc |
8026 |
T |
|
| Q |
208 |
c-tcataggacaattacttatttcaagttgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagatgaaaataaatacttcaatccaacacaattatccaca |
306 |
Q |
| |
|
| ||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8027 |
catcatatgacagttacttatttcaaggtgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagaagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatccaca |
8126 |
T |
|
| Q |
307 |
atcaagctagtcaagttgcacatagattgataatggtcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagagtatccaaattaggaaact |
406 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| |
|
|
| T |
8127 |
atcaagctagtcaagttgcacattgattgatgattgtcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatgtaagggcatccaaattaggaaatg |
8226 |
T |
|
| Q |
407 |
caatctacataaaaacaaactagcataaatcattactgaag |
447 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||| || || ||||||||||||||| |
|
|
| T |
8227 |
caacctacataaaaacaaattaacagaaatcattactgaag |
8267 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0406; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 626 - 684
Target Start/End: Original strand, 8788 - 8846
Alignment:
| Q |
626 |
actaacttttaacattgaaaatcttgagcaagatgtaattattattattcttatcattt |
684 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
8788 |
actaacttttaactttgaaaatcttgagcaagatgtaattgttaatattcttatcattt |
8846 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0069 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 3)
Name: scaffold0069
Description:
Target: scaffold0069; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 136 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 26375 - 26066
Alignment:
| Q |
136 |
atgttttcaataatagaattacc-acacctcttttactgcattatttctatcttctttagctattatctcctcc-tcataggacaattacttatttcaag |
233 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26375 |
atgttttcaataatagaattacccatacctcttttactgcattatttctatcttctttagttattatatcctccatgataggacaattacttatttcaag |
26276 |
T |
|
| Q |
234 |
ttgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagatgaaaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacatagat |
333 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
26275 |
atgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagaagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgat |
26176 |
T |
|
| Q |
334 |
tgataatggtcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagagtatccaaattaggaaactcaatctacataaaaacaaactagcata |
433 |
Q |
| |
|
|||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || || | |
|
|
| T |
26175 |
tgatgattgtcatcccaaattttattcaaattgagaagtgatctcaatttaagggtaagcaaattaggaaactcaacctacataaaaacaaattaacaga |
26076 |
T |
|
| Q |
434 |
aatcattact |
443 |
Q |
| |
|
|||||||||| |
|
|
| T |
26075 |
aatcattact |
26066 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0069; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 8 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 26596 - 26493
Alignment:
| Q |
8 |
atattgtcttcaagttgtccatatccttgaatatgannnnnnnctaatttcaaaaaatgaacctatgaaatcataaataaccacaatcagtataaataat |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
26596 |
atattgtcttcaagctgtccatatccttcaatatgattttct-ctaatttcaaaaaatgaaccta---aatcatgaataaccaccatcagtataaataat |
26501 |
T |
|
| Q |
108 |
tgtttaaa |
115 |
Q |
| |
|
| |||||| |
|
|
| T |
26500 |
tatttaaa |
26493 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0069; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 541 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 26048 - 26003
Alignment:
| Q |
541 |
tgaaacaacgtataactaatagtttaattaaaaagtaacaactatg |
586 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
26048 |
tgaaacaacgtataactaatagtataattaaaaagtaaaaactatg |
26003 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 203; Significance: 1e-110; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 8 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 21814485 - 21814075
Alignment:
| Q |
8 |
atattgtcttcaagttgtccatatccttgaatatgannnnnnnctaatttcaaaaaatgaacctatgaaatcataaataaccacaatcagtataaataat |
107 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
21814485 |
atattgtcttcaagctggccatatccttcagtatgattttct-ctaatttcaaaaaattaacctatgaattaataaataatcgctattagtataaacaat |
21814387 |
T |
|
| Q |
108 |
tgtttaaattgcaagttnnnnnnn--ttggatgttttcaataatagaattaccacacctcttttactgcattatttctatcttctttagctattatctcc |
205 |
Q |
| |
|
| |||||||| |||||| ||| ||| | ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||| |
|
|
| T |
21814386 |
tatttaaattacaagtttaaaattaattgaatgctc-caataatagaattaccatacctattttactgcattatttctctctgttttagctataatctcc |
21814288 |
T |
|
| Q |
206 |
tcc-tcataggacaattacttatttcaagttgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagatgaaaataaatacttcaatccaacacaattatcca |
304 |
Q |
| |
|
||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21814287 |
tccatgataggacaattacttatttcaagatgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatcca |
21814188 |
T |
|
| Q |
305 |
caatcaagctagtcaagttgcacatagattgataatggtcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagagtatccaaattaggaaa |
404 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |
|
|
| T |
21814187 |
caatcaagctagtcaagttgcacattgattgataattgtcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagggcatccaaattaggaaa |
21814088 |
T |
|
| Q |
405 |
ctcaatctacata |
417 |
Q |
| |
|
||| ||||||| |
|
|
| T |
21814087 |
tgcaacctacata |
21814075 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 161 - 425
Target Start/End: Original strand, 22284217 - 22284482
Alignment:
| Q |
161 |
acctcttttactgcattatttctatcttctttagctattatctcctcc-tcataggacaattacttatttcaagttgtttgaggttcataaaactttcaa |
259 |
Q |
| |
|
|||||||| | |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22284217 |
acctctttcaatgcattgtttctgtcttttttagctattatctcctccatcataggacaattacttatttcaaggtgtttgaggttcataaaactttcaa |
22284316 |
T |
|
| Q |
260 |
ccaaagtagatgaaaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacatagattgataatggtcatcccaaatttgatt |
359 |
Q |
| |
|
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
22284317 |
ccaaagtagagggaaataaatacttcaatccaacacaattatcgacaatcaagttagtcaagttgtacatagattgatgattgtcatcccaaacttgatt |
22284416 |
T |
|
| Q |
360 |
caaattgagaagtgagctcaatttaagagtatccaaattaggaaactcaatctacataaaaacaaa |
425 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| |||| |||||||||| |
|
|
| T |
22284417 |
caaattgagaattgagctcaatttaacggtatccaatttaggaaatgcaacctacgtaaaaacaaa |
22284482 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 8 - 124
Target Start/End: Original strand, 22284066 - 22284180
Alignment:
| Q |
8 |
atattgtcttcaagttgtccatatccttgaatatgannnnnnnctaatttcaaaaaatgaacctatgaaatcataaataaccacaatcagtataaataat |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| | || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| ||| |||||| |
|
|
| T |
22284066 |
atattgtcttcaagttgtccatatccttcagtaagattttct-ctaatttcaaaaaatgaacctatgaattcataaat-accaccatcaatatcaataat |
22284163 |
T |
|
| Q |
108 |
tgtttaaattgcaagtt |
124 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
22284164 |
tatttaaattgcaagtt |
22284180 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 193; Significance: 1e-104; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 8 - 443
Target Start/End: Original strand, 20814823 - 20815259
Alignment:
| Q |
8 |
atattgtcttcaagttgtccatatccttgaatatgannnnnnnctaatttcaaaaaatgaacctatgaaatcataaataaccacaatcagtataaataat |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| | | || |||||||| ||| |
|
|
| T |
20814823 |
atattgtcttcaagctgtccatatccttcagtatgattttct-ctaatttcaaaaaattaacctatgaattcataaataatcgctattagtataaacaat |
20814921 |
T |
|
| Q |
108 |
tgtttaaattgcaagttnnnnnnn--ttggatgttttcaataatagaattaccacacctcttttactgcattatttctatcttctttagctattatctcc |
205 |
Q |
| |
|
| |||||||| |||||| ||| ||| | ||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||||| |
|
|
| T |
20814922 |
tatttaaattacaagtttaaaattaattgaatgctc-caataatagaattaccataccttttttcctgcattatttctctctgttttagctataatctcc |
20815020 |
T |
|
| Q |
206 |
tcc-tcataggacaattacttatttcaagttgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagatgaaaataaatacttcaatccaacacaattatcca |
304 |
Q |
| |
|
||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20815021 |
tccatgataggacaattacttatttcaagatgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatcca |
20815120 |
T |
|
| Q |
305 |
caatcaagctagtcaagttgcacatagattgataatggtcatcccaaatttgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagagtatccaaattaggaaa |
404 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||| | || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20815121 |
caatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgattctcatcccagactttgttcaaattgagaagtgagcttaatttaagggtatccaaattaggaaa |
20815220 |
T |
|
| Q |
405 |
ctcaatctacataaaaacaaactagcataaatcattact |
443 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||| || || ||||||||||| |
|
|
| T |
20815221 |
tgaaacctacataaaaacaaattaacagaaatcattact |
20815259 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0068 (Bit Score: 173; Significance: 1e-92; HSPs: 1)
Name: scaffold0068
Description:
Target: scaffold0068; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 156 - 447
Target Start/End: Original strand, 41141 - 41433
Alignment:
| Q |
156 |
accacacctcttttactgcattatttctatcttctttagctattatctcctcc-tcataggacaattacttatttcaagttgtttgaggttcataaaact |
254 |
Q |
| |
|
|||| |||||||| | ||||| ||||| || | |||||||||||| |||||| ||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
41141 |
accatacctctttcaatgcatggtttctctcctttttagctattatttcctccatcatatgacagttacttatttcaaggtgtttgaggttcataaaact |
41240 |
T |
|
| Q |
255 |
ttcaaccaaagtagatgaaaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacatagattgataatggtcatcccaaatt |
354 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |
|
|
| T |
41241 |
ttcaaccaaagtagagggaaataaatacttcaatccaacacatttatcgacaatcaagctagtcaagttgcacatagattgatgattgtcatcccaaatt |
41340 |
T |
|
| Q |
355 |
tgattcaaattgagaagtgagctcaatttaagagtatccaaattaggaaactcaatctacataaaaacaaactagcataaatcattactgaag |
447 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| || || ||||| ||||||||| |
|
|
| T |
41341 |
tgatttaaattgagaagtgaactcaatttaagggtatccaaatatggaaactcaacctacataaaaacaaattaacagaaatccttactgaag |
41433 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 698 - 735
Target Start/End: Complemental strand, 16964847 - 16964810
Alignment:
| Q |
698 |
ttttaaaaagttgcgattttggcgcctaacaaataaaa |
735 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |
|
|
| T |
16964847 |
ttttaaaaagttgcgattttggcccctaacaaaaaaaa |
16964810 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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