View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3010R-Insertion-2 (Length: 965)

Name: NF3010R-Insertion-2
Description: NF3010R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3010R-Insertion-2
NF3010R-Insertion-2
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (71-963)||(36290441-36291333)
chr8 (463-959)||(36312928-36313423)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 838; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 838; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 71 - 963
Target Start/End: Complemental strand, 36291333 - 36290441
Alignment:
Q  71 ttagcgaggaacctttcaatt-ctcaaacattgaagacccttctagtaagtaactgccaaattgtaactccaatttccctgtaaacctcaactaaactcc 169  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36291333 ttagcgaggaacctttcaattgctcaaacattgaagaccctcctagtaagtaactgccaaattgtaactccaattcccctgtaaacctcaactaaactcc 36291234  T
Q  170 attagctacaagataccaatcgaccctctttcccttcatttcattttccccttaattaggcactctataaatatgcatttcagctaaacctctattcatt 269  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36291233 attaactacaagataccaatcgaccctctttcccttcatttcattttccccttaattaggcactctataaatatgcatttcagctaaacctctattcatt 36291134  T
Q  270 cattcatcttataaacctcacaaatggctttttgtatttactttcttctatcattgtcataacttgtgctgtgtcctcaaaatggttgtgacttcaaaga 369  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36291133 cattcatcttataaacctcacaaaaggctttttgtattcactttcttctatcattgtcataacttgtgctgtgtcctcaaaatggttgtgacttcaaaga 36291034  T
Q  370 gaaccactacaaaatcatctgttagtgctaaccaacgtgatgattcatcactttcattagtccatgttgagcaagctctacccatttctgttgttgcacc 469  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36291033 gaaccactacaaaatcttctgttagtgctaaccaacgtgatgaatcatcactttcattagtccatgttgagcaagctctacccatttctgttgttgcacc 36290934  T
Q  470 aattgtttcatcatacaatgaaaaaatacgtccagttctcgatgcccttgagaatctaaggcgtctcaacattgccaaagaaggaattcagcttccaaca 569  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36290933 aattgtttcatcatacaatgaaaaaatacgtccagttctcgatgcccttgagaatctaaggcgtctcaacattgccaaagaaggaattcagcttccaaca 36290834  T
Q  570 attgttgttgttggagatcaatcttcaggaaagtccagtgtccttgaatctttagctggtatcagcttgccacgtggacaaggaatctgcacaagagtac 669  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  36290833 attgttgttgttggagatcaatcttcaggaaagtccagtgtccttgaatctttagctggtatcagcttgccacgtggacaaggaatctgcacgagagtac 36290734  T
Q  670 ccttaattatgcgccttcagaatcatccactttcaaaaccagaactcttgttagaattcaatagcaaaacagttttcactgatgaaaaagatgtttctga 769  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36290733 ccttaattatgcgccttcagaatcatccactttcaaaaccagaactcttgttagaattcaatggcaaaacagttttcactgatgaaaaagatgtttctga 36290634  T
Q  770 tgcaataaacatagctactgaggaaattgctggttctgccaaagggatttccaacactcctttgacattgattgtcaagaagaacggtgttcctgatctt 869  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36290633 tgcaataaacatagctactgaggaaattgctggttctgccaaagggatttccaacactcctttgacattgattgtcaagaagaacggtgttcctgatctt 36290534  T
Q  870 accatggttgatcttccaggtatcaacacatgtacctgttcatggtcaacctgataatatctatgatcagattaaagatattattatggagtat 963  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36290533 accatggttgatcttccaggtatc-acacgtgtacctgttcatggtcaacctgataatatctatgatcagattaaagatattattatggagtat 36290441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 463 - 959
Target Start/End: Complemental strand, 36313423 - 36312928
Alignment:
Q  463 ttgcaccaattgtttcatcatacaatgaaaaaatacgtccagttctcgatgcccttgagaatctaaggcgtctcaacattgccaaagaaggaattcagct 562  Q
    ||||||||||||| || || || ||||| || ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  36313423 ttgcaccaattgtatcttcttataatgagaagatacgtccagtgcttgatgctcttgaaaatctaaggcgtctcaacattgccaaagagggaatccagct 36313324  T
Q  563 tccaacaattgttgttgttggagatcaatcttcaggaaagtccagtgtccttgaatctttagctggtatcagcttgccacgtggacaaggaatctgcaca 662  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  36313323 tccaaccattgttgttgttggagatcaatcatctggaaagtctagtgtccttgaatcattagctggtatcagcttgccacgtggacaaggaatttgtaca 36313224  T
Q  663 agagtacccttaattatgcgccttcagaatcatccactttcaaaaccagaactcttgttagaattcaatagcaaaacagttttcactgatgaaaaagatg 762  Q
    || ||||| ||  ||||| | || || || |||   ||| || | ||||| ||  | || || |  ||| |||||   ||||| |||||||||  | |||    
T  36313223 agggtacctttggttatgaggctgcaaaaccatttgcttccacagccagagcttgtattggagtataatggcaaacaggttttaactgatgaagcaaatg 36313124  T
Q  763 tttctgatgcaataaacatagctactgaggaaattgctggttctgccaaagggatttccaacactcctttgacattgattgtcaagaagaacggtgttcc 862  Q
    | |||||||| ||||||| ||||||||| ||  |||||||  |||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||| |||||||| || |||||    
T  36313123 tctctgatgctataaacacagctactgaagagcttgctggaactgccaaagggatttcaaacactccactgactttgattgtgaagaagaatggcgttcc 36313024  T
Q  863 tgatcttaccatggttgatcttccaggtatcaacacatgtacctgttcatggtcaacctgataatatctatgatcagattaaagatattattatgga 959  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  36313023 tgaccttacaatggttgatcttccaggtat-aactcgtgttcctgttcatggtcaacctgataacatttatgatcagattaaggatattatcatgga 36312928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University