View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3011_low_18 (Length: 370)

Name: NF3011_low_18
Description: NF3011
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3011_low_18
NF3011_low_18
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (1-370)||(41711609-41711978)
chr5 (78-370)||(42125411-42125703)
chr5 (77-370)||(42130636-42130929)
chr5 (84-334)||(34238763-34239013)
chr5 (84-360)||(34230708-34230996)
chr5 (85-335)||(41569923-41570173)
chr5 (93-370)||(42118809-42119090)
chr5 (186-256)||(41433422-41433492)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (67-370)||(25520911-25521214)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (86-370)||(12250232-12250516)
chr2 (246-294)||(32680908-32680956)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (88-370)||(11120185-11120467)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (79-370)||(8524866-8525157)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 346; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Original strand, 41711609 - 41711978
Alignment:
Q  1 tcataatgagagttctgcattgcttcaattcaagtcatcattctctatgcacacttattatgatggttgtggtgaacctcttctgaaaacaacaacatgg 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  41711609 tcatgatgagagttctgcattgcttcaattcaagtcatcattcactatgcacacttattatgatggttgtggtgaacctcttctaaaaacaacaacatgg 41711708  T
Q  101 aaaaatgagactgattgttgctcatggcccggtgtcacatgtgacaccgtctatggtcgcgtggttggcctcaaccttggctgtgatggccttcaaggta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41711709 aaaaatgagactgattgttgctcatggcccggtgtcacatgtgacaccgtctatggtcgcgtggttggcctcaaccttggctgtgatggccttcaaggta 41711808  T
Q  201 tattccatcctaataatactcttttccatcttattcatctccaaacactcaacctttcttacagtgatttctcttagtcccattttcattctaagtttgg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  41711809 tattccatcctaataatactcttttccatcttgttcatctccaaacactcaacctttcttacaatgatttctcttactcccattttcattctaagtttgg 41711908  T
Q  301 tcggtttttgagtcttgcacatcttgacatgtcttatagttactttgaaggtgaaattccaattcaaatc 370  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41711909 tcggtttttgagtcttgcacatcttgacatgtcttatagttactttgaaggtgaaattccaattcaaatc 41711978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 78 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 42125703 - 42125411
Alignment:
Q  78 ctcttctgaaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgttgctcatggcccggtgtcacatgtgacaccgtctatggtcgcgtggttggcctcaacct 177  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||   |||||||| ||||| ||| ||  | ||| |||| |||||||||| ||    
T  42125703 ctcttctgaaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgataccatcactcgtcacgtgattggcctcaatct 42125604  T
Q  178 tggctgtgatggccttcaaggtatattccatcctaataatactcttttccatcttattcatctccaaacactcaacctttcttacagtgatttctcttag 277  Q
    ||||||||| ||||||||||||| | | |||||||| | ||| |||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||     
T  42125603 tggctgtgaaggccttcaaggtaaactacatcctaacagtacccttttcaatcttgttcatcttcaaacactcaacctttctaacaatgatttctcttac 42125504  T
Q  278 tcccattttcattctaagtttggtcggtttttgagtcttgcacatcttgacatgtcttatagttactttgaaggtgaaattccaattcaaatc 370  Q
    || ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||  ||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  42125503 tctcattttcattctaagtttggtgggtttatgagtcttgcacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaattcaaatc 42125411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 77 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 42130929 - 42130636
Alignment:
Q  77 cctcttctgaaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgttgctcatggcccggtgtcacatgtgacaccgtctatggtcgcgtggttggcctcaacc 176  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||   || ||||| |||||||| |||| ||||| |||| ||| ||||||||    
T  42130929 cctcttcttaaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggaatggcgtcacgtgtgacacagtctctggtcacgtgattgacctcaacc 42130830  T
Q  177 ttggctgtgatggccttcaaggtatattccatcctaataatactcttttccatcttattcatctccaaacactcaacctttcttacagtgatttctctta 276  Q
    |||||||||| ||||||  ||||| |||| ||||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |    
T  42130829 ttggctgtgaaggccttacaggtacattcaatcctaatagtaccctttttcatcttgttcatctccaaacactcaacctttcttacaatgatttctttga 42130730  T
Q  277 gtcccattttcattctaagtttggtcggtttttgagtcttgcacatcttgacatgtcttatagttactttgaaggtgaaattccaattcaaatc 370  Q
     || |||||||||| ||||||| || | |||  ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||||||| |||||||    
T  42130729 ctctcattttcattataagttttgtggatttcagagtcttacacatcttgacttgtctgatagtaacttagaaggtgaaattccaactcaaatc 42130636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 84 - 334
Target Start/End: Original strand, 34238763 - 34239013
Alignment:
Q  84 tgaaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgttgctcatggcccggtgtcacatgtgacaccgtctatggtcgcgtggttggcctcaaccttggctg 183  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||| | ||||| |||  ||||||| |||||||| ||    
T  34238763 tgaaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacgtgtgacaccgtatctggtcacgtcattggccttaaccttggttg 34238862  T
Q  184 tgatggccttcaaggtatattccatcctaataatactcttttccatcttattcatctccaaacactcaacctttcttacagtgatttctcttagtcccat 283  Q
    ||| ||| ||||||||||| |||||||||||| ||| |||||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| |   ||| ||    
T  34238863 tgaaggctttcaaggtatactccatcctaatagtacccttttcaatattgttcatctccaaacactcaacctttctaacaatggtttctatggttcctat 34238962  T
Q  284 tttcattctaagtttggtcggtttttgagtcttgcacatcttgacatgtct 334  Q
    ||| |||||||||||||  |||||  ||||||| ||||||||||| |||||    
T  34238963 tttgattctaagtttggcaggtttacgagtcttacacatcttgacttgtct 34239013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 84 - 360
Target Start/End: Original strand, 34230708 - 34230996
Alignment:
Q  84 tgaaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgttgctcatggcccggtgtcacatgtgacaccgtctatggtcgcgtggttggcctcaaccttggctg 183  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||| | ||||| |||  ||||||| |||||||||||    
T  34230708 tgaaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacgtgtgacaccgtatctggtcacgtcattggccttaaccttggctg 34230807  T
Q  184 tgatggccttcaaggtatattccatcctaataatactcttttccatcttattcatctccaaacactcaacctttcttacagt------------gatttc 271  Q
    ||| ||| ||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||  ||| || ||||  |||||||||||  ||| |            ||||||    
T  34230808 tgaaggctttcaaggtatactccatcctaatagtacccttttccatcttgctcaccttcaaatgctcaacctttcgaacaattatttctctaacgatttc 34230907  T
Q  272 tcttagtcccattttcattctaagtttggtcggtttttgagtcttgcacatcttgacatgtcttatagttactttgaaggtgaaattcc 360  Q
    |||   |||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||| ||| |||||| | ||| |||| ||| |||||||||    
T  34230908 tctggctcccattttcattctaagtttggcgggtttatgagtcttacacatctcgacttgtcttcttgtttctttcaagatgaaattcc 34230996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 85 - 335
Target Start/End: Original strand, 41569923 - 41570173
Alignment:
Q  85 gaaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgttgctcatggcccggtgtcacatgtgacaccgtctatggtcgcgtggttggcctcaaccttggctgt 184  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||  ||||||| |||||||  |||||||| || ||| | |||| |||||||||| |||| ||| |||||||||||    
T  41569923 gaaaacatcaacatggaaaattgagacaaattgttgttcatggcatggtgtcacgtgcgacgctgtctctggtcgcgtgattggtctcgaccttggctgt 41570022  T
Q  185 gatggccttcaaggtatattccatcctaataatactcttttccatcttattcatctccaaacactcaacctttcttacagtgatttctcttagtcccatt 284  Q
    ||  |||||||||||| | |  ||||||| || |||||||| ||||||  |||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||   | ||| |||    
T  41570023 gaatgccttcaaggtaaaatttatcctaacaacactctttttcatcttgctcatctccaatcactcaacctttctcacaatgatttcttcaactccaatt 41570122  T
Q  285 ttcattctaagtttggtcggtttttgagtcttgcacatcttgacatgtctt 335  Q
    | |||||| |||||||| | |||  ||||||| ||||||||||| ||||||    
T  41570123 tgcattctcagtttggtggatttaagagtcttacacatcttgacttgtctt 41570173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 93 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 42119090 - 42118809
Alignment:
Q  93 caacatggaaaaatgagactgattgttgctcat---ggcccggtgtcacatgtgacaccgtctatggtcgcgtggttggcctcaaccttggctgtgatgg 189  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||   |||  |||||| | |||| ||  |||| ||||| |||| |||| ||||||||||||| | |  |    
T  42119090 caacatggaaaaatgggactgattgctgctcatcatggcatggtgtcgcgtgtgtcagagtctctggtcacgtgattggtctcaaccttggcttttaacg 42118991  T
Q  190 ccttcaaggtatattccatcctaataatactcttttccatcttattcatctccaaacactcaacctttcttacagtgatttctcttagtcccattttcat 289  Q
    ||||   |||| ||| |||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | | || | |||||||    || | |||||||    
T  42118990 ccttactggtaaattacatcctaacaatacccttttccatcttgttcatctccaaacactaaaccttgcatccaataatttctccgcttctcgttttcat 42118891  T
Q  290 tctaagtttggtcggtttttgagtcttgcacatcttgacatgtcttatag-ttactttgaaggtgaaattccaattcaaatc 370  Q
    |||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| || |||| ||||||||||||||| |||||||    
T  42118890 tctaagtttggtggttttttgagtcttacacatcttgacttgtctcatagttttctttaaaggtgaaattccaactcaaatc 42118809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 186 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 41433492 - 41433422
Alignment:
Q  186 atggccttcaaggtatattccatcctaataatactcttttccatcttattcatctccaaacactcaacctt 256  Q
    ||||||||||||||||  | ||||| || | ||| ||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  41433492 atggccttcaaggtatgattcatcccaacagtacactttttcatctttctcatctccaaacactcaacctt 41433422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 67 - 370
Target Start/End: Original strand, 25520911 - 25521214
Alignment:
Q  67 ttgtggtgaacctcttctgaaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgttgctcatggcccggtgtcacatgtgacaccgtctatggtcgcgtggtt 166  Q
    ||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||||   | |||||||||| ||    
T  25520911 ttgtgatgaatctcttctgaaaacagcaacatggaaatatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacatgcgacaccacttttggtcgcgtgatt 25521010  T
Q  167 ggcctcaaccttggctgtgatggccttcaaggtatattccatcctaataatactcttttccatcttattcatctccaaacactcaacctttcttacagtg 266  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| | |||| ||||||||||||||||| ||    
T  25521011 ggcctcaaccttggctgtgaaggcctccaaggtatattccatcctaatagtactcttttccatcttgctcatattcaaaaactcaacctttcttacaatg 25521110  T
Q  267 atttctcttagtcccattttcattctaagtttggtcggtttttgagtcttgcacatcttgacatgtcttatagttactttgaaggtgaaattccaattca 366  Q
    ||||| ||   |||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||| |||||||| || |||||  ||||| |||| ||||| ||||||||| |||    
T  25521111 atttcactggctcccattttcatgctaagtttggtgggtttcagagtcttacacatctttacttgtctggtagtttctttaaaggtaaaattccaactca 25521210  T
Q  367 aatc 370  Q
    ||||    
T  25521211 aatc 25521214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 121; Significance: 6e-62; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 86 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 12250516 - 12250232
Alignment:
Q  86 aaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgttgctcatggcccggtgtcacatgtgacaccgtctatggtcgcgtggttggcctcaaccttggctgtg 185  Q
    |||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||  |||||||||  ||| |||||||| ||||||||  ||    
T  12250516 aaaacagcaacatggcaaaatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacatgtgacacaatctatggtcatgtgattggcctcgaccttggcgatg 12250417  T
Q  186 atggccttcaaggtatattccatcctaataatactcttttccatcttattcatctccaaacactcaacctttcttacagtgatttctcttagtcccattt 285  Q
    | |||||| | |||||||| || ||||||| ||| |||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||  | ||||||||    
T  12250416 aaggccttgatggtatattacaacctaatagtacccttttcgatcttgctcatctccaaacactcaacctttcttccaatgatttctcaaactcccattt 12250317  T
Q  286 tcattctaagtttggtcggtttttgagtcttgcacatcttgacatgtcttatagttactttgaaggtgaaattccaattcaaatc 370  Q
    |||||||||||||||| | || || | |||| ||||||||||| ||||| |||||| |||| |||||||| |||||| |||||||    
T  12250316 tcattctaagtttggtggattctttaatcttacacatcttgacttgtctaatagtttctttaaaggtgaagttccaactcaaatc 12250232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 246 - 294
Target Start/End: Original strand, 32680908 - 32680956
Alignment:
Q  246 cactcaacctttcttacagtgatttctcttagtcccattttcattctaa 294  Q
    ||||| |||||||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||    
T  32680908 cactcgacctttctaacaatcatttctcttactcccattttcattctaa 32680956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 88 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 11120467 - 11120185
Alignment:
Q  88 aacaacaacatggaaaaatgagactgattgttgctcatggcccggtgtcacatgtgacaccgtctatggtcgcgtggttggcctcaaccttggctgtgat 187  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||   |||||||| || |||||| ||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||     
T  11120467 aacaacaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgcgacaccatctctggtcgcgtgattggcctcaatcttggctgtgaa 11120368  T
Q  188 ggccttcaaggtatattccatcctaataatactcttttccatcttattcatctccaaacactcaacctttcttacagtgatttctcttagtcccattttc 287  Q
    || |||||||| ||||| ||||| |||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||   |||| | |||||||    || | |||||    
T  11120367 ggtcttcaaggcatattacatccgaatagtacccttttccatcttgttcatctccaaacactcaaccttgtatacaataatttctccggctctcgttttc 11120268  T
Q  288 attctaagtttggtcggtttttgagtcttgcacatcttgacatgtcttatagttactttgaaggtgaaattccaattcaaatc 370  Q
    |||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||| || || | ||||||||||||| |||||||    
T  11120267 attctaagtttggtgggtttcagagtcttacacatctttacttgtcttatagtaacatttatggtgaaattccaactcaaatc 11120185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 116; Significance: 6e-59; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 79 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 8525157 - 8524866
Alignment:
Q  79 tcttctgaaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgttgctcatggcccggtgtcacatgtgacaccgtctatggtcgcgtggttggcctcaacctt 178  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||   |||||||| ||||||||| ||  ||||| |||| ||||||||||||||    
T  8525157 tcttttgaaaacagcaacatggaaaaatgagattgattgctgctcatgggatggtgtcacgtgtgacaccatcagtggtcacgtgattggcctcaacctt 8525058  T
Q  179 ggctgtgatggccttcaaggtatattccatcctaataatactcttttccatcttattcatctccaaacactcaacctttcttacagtgatttctcttagt 278  Q
    |||||||| || |||||||| ||| || ||||||| | ||| ||||||||||||  | || | |||| |||||||||| || ||| ||||||||||   |    
T  8525057 ggctgtgaaggtcttcaaggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaaccttgctaacaatgatttctctggct 8524958  T
Q  279 cccattttcattctaagtttggtcggtttttgagtcttgcacatcttgacatgtcttatagttactttgaaggtgaaattccaattcaaatc 370  Q
    |  |||||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||| |||||||    
T  8524957 cttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcatagttaccttaaaggtgaaattccaactcaaatc 8524866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University