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 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3016_high_4 (Length: 474)

Name: NF3016_high_4
Description: NF3016
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3016_high_4
NF3016_high_4
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (1-317)||(32863422-32863739)
chr1 (15-317)||(28456121-28456423)
chr1 (318-467)||(32863763-32863914)
chr1 (385-467)||(28455791-28455873)
chr1 (318-405)||(28456011-28456097)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (1-317)||(33995207-33995524)
chr8 (1-317)||(35701004-35701321)
chr8 (318-467)||(33995548-33995696)
chr8 (318-467)||(35700832-35700980)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (1-317)||(48022918-48023235)
chr3 (85-317)||(10439936-10440169)
chr3 (318-467)||(48022746-48022894)
chr3 (382-446)||(10440267-10440331)
chr3 (318-373)||(10440193-10440249)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-317)||(24484502-24484819)
chr7 (318-467)||(24484330-24484478)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (1-305)||(45344437-45344743)
chr4 (1-152)||(20001650-20001802)
chr4 (318-467)||(19997792-19997939)
chr4 (318-467)||(45344246-45344402)
chr4 (195-317)||(19997963-19998076)
chr4 (17-129)||(23242297-23242410)
chr4 (389-429)||(8089964-8090004)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (1-267)||(30328059-30328327)
chr5 (399-467)||(30328654-30328722)
chr5 (259-317)||(30328510-30328568)
chr5 (318-373)||(30328592-30328646)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 32863422 - 32863739
Alignment:
Q  1 ccacgttcacctcaggg-atgcacatgcacctcctcacatttataattttgcacttctatgctattatatttttacgttgaatcccctcagttttctatt 99  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  32863422 ccacgttcacctcaggggatgcacatgcacctcctcacatttataattttgcacttctatgctattatatttttatgttgaatcccctcagttttctatt 32863521  T
Q  100 ttgcacttcctttgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttaggcacacannnnnnnnctatcggatttatttatgtgctggcctgccgaagcccat 199  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||        |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32863522 ttgcacctcctttgcatctgactttgaaatatgttcgtagatttaggcacacatcttttttctattggatttatttatgtgctggcctgccggagcccat 32863621  T
Q  200 cattagttattaccgatgcaattcaacttttcttgttgactatatttaccttcttcttcttattatattataataattatttactaaaataccaagaatg 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32863622 cattagttattaccgatgcaattcaacttttcttgttaactatatataccttcttcttattattatattataataattatttactaaaataccaagaatg 32863721  T
Q  300 aatctcctgctatcgaat 317  Q
    ||||||||||||||||||    
T  32863722 aatctcctgctatcgaat 32863739  T

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Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 15 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 28456423 - 28456121
Alignment:
Q  15 gggatgcacatgcacctcctcacatttataattttgcacttctatgctattatatttttacgttgaatcccctcagttttctattttgcacttcctttgc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28456423 gggatgcacatgcacctcctcacatttataattttgcactactatgctattatatttttatgttgaatcccctcagttttctattttgcacctcctttgc 28456324  T
Q  115 atctgactttgaaatttgttcgtagatttaggcacacannnnnnnnctatcggatttatttatgtgctggcctgccgaagcccatcattagttattaccg 214  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||        |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |    
T  28456323 atctgactttgaaattttttcgtagatttagtcactcatcttttttctattggatttatttatgtgctggcttgccgtagcccatcattagttattactg 28456224  T
Q  215 atgcaattcaacttttcttgttgactatatttaccttcttcttcttattatattataataattatttactaaaataccaagaatgaatctcctgctatcg 314  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28456223 atgcaattcatcttttcttgttgactatatttacattcttcttcttattatattataataattatttactaaaataccaagaatgaatctcctgctatcg 28456124  T
Q  315 aat 317  Q
    |||    
T  28456123 aat 28456121  T

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Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 318 - 467
Target Start/End: Original strand, 32863763 - 32863914
Alignment:
Q  318 catacgaatcatatttggttgatgcgcgcaagtgttatttataactcatatttcatnnnnnnnn---tcttataccaatctcatttttattaccttgtta 414  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32863763 catacgaatcatatt-ggttgatgcacgcaagtgttatttataactcatatttcataaaaaaaaaaatcttataccaatcttatttttattaccttgtta 32863861  T
Q  415 aaaaactttttcttttctaaattattgatgatattacttctctatattattgg 467  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32863862 aaaaactttttcttttctaaattattgatgatattacttctctatatgattgg 32863914  T

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Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 385 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 28455873 - 28455791
Alignment:
Q  385 tataccaatctcatttttattaccttgttaaaaaactttttcttttctaaattattgatgatattacttctctatattattgg 467  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28455873 tataccaatctcatttttattaccttgttaaaaaactttttcttttctaaattattgatgatattacttgtctatattattgg 28455791  T

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Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 318 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 28456097 - 28456011
Alignment:
Q  318 catacgaatcatatttggttgatgcgcgcaagtgttatttataactcatatttcatnnnnnnnntcttataccaatctcatttttatt 405  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||| |||||||    
T  28456097 catacgaatcatatt-ggttgatgcgcgcaagtgttatttataactcatatttcataaaaaaagtcttataccaatctcaattttatt 28456011  T

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Target: chr8 (Bit Score: 250; Significance: 1e-139; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 33995207 - 33995524
Alignment:
Q  1 ccacgttcacctcaggg-atgcacatgcacctcctcacatttataattttgcacttctatgctattatatttttacgttgaatcccctcagttttctatt 99  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33995207 ccacgttcacctcaggggatgcacatgcacctcctcacatttataattttgcactactatgctattatatttttatgttgaatcccctcagttttctatt 33995306  T
Q  100 ttgcacttcctttgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttaggcacacannnnnnnnctatcggatttatttatgtgctggcctgccgaagcccat 199  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||        |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  33995307 ttgcacctcctatgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttagacacacatcttttttctattggatttatttatgtgctggcttgccggagcccat 33995406  T
Q  200 cattagttattaccgatgcaattcaacttttcttgttgactatatttaccttcttcttcttattatattataataattatttactaaaataccaagaatg 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33995407 cattagttattaccgatgcaattcagcttttcttgttgactatatttaccttcttcttcttattatattataataattatttactaaaataccaagaatg 33995506  T
Q  300 aatctcctgctatcgaat 317  Q
    ||||||||||||||||||    
T  33995507 aatctcctgctatcgaat 33995524  T

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Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 35701321 - 35701004
Alignment:
Q  1 ccacgttcacctcaggg-atgcacatgcacctcctcacatttataattttgcacttctatgctattatatttttacgttgaatcccctcagttttctatt 99  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  35701321 ccacgttcacctcaggggatgcacatgcacctcctcacatttataattttgcactactatgctattatatttttatgttgaatcccctcagatttctatt 35701222  T
Q  100 ttgcacttcctttgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttaggcacacannnnnnnnctatcggatttatttatgtgctggcctgccgaagcccat 199  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||        |||| |||||||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  35701221 ttgcacctcctatgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttaaacacacatcttttttctattggatttatttatgtgctgacttgccggagcccat 35701122  T
Q  200 cattagttattaccgatgcaattcaacttttcttgttgactatatttaccttcttcttcttattatattataataattatttactaaaataccaagaatg 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35701121 cattagttattaccgatgcaattcagcttttcttgttgattatatttaccttcttcttattattatattataataattatttactaaaataccaagaatg 35701022  T
Q  300 aatctcctgctatcgaat 317  Q
    ||||||||||||||||||    
T  35701021 aatctcctgctatcgaat 35701004  T

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Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 318 - 467
Target Start/End: Original strand, 33995548 - 33995696
Alignment:
Q  318 catacgaatcatatttggttgatgcgcgcaagtgttatttataactcatatttcatnnnnnnnntcttataccaatctcatttttattaccttgttaaaa 417  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33995548 catacgaatcatatt-ggttgatgcgcgcaagtgttatttataactcatatttcataaaaaaaatcttataccaatctcatttttattaccttgttaaaa 33995646  T
Q  418 aactttttcttttctaaattattgatgatattacttctctatattattgg 467  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33995647 aactttttcttttctaaagtattgatgatattacttctctatattattgg 33995696  T

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Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 318 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 35700980 - 35700832
Alignment:
Q  318 catacgaatcatatttggttgatgcgcgcaagtgttatttataactcatatttcatnnnnnnnntcttataccaatctcatttttattaccttgttaaaa 417  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35700980 catacgaatcatatt-ggttgatgcgcgcaagtgttatttataactcatatttcataaaaaaaatcttataccaatctcatttttattaccttgttaaaa 35700882  T
Q  418 aactttttcttttctaaattattgatgatattacttctctatattattgg 467  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  35700881 aactttttcttttctaaagtattgatgatattacttatctatattattgg 35700832  T

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Target: chr3 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 48023235 - 48022918
Alignment:
Q  1 ccacgttcacctcaggg-atgcacatgcacctcctcacatttataattttgcacttctatgctattatatttttacgttgaatcccctcagttttctatt 99  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  48023235 ccacgttcacctcaggggatgcacatgcacctcctcacatttataattttgcactactatgctattatatttttatgttgaatcccctcagttttctatt 48023136  T
Q  100 ttgcacttcctttgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttaggcacacannnnnnnnctatcggatttatttatgtgctggcctgccgaagcccat 199  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||        |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  48023135 ttgcacctcctatgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttagacacacatcttttttctattggatttatttatgtgctggcttgccggagcccat 48023036  T
Q  200 cattagttattaccgatgcaattcaacttttcttgttgactatatttaccttcttcttcttattatattataataattatttactaaaataccaagaatg 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48023035 cattagttattaccgatgcaattcagcttttcttgttgactatatttaccttcttcttattattatattataataattatttactaaaataccaagaatg 48022936  T
Q  300 aatctcctgctatcgaat 317  Q
    ||||||||||||||||||    
T  48022935 aatctcctgctatcgaat 48022918  T

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Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 85 - 317
Target Start/End: Original strand, 10439936 - 10440169
Alignment:
Q  85 cctcagttttctattttgcacttcctttgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttaggcacacannnnnnnn-ctatcggatttatttatgtgctg 183  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||         |||| ||||||||||||||||||    
T  10439936 cctcagttttctattttgcacctcctttgcatgtgactttgaaatctgtttgtagatttaggcacacatctttttttctattggatttatttatgtgctg 10440035  T
Q  184 gcctgccgaagcccatcattagttattaccgatgcaattcaacttttcttgttgactatatttaccttcttcttcttattatattataataattatttac 283  Q
    | |||| | | || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10440036 gtctgctggaacctattattagatattaccgatgcaattcaacttttcttgttgactatatttaccttcttcttcttattatattataataattatttac 10440135  T
Q  284 taaaataccaagaatgaatctcctgctatcgaat 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10440136 taaaataccaagaatgaatctcctgctattgaat 10440169  T

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Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 318 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 48022894 - 48022746
Alignment:
Q  318 catacgaatcatatttggttgatgcgcgcaagtgttatttataactcatatttcatnnnnnnnntcttataccaatctcatttttattaccttgttaaaa 417  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48022894 catacgaatcatatt-ggttgatgcacgcaagtgttatttataactcatatttcataaaaaaaatcttataccaatctcatttttattaccttgttaaaa 48022796  T
Q  418 aactttttcttttctaaattattgatgatattacttctctatattattgg 467  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48022795 aactttttcttttctaaagtattgatgatattacttctctatattattgg 48022746  T

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Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 382 - 446
Target Start/End: Original strand, 10440267 - 10440331
Alignment:
Q  382 tcttataccaatctcatttttattaccttgttaaaaaactttttcttttctaaattattgatgat 446  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  10440267 tcttatatcaatctcatttttattaccttattaaaaaactttttcttttctatattattggtgat 10440331  T

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Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 318 - 373
Target Start/End: Original strand, 10440193 - 10440249
Alignment:
Q  318 catacgaatcatatttggttgatgcgcgcaagtgttatt--tataactcatatttcat 373  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  10440193 catacaaatcatatt-ggttgatgcgcgcaagtgttatttatataactcatatttcat 10440249  T

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Target: chr7 (Bit Score: 238; Significance: 1e-131; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 24484819 - 24484502
Alignment:
Q  1 ccacgttcacctca-gggatgcacatgcacctcctcacatttataattttgcacttctatgctattatatttttacgttgaatcccctcagttttctatt 99  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24484819 ccacgttcacctcctgggatgcacatgcacctcctcacatttataattttgcactactatgctattatatttttatgttgaatcccctcagttttctatt 24484720  T
Q  100 ttgcacttcctttgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttaggcacacannnnnnnnctatcggatttatttatgtgctggcctgccgaagcccat 199  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||        |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  24484719 ttgcacctcctatgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttagacacacatcttttttctattggatttatttatgtgctggcttgccggagcccat 24484620  T
Q  200 cattagttattaccgatgcaattcaacttttcttgttgactatatttaccttcttcttcttattatattataataattatttactaaaataccaagaatg 299  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24484619 cattagttattaccgatccaattcagcttttcttgttgactatatttacctttttcttcttattatattataataattatttactaaaataccaagaatg 24484520  T
Q  300 aatctcctgctatcgaat 317  Q
    ||||||||||||||||||    
T  24484519 aatctcctgctatcgaat 24484502  T

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Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 318 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 24484478 - 24484330
Alignment:
Q  318 catacgaatcatatttggttgatgcgcgcaagtgttatttataactcatatttcatnnnnnnnntcttataccaatctcatttttattaccttgttaaaa 417  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24484478 catacgaatcatatt-ggttgatgctcgcaagtgttatttataactcatatttcataaaaaaaatcttataccaatctcatttttattaccttgttaaaa 24484380  T
Q  418 aactttttcttttctaaattattgatgatattacttctctatattattgg 467  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24484379 aactttttcttttctaaagtattgatgatattacttctctatattattgg 24484330  T

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Target: chr4 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 45344743 - 45344437
Alignment:
Q  1 ccacgttcacctcaggg-atgcacatgcacctcctcacatttataattttgcactt-ctatgctattatatttttacgttgaatcccctcagttttctat 98  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| | |||| || ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  45344743 ccacgttcacctcaggggatgcacatgcaccccctcccatttataattttgcacctactatactgttatatttttatgttgaatcccctaagttttctat 45344644  T
Q  99 tttgcacttcctttgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttaggcacacannnnnnnnctatcggatttatttatgtgctggcctgccgaagccca 198  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||        ||||  ||||||||||||||||||||||| | | ||||    
T  45344643 tttgcacctcctttgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttaggcatgcatcttttttctattagatttatttatgtgctggcctgctggaaccca 45344544  T
Q  199 tcattagttattaccgatgcaattcaacttttcttgttgactatatttaccttcttcttcttattatattataataattatttactaaaataccaagaat 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45344543 tcattagttattaccgatgcaattcagcttttcttgttgactatatttaccttcttcttattattatattataataattatttactaaaataccaagaat 45344444  T
Q  299 gaatctc 305  Q
    |||||||    
T  45344443 gaatctc 45344437  T

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Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 20001802 - 20001650
Alignment:
Q  1 ccacgttcacctcaggg-atgcacatgcacctcctcacatttataattttgcacttctatgctattatatttttacgttgaatcccctcagttttctatt 99  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20001802 ccacgttcacctcaggggatgtacatgcacctcctcacatttataattttgcactactatgctattatatttttatgttgaatcccctcagttttctatt 20001703  T
Q  100 ttgcacttcctttgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttaggcacaca 152  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20001702 ttgcacctcctatgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttaggcacaca 20001650  T

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Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 318 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 19997939 - 19997792
Alignment:
Q  318 catacgaatcatatttggttgatgcgcgcaagtgttatttataactcatatttcatnnnnnnnntcttataccaatctcatttttattaccttgttaaaa 417  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19997939 catacgaatcatatt-ggttgatgcgcgcaggtgttatttataactcatatttcataaaaaaa-tcttataccaatctcatttttattaccttgttaaaa 19997842  T
Q  418 aactttttcttttctaaattattgatgatattacttctctatattattgg 467  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19997841 aactttttcttttctaaagtattgatgatattacttctctatattattgg 19997792  T

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Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 318 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 45344402 - 45344246
Alignment:
Q  318 catacgaatcatatttggttgatgcgcgcaagtgttatttataactcatatttcatnnnnnnnn-----tcttataccaatctcatttttattaccttgt 412  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45344402 catacgaatcatatt-ggttgatgcgcgcaagtgttatttataactcatatttcataaaaaaaaaaaaatcttataccaatctcatttttattaccttgt 45344304  T
Q  413 taaaaaactttttcttttctaaat---tattgatgatattacttctctatattattgg 467  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  45344303 taaaaaactttttcttttctaaattattattgatgatattacttttctatattattgg 45344246  T

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Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 195 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 19998076 - 19997963
Alignment:
Q  195 cccatcattagttattaccgatgcaattcaacttttcttgttgactatatttaccttcttcttcttattatattataataattatttactaaaataccaa 294  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||    
T  19998076 cccatcattagttattaccgatgcaattcagctttttttgttgactatatttaccttcttcttcttattata---------ttatttactaaaataccaa 19997986  T
Q  295 gaatgaatctcctgctatcgaat 317  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
T  19997985 gaatgaatctccggctatcgaat 19997963  T

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Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 17 - 129
Target Start/End: Original strand, 23242297 - 23242410
Alignment:
Q  17 gatgcacatgcacctcctcacatttataattttgcactt-ctatgctattatatttttacgttgaatcccctcagttttctattttgcacttcctttgca 115  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| | |||| ||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||  ||||||| |||||||||    
T  23242297 gatgcacatacacctcctcacgtttgtaattttgcacctactattctattgtatttctacgttgaatccccttaattttcttatttgcacctcctttgca 23242396  T
Q  116 tctgactttgaaat 129  Q
    ||| ||||| ||||    
T  23242397 tcttactttaaaat 23242410  T

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Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 389 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 8090004 - 8089964
Alignment:
Q  389 ccaatctcatttttattaccttgttaaaaaactttttcttt 429  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8090004 ccaatctcatttttattaccttgttaaaaaacttttacttt 8089964  T

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Target: chr5 (Bit Score: 161; Significance: 1e-85; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 267
Target Start/End: Original strand, 30328059 - 30328327
Alignment:
Q  1 ccacgttcacctcaggg-atgcacatgcacctcctcacatttataattttgcactt-ctatgctattatatttttacgttgaatcccctcagttttctat 98  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  30328059 ccacgttcacctcaggggatgcacatgcacctcctcactattataattttgcacctactatgctattatatttttatgttgaatcccctcaattttctat 30328158  T
Q  99 tttgcacttcctttgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttaggcacacannnnnnnnctatcggatttatttatgtgctggcctgccgaagccca 198  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||        |||| |||||||||||||||||||||||| | | |||     
T  30328159 tttgcacctcctttgcatctgactttaaaatatgttcgtagatttaggcacacatcttttttctattggatttatttatgtgctggcctgctggaacccg 30328258  T
Q  199 tcattagttattaccgatgcaattcaacttttcttgttgactatatttaccttcttcttcttattatat 267  Q
     ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  30328259 ccattagttattaccgatgcaattcagcttttcttgtcgactatatttaccttcttcttattattatat 30328327  T

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Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 399 - 467
Target Start/End: Original strand, 30328654 - 30328722
Alignment:
Q  399 ttttattaccttgttaaaaaactttttcttttctaaattattgatgatattacttctctatattattgg 467  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  30328654 ttttattaccttgttaaaaaactttttcttttctaaattattcatgatattacttttctatattattgg 30328722  T

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Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 259 - 317
Target Start/End: Original strand, 30328510 - 30328568
Alignment:
Q  259 ttattatattataataattatttactaaaataccaagaatgaatctcctgctatcgaat 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  30328510 ttattatattataataattatttactgaaataccaagattgaatctcctgctattgaat 30328568  T

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Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 318 - 373
Target Start/End: Original strand, 30328592 - 30328646
Alignment:
Q  318 catacgaatcatatttggttgatgcgcgcaagtgttatttataactcatatttcat 373  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30328592 catacgaatcagatt-ggttgatgcgcgcaagtgttatttataactcatatttcat 30328646  T

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