View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3016_low_4 (Length: 474)

Name: NF3016_low_4
Description: NF3016
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3016_low_4
NF3016_low_4
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (1-317)||(32863422-32863739)
chr1 (15-317)||(28456121-28456423)
chr1 (318-467)||(32863763-32863914)
chr1 (385-467)||(28455791-28455873)
chr1 (318-405)||(28456011-28456097)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (1-317)||(33995207-33995524)
chr8 (1-317)||(35701004-35701321)
chr8 (318-467)||(33995548-33995696)
chr8 (318-467)||(35700832-35700980)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (1-317)||(48022918-48023235)
chr3 (85-317)||(10439936-10440169)
chr3 (318-467)||(48022746-48022894)
chr3 (382-446)||(10440267-10440331)
chr3 (318-373)||(10440193-10440249)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-317)||(24484502-24484819)
chr7 (318-467)||(24484330-24484478)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (1-305)||(45344437-45344743)
chr4 (1-152)||(20001650-20001802)
chr4 (318-467)||(19997792-19997939)
chr4 (318-467)||(45344246-45344402)
chr4 (195-317)||(19997963-19998076)
chr4 (17-129)||(23242297-23242410)
chr4 (389-429)||(8089964-8090004)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (1-267)||(30328059-30328327)
chr5 (399-467)||(30328654-30328722)
chr5 (259-317)||(30328510-30328568)
chr5 (318-373)||(30328592-30328646)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 32863422 - 32863739
Alignment:
Q  1 ccacgttcacctcaggg-atgcacatgcacctcctcacatttataattttgcacttctatgctattatatttttacgttgaatcccctcagttttctatt 99  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  32863422 ccacgttcacctcaggggatgcacatgcacctcctcacatttataattttgcacttctatgctattatatttttatgttgaatcccctcagttttctatt 32863521  T
Q  100 ttgcacttcctttgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttaggcacacannnnnnnnctatcggatttatttatgtgctggcctgccgaagcccat 199  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||        |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32863522 ttgcacctcctttgcatctgactttgaaatatgttcgtagatttaggcacacatcttttttctattggatttatttatgtgctggcctgccggagcccat 32863621  T
Q  200 cattagttattaccgatgcaattcaacttttcttgttgactatatttaccttcttcttcttattatattataataattatttactaaaataccaagaatg 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32863622 cattagttattaccgatgcaattcaacttttcttgttaactatatataccttcttcttattattatattataataattatttactaaaataccaagaatg 32863721  T
Q  300 aatctcctgctatcgaat 317  Q
    ||||||||||||||||||    
T  32863722 aatctcctgctatcgaat 32863739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 15 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 28456423 - 28456121
Alignment:
Q  15 gggatgcacatgcacctcctcacatttataattttgcacttctatgctattatatttttacgttgaatcccctcagttttctattttgcacttcctttgc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28456423 gggatgcacatgcacctcctcacatttataattttgcactactatgctattatatttttatgttgaatcccctcagttttctattttgcacctcctttgc 28456324  T
Q  115 atctgactttgaaatttgttcgtagatttaggcacacannnnnnnnctatcggatttatttatgtgctggcctgccgaagcccatcattagttattaccg 214  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||        |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |    
T  28456323 atctgactttgaaattttttcgtagatttagtcactcatcttttttctattggatttatttatgtgctggcttgccgtagcccatcattagttattactg 28456224  T
Q  215 atgcaattcaacttttcttgttgactatatttaccttcttcttcttattatattataataattatttactaaaataccaagaatgaatctcctgctatcg 314  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28456223 atgcaattcatcttttcttgttgactatatttacattcttcttcttattatattataataattatttactaaaataccaagaatgaatctcctgctatcg 28456124  T
Q  315 aat 317  Q
    |||    
T  28456123 aat 28456121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 318 - 467
Target Start/End: Original strand, 32863763 - 32863914
Alignment:
Q  318 catacgaatcatatttggttgatgcgcgcaagtgttatttataactcatatttcatnnnnnnnn---tcttataccaatctcatttttattaccttgtta 414  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32863763 catacgaatcatatt-ggttgatgcacgcaagtgttatttataactcatatttcataaaaaaaaaaatcttataccaatcttatttttattaccttgtta 32863861  T
Q  415 aaaaactttttcttttctaaattattgatgatattacttctctatattattgg 467  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32863862 aaaaactttttcttttctaaattattgatgatattacttctctatatgattgg 32863914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 385 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 28455873 - 28455791
Alignment:
Q  385 tataccaatctcatttttattaccttgttaaaaaactttttcttttctaaattattgatgatattacttctctatattattgg 467  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28455873 tataccaatctcatttttattaccttgttaaaaaactttttcttttctaaattattgatgatattacttgtctatattattgg 28455791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 318 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 28456097 - 28456011
Alignment:
Q  318 catacgaatcatatttggttgatgcgcgcaagtgttatttataactcatatttcatnnnnnnnntcttataccaatctcatttttatt 405  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||| |||||||    
T  28456097 catacgaatcatatt-ggttgatgcgcgcaagtgttatttataactcatatttcataaaaaaagtcttataccaatctcaattttatt 28456011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 250; Significance: 1e-139; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 33995207 - 33995524
Alignment:
Q  1 ccacgttcacctcaggg-atgcacatgcacctcctcacatttataattttgcacttctatgctattatatttttacgttgaatcccctcagttttctatt 99  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33995207 ccacgttcacctcaggggatgcacatgcacctcctcacatttataattttgcactactatgctattatatttttatgttgaatcccctcagttttctatt 33995306  T
Q  100 ttgcacttcctttgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttaggcacacannnnnnnnctatcggatttatttatgtgctggcctgccgaagcccat 199  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||        |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  33995307 ttgcacctcctatgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttagacacacatcttttttctattggatttatttatgtgctggcttgccggagcccat 33995406  T
Q  200 cattagttattaccgatgcaattcaacttttcttgttgactatatttaccttcttcttcttattatattataataattatttactaaaataccaagaatg 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33995407 cattagttattaccgatgcaattcagcttttcttgttgactatatttaccttcttcttcttattatattataataattatttactaaaataccaagaatg 33995506  T
Q  300 aatctcctgctatcgaat 317  Q
    ||||||||||||||||||    
T  33995507 aatctcctgctatcgaat 33995524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 35701321 - 35701004
Alignment:
Q  1 ccacgttcacctcaggg-atgcacatgcacctcctcacatttataattttgcacttctatgctattatatttttacgttgaatcccctcagttttctatt 99  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  35701321 ccacgttcacctcaggggatgcacatgcacctcctcacatttataattttgcactactatgctattatatttttatgttgaatcccctcagatttctatt 35701222  T
Q  100 ttgcacttcctttgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttaggcacacannnnnnnnctatcggatttatttatgtgctggcctgccgaagcccat 199  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||        |||| |||||||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  35701221 ttgcacctcctatgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttaaacacacatcttttttctattggatttatttatgtgctgacttgccggagcccat 35701122  T
Q  200 cattagttattaccgatgcaattcaacttttcttgttgactatatttaccttcttcttcttattatattataataattatttactaaaataccaagaatg 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35701121 cattagttattaccgatgcaattcagcttttcttgttgattatatttaccttcttcttattattatattataataattatttactaaaataccaagaatg 35701022  T
Q  300 aatctcctgctatcgaat 317  Q
    ||||||||||||||||||    
T  35701021 aatctcctgctatcgaat 35701004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 318 - 467
Target Start/End: Original strand, 33995548 - 33995696
Alignment:
Q  318 catacgaatcatatttggttgatgcgcgcaagtgttatttataactcatatttcatnnnnnnnntcttataccaatctcatttttattaccttgttaaaa 417  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33995548 catacgaatcatatt-ggttgatgcgcgcaagtgttatttataactcatatttcataaaaaaaatcttataccaatctcatttttattaccttgttaaaa 33995646  T
Q  418 aactttttcttttctaaattattgatgatattacttctctatattattgg 467  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33995647 aactttttcttttctaaagtattgatgatattacttctctatattattgg 33995696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 318 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 35700980 - 35700832
Alignment:
Q  318 catacgaatcatatttggttgatgcgcgcaagtgttatttataactcatatttcatnnnnnnnntcttataccaatctcatttttattaccttgttaaaa 417  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35700980 catacgaatcatatt-ggttgatgcgcgcaagtgttatttataactcatatttcataaaaaaaatcttataccaatctcatttttattaccttgttaaaa 35700882  T
Q  418 aactttttcttttctaaattattgatgatattacttctctatattattgg 467  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  35700881 aactttttcttttctaaagtattgatgatattacttatctatattattgg 35700832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 48023235 - 48022918
Alignment:
Q  1 ccacgttcacctcaggg-atgcacatgcacctcctcacatttataattttgcacttctatgctattatatttttacgttgaatcccctcagttttctatt 99  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  48023235 ccacgttcacctcaggggatgcacatgcacctcctcacatttataattttgcactactatgctattatatttttatgttgaatcccctcagttttctatt 48023136  T
Q  100 ttgcacttcctttgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttaggcacacannnnnnnnctatcggatttatttatgtgctggcctgccgaagcccat 199  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||        |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  48023135 ttgcacctcctatgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttagacacacatcttttttctattggatttatttatgtgctggcttgccggagcccat 48023036  T
Q  200 cattagttattaccgatgcaattcaacttttcttgttgactatatttaccttcttcttcttattatattataataattatttactaaaataccaagaatg 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48023035 cattagttattaccgatgcaattcagcttttcttgttgactatatttaccttcttcttattattatattataataattatttactaaaataccaagaatg 48022936  T
Q  300 aatctcctgctatcgaat 317  Q
    ||||||||||||||||||    
T  48022935 aatctcctgctatcgaat 48022918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 85 - 317
Target Start/End: Original strand, 10439936 - 10440169
Alignment:
Q  85 cctcagttttctattttgcacttcctttgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttaggcacacannnnnnnn-ctatcggatttatttatgtgctg 183  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||         |||| ||||||||||||||||||    
T  10439936 cctcagttttctattttgcacctcctttgcatgtgactttgaaatctgtttgtagatttaggcacacatctttttttctattggatttatttatgtgctg 10440035  T
Q  184 gcctgccgaagcccatcattagttattaccgatgcaattcaacttttcttgttgactatatttaccttcttcttcttattatattataataattatttac 283  Q
    | |||| | | || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10440036 gtctgctggaacctattattagatattaccgatgcaattcaacttttcttgttgactatatttaccttcttcttcttattatattataataattatttac 10440135  T
Q  284 taaaataccaagaatgaatctcctgctatcgaat 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10440136 taaaataccaagaatgaatctcctgctattgaat 10440169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 318 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 48022894 - 48022746
Alignment:
Q  318 catacgaatcatatttggttgatgcgcgcaagtgttatttataactcatatttcatnnnnnnnntcttataccaatctcatttttattaccttgttaaaa 417  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48022894 catacgaatcatatt-ggttgatgcacgcaagtgttatttataactcatatttcataaaaaaaatcttataccaatctcatttttattaccttgttaaaa 48022796  T
Q  418 aactttttcttttctaaattattgatgatattacttctctatattattgg 467  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48022795 aactttttcttttctaaagtattgatgatattacttctctatattattgg 48022746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 382 - 446
Target Start/End: Original strand, 10440267 - 10440331
Alignment:
Q  382 tcttataccaatctcatttttattaccttgttaaaaaactttttcttttctaaattattgatgat 446  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  10440267 tcttatatcaatctcatttttattaccttattaaaaaactttttcttttctatattattggtgat 10440331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 318 - 373
Target Start/End: Original strand, 10440193 - 10440249
Alignment:
Q  318 catacgaatcatatttggttgatgcgcgcaagtgttatt--tataactcatatttcat 373  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  10440193 catacaaatcatatt-ggttgatgcgcgcaagtgttatttatataactcatatttcat 10440249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 238; Significance: 1e-131; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 24484819 - 24484502
Alignment:
Q  1 ccacgttcacctca-gggatgcacatgcacctcctcacatttataattttgcacttctatgctattatatttttacgttgaatcccctcagttttctatt 99  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24484819 ccacgttcacctcctgggatgcacatgcacctcctcacatttataattttgcactactatgctattatatttttatgttgaatcccctcagttttctatt 24484720  T
Q  100 ttgcacttcctttgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttaggcacacannnnnnnnctatcggatttatttatgtgctggcctgccgaagcccat 199  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||        |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  24484719 ttgcacctcctatgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttagacacacatcttttttctattggatttatttatgtgctggcttgccggagcccat 24484620  T
Q  200 cattagttattaccgatgcaattcaacttttcttgttgactatatttaccttcttcttcttattatattataataattatttactaaaataccaagaatg 299  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24484619 cattagttattaccgatccaattcagcttttcttgttgactatatttacctttttcttcttattatattataataattatttactaaaataccaagaatg 24484520  T
Q  300 aatctcctgctatcgaat 317  Q
    ||||||||||||||||||    
T  24484519 aatctcctgctatcgaat 24484502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 318 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 24484478 - 24484330
Alignment:
Q  318 catacgaatcatatttggttgatgcgcgcaagtgttatttataactcatatttcatnnnnnnnntcttataccaatctcatttttattaccttgttaaaa 417  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24484478 catacgaatcatatt-ggttgatgctcgcaagtgttatttataactcatatttcataaaaaaaatcttataccaatctcatttttattaccttgttaaaa 24484380  T
Q  418 aactttttcttttctaaattattgatgatattacttctctatattattgg 467  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24484379 aactttttcttttctaaagtattgatgatattacttctctatattattgg 24484330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 45344743 - 45344437
Alignment:
Q  1 ccacgttcacctcaggg-atgcacatgcacctcctcacatttataattttgcactt-ctatgctattatatttttacgttgaatcccctcagttttctat 98  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| | |||| || ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  45344743 ccacgttcacctcaggggatgcacatgcaccccctcccatttataattttgcacctactatactgttatatttttatgttgaatcccctaagttttctat 45344644  T
Q  99 tttgcacttcctttgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttaggcacacannnnnnnnctatcggatttatttatgtgctggcctgccgaagccca 198  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||        ||||  ||||||||||||||||||||||| | | ||||    
T  45344643 tttgcacctcctttgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttaggcatgcatcttttttctattagatttatttatgtgctggcctgctggaaccca 45344544  T
Q  199 tcattagttattaccgatgcaattcaacttttcttgttgactatatttaccttcttcttcttattatattataataattatttactaaaataccaagaat 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45344543 tcattagttattaccgatgcaattcagcttttcttgttgactatatttaccttcttcttattattatattataataattatttactaaaataccaagaat 45344444  T
Q  299 gaatctc 305  Q
    |||||||    
T  45344443 gaatctc 45344437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 20001802 - 20001650
Alignment:
Q  1 ccacgttcacctcaggg-atgcacatgcacctcctcacatttataattttgcacttctatgctattatatttttacgttgaatcccctcagttttctatt 99  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20001802 ccacgttcacctcaggggatgtacatgcacctcctcacatttataattttgcactactatgctattatatttttatgttgaatcccctcagttttctatt 20001703  T
Q  100 ttgcacttcctttgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttaggcacaca 152  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20001702 ttgcacctcctatgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttaggcacaca 20001650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 318 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 19997939 - 19997792
Alignment:
Q  318 catacgaatcatatttggttgatgcgcgcaagtgttatttataactcatatttcatnnnnnnnntcttataccaatctcatttttattaccttgttaaaa 417  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19997939 catacgaatcatatt-ggttgatgcgcgcaggtgttatttataactcatatttcataaaaaaa-tcttataccaatctcatttttattaccttgttaaaa 19997842  T
Q  418 aactttttcttttctaaattattgatgatattacttctctatattattgg 467  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19997841 aactttttcttttctaaagtattgatgatattacttctctatattattgg 19997792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 318 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 45344402 - 45344246
Alignment:
Q  318 catacgaatcatatttggttgatgcgcgcaagtgttatttataactcatatttcatnnnnnnnn-----tcttataccaatctcatttttattaccttgt 412  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45344402 catacgaatcatatt-ggttgatgcgcgcaagtgttatttataactcatatttcataaaaaaaaaaaaatcttataccaatctcatttttattaccttgt 45344304  T
Q  413 taaaaaactttttcttttctaaat---tattgatgatattacttctctatattattgg 467  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  45344303 taaaaaactttttcttttctaaattattattgatgatattacttttctatattattgg 45344246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 195 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 19998076 - 19997963
Alignment:
Q  195 cccatcattagttattaccgatgcaattcaacttttcttgttgactatatttaccttcttcttcttattatattataataattatttactaaaataccaa 294  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||    
T  19998076 cccatcattagttattaccgatgcaattcagctttttttgttgactatatttaccttcttcttcttattata---------ttatttactaaaataccaa 19997986  T
Q  295 gaatgaatctcctgctatcgaat 317  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
T  19997985 gaatgaatctccggctatcgaat 19997963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 17 - 129
Target Start/End: Original strand, 23242297 - 23242410
Alignment:
Q  17 gatgcacatgcacctcctcacatttataattttgcactt-ctatgctattatatttttacgttgaatcccctcagttttctattttgcacttcctttgca 115  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| | |||| ||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||  ||||||| |||||||||    
T  23242297 gatgcacatacacctcctcacgtttgtaattttgcacctactattctattgtatttctacgttgaatccccttaattttcttatttgcacctcctttgca 23242396  T
Q  116 tctgactttgaaat 129  Q
    ||| ||||| ||||    
T  23242397 tcttactttaaaat 23242410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 389 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 8090004 - 8089964
Alignment:
Q  389 ccaatctcatttttattaccttgttaaaaaactttttcttt 429  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8090004 ccaatctcatttttattaccttgttaaaaaacttttacttt 8089964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 161; Significance: 1e-85; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 267
Target Start/End: Original strand, 30328059 - 30328327
Alignment:
Q  1 ccacgttcacctcaggg-atgcacatgcacctcctcacatttataattttgcactt-ctatgctattatatttttacgttgaatcccctcagttttctat 98  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  30328059 ccacgttcacctcaggggatgcacatgcacctcctcactattataattttgcacctactatgctattatatttttatgttgaatcccctcaattttctat 30328158  T
Q  99 tttgcacttcctttgcatctgactttgaaatttgttcgtagatttaggcacacannnnnnnnctatcggatttatttatgtgctggcctgccgaagccca 198  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||        |||| |||||||||||||||||||||||| | | |||     
T  30328159 tttgcacctcctttgcatctgactttaaaatatgttcgtagatttaggcacacatcttttttctattggatttatttatgtgctggcctgctggaacccg 30328258  T
Q  199 tcattagttattaccgatgcaattcaacttttcttgttgactatatttaccttcttcttcttattatat 267  Q
     ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  30328259 ccattagttattaccgatgcaattcagcttttcttgtcgactatatttaccttcttcttattattatat 30328327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 399 - 467
Target Start/End: Original strand, 30328654 - 30328722
Alignment:
Q  399 ttttattaccttgttaaaaaactttttcttttctaaattattgatgatattacttctctatattattgg 467  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  30328654 ttttattaccttgttaaaaaactttttcttttctaaattattcatgatattacttttctatattattgg 30328722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 259 - 317
Target Start/End: Original strand, 30328510 - 30328568
Alignment:
Q  259 ttattatattataataattatttactaaaataccaagaatgaatctcctgctatcgaat 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  30328510 ttattatattataataattatttactgaaataccaagattgaatctcctgctattgaat 30328568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 318 - 373
Target Start/End: Original strand, 30328592 - 30328646
Alignment:
Q  318 catacgaatcatatttggttgatgcgcgcaagtgttatttataactcatatttcat 373  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30328592 catacgaatcagatt-ggttgatgcgcgcaagtgttatttataactcatatttcat 30328646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University