View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3018_low_1 (Length: 719)

Name: NF3018_low_1
Description: NF3018
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3018_low_1
NF3018_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (12-704)||(31449153-31449845)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 597; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 597; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 704
Target Start/End: Original strand, 31449153 - 31449845
Alignment:
Q  12 atgaaggtaccaggcatgttggtggagggacaatgtgctcatagataatgtggcgacactaccatggcgagtcccgcgcccaaaccactgaatctagaag 111  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  31449153 atgaaagtaccaggcatgttgatggagggacaatgtgcgcatagatcctgtggcaacactaccatggcgagtcccgcacccaaaccactgaatctagaag 31449252  T
Q  112 attctgtgaacagggaggggcatgagaaaatgaatatgtaggagagggaagttgcaagtgggtcggaccaagccattgtcaacctcgaagcttccaggcg 211  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31449253 attctgtgaacagggagggacatgagaaaatgaatatgtaggagagggaagttgcaagtgggtcggaccaagccattgtcaacctcgaagcttccaggcg 31449352  T
Q  212 ccgttacgacaaccagggagtggctgagtctgacgtcgttgtcactgttgcaaacagaggcatacgctgcttgcgaggaagaagacagattgacggagaa 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31449353 ccgttacgacaaccagggagtggctgagtctgacgtcattgtcactggtgcaaacagaggcatacactgcttgcgaggaagaagacagattgacggagaa 31449452  T
Q  312 aggagaaaggagtgtgttctgtgagttaggtccaaatcttgacctaatgagccgagcccgtatttagtttaacttcttgagggtggtatctagtctttgg 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  31449453 aggagaaaggagtgtgttctgtgagttaggtccaaatcttgacctaatgagccgagcccgtatttagtttaacttcttgaggatggtatctagtatttgg 31449552  T
Q  412 gctggagttaagctactggttttggcctgctagtagcccaagttttgtgataagcctactatccttttacaagagaataaaaaagaatgcttattgcctc 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31449553 gctggagttaagctactggttttggcctgctagtagcccaagttttgtgataagcctactatccttttacaagagaataaaaaagaatgcttattgcctc 31449652  T
Q  512 tgatgtatctccagtttctcagaagacaaggtcggttcttgagggcaaggttgtttataagatggtggcattgatagataggacatctatgcatattcta 611  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31449653 tgatgtatctccagtttctcagaagacaaggtcggttcttgagggcaaggttgtttataagacggtggcattgatagataggacatttatgcatattcta 31449752  T
Q  612 gaagaaagtggcaccatggtnnnnnnnnnnnnagtgagtttgttagtaaggtttcataagaggtatgtgattctattagatagagggtaatat 704  Q
    ||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31449753 gaagaaagtggcaccatggtgggggtggggggagtgagtttgttagtaaggtttcataagaggtatgtgattctattagatagagggtaatat 31449845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University