View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3018_low_14 (Length: 424)

Name: NF3018_low_14
Description: NF3018
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3018_low_14
NF3018_low_14
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (13-424)||(20686082-20686493)
chr4 (13-362)||(20661928-20662275)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 383; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 424
Target Start/End: Original strand, 20686082 - 20686493
Alignment:
Q  13 agcacagattggttaaatgtgaattgagcaactagtacatacgagcataaaactaattgatctaataagtattacttgaatcccagcatggctgttcaga 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20686082 agcacagattggttaaatgtgaattgagcaactagtacatacgagcataaaactaattgatctaataagtattacttgaatcccagcatggctgttcaga 20686181  T
Q  113 taaaaatcaaattccctgggatggcaaatggttgtgtctaccacagttcctttgacaaaatttcaaacnnnnnnntcagtacatatagataaattggaat 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||    
T  20686182 taaaaatcaaattccctgggatggcaaatggttgtatctaccacagttcctttgacaaaatttcaaacaaaaaaatcagtacatatagataaattggaat 20686281  T
Q  213 gagaacagataccagttgtagggcaggcaagaaataaattgaaaaacctggcattatgtttccacttttatccgtctgatcagaactgaccggaaagaat 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20686282 gagaacagataccagttgtagggcaggcaagaaataaattgaaaaacctggcattatgtttccacttttatctgtctgatcagaactgaccggaaagaat 20686381  T
Q  313 cgggtgtgatgtctcttttggacaaccacaaatgtaacttttggcagatacccctcttcaaatgaggcacaagcctgagaccgaattgaaaaattcatca 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20686382 cgggtgtgatgtctcttttggacaaccacaaatgtaacttttggcagatacccctcttcaaatgaggcacaagcctgagaccgaattgaaaaattcatca 20686481  T
Q  413 aaaatagaatgc 424  Q
    ||||||||||||    
T  20686482 aaaatagaatgc 20686493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 13 - 362
Target Start/End: Original strand, 20661928 - 20662275
Alignment:
Q  13 agcacagattggttaaatgtgaattgagcaactagtacatacgagcataaaac--taattgatctaataagtattacttgaatcccagcatggctgttca 110  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||   |||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20661928 agcacagaatggttaaatgccaattgagcaactagtacatacgagcatataaagttaatggaactagtaagtattacttgaatcccagcatggctgttca 20662027  T
Q  111 gataaaaatcaaattccctgggatggcaaatggttgtgtctaccacagttcctttgacaaaatttcaaacnnnnnnntcagtacatatagataaattgga 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||        |||||| |||||||||||||||     
T  20662028 gataaaaatcaaattccctgggatggcaaatggttgtgtcaaccacagttcctttgacaaaatttaaaagaacgtaatcagtaaatatagataaattggc 20662127  T
Q  211 atgagaacagataccagttgtagggcaggcaagaaataaattg-aaaaacctggcattatgtttccacttttatccgtctgatcagaactgaccggaaag 309  Q
    |  |||     |||  | || |  ||| |||| ||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||   ||| ||||| ||   |||    ||||||    
T  20662128 aaaaga----gtacacgctgca-tgcaagcaataaaaaaattgaaaaaacctggcattatatttccactccgatctgtctggtcgttactcgtgggaaag 20662222  T
Q  310 aatcgggtgtgatgtctcttttggacaaccacaaatgtaacttttggcagata 362  Q
    |  ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||    
T  20662223 agacgggtgtgatgtctcttttggaccaccacaaaagtaactcttggcagata 20662275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University