View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF3019-Insertion-9 (Length: 351)
Name: NF3019-Insertion-9
Description: NF3019
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3019-Insertion-9 |
 | |
|
| [»] chr8 (3 HSPs) |
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| [»] scaffold0642 (1 HSPs) |
| |
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| [»] scaffold0345 (1 HSPs) |
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| [»] scaffold0105 (1 HSPs) |
| |
|
| [»] scaffold0016 (1 HSPs) |
| |
|
| [»] chr2 (2 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 8 - 351
Target Start/End: Original strand, 44497436 - 44497771
Alignment:
| Q |
8 |
agttcatcatctttagtattggaataatatgtcaatgaattatattttccatgccttttatgttgtcactttccaattttattttaccattttgtgcaga |
107 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
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| T |
44497436 |
agttcatcatctttagtattggaataatatgtcaatgaattatattttccatgccttttatgctgtcactttccaattttgttttaccattttgtgcaga |
44497535 |
T |
|
| Q |
108 |
aggtgtcaaatgtagaaaatttggatttggattggttttacatagtgttttctgagttaattattctatttcagctacataactttcttctaactttttc |
207 |
Q |
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|
| T |
44497536 |
aggtgtcaaatgtagaaaatttggatttggattggttttacatagtgttttctgagttaattattctatttcagctacataactttcttctaactttttc |
44497635 |
T |
|
| Q |
208 |
tttgttataaacaatgattatataacaatgattatgttgtcacttttccttgatttatcatagattatataacaatgatttaaactaacttcggttggat |
307 |
Q |
| |
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||||||||||| | | ||||| | || | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44497636 |
tttgttataaa-agt-----tataatattg--ttttctgtcaagcttccttgatttatcatagattatataacaatgatttaaactaacttcggttggat |
44497727 |
T |
|
| Q |
308 |
catataaggttcattccatatcaagttaaatgttaaagtatcct |
351 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44497728 |
catataaggttcattccatatcaagttaaatgttaaagtatcct |
44497771 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 136 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 24469694 - 24469613
Alignment:
| Q |
136 |
ggattggttttacatagtgttttctgagttaattattctatttcagctacataactttcttctaactttttctttgttataaa |
218 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24469694 |
ggattggttttacatagc-ttttctgagctaattattctatttcagctacataagtttcttctaaatttttctttgttataaa |
24469613 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 13 - 73
Target Start/End: Complemental strand, 24469791 - 24469731
Alignment:
| Q |
13 |
atcatctttagtattggaataatatgtcaatgaattatattttccatgccttttatgttgt |
73 |
Q |
| |
|
|||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
24469791 |
atcacctttagtgttggaagaatatgtcaatgaattatattatccatgcctttcatgttgt |
24469731 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0642 (Bit Score: 253; Significance: 1e-140; HSPs: 1)
Name: scaffold0642
Description:
Target: scaffold0642; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 8 - 351
Target Start/End: Original strand, 5949 - 6284
Alignment:
| Q |
8 |
agttcatcatctttagtattggaataatatgtcaatgaattatattttccatgccttttatgttgtcactttccaattttattttaccattttgtgcaga |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5949 |
agttcatcatctttagtattggaataatatgtcaatgaattatattttccatgccttttatgttgtcactttccaatttttttttaccattttgtgcaga |
6048 |
T |
|
| Q |
108 |
aggtgtcaaatgtagaaaatttggatttggattggttttacatagtgttttctgagttaattattctatttcagctacataactttcttctaactttttc |
207 |
Q |
| |
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|
|
| T |
6049 |
aggtgtcaaatgtagaaaatttggatttggattggttttacatagtgttttctgagttaattattctatttcagctacataactttcttctaactttttc |
6148 |
T |
|
| Q |
208 |
tttgttataaacaatgattatataacaatgattatgttgtcacttttccttgatttatcatagattatataacaatgatttaaactaacttcggttggat |
307 |
Q |
| |
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||||||||||| | | ||||| | || | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |
|
|
| T |
6149 |
tttgttataaa-agt-----tataatattg--ttttctgtcaagcttccttgatttatcatagattatataacaatgatttaaactaacttcagttagat |
6240 |
T |
|
| Q |
308 |
catataaggttcattccatatcaagttaaatgttaaagtatcct |
351 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6241 |
catacaaggttcattccatatcaagttaaatgttaaagtatcct |
6284 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0345 (Bit Score: 253; Significance: 1e-140; HSPs: 1)
Name: scaffold0345
Description:
Target: scaffold0345; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 8 - 351
Target Start/End: Original strand, 15861 - 16196
Alignment:
| Q |
8 |
agttcatcatctttagtattggaataatatgtcaatgaattatattttccatgccttttatgttgtcactttccaattttattttaccattttgtgcaga |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15861 |
agttcatcatctttagtattggaataatatgtcaatgaattatattttccatgccttttatgttgtcactttccaatttttttttaccattttgtgcaga |
15960 |
T |
|
| Q |
108 |
aggtgtcaaatgtagaaaatttggatttggattggttttacatagtgttttctgagttaattattctatttcagctacataactttcttctaactttttc |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15961 |
aggtgtcaaatgtagaaaatttggatttggattggttttacatagtgttttctgagttaattattctatttcagctacataactttcttctaactttttc |
16060 |
T |
|
| Q |
208 |
tttgttataaacaatgattatataacaatgattatgttgtcacttttccttgatttatcatagattatataacaatgatttaaactaacttcggttggat |
307 |
Q |
| |
|
||||||||||| | | ||||| | || | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |
|
|
| T |
16061 |
tttgttataaa-agt-----tataatattg--ttttctgtcaagcttccttgatttatcatagattatataacaatgatttaaactaacttcagttagat |
16152 |
T |
|
| Q |
308 |
catataaggttcattccatatcaagttaaatgttaaagtatcct |
351 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16153 |
catacaaggttcattccatatcaagttaaatgttaaagtatcct |
16196 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0105 (Bit Score: 253; Significance: 1e-140; HSPs: 1)
Name: scaffold0105
Description:
Target: scaffold0105; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 8 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 23120 - 22785
Alignment:
| Q |
8 |
agttcatcatctttagtattggaataatatgtcaatgaattatattttccatgccttttatgttgtcactttccaattttattttaccattttgtgcaga |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23120 |
agttcatcatctttagtattggaataatatgtcaatgaattatattttccatgccttttatgttgtcactttccaatttttttttaccattttgtgcaga |
23021 |
T |
|
| Q |
108 |
aggtgtcaaatgtagaaaatttggatttggattggttttacatagtgttttctgagttaattattctatttcagctacataactttcttctaactttttc |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23020 |
aggtgtcaaatgtagaaaatttggatttggattggttttacatagtgttttctgagttaattattctatttcagctacataactttcttctaactttttc |
22921 |
T |
|
| Q |
208 |
tttgttataaacaatgattatataacaatgattatgttgtcacttttccttgatttatcatagattatataacaatgatttaaactaacttcggttggat |
307 |
Q |
| |
|
||||||||||| | | ||||| | || | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |
|
|
| T |
22920 |
tttgttataaa-agt-----tataatattg--ttttctgtcaagcttccttgatttatcatagattatataacaatgatttaaactaacttcagttagat |
22829 |
T |
|
| Q |
308 |
catataaggttcattccatatcaagttaaatgttaaagtatcct |
351 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22828 |
catacaaggttcattccatatcaagttaaatgttaaagtatcct |
22785 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0016 (Bit Score: 253; Significance: 1e-140; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:
Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 8 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 52007 - 51672
Alignment:
| Q |
8 |
agttcatcatctttagtattggaataatatgtcaatgaattatattttccatgccttttatgttgtcactttccaattttattttaccattttgtgcaga |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
52007 |
agttcatcatctttagtattggaataatatgtcaatgaattatattttccatgccttttatgttgtcactttccaattttgttttaccattttgtgcaga |
51908 |
T |
|
| Q |
108 |
aggtgtcaaatgtagaaaatttggatttggattggttttacatagtgttttctgagttaattattctatttcagctacataactttcttctaactttttc |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
51907 |
aggtgtcaaatgtagaaaatttggatttggattggttttacatagtgttttctgagttaattattctatttcagctacataactttcttctaactttttc |
51808 |
T |
|
| Q |
208 |
tttgttataaacaatgattatataacaatgattatgttgtcacttttccttgatttatcatagattatataacaatgatttaaactaacttcggttggat |
307 |
Q |
| |
|
||||||||||| | | ||||| | || | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
51807 |
tttgttataaa-agt-----tataatattg--ttttctgtcaagcttccttgatttatcatagattatataacaatgatttaaactaacttcagttggat |
51716 |
T |
|
| Q |
308 |
catataaggttcattccatatcaagttaaatgttaaagtatcct |
351 |
Q |
| |
|
||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
51715 |
catgtaaggttcaatccatatcaagttaaatgttaaagtatcct |
51672 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 253; Significance: 1e-140; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 8 - 351
Target Start/End: Original strand, 3380169 - 3380504
Alignment:
| Q |
8 |
agttcatcatctttagtattggaataatatgtcaatgaattatattttccatgccttttatgttgtcactttccaattttattttaccattttgtgcaga |
107 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3380169 |
agttcatcatctttagtattggaattatatgtcaatgaattatattttccatgccttttatgttgtcactttccaattttgttttaccattttgtgcaga |
3380268 |
T |
|
| Q |
108 |
aggtgtcaaatgtagaaaatttggatttggattggttttacatagtgttttctgagttaattattctatttcagctacataactttcttctaactttttc |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3380269 |
aggtgtcaaatgtagaaaatttggatttggattggttttacatagtgttttctgagttaattattctatttcagctacataactttcttctaactttttc |
3380368 |
T |
|
| Q |
208 |
tttgttataaacaatgattatataacaatgattatgttgtcacttttccttgatttatcatagattatataacaatgatttaaactaacttcggttggat |
307 |
Q |
| |
|
||||||||||| | | ||||| | || | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |
|
|
| T |
3380369 |
tttgttataaa-agt-----tataatattg--ttttctgtcaagcttccttgatttatcatagattatataacaatgatttaaactaactacagttggat |
3380460 |
T |
|
| Q |
308 |
catataaggttcattccatatcaagttaaatgttaaagtatcct |
351 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3380461 |
catataaggttcattccatatcaagttaaatgttaaagtatcct |
3380504 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 67 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 42715236 - 42715111
Alignment:
| Q |
67 |
atgttgtcactttccaattttattttaccattttgtgcagaaggtgtcaaatgtagaaaatttggatttggattggttttacatagtgttttctgagtta |
166 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||| |||| ||||||| |
|
|
| T |
42715236 |
atgttgtcactttccaatttggttttaccattttgtacaaaaggtgtcaaatgtagaaa------acttgaattggttttacat-taattttatgagtta |
42715144 |
T |
|
| Q |
167 |
attattctatttcagctacataactttcttcta |
199 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42715143 |
attattctatttcagttacataactttcttcta |
42715111 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 110; Significance: 2e-55; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 8 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 36930992 - 36930790
Alignment:
| Q |
8 |
agttcatcatctttagtattggaataatatgtcaatgaattatattttccatgccttttatgttgtcactttccaattttattttaccattttgtgc-ag |
106 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| | ||||||||||| | | |||||||||||||||| | |
|
|
| T |
36930992 |
agttcatca-ctttagtattggaagaatatgtcaatgaattatatttt-catgcctttcatgctatcactttccaaatattttttaccattttgtgcaaa |
36930895 |
T |
|
| Q |
107 |
aaggtgtcaaatgtagaaaatttggatttggattggttttacatagtgttttctgagttaattattctatttcagctacataactttcttctaacttttt |
206 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
36930894 |
aaagtgtcaaatgtagaaaatttgg-------ttggttttacatagttttttctgagttaattattatatttcatctacataactttcttctaatttttt |
36930802 |
T |
|
| Q |
207 |
ctttgttataaa |
218 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |
|
|
| T |
36930801 |
ctttgttataaa |
36930790 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 265 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 36930762 - 36930699
Alignment:
| Q |
265 |
tcatagattatataacaatgatttaaactaacttcggttggatcatataaggttcattccatat |
328 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36930762 |
tcattgattatataacaatgatttaaactaacttcaattggatcatgtaaggttcattccatat |
36930699 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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