View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3019R-Insertion-1 (Length: 775)

Name: NF3019R-Insertion-1
Description: NF3019R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3019R-Insertion-1
NF3019R-Insertion-1
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (9-775)||(8524455-8525221)
chr3 (120-169)||(14554452-14554501)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (68-769)||(42125003-42125704)
chr5 (77-775)||(42130231-42130920)
chr5 (75-649)||(34230708-34231288)
chr5 (77-643)||(41711694-41712256)
chr5 (75-522)||(34238763-34239204)
chr5 (77-383)||(42118787-42119097)
chr5 (416-713)||(42118489-42118780)
chr5 (76-705)||(41569923-41570546)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (68-775)||(25520921-25521628)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (79-713)||(11119842-11120467)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (77-643)||(12249956-12250516)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 494; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 494; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 775
Target Start/End: Complemental strand, 8525221 - 8524455
Alignment:
Q  9 atttcaagtcatccttcattataaattctgaatatgctcatt---atggttgtgatgaattttctcttttgaaaacagcaacatggaaaaatgagactga 105  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| |||   ||  ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  8525221 atttcaagtcatccttcactataaattctgaacctgcttattcttatttttgtgatgaatctcgtcttttgaaaacagcaacatggaaaaatgagattga 8525122  T
Q  106 ttgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtgaaggtcttcaaggtatattcaatcctaac 205  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  8525121 ttgctgctcatgggatggtgtcacgtgtgacaccatcagtggtcacgtgattggcctcaaccttggctgtgaaggtcttcaaggcatactcaatcctaac 8525022  T
Q  206 agtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtc 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8525021 agtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaaccttgctaacaatgatttctctggctcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtc 8524922  T
Q  306 tcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaatcacttcatctatctgggcatta 405  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||    
T  8524921 tcacacatcttgacttgtctcatagttaccttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaatcacttcatctctctgggtctta 8524822  T
Q  406 ttattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagttgtttttggataatacagatttgtcttca 505  Q
    | | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8524821 tcaatacaatttagtttggaaagagagcaccttgaagagacttgtgcaaaacgcaacaaacttgagggagttgtttttggatgatacagatttgtcttca 8524722  T
Q  506 ttaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttacaggattaagaggaaaactgaaaagaagcc 605  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |   ||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  8524721 ttaagaccaaactccattgctttgctattcaaccaatcttcctctttggtcactcttaatcttgcagagacaagattaagcggaaaactgaaaagaagcc 8524622  T
Q  606 ttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcagaattaagttgcagcacttctcttagaatctt 705  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  || ||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8524621 ttctttgtttaccaggtattcaagaactagatatgtcatttaatgatgaacttcaaggccaacttccagaattaagttgcaacacttctcttagaatctt 8524522  T
Q  706 aaatctgttttattgttcattgaaaggggcaattcatactatgtctttttctaacctaacacatcttacc 775  Q
      ||||||   |||||  |||  | |||| |||||   | ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8524521 ggatctgtcaaattgtcaattccatggggaaattc---caatgtctttttctaacctaacacaccttacc 8524455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 120 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 14554501 - 14554452
Alignment:
Q  120 atggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaacctt 169  Q
    ||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||| |||||    
T  14554501 atggtgtcacgtgcgacaccatatcaggtcacgtgattgaactagacctt 14554452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 345; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 68 - 769
Target Start/End: Complemental strand, 42125704 - 42125003
Alignment:
Q  68 tctcttttgaaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaacc 167  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  || || |    
T  42125704 tctcttctgaaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgataccatcactcgtcacgtgattggcctcaatc 42125605  T
Q  168 ttggctgtgaaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttga 267  Q
    ||||||||||||| |||||||||| | |  |||||||||||||||||||| |||||| | || |||||| ||||||||||||||||||| |||||| | |    
T  42125604 ttggctgtgaaggccttcaaggtaaactacatcctaacagtacccttttcaatcttgttcatcttcaaacactcaacctttctaacaatgatttctctta 42125505  T
Q  268 ctcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacac 367  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42125504 ctctcattttcattctaagtttggtgggtttatgagtcttgcacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaattcaaatctcacac 42125405  T
Q  368 ctttgcaaattacaatcacttcatctatctgggcat---tattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaa 464  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||     |||| |  | ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||  ||||||    
T  42125404 ctttccaaattacaatcacttcatctctctggatataccggttatgatcagttagtttggaaagagacgaccttgaagagatttgttcaaaatgcaacaa 42125305  T
Q  465 acttgagggagttgtttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaa 564  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42125304 atttgagggagctgtttttggataatacaaatatgtcttcaataagaccaaactccattgctttgctcttcaaccaatcttcctctttggttactcttaa 42125205  T
Q  565 ccttggatttacaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaaggg 664  Q
     |||  ||  ||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||     ||| ||||     
T  42125204 tcttaaatcaacaggattaactggaaaactgaaaagaagcctactttgtttaccaagtattcaagagttagatatgtcatataatcacaaccttgaagga 42125105  T
Q  665 caactttcagaattaagttgcagcacttctcttagaatcttaaatctgttttattgttcattgaaaggggcaattcatactatgtctttttctaacctaa 764  Q
    |||||  ||||||| ||||| || |||||||||||||| ||| || | |    ||| ||||| ||||||| |||||   || |||||||||||||||| |    
T  42125104 caactaccagaattgagttgtagtacttctcttagaatattagatttttcacgttgctcattcaaaggggaaattc---ctttgtctttttctaacctca 42125008  T
Q  765 cacat 769  Q
    |||||    
T  42125007 cacat 42125003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 77 - 775
Target Start/End: Complemental strand, 42130920 - 42130231
Alignment:
Q  77 aaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtg 176  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  || |||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  42130920 aaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggaatggcgtcacgtgtgacacagtctctggtcacgtgattgacctcaaccttggctgtg 42130821  T
Q  177 aaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattt 276  Q
    |||| |||  ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | || | |||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  42130820 aaggccttacaggtacattcaatcctaatagtaccctttttcatcttgttcatctccaaacactcaacctttcttacaatgatttctttgactctcattt 42130721  T
Q  277 tcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaa 376  Q
    |||||  |||||| |||| |||  |||||| ||||||||||||||||||  ||||  |||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||    
T  42130720 tcattataagttttgtggatttcagagtcttacacatcttgacttgtctgatagtaacttagaaggtgaaattccaactcaaatctctcacctatccaaa 42130621  T
Q  377 ttacaatcacttcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagt 476  Q
    ||||||||||||||||| ||||   |  ||||| ||   ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||  ||||| | ||  | |||     
T  42130620 ttacaatcacttcatctctctg---aaaattatgac---ttaatttggaaagagactaccttgaagaggctgttgcaaaatgcaacagatttacgagagc 42130527  T
Q  477 tgtttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttac 576  Q
    ||||||||||    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||   |  ||    
T  42130526 tgtttttggactccacagatatgtcttcaataagaccaaactccattgctttgctcctcaaccaatctttatctttagtcactcttaatcttcattacac 42130427  T
Q  577 aggattaagaggaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcagaa 676  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||  || ||||||||| |||||| |||||    
T  42130426 aagattaagcggaaaactgaaaagaagccttatttgtttagcaagtattcaagagctagatatgtcatataatgatgaacttcaaggccaacttccagaa 42130327  T
Q  677 ttaagttgcagcacttctcttagaatcttaaatctgttttattgttcattgaaaggggcaattcatactatgtctttttctaacctaacacatcttacc 775  Q
    || ||||| |||||||||||||||||| || || |||     ||| ||||  |||||| |||||   |||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  42130326 ttgagttgtagcacttctcttagaatcatagatttgtcaggatgtgcattcgaaggggaaattc---ctatgtatttttctaacctcacacatcttacc 42130231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 75 - 649
Target Start/End: Original strand, 34230708 - 34231288
Alignment:
Q  75 tgaaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctg 174  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||  || |||||||||||    
T  34230708 tgaaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacgtgtgacaccgtatctggtcacgtcattggccttaaccttggctg 34230807  T
Q  175 tgaaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaatt------------atttc 262  Q
    ||||||  ||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||  ||||||||||| |||||||            |||||    
T  34230808 tgaaggctttcaaggtatactccatcctaatagtacccttttccatcttgctcaccttcaaatgctcaacctttcgaacaattatttctctaacgatttc 34230907  T
Q  263 tttgactcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatct 362  Q
    | || |||  |||||||||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||||  | |||||||| ||| |||||||||  |||||||||    
T  34230908 tctggctcccattttcattctaagtttggcgggtttatgagtcttacacatctcgacttgtcttcttgtttctttcaagatgaaattccttctcaaatct 34231007  T
Q  363 cacacctttgcaaattacaatcacttcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaac 462  Q
    |  |||||| ||||||||||||||||||||| |||||| || ||      || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34231008 cggacctttccaaattacaatcacttcatctttctgggaatgat------aagttagtttggaaagagactaccttgaagagacttgtgcaaaacgcaac 34231101  T
Q  463 aaacttgagggagttgtttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactctt 562  Q
    ||  || |||||| ||||||||||| |||||||  ||||||   ||||||||||||||||    ||||| ||||| | ||||| |||| |||||||||||    
T  34231102 aagtttaagggagctgtttttggattatacagacatgtctttgataagaccaaactccataaacttgctcttcaatcgatctttctctctggttactctt 34231201  T
Q  563 aaccttggatttacaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataat 649  Q
    || ||| ||   |||   ||||| |||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  34231202 aatcttagagagacaatcttaagtggaaaattgaaaaagagcattctttgtttaccaagtattcaagagctagatatgtcatataat 34231288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 8e-94
Query Start/End: Original strand, 77 - 643
Target Start/End: Original strand, 41711694 - 41712256
Alignment:
Q  77 aaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtg 176  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||| ||||||||| ||  ||||| |||| |||  || |||||||||||||    
T  41711694 aaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgttgctcatggcccggtgtcacatgtgacaccgtctatggtcgcgtggttggcctcaaccttggctgtg 41711793  T
Q  177 aaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattt 276  Q
    | || ||||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||||| | || | |||| ||||||||||||| ||||| |||||| | ||||  ||||    
T  41711794 atggccttcaaggtatattccatcctaataatactcttttccatcttgttcatctccaaacactcaacctttcttacaatgatttctcttactcccattt 41711893  T
Q  277 tcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaa 376  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| |||||  ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||    
T  41711894 tcattctaagtttggtcggtttttgagtcttgcacatcttgacatgtcttatagttactttgaaggtgaaattccaattcaaatctcacacctctccaaa 41711993  T
Q  377 ttacaatcacttcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaac--aaacttgaggga 474  Q
    ||||||||||||||||| |||  | |||||       | |||||||||||||| |||||||| || || ||| |||||||| ||||  | | || ||  |    
T  41711994 ttacaatcacttcatctctctcagaattat------gaattagtttggaaagaaaccaccttaaataggcttatgcaaaacgcaactaatatttaagcaa 41712087  T
Q  475 gttgtttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggattt 574  Q
      | ||||||||| | |||||| |||||||| ||| |||||||||||| | |||||| ||||| || |||||| ||||||| |||||||| |||| |  |    
T  41712088 actatttttggatgacacagatatgtcttcaataaaaccaaactccatggatttgctcttcaatcattcttccactttggtgactcttaatcttgcagat 41712187  T
Q  575 acaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtca 643  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||  | | |||| || |||||| | |||||||||||||||||||||    
T  41712188 acaggattaagcggaaaccttaaaaataacattctctgcttaccaggcattcaagaactagatatgtca 41712256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 75 - 522
Target Start/End: Original strand, 34238763 - 34239204
Alignment:
Q  75 tgaaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctg 174  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||  || |||||||| ||    
T  34238763 tgaaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacgtgtgacaccgtatctggtcacgtcattggccttaaccttggttg 34238862  T
Q  175 tgaaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttat 274  Q
    ||||||  ||||||||||| || ||||||| |||||||||||| || ||| | || | |||| |||||||||||||||||||  ||||| ||  || |||    
T  34238863 tgaaggctttcaaggtatactccatcctaatagtacccttttcaatattgttcatctccaaacactcaacctttctaacaatggtttctatggttcctat 34238962  T
Q  275 tttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgca 374  Q
    ||| |||| ||||||||  |||||  |||||| ||||||||||||||||||  || |    ||   |||||||||||  ||||||||||| |||||| ||    
T  34238963 tttgattctaagtttggcaggtttacgagtcttacacatcttgacttgtctaatactcatgttggcggtgaaattccttctcaaatctcatacctttcca 34239062  T
Q  375 aattacaatcacttcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgaggga 474  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||       | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  || |||||    
T  34239063 aattacaatcacttcatctttctgggcattat------gagttagtttggaaagagaccaccttaaagagacttgtgcaaaacgcaacaagtttaaggga 34239156  T
Q  475 gttgtttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccat 522  Q
    | ||||||||||| || ||||| ||||||| |||||||  ||||||||    
T  34239157 gctgtttttggattattcagatatgtcttctttaagacataactccat 34239204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 77 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 42119097 - 42118787
Alignment:
Q  77 aaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcat---ggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggct 173  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||   || |||||||| |||||| ||   || |||||||||||||||  || ||||||||||    
T  42119097 aaaactgcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatcatggcatggtgtcgcgtgtgtcagagtctctggtcacgtgattggtctcaaccttggct 42118998  T
Q  174 gtgaaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactctta 273  Q
     | || | |||   |||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||| | || | |||| ||| |||||| |   |||| ||||||  |  |||      
T  42118997 tttaacgccttactggtaaattacatcctaacaatacccttttccatcttgttcatctccaaacactaaaccttgcatccaataatttctccgcttctcg 42118898  T
Q  274 ttttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtag-tttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttg 372  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |     
T  42118897 ttttcattctaagtttggtggttttttgagtcttacacatcttgacttgtctcatagttttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacttatc 42118798  T
Q  373 caaattacaat 383  Q
    |||||||||||    
T  42118797 caaattacaat 42118787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 416 - 713
Target Start/End: Complemental strand, 42118780 - 42118489
Alignment:
Q  416 ttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagttgtttttggataatacagattt----gtcttcattaaga 511  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || |    ||||||| |||||    
T  42118780 ttagtttggaaagagacgaccttgaagagatttgttcaaaatgcaacaaatttgagggagatgtttttggataatacaaatatatatgtcttcaataaga 42118681  T
Q  512 ccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttacaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttcttt 611  Q
    ||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |   ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  42118680 ccaaactc-------------ttcaaccaatcttcctctttggttactcttaatcttgcagagacaggattaagtggaaaactgaaaagaagcctacttt 42118594  T
Q  612 gtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcagaattaagttgcagc------acttctcttagaatctt 705  Q
    |||||||||| ||  |||| ||||||||||||| |||   || | || |||| |||| | ||||||| |||||||||      |||||||||||||||||    
T  42118593 gtttaccaagcatggaagagctagatatgtcatttaa---tgaatttgaaggccaacatccagaattgagttgcagcaatactacttctcttagaatctt 42118497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 76 - 705
Target Start/End: Original strand, 41569923 - 41570546
Alignment:
Q  76 gaaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgt 175  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||  |||| || |||||| ||||||||||||| ||| |  || |||||| ||||||||  ||  |||||||||||    
T  41569923 gaaaacatcaacatggaaaattgagacaaattgttgttcatggcatggtgtcacgtgcgacgctgtctctggtcgcgtgattggtctcgaccttggctgt 41570022  T
Q  176 gaaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttatt 275  Q
    ||| | |||||||||| | |  |||||||||  || ||||| ||||||||| || | |||  ||||||||||||| ||||| |||||||  ||||  |||    
T  41570023 gaatgccttcaaggtaaaatttatcctaacaacactctttttcatcttgctcatctccaatcactcaacctttctcacaatgatttcttcaactccaatt 41570122  T
Q  276 ttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtc-tcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgca 374  Q
    | |||||  |||||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||| |||| ||  |||| |||| ||| ||||  ||||||||||| ||||||       
T  41570123 tgcattctcagtttggtggatttaagagtcttacacatcttgacttgtcttcgt-gtaactttcaaggcgaagttcctcctcaaatctcataccttttgc 41570221  T
Q  375 aattacaatcacttcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgaggga 474  Q
    |||||  |||||||| ||| ||      | |  || || | |||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  |||   ||    
T  41570222 aattaacatcacttcgtctttc------taaaaatgacgagttaagttggaaagaaaccactttgaagagacttgtgcaaaacgcaacaattttgcaaga 41570315  T
Q  475 gttgtttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggattt 574  Q
    ||| | ||||||| | |||||| || ||||| | |  |||||||   |   || | | |||||  |||||||||||||| ||| |||||  |||  |       
T  41570316 gttatatttggatgaaacagatatgacttcaatcaacccaaacttgttgaattcgatcttcaataaatcttcctctttgattagtcttagtcttcaaaga 41570415  T
Q  575 acaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcag 674  Q
    ||||||||||| |||||   |||||  | | ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| | |||  |   ||| |||| |||||| |||    
T  41570416 acaggattaagtggaaattggaaaaataacattctttgtttaccaaatattcaagagctagatatgtcaaagaatgataaccttgaaggtcaacttccag 41570515  T
Q  675 aattaagttgcagcacttctcttagaatctt 705  Q
    | || || || ||||||||||||||||||||    
T  41570516 atttgagctgtagcacttctcttagaatctt 41570546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 68 - 775
Target Start/End: Original strand, 25520921 - 25521628
Alignment:
Q  68 tctcttttgaaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaacc 167  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||    ||||| ||||||||  || ||||    
T  25520921 tctcttctgaaaacagcaacatggaaatatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacatgcgacaccacttttggtcgcgtgattggcctcaacc 25521020  T
Q  168 ttggctgtgaaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttga 267  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||     
T  25521021 ttggctgtgaaggcctccaaggtatattccatcctaatagtactcttttccatcttgctcatattcaaaaactcaacctttcttacaatgatttcactgg 25521120  T
Q  268 ctcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacac 367  Q
    |||  |||||||| | |||||||||||||||  |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25521121 ctcccattttcatgctaagtttggtgggtttcagagtcttacacatctttacttgtctggtagtttctttaaaggtaaaattccaactcaaatctcacac 25521220  T
Q  368 ctttgcaaattacaatcacttcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaact 467  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| |  |||   |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| |||||||  ||||||| |    
T  25521221 ctttccaaattacaatcacttcatctttctgggtattttggttatgttttagtttggaaagagaccatcttaaagaggcttttgcaaaatgcaacaaatt 25521320  T
Q  468 tgagggagttgtttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaacct 567  Q
    |   |||||||||||||||| ||||| || |||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  25521321 tacaggagttgtttttggattatacaaatatgtcttctataagaccaaactccattgctttgcttttcaaccaatcttcctctttggttactctaaatct 25521420  T
Q  568 tggatttacaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaa 667  Q
    |  ||  |||||||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||  || ||||||||| |||    
T  25521421 taaatcaacaggattaagaggaaaattcaaaaggagcattctttgtttaccaagtattcaagaaatagatatgtcatttaatgatgaacttcaaggccaa 25521520  T
Q  668 ctttcagaattaagttgcagcacttctcttagaatcttaaatctgttttattgttcattgaaaggggcaattcatactatgtctttttctaacctaacac 767  Q
    ||| | ||||| || || ||||||||||||||||| ||  || |||    ||||  |||  |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||     
T  25521521 cttccggaattgagctgtagcacttctcttagaatattggatttgtcagcttgtggattcgaaggggaaattcctactatgtctttttctaaccttacat 25521620  T
Q  768 atcttacc 775  Q
    ||||||||    
T  25521621 atcttacc 25521628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 167; Significance: 5e-89; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 79 - 713
Target Start/End: Complemental strand, 11120467 - 11119842
Alignment:
Q  79 aacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtgaa 178  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||  || || ||||||||||||    
T  11120467 aacaacaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgcgacaccatctctggtcgcgtgattggcctcaatcttggctgtgaa 11120368  T
Q  179 ggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattttc 278  Q
    ||||||||||| |||||  |||| || ||||||||||||||||||| | || | |||| ||||||||||    ||||| ||||||  | ||||  |||||    
T  11120367 ggtcttcaaggcatattacatccgaatagtacccttttccatcttgttcatctccaaacactcaaccttgtatacaataatttctccggctctcgttttc 11120268  T
Q  279 attcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaatt 378  Q
    |||| |||||||||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||  ||||  | || | |||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||    
T  11120267 attctaagtttggtgggtttcagagtcttacacatctttacttgtcttatagtaacatttatggtgaaattccaactcaaatctcatatctttccaaatt 11120168  T
Q  379 acaatcacttcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagttg 478  Q
    |||||| ||| |||| |||||| ||          | ||||||| |||||||| ||||||||| |||||  |||||||  ||||| | ||    ||| ||    
T  11120167 acaatccctttatctctctgggaat---------gagttagttttgaaagagatcaccttgaacagactgctgcaaaatgcaacagatttacaagagctg 11120077  T
Q  479 tttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttacag 578  Q
    |||||| |||  ||  || |||||||| |||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||  |||  |   || |    
T  11120076 tttttgtatagaactaatatgtcttcaataagaccaaactcctttcctttgctcttcaaccaatcttcctctttggttatacttagtcttaaagcaactg 11119977  T
Q  579 gattaagaggaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcagaatt 678  Q
     |||||| || ||  ||||||  | | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  ||||||      || |||| |||||| |||||||    
T  11119976 aattaagtgggaacttgaaaaataactttctttgtttaccaagtattcaagagctatatatgtcggataatcccaactttgaaggccaacttccagaatt 11119877  T
Q  679 aagttgcagcacttctcttagaatcttaaatctgt 713  Q
     |||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  11119876 gagttgcagcatttctcttagaatcttagatctgt 11119842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 149; Significance: 3e-78; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 77 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 12250516 - 12249956
Alignment:
Q  77 aaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtg 176  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||  |||||| |||||||  ||  ||||||||  ||    
T  12250516 aaaacagcaacatggcaaaatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacatgtgacacaatctatggtcatgtgattggcctcgaccttggcgatg 12250417  T
Q  177 aaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattt 276  Q
    |||| ||| | ||||||||  | ||||| |||||||||||| |||||||| || | |||| |||||||||||||  |||| ||||||   ||||  ||||    
T  12250416 aaggccttgatggtatattacaacctaatagtacccttttcgatcttgctcatctccaaacactcaacctttcttccaatgatttctcaaactcccattt 12250317  T
Q  277 tcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaa 376  Q
    |||||| ||||||||||| || || | ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12250316 tcattctaagtttggtggattctttaatcttacacatcttgacttgtctaatagtttctttaaaggtgaagttccaactcaaatctcacacctttccaaa 12250217  T
Q  377 ttacaatcacttcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagt 476  Q
    ||| ||||||||||||| || | | ||| |       ||||| |||||   || ||||| ||||||||  ||||||||||  ||||||| |||||||||     
T  12250216 ttagaatcacttcatctctccgagaatttt------gatttaatttggggggaaaccacgttgaagaggtttgtgcaaaatgcaacaaatttgagggagc 12250123  T
Q  477 tgtttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttac 576  Q
    | |||||  || | ||| |  |||||||| |||||| |||||||||   ||| || |||||  ||||||||| ||||||||||||||| |||  ||  ||    
T  12250122 tatttttaaatcaaacaaacatgtcttcaataagactaaactccataaattttctcttcaataaatcttcctatttggttactcttaatcttaaatcaac 12250023  T
Q  577 aggattaagaggaaaact-gaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtca 643  Q
    || |||||| |||||| |  |||||||  | ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  12250022 agaattaagtggaaaattaaaaaagaatgc-tctttgtttgccaagtattcaagagctagacatgtca 12249956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University