View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3019_1D_low_3 (Length: 680)

Name: NF3019_1D_low_3
Description: NF3019_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3019_1D_low_3
NF3019_1D_low_3
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (1-595)||(8294930-8295527)
chr1 (1-256)||(18281139-18281390)
chr1 (283-556)||(30155768-30156041)
chr1 (283-558)||(30149434-30149709)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (117-260)||(1144489-1144633)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (301-559)||(25763237-25763495)
chr7 (301-448)||(25732848-25732995)
chr7 (301-448)||(25740549-25740696)
chr7 (301-558)||(25755290-25755547)
chr7 (304-410)||(25746731-25746837)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 506; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 506; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 8295527 - 8294930
Alignment:
Q  1 tgaatgtattcgagtatttgaggattgtataaagtgtgtaaagaaaaaagaatcttgggacagttacatattgccggtgtatgtagaatagaaaaccnnn 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||       
T  8295527 tgaatgtattcgagtatttgaggattgtataaagtgtgtaaagaaaaaagaatcttgggacagttacatattgctggtgtatgtagaatagaaaaccaga 8295428  T
Q  101 nnnnnnnnnnnnnnn---ctaagttttggttgatgctaaaataatccaaaatgtaaaaattatctacaccaatctgccaagtgtgcagaattttttacta 197  Q
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8295427 agaagaagaagaagaagactaagttttggttgatgctaaaataatccaaaatgtaaaaattatctacactaatctgccaagtgtgcagaattttttacta 8295328  T
Q  198 ataacatattacaaagaacatcaatgatgctaaaatcttagtgtgggtatacgtaatcacaaagtagatgctatttcccttaattaactttttattccaa 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8295327 ataacatattacaaagaacatcaatgatgctaaaatcttagtgtgggtatacgtaatcacaaagtaggtgctatttcccttaattaactttttattccaa 8295228  T
Q  298 tcgagttcatctcttgacattatcatgctcttatagttactaacaaaaactaccctatcttccagcttcacattcttccactcaatatgatccttgtttg 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8295227 tcgagttcatctcttgacattatcatgctcttatagttactaacaaaaactaccctatcttccagcttcacattcttccactcaatatgatccttgtttg 8295128  T
Q  398 tgaccagtttgaacaattcaaagccagtaacccgaggtggcttaacaaatgccgaggtaattatcaaactgtcagagacaagatcttgagtttcaaactc 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8295127 tgaccagtttgaacaattcaaagccagtaacccgaggtggcttaacaaatgccgaggtaattatcaaactgtcagagacaagatcttgagtttcaaactc 8295028  T
Q  498 cgcattgcagaatgtataaataaagtataactttctcaacgcttcatctttggctagaaaacataaacaatggttgccaattatgcttaattctgatg 595  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8295027 cgcattgcagaacgtataaatgaagtataactctctcaacgcttcatctttggctagaaaacataaacaatggttgccaattatgcttaattctgatg 8294930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 8e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 18281139 - 18281390
Alignment:
Q  1 tgaatgtattcgagtatttgaggattgtataaagtgtgtaaagaaaaaa-gaatcttgggacagttacatattgccggtgtatgtagaatagaaaaccnn 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||      
T  18281139 tgaatgtattcgagtatttgaggattgtataaagtgtgtaaagaaaaaaagaatcttgggacagttacatattgccaatgtatgtagaatagaaaaccag 18281238  T
Q  100 nnnnnnnnnnnnnnnnctaagttttggttgatgctaaaataatccaaaatgtaaaaattatctacaccaatctgccaagtgtgcagaattttttactaat 199  Q
                    ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18281239 aagaagaaaa------ctaaggtttggttgatggtaaaaaaatccaaaatgtaaa--ttatctacactaatctgccaagtgtgcagaattttatactaat 18281330  T
Q  200 aacatattacaaag---aacatcaatgatgctaaaatcttagtgtgggtatacgtaatca 256  Q
    |||| |||||||||    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18281331 aacagattacaaagtattacatcaatgatgctaaaatcttagtgtgtgtatacgtaatca 18281390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 283 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 30156041 - 30155768
Alignment:
Q  283 aactttttattccaatcgagttcatctcttgacattatcatgctcttatagttactaacaaaaactaccctatcttccagcttcacattcttccactcaa 382  Q
    |||| |||||| ||||  ||| |||| |||||||| | ||| ||||| |||  ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||  |||    
T  30156041 aactctttattgcaattaagtacatcccttgacataaccatactcttgtagcaactaacaaaatacaccctatcttccagcttcacattctgccatccaa 30155942  T
Q  383 tatgatccttgtttgtgaccagtttgaacaattcaaagccagtaacccgaggtggcttaacaaatgccgaggtaattatcaaactgtcagagacaagatc 482  Q
    ||  ||||||||   || |||| ||||| | |||||||    ||| | |||| |||||||||||||  | ||  ||| |||| | |||| |||||| ||     
T  30155941 tagaatccttgtccatgtccagcttgaagacttcaaagatgttaatctgaggcggcttaacaaatgatgtggatattttcaagcggtcaaagacaacatg 30155842  T
Q  483 ttgagtttcaaactccgcattgcagaatgtataaataaagtataactttctcaacgcttcatctttggctagaa 556  Q
    |||| ||| || ||| ||||| |  ||  ||||||| ||||||| || ||| ||| |||||||||| |||||||    
T  30155841 ttgattttgaacctctgcattactaaacatataaattaagtatatctctcttaacacttcatctttagctagaa 30155768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 283 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 30149709 - 30149434
Alignment:
Q  283 aactttttattccaatcgagttcatctcttgacattatcatgctcttatagttactaacaaaaactaccctatcttccagcttcacattcttccactcaa 382  Q
    |||| |||||| ||||  ||| |||| || ||||| | ||| ||||| ||| |||||||||||   || |||||||||||||||||||||| |||  |||    
T  30149709 aactctttattgcaattaagtacatccctggacataaccatactcttgtagctactaacaaaagacactctatcttccagcttcacattctgccatccaa 30149610  T
Q  383 tatgatccttgtttgtgaccagtttgaacaattcaaagccagtaacccgaggtggcttaacaaatgccgaggtaattatcaaactgtcagagacaagatc 482  Q
    ||  ||||||||  ||| |||| ||||| | |||||||    ||| | |||| |||||||||||||  | ||   || |||||  |||| |||||| ||     
T  30149609 tagaatccttgtccgtgtccagcttgaagacttcaaagatgttaatctgaggcggcttaacaaatgatgtgggtgttttcaaatggtcaaagacaacatg 30149510  T
Q  483 ttgagtttcaaactccgcattgcagaatgtataaataaagtataactttctcaacgcttcatctttggctagaaaa 558  Q
    |||| ||| || |||  |||| |  ||  ||||||| |||||||||| ||| ||| |||||||||| |||||||||    
T  30149509 ttgatttttaacctctccattacttaacatataaattaagtataactctcttaacacttcatctttagctagaaaa 30149434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 89; Significance: 1e-42; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 117 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 1144633 - 1144489
Alignment:
Q  117 taagttttggttgatgctaaaataatccaaaatgtaaaaattatct-acaccaatctgccaagtgtgcagaattttttactaataacatattacaaagaa 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | |||| |||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| |    
T  1144633 taagttttggttgatgctaaaataatgcaaaatgtaaagattatattacactaatctgtcaagtgtgcaaaatttattactaataacagattacaaagta 1144534  T
Q  216 catcaatgatgctaaaatcttagtgtgggtatacgtaatcacaaa 260  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  1144533 catcaatgatgctacaatcttaatgtgggcatacgtaatcacaaa 1144489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 59; Significance: 1e-24; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 301 - 559
Target Start/End: Original strand, 25763237 - 25763495
Alignment:
Q  301 agttcatctcttgacattatcatgctcttatagttactaacaaaaactaccctatcttccagcttcacattcttccactcaatatgatccttgtttgtga 400  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||| ||  | ||||||| |||| | || |||||||| ||||||||||||| |||| ||||| ||  |||||||| |     
T  25763237 agttcatctcttgtcattaccatgctgttccaattactaagaaaagccactctatcttcgagcttcacattctgccacccaataggactcttgtttgcgt 25763336  T
Q  401 ccagtttgaacaattcaaagccagtaacccgaggtggcttaacaaatgccgaggtaattatcaaactgtcagagacaagatcttgagtttcaaactccgc 500  Q
    |||| ||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||   |||||| ||| | | | | |||| |||||||||| | | ||||||||||| |||  |    
T  25763337 ccagcttgaacacttcaaagctggtaacctgaggtggctttgaaaatgctgagatgactttgaaacggtcagagacatgttgttgagtttcaatctcacc 25763436  T
Q  501 attgcagaatgtataaataaagtataactttctcaacgcttcatctttggctagaaaac 559  Q
    |||  ||||  || |||| || ||||||| ||| |||| || |||||||||||||||||    
T  25763437 attatagaacatagaaatgaaatataactctcttaacgttttatctttggctagaaaac 25763495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 301 - 448
Target Start/End: Original strand, 25732848 - 25732995
Alignment:
Q  301 agttcatctcttgacattatcatgctcttatagttactaacaaaaactaccctatcttccagcttcacattcttccactcaatatgatccttgtttgtga 400  Q
    |||||||| |||||||||| |||||| ||  |||||||||||||| | ||  ||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||  ||| || |||     
T  25732848 agttcatcccttgacattaccatgcttttgcagttactaacaaaagccactttatcttccagcttcacattctgccacccaataggactcttattcgtgt 25732947  T
Q  401 ccagtttgaacaattcaaagccagtaacccgaggtggcttaacaaatg 448  Q
    |||| ||||||| ||||||||  |||| |  |||||||||||||||||    
T  25732948 ccagcttgaacacttcaaagctggtaagcttaggtggcttaacaaatg 25732995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 301 - 448
Target Start/End: Original strand, 25740549 - 25740696
Alignment:
Q  301 agttcatctcttgacattatcatgctcttatagttactaacaaaaactaccctatcttccagcttcacattcttccactcaatatgatccttgtttgtga 400  Q
    |||||||| |||| || || |||||| ||  | |||||||||||| | ||  ||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||  ||| ||||||     
T  25740549 agttcatcccttgccaataccatgcttttccaattactaacaaaagccactttatcttccagcttcacattctgccacccaataggactcttatttgtgt 25740648  T
Q  401 ccagtttgaacaattcaaagccagtaacccgaggtggcttaacaaatg 448  Q
    |||| ||||||| ||||||||  |||| |  |||||||||||||||||    
T  25740649 ccagcttgaacacttcaaagctggtaagcttaggtggcttaacaaatg 25740696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 301 - 558
Target Start/End: Original strand, 25755290 - 25755547
Alignment:
Q  301 agttcatctcttgacattatcatgctcttatagttactaacaaaaactaccctatcttccagcttcacattcttccactcaatatgatccttgtttgtga 400  Q
    |||||||| ||||| |||| |||||||||| ||  ||||| |||||| ||  |||| |||||| ||||||||| |||| ||||  ||  ||| || |||     
T  25755290 agttcatcccttgatattaccatgctcttacagcaactaagaaaaaccactttatcatccagcctcacattctgccacccaatcggactcttattcgtgt 25755389  T
Q  401 ccagtttgaacaattcaaagccagtaacccgaggtggcttaacaaatgccgaggtaattatcaaactgtcagagacaagatcttgagtttcaaactccgc 500  Q
    |||| ||||||| ||||||||  |||||  ||||||||||| || ||||  || ||||  | |||| ||| ||||||| |  ||||||||||| |||       
T  25755390 ccagcttgaacacttcaaagcaggtaacatgaggtggcttagcatatgctaagataatactgaaacggtcggagacaacacgttgagtttcaatctcaca 25755489  T
Q  501 attgcagaatgtataaataaagtataactttctcaacgcttcatctttggctagaaaa 558  Q
    |||  ||||  || |||| |||||||||| ||| |||| || |||||| |||||||||    
T  25755490 attatagaacatagaaatgaagtataactctcttaacgttttatctttagctagaaaa 25755547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 304 - 410
Target Start/End: Original strand, 25746731 - 25746837
Alignment:
Q  304 tcatctcttgacattatcatgctcttatagttactaacaaaaactaccctatcttccagcttcacattcttccactcaatatgatccttgtttgtgacca 403  Q
    ||||| |||||||||| |||||| ||  | |||||||||||| | ||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||  |||||| ||| |||    
T  25746731 tcatcccttgacattaccatgcttttgcatttactaacaaaagccactttatcttccagcgtcacattcttccacccaataggactcttgttcgtgtcca 25746830  T
Q  404 gtttgaa 410  Q
    | |||||    
T  25746831 gcttgaa 25746837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University