View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3021_low_12 (Length: 554)

Name: NF3021_low_12
Description: NF3021
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3021_low_12
NF3021_low_12
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (12-535)||(5564911-5565434)
chr4 (12-535)||(5605228-5605752)
chr4 (28-499)||(5858211-5858682)
chr4 (71-471)||(5570755-5571155)
chr4 (70-378)||(5885978-5886286)
chr4 (28-480)||(3749118-3749570)
chr4 (89-532)||(5852656-5853099)
chr4 (71-534)||(5582962-5583425)
chr4 (41-480)||(5894794-5895233)
chr4 (71-349)||(5847764-5848038)
chr4 (92-532)||(5553325-5553763)
chr4 (384-482)||(252282-252380)
chr4 (81-532)||(5559123-5559574)
chr4 (359-535)||(5539180-5539356)
chr4 (44-124)||(5613628-5613708)
chr4 (81-208)||(5538902-5539029)
chr4 (441-477)||(5848130-5848166)
chr4 (441-477)||(5886349-5886385)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (214-477)||(1483224-1483487)
chr8 (75-197)||(1485703-1485825)
[»] scaffold0454 (1 HSPs)
scaffold0454 (75-197)||(884-1007)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 460; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 460; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 5565434 - 5564911
Alignment:
Q  12 atgaatggagcagtcttttgttgtcgttccgtgacctacaagaattaggcatgtcaagctgtggtctttcaggaccccttgattcttccctttcaaaact 111  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5565434 atgaatggagcagtcttttgttgccgttccgtgacctacaagaattaggcatgtcaagctgtggtctttcaggaccccttgattcttccctttcaaaact 5565335  T
Q  112 agagaacctatcaatcattattcttggtgacaataattttttatccccagtgccacaaacatttgccaattttaaaaacctgaccaccctcagtcttata 211  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  5565334 agagaacctatcagtcattattcttggtgacaataatttttcatccccagtgccacaaacatttgccaattttaaaaacctgaccaccctcagtcttgta 5565235  T
Q  212 ggttgtgggttgaccggtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctgttattgacttatcatataactacaatctccatggttcatttc 311  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  5565234 gattgtgggttgaccggtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctgttattgacttatcatttaactacaatctccatggttcattcc 5565135  T
Q  312 aagactactcacttagtgaatctcttcatagcattatagtgagttacacaagcttctctggagcattacctagctctattggcaacttgaggcacttatc 411  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5565134 cagactactcactaagtgaatctcttcatagcattatagtgagttacacaaacttctctggagcattacctagctctattggcaaattgaggcacttatc 5565035  T
Q  412 tgaattggatctttccagttgtcaatttaatggaacacttcccaattcattgtcaaacctcacacaactcagggacttggatttgtcaaacaatagtttc 511  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  5565034 taaattggatctttccagttgtcaatttaatggaacacttccaaattcattgtcaaacctcacacacctcagttacttggatttgtcaaacaatagtttc 5564935  T
Q  512 acaggtccaatgccaccatttggc 535  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  5564934 acaggtccaatgccaccatttggc 5564911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 12 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 5605752 - 5605228
Alignment:
Q  12 atgaatggagcagtcttttgttgtcgttccgtgacctacaagaattaggcatgtcaagctgtggtctttcaggaccccttgattcttccctttcaaaact 111  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||   |    
T  5605752 atgaatggagcagtcttttgttgccgctccgtgacctacaagaattaggtatgtcagactgtggtttttcaggaccccttgattcttccctagcaaggtt 5605653  T
Q  112 agagaacctatcaatcattattcttggtgacaataattttttatccccagtgccacaaacatttgccaattttaaaaacctgaccaccctcagtcttata 211  Q
    ||||||| ||||  ||||| |||||| ||  || ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||      
T  5605652 agagaacttatctgtcattcttcttgatgggaacaatttttcatccccagtgccagaaacatttgccaattttaaaaacctaaccaccctcaatcttaac 5605553  T
Q  212 ggttgtgggttgaccggtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctgttattgacttatcatataactacaatctccatggttcattt- 310  Q
    | |||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||  |||| |||| | ||||||||||||  | |||   || || |||||||  |||     
T  5605552 gattgtggattgactggaacatttccacaaaatatatttcaaattagaacactgtcagatattgacttatctgacaaccctaaccttcatggtttttttt 5605453  T
Q  311 caagactactcacttagtgaatctcttcatagcattatagtgagttacacaagcttctctggagcattacctagctctattggcaacttgaggcacttat 410  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5605452 ccagactactcacttagtgaatctcttcacagcattatggcgagtaacacaagcttctctggagcattacctagctctattggcaacttgaggcacttat 5605353  T
Q  411 ctgaattggatctttccagttgtcaatttaatggaacacttcccaattcattgtcaaacctcacacaactcagggacttggatttgtcaaacaatagttt 510  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  5605352 ctgaattgtatctttccagttgtcaatttaatggaacactttccaattcattgtcaaacctcacacaactcagggacttggatttgtcaaataataattt 5605253  T
Q  511 cacaggtccaatgccaccatttggc 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  5605252 cacaggtccaatgccaccatttggc 5605228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 28 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 5858682 - 5858211
Alignment:
Q  28 tttgttgtcgttccgtgacctacaagaattaggcatgtcaagctgtggtctttcaggaccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcaatc 127  Q
    ||||||| |||| ||  |||||||||||||  |||||||   ||||||||| | ||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||    
T  5858682 tttgttgccgttgcgaaacctacaagaattgagcatgtcttcctgtggtctattaggtccccttgattcttccctaacaaaactagagaacctatcagtc 5858583  T
Q  128 attattcttggtgacaataattttttatccccagtgccacaaacatttgccaattttaaaaacctgaccaccctcagtcttataggttgtgggttgaccg 227  Q
    |||||||||| ||| ||  |||||| ||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||  |  |||||  ||  |||    
T  5858582 attattcttgatgagaactatttttcatccccagttcctgaaacatttgcaaattttaaaaacttgactaccctcagtcttgcattttgtgcattatccg 5858483  T
Q  228 gtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctgttattgacttatcatataactacaatctccatggttcatttcaagactactcacttag 327  Q
    ||||||||||||| || || |||||||||| |||||||||||| ||||||||||  |  ||| | ||||||| ||||||||||| | |||||||||| ||    
T  5858482 gtacatttccacagaagatctttcagattggaacattgtctgtgattgacttattttccaacgaaaatctccgtggttcatttccaaactactcactaag 5858383  T
Q  328 tgaatctcttcatagcattatagtgagttacacaagcttctctggagcattacctagctctattggcaacttgaggcacttatctgaattggatctttcc 427  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  5858382 tgaatctcttcatagaattagagtgagtgacacaaacttctctggaccattacctagctctattggcaacttgaggcagttatctgaattggatctttct 5858283  T
Q  428 agttgtcaatttaatggaacacttcccaattcattgtcaaacctcacacaactcagggacttggatttgtca 499  Q
      |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||| |||||    
T  5858282 ttttgtcaatttaatggaacccttccaaattcattgtcaaacctcacacacctcagttacttggatctgtca 5858211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 71 - 471
Target Start/End: Original strand, 5570755 - 5571155
Alignment:
Q  71 tgtggtctttcaggaccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcaatcattattcttggtgacaataattttttatccccagtgccacaaa 170  Q
    |||| ||| ||||||||||||  |||||||||  ||| |||| ||||||||||| |||||||||||| ||  ||  |||| | ||||| ||||||| |||    
T  5570755 tgtgatctatcaggacccctttcttcttccctaacaagactaaagaacctatcagtcattattcttgatgggaactatttctcatccctagtgccagaaa 5570854  T
Q  171 catttgccaattttaaaaacctgaccaccctcagtcttataggttgtgggttgaccggtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctgt 270  Q
    ||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||  |  |||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||  |    
T  5570855 cattttccaattttaaaaaactaaccaccctcagtctttcatcttgtggattgacaggtacatttccacaaaatatctttcaaattggaacattgtcatt 5570954  T
Q  271 tattgacttatcatataactacaatctccatggttcatttcaagactactcacttagtgaatctcttcatagcattatagtgagttacacaagcttctct 370  Q
    |||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||  || |   | || |||| |||||| |||| | | |  || ||| |||||||||| |||    
T  5570955 tattgatttatcattcaactacaatctccatggttcatttccggaatttccgctgagtggatctctccataccttaagggtaagtaacacaagcttttct 5571054  T
Q  371 ggagcattacctagctctattggcaacttgaggcacttatctgaattggatctttccagttgtcaatttaatggaacacttcccaattcattgtcaaacc 470  Q
    |||||||| ||    |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5571055 ggagcatttccatattctattggtaacatgaggcatttatctgaattggatcttttaaattgtaaatttaatggaacacttcccaattcactgtcaaacc 5571154  T
Q  471 t 471  Q
    |    
T  5571155 t 5571155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 70 - 378
Target Start/End: Original strand, 5885978 - 5886286
Alignment:
Q  70 ctgtggtctttcaggaccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcaatcattattcttggtgacaataattttttatccccagtgccacaa 169  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| || || ||||||| ||||||||||||||||    
T  5885978 ctgtagtctatcaggaccccttgattcctccctttcaaaactagagaacctatcggtcattattcttggcgagaacaatttttcatccccagtgccacaa 5886077  T
Q  170 acatttgccaattttaaaaacctgaccaccctcagtcttataggttgtgggttgaccggtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctg 269  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  |  ||| || ||||| | ||||||||||||||| || || || |||  |||| ||||      
T  5886078 acatttgccaattttaaaaacctaaccaccctcaatcttcaaaattgcggattgacagatacatttccacaaaagatcttccaaattagaacactgtcaa 5886177  T
Q  270 ttattgacttatcatataactacaatctccatggttcatttcaagactactcacttagtgaatctcttcatagcattatagtgagttacacaagcttctc 369  Q
    |||||||||||||  | |||  ||||||||||| ||  || |  || |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  5886178 ttattgacttatctgacaaccccaatctccatgtttttttccctgattactcacttagtgaatatcttcatagcattagagtgagtaacacaagcttctc 5886277  T
Q  370 tggagcatt 378  Q
    |||||||||    
T  5886278 tggagcatt 5886286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 28 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 3749570 - 3749118
Alignment:
Q  28 tttgttgtcgttccgtgacctacaagaattaggcatgtcaagctgtggtctttcaggaccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcaatc 127  Q
    ||||||| |||| |||||| | ||||||||  |||||||   ||||| | | |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||| ||    
T  3749570 tttgttgccgttgcgtgacttgcaagaattgagcatgtcttactgtgatttatcaggaccccttgattcttccctaacaagactagagaacctatcagtc 3749471  T
Q  128 attattcttggtgacaataattttttatccccagtgccacaaacatttgccaattttaaaaacctgaccaccctcagtcttataggttgtgggttgaccg 227  Q
    |||||||||| ||  || ||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     |||||  |||||||    
T  3749470 attattcttgatgggaacaatttttcatcaccagtgccgaaaacatttgccaattttaaaaacttgaccaccctcagtcttgcgctttgtgaattgaccg 3749371  T
Q  228 gtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctgttattgacttatcatataactacaatctccatggttcatttcaagactactcacttag 327  Q
    |||||||||||||    || |||||||||| |||| ||||   ||||||||| |   | ||| | ||||||||||| |  |||| | |||||||| | ||    
T  3749370 gtacatttccacatgcaatctttcagattggaacactgtcaactattgacttgtttaacaacaaaaatctccatggcttttttccacactactcaatgag 3749271  T
Q  328 tgaatctcttcatagcattatagtgagttacacaagcttctctggagcattacctagctctattggcaacttgaggcacttatctgaattggatctttcc 427  Q
    |||||||||||| |  |||| ||| ||| |||||| ||||| |||||||||||||| |  |||||| ||| ||||  | ||||||   |||||||||||     
T  3749270 tgaatctcttcaaataattagagtaagtaacacaaacttctatggagcattacctaacattattggaaacctgagaaaattatctactttggatctttct 3749171  T
Q  428 agttgtcaatttaatggaacacttcccaattcattgtcaaacctcacacaact 480  Q
      ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3749170 ttttgtcaattcaatggaacacttccaaattcattgtcaaacctcacacaact 3749118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 89 - 532
Target Start/End: Original strand, 5852656 - 5853099
Alignment:
Q  89 cttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcaatcattattcttggtgacaataattttttatccccagtgccacaaacatttgccaattttaaaa 188  Q
    |||||||||||||| |||||||||  |||||||||| |||||||||||| |   || |||||||  ||||| || ||| |||||||||| |||||| |||    
T  5852656 cttgattcttccctatcaaaactaaggaacctatcagtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgctaattttcaaa 5852755  T
Q  189 acctgaccaccctcagtcttataggttgtgggttgaccggtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctgttattgacttatcatataa 288  Q
    ||||||||||||| ||||||  || |||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||||| |||| |||||||||||||| || |||| ||    
T  5852756 acctgaccacccttagtctttcagattgtggattgactggtacatttccacagaagatctttcagattggaacactgtctgttattgacataacatacaa 5852855  T
Q  289 ctacaatctccatggttcatttcaagactactca-cttagtgaatctcttcatagcattatagtgagttacacaagcttctctggagcattacctagctc 387  Q
    |  |||||||||||||||||||| |||  | ||| || |||| |||||| || | | | |  || |||| ||||| ||| ||||||||| | ||   |      
T  5852856 cagcaatctccatggttcatttccaga-aattcagctgagtggatctctccagaccttaagggtaagtttcacaaacttttctggagcaattccacacat 5852954  T
Q  388 tattggcaacttgaggcacttatctgaattggatctttccagttgtcaatttaatggaacacttcccaattcattgtcaaacctcacacaactcagggac 487  Q
     ||||| ||  |||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||| ||  ||    
T  5852955 cattggtaagatgaggcacttatatgaattggatctttctaattctcaatttaatggaacacttcccaattcattttcaaacctaacagaactaagttac 5853054  T
Q  488 ttggatttgtcaaacaatagtttcacaggtccaatgccaccattt 532  Q
    ||||||||||||   || |||||||||||||| || ||| |||||    
T  5853055 ttggatttgtcatttaacagtttcacaggtccgataccatcattt 5853099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 71 - 534
Target Start/End: Original strand, 5582962 - 5583425
Alignment:
Q  71 tgtggtctttcaggaccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcaatcattattcttggtgacaataattttttatccccagtgccacaaa 170  Q
    |||| ||| ||||| |||||||||||||||||  ||| |||| ||||||||||| |||||||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||||||    
T  5582962 tgtgatctatcaggtccccttgattcttccctaacaagactaaagaacctatcagtcattattcttgatgggaacaatttttcatccccagtgccacaaa 5583061  T
Q  171 catttgccaattttaaaaacctgaccaccctcagtcttataggttgtgggttgaccggtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctgt 270  Q
    ||||| ||||||| |||||  | |||||||||||||||  |  |||||| ||||| |||| ||||||| |||  || ||||| |||| ||| || ||  |    
T  5583062 cattttccaatttcaaaaaattaaccaccctcagtcttgcatcttgtggattgactggtaaatttccaaaaaccatctttcaaattggaacgttctcatt 5583161  T
Q  271 tattgacttatcatataactacaatctccatggttcatttcaagactactcacttagtgaatctcttcatagcattatagtgagttacacaagcttctct 370  Q
    |||||||||||| |  ||||||||||||||||||||  |||  || |     ||  ||| |||||| || | | | |   | ||  ||||||||||||||    
T  5583162 tattgacttatccttcaactacaatctccatggttcgattccggaatttctgctgggtggatctctccaaaccttaaggataaggaacacaagcttctct 5583261  T
Q  371 ggagcattacctagctctattggcaacttgaggcacttatctgaattggatctttccagttgtcaatttaatggaacacttcccaattcattgtcaaacc 470  Q
    |||||||| ||   ||||||||| ||| || |||| |||||||||||||||||||| | |||| || |||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  5583262 ggagcatttccatactctattggtaacatggggcatttatctgaattggatctttcgaattgtgaacttaatggaacacttcccttttcactgtcaaacc 5583361  T
Q  471 tcacacaactcagggacttggatttgtcaaacaatagtttcacaggtccaatgccaccatttgg 534  Q
    ||||| |||| ||  || |||||||||||   |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5583362 tcacaaaactgagatacatggatttgtcatctaatagtttcacaggtcaaatgccaccatttgg 5583425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 41 - 480
Target Start/End: Original strand, 5894794 - 5895233
Alignment:
Q  41 cgtgacctacaagaattaggcatgtcaagctgtggtctttcaggaccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcaatcattattcttggtg 140  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| |  |||| | | |||||| |||||||||||||||| |||| |||| ||||||| ||| |||||||||||  |     
T  5894794 cgtgacctacaagaattgagcatgtctaattgtgatttgtcaggatcccttgattcttccctatcaagactacagaacctgtcagtcattattctttatc 5894893  T
Q  141 acaataattttttatccccagtgccacaaacatttgccaattttaaaaacctgaccaccctcagtcttataggttgtgggttgaccggtacatttccaca 240  Q
      || ||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  |   ||||| |||| |||||||||||||||    
T  5894894 gaaacaatttttcatcctcattgccagaaacatttgccaattttaaaaacctaaccaccctcaatcttcgaaagtgtggattgatcggtacatttccaca 5894993  T
Q  241 aaatatttttcagattgaaacattgtctgttattgacttatcatataactacaatctccatggttcatttcaagactactcacttagtgaatctcttcat 340  Q
    ||| || || || |||   ||| |||| ||||||||||||||    |||  ||||||||| | ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5894994 aaagatcttccaaattaggacactgtcagttattgacttatctggcaaccccaatctccaagttttttttccagactactcacttagtgaatctcttcat 5895093  T
Q  341 agcattatagtgagttacacaagcttctctggagcattacctagctctattggcaacttgaggcacttatctgaattggatctttccagttgtcaattta 440  Q
    ||||||||| || || ||||||||||||||||| || | ||   |   || || ||| |||   ||||||  ||||||||||||||    |||||| |      
T  5895094 agcattatattgcgtaacacaagcttctctggaccacttccacacaacatcggtaacatgacaaacttattggaattggatctttcttactgtcaactat 5895193  T
Q  441 atggaacacttcccaattcattgtcaaacctcacacaact 480  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5895194 atggaacacttcccaattcactgtcaaacctcacacaact 5895233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 71 - 349
Target Start/End: Original strand, 5847764 - 5848038
Alignment:
Q  71 tgtggtctttcaggaccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcaatcattattcttggtgacaataattttttatccccagtgccacaaa 170  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||  |  ||||| |||||||||| || || |||| |||||||||||||||||    
T  5847764 tgtgatctatcaggaccccttgattcttccctaacaagactagagaacctgacggtcattgttcttggtgagaacaacttttcatccccagtgccacaaa 5847863  T
Q  171 catttgccaattttaaaaacctgaccaccctcagtcttataggttgtgggttgaccggtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctgt 270  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  |   ||||| |||| ||||||||||||||||||||| || || ||| |||    ||| |     
T  5847864 catttgccaattttaaaaacctaaccaccctcaatcttcgaaagtgtggattgatcggtacatttccacaaaatatcttccaaattaaaa----gtcagc 5847959  T
Q  271 tattgacttatcatataactacaatctccatggttcatttcaagactactcacttagtgaatctcttcatagcattata 349  Q
    ||||||||||||  | |||  ||| ||||||||||  |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5847960 tattgacttatctgacaaccccaacctccatggtttttttccagaccactcacttagtgaatctcttcatagcattata 5848038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 92 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 5553763 - 5553325
Alignment:
Q  92 gattcttccctttcaaaactagagaacctatcaatcattattcttggtgacaataattttttatccccagtgccacaaacatttgccaattttaaaaacc 191  Q
    ||||||||||| ||||||||| | ||||||||  |||||||||||| |   || |||||||  ||||| || ||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  5553763 gattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaattttcaaaacc 5553664  T
Q  192 tgaccaccctcagtcttataggttgtgggttgaccggtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctgttattgacttatcatataacta 291  Q
    |||||||||| ||||||| |  |||||| || || ||||||||||||||||| || ||||| ||||||| | | || |||||||||||| || | ||| |    
T  5553663 tgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtacatttccacaaaagatctttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacacaacaa 5553564  T
Q  292 caatctccatggttcatttcaagactactca-cttagtgaatctcttcatagcattatagtgagttacacaagcttctctggagcattacctagctctat 390  Q
    |||||||||||||||||||| |||  | ||| || |||| |||||| || | | | |  || |||| ||||| ||||||||||| | | ||   |   ||    
T  5553563 caatctccatggttcatttccaga-aattcagctgagtggatctctccacaccttaagggtaagtttcacaaacttctctggaggaattccacacatcat 5553465  T
Q  391 tggcaacttgaggcacttatctgaattggatctttccagttgtcaatttaatggaacacttcccaattcattgtcaaacctcacacaactcagggacttg 490  Q
    ||| ||  |||||||||||| |  |||||||||||| | || ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||| ||  |||||    
T  5553464 tggtaagatgaggcacttatat--attggatctttctaattctcaatataatggaacacttcccaattcattttcaaacctaacagaactaagttacttg 5553367  T
Q  491 gatttgtcaaacaatagtttcacaggtccaatgccaccattt 532  Q
    |||||||||   || |||||||||||||| || ||| |||||    
T  5553366 gatttgtcatttaacagtttcacaggtccgataccatcattt 5553325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 384 - 482
Target Start/End: Original strand, 252282 - 252380
Alignment:
Q  384 gctctattggcaacttgaggcacttatctgaattggatctttccagttgtcaatttaatggaacacttcccaattcattgtcaaacctcacacaactca 482  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  252282 gctctattggcaacttgaggcacttatctgaattagacctttctcactgtcaatttaatggtacacttcccaattcattgtcaaacctcacaaaactca 252380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 81 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 5559574 - 5559123
Alignment:
Q  81 caggaccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcaatcattattcttggtgacaataattttttatccccagtgccacaaacatttgccaa 180  Q
    |||||||||||||||| || || |||| |||| ||||  |||| ||||||||||||| ||  || |||||||  ||||| |||||  |||||||| ||||    
T  5559574 caggaccccttgattcatctctgtcaagactaaagaatttatcgatcattattcttgatggaaacaatttttcttccccggtgcctgaaacattttccaa 5559475  T
Q  181 ttttaaaaacctgaccaccctcagtcttataggttgtgggttgaccggtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctgttattgactta 280  Q
    ||| | |||  |||| ||||| ||||||  || |||| | ||||| | |||||||||||| || || || || |||| |||||||||  |||||||||||    
T  5559474 tttcagaaatttgacaacccttagtcttgcagcttgtagattgactgatacatttccacataagatcttccaaattggaacattgtcatttattgactta 5559375  T
Q  281 tcatataactacaatctccatggttcatttcaagactactcacttagtgaatctcttcatagcattatagtgagttacacaagcttctctggagcattac 380  Q
     |||  ||| | ||||||||| ||||||||| ||| |   || | |||| |||| | |||| | |||  |   || |||||| |||||| |||||| | |    
T  5559374 acattaaacaaaaatctccatagttcatttccagaatttccattgagtgtatctatccatacctttagggcaggtaacacaatcttctcgggagcaattc 5559275  T
Q  381 ctagctctattggcaacttgaggcacttatctgaattggatctttccagttgtcaatttaatggaacacttcccaattcattgtcaaacctcacacaact 480  Q
    |   | | ||| | ||| ||||| |||||||||||||||||||||| | | ||  | |||||||| |||||||||||||| | |||| ||| ||| ||||    
T  5559274 cacacacaattagtaacatgaggaacttatctgaattggatctttctaatagtacacttaatggaccacttcccaattcactctcaatccttacagaact 5559175  T
Q  481 cagggacttggatttgtcaaacaatagtttcacaggtccaatgccaccattt 532  Q
     ||  || | |||||||||   || || |||||||||||||||||| |||||    
T  5559174 tagatacatagatttgtcatttaacagcttcacaggtccaatgccatcattt 5559123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 359 - 535
Target Start/End: Original strand, 5539180 - 5539356
Alignment:
Q  359 acaagcttctctggagcattacctagctctattggcaacttgaggcacttatctgaattggatctttccagttgtcaatttaatggaacacttcccaatt 458  Q
    |||||||||||||||||||| ||     | ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| | | |  | |||||||||| |||||||||||    
T  5539180 acaagcttctctggagcatttccatataccattggtaacatgaggcacttatctgaattggatctttctaatagcaattttaatggaatacttcccaatt 5539279  T
Q  459 cattgtcaaacctcacacaactcagggacttggatttgtcaaacaatagtttcacaggtccaatgccaccatttggc 535  Q
    ||||||||||||| | | |||| ||  || | |||||||||   || || |||||||||||||| ||| ||||||||    
T  5539280 cattgtcaaaccttatagaacttagatacatagatttgtcatttaacagcttcacaggtccaataccatcatttggc 5539356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 44 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 5613708 - 5613628
Alignment:
Q  44 gacctacaagaattaggcatgtcaagctgtggtctttcaggaccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatca 124  Q
    |||||||||||| |  ||||||| | ||||  ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5613708 gacctacaagaactgagcatgtctaactgtaatctatcaggacctcttgattcttccctttcaaaactagagaacctatca 5613628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 81 - 208
Target Start/End: Original strand, 5538902 - 5539029
Alignment:
Q  81 caggaccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcaatcattattcttggtgacaataattttttatccccagtgccacaaacatttgccaa 180  Q
    ||||||| ||||| || || || |||| ||||||||| ||||| ||||||||||| | ||  || |||||||  |||||||||||  |||||||| ||||    
T  5538902 caggacctcttgaatcatctctgtcaagactagagaatctatcgatcattattctcgatggaaacaatttttcttccccagtgcctgaaacattttccaa 5539001  T
Q  181 ttttaaaaacctgaccaccctcagtctt 208  Q
    ||| | |||  |||| ||||| ||||||    
T  5539002 tttcagaaatttgactacccttagtctt 5539029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 441 - 477
Target Start/End: Original strand, 5848130 - 5848166
Alignment:
Q  441 atggaacacttcccaattcattgtcaaacctcacaca 477  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5848130 atggaacatttcccaattcactgtcaaacctcacaca 5848166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 441 - 477
Target Start/End: Original strand, 5886349 - 5886385
Alignment:
Q  441 atggaacacttcccaattcattgtcaaacctcacaca 477  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  5886349 atggaacacttcccaattcactgtcaaatctcacaca 5886385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 108; Significance: 6e-54; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 214 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 1483487 - 1483224
Alignment:
Q  214 ttgtgggttgaccggtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctgttattgacttatcatataactacaatctccatggttcatttcaa 313  Q
    |||||| |||| ||| |||||||| ||||| || |||||||||| | || ||||  |||| |||||||  || ||| || |||| ||||||||||||| |    
T  1483487 ttgtggattgatcggaacatttccgcaaaagatctttcagattgcagcactgtcatttatcgacttatattacaacaacgatcttcatggttcatttcca 1483388  T
Q  314 gactactcacttagtgaatctcttcatagcattatagtgagttacacaagcttctctggagcattacctagctctattggcaacttgaggcacttatctg 413  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||| || || |||| |||||| | |||||||||||| |||||| |||||||||    
T  1483387 aactactcacttagtgaatctcttcgtagaattagagttagttacacaagtttatcaggagaattaccaaactctattggcaaattgaggtacttatctg 1483288  T
Q  414 aattggatctttccagttgtcaatttaatggaacacttcccaattcattgtcaaacctcacaca 477  Q
    ||||||||||| |    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  1483287 aattggatcttccttactgtcaatttaatggaacacttcccaattcaatgtccaacctcacaca 1483224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 75 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 1485825 - 1485703
Alignment:
Q  75 gtctttcaggaccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcaatcattattcttggtgacaataattttttatccccagtgccacaaacatt 174  Q
    |||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| | | || ||| ||| ||| ||| | ||| |||||||    
T  1485825 gtctatcaggacccgttgattcctccctttcaaaactagagaacctaaccatcattattcttgataagaacaatctttcatcgccaattccagaaacatt 1485726  T
Q  175 tgccaattttaaaaacctgacca 197  Q
    | |||||||||||||||||||||    
T  1485725 taccaattttaaaaacctgacca 1485703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0454 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0454
Description:

Target: scaffold0454; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 75 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 1007 - 884
Alignment:
Q  75 gtctttcaggaccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcaatcattattcttggtgacaataattttttatccccagtgccacaaacatt 174  Q
    |||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| | | || ||| ||| ||| ||| | ||| |||||||    
T  1007 gtctatcaggacccgttgattcctccctttcaaaactagagaacctaaccatcattattcttgataagaacaatctttcatcgccaattccagaaacatt 908  T
Q  175 tgcc-aattttaaaaacctgacca 197  Q
    | || |||||||||||||||||||    
T  907 tacctaattttaaaaacctgacca 884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University