View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3023R-Insertion-2 (Length: 795)

Name: NF3023R-Insertion-2
Description: NF3023R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3023R-Insertion-2
NF3023R-Insertion-2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (9-795)||(52688203-52688980)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 687; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 687; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 795
Target Start/End: Complemental strand, 52688980 - 52688203
Alignment:
Q  9 gtatcatactataatgtacccatggatatccattgacatccatggtggcagctctcaacaaatcaacctcatgcacagagtgaacttgagtaggacgtcg 108  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  52688980 gtatcatactataatgtatccatggatatccattgacatccctagtggcaactctcaacaaattaacttcatgcacaaagtgaacttgagtaggacgtcg 52688881  T
Q  109 ctcgtaaaacaacaaaataggatcatgatcacaacccatattggtcggtggattcgcacatgcattagttgaatggtaagaagacaaactttgacttcca 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  52688880 ctcgtaaaacaacaaaataggatcatgatcacaacccatattggtcggtgtattcgcacatgcattagttgaatggtaagaagacaaacgttgacttcca 52688781  T
Q  209 agtccaaagctaggagccttctaatcttcttggtcaacctccacacatacatactccatataccatcactcttaataatataagaacaattttagaatcc 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52688780 agtccaaagctaggagccttctaatcttcttggtcaacctccacacatacatactccatataccatcactcttaataatataagaacaattttagaatcc 52688681  T
Q  309 atattaagcttaactcaagtataacctcaaacttaatcaattttcaaaccttcataaactccccataattcaacaacatatgtgttacaatgacccaaat 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52688680 atattaagcttaactcaagtataacctcaaacttaatcaattttcaaaccttcataaactcctcataattcaacaacatatgtgttacaatgacccaaat 52688581  T
Q  409 ttttggagaagccacacaaccacctcccattctcatctcgaaataagcaaccacaagcatatttttatcatcctttaattgtgccttcagaattcaatct 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||         || ||||||||||||    
T  52688580 ttttggagaagccacacaaccacctcccattctcatcttgaaataagcaaccacaagcatatttttatcatccttt---------ttaagaattcaatct 52688490  T
Q  509 aatccactaattatctagaaattttcaagctttaatagtttcatcctgttgtttgttaacatgcaccaagtttctcacctttgtgttgcgggtaacgtcc 608  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52688489 aatccactaattatctagaaatttccaagctttaatagtttcatcccgttgtttgttaacatgcaccaagtttctcacctttgtgttgcgggtaacgtcc 52688390  T
Q  609 caatacgatcaaaatatcattcaaagatgaatactgacgtgtgatatccccaatgggagtctcaatattcctctagtgccatataaaatggcagttattc 708  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52688389 caatacgatcaaaatatcattcaaaggtgaatattgacgtgtgatatccccaatgggagtctcaatattcctctagtgccatataaaatggcagttattc 52688290  T
Q  709 atccataatggcaaccactaagtggcatcatcataaccaaataattacacacatttaaaatgacttaagttttaaattcgataacct 795  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  52688289 atccataatggcaaccactaagtggcatcatcataaccaaataattacacacatttaaaatgacttaagttttaaattcgctaacct 52688203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University