View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF3025_low_14 (Length: 420)
Name: NF3025_low_14
Description: NF3025
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3025_low_14 |
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|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 10 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 40311077 - 40310691
Alignment:
| Q |
10 |
aagaatatgattgggcaaacaaaggattaaaggggccaagcagaggacaaactgcttaggtaggtcctaatgacttcaagcccttagctgtatagaaagc |
109 |
Q |
| |
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||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
40311077 |
aagaaaatgattgggcaaacaaaggattaaaggggccaagcagaggacaaactgcttaggtaggtcctaatgacttcaagcccttagctgtatagaaagc |
40310978 |
T |
|
| Q |
110 |
aatgttatatgttttaacatcttccatttcaatgagacaataaactgattgattattctcttctttttcctttccaaattctcatgtataaatataggac |
209 |
Q |
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| T |
40310977 |
aatgttatatgttttaacatcttccatttcaatgagacaatgaactgattgattattcttttctttttcctttccaaattctcatgtataaatattggac |
40310878 |
T |
|
| Q |
210 |
actatgctcatttacattgcacaatcaaatattttcttccaatatattacattacgtaatacacatccatggccatattttacccctttaaaaacaatgg |
309 |
Q |
| |
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|||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
40310877 |
actactctcgtttacattgcacaatcaaatattttcttcctatatattacattacgtaatacacatccatggccatattttacccctttaaaaacaatgg |
40310778 |
T |
|
| Q |
310 |
tatcttttttatgttgttattgtggattctcgtatcatcatgtgtatatgtttggggacgaccagcaacttttaatcaagactttcatgtcacgtg |
405 |
Q |
| |
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| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
40310777 |
tgtcttttttatgttgttattgtggattgtcgtatcatc---------tgtttggggaagaccagcaacttttaatcaagattttcatgtcacgtg |
40310691 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 10 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 40321153 - 40320767
Alignment:
| Q |
10 |
aagaatatgattgggcaaacaaaggattaaaggggccaagcagaggacaaactgcttaggtaggtcctaatgacttcaagcccttagctgtatagaaagc |
109 |
Q |
| |
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||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40321153 |
aagaaaatgattgggcaaacaaaggattaaaggggccaagcagaggacaaactgcttaggtaggtcctaatgacttcaagcccttagctgtatagaaagc |
40321054 |
T |
|
| Q |
110 |
aatgttatatgttttaacatcttccatttcaatgagacaataaactgattgattattctcttctttttcctttccaaattctcatgtataaatataggac |
209 |
Q |
| |
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|
|
| T |
40321053 |
aatgttatatgttttaacatcttccatttcaatgagacaatgaactgattgattattcttttctttttcctttccaaattctcatgtataaatattggac |
40320954 |
T |
|
| Q |
210 |
actatgctcatttacattgcacaatcaaatattttcttccaatatattacattacgtaatacacatccatggccatattttacccctttaaaaacaatgg |
309 |
Q |
| |
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|
| T |
40320953 |
actactctcgtttacattgcacaatcaaatattttcttcctatatattacattacgtaatacacatccatggccatattttacccctttaaaaacaatgg |
40320854 |
T |
|
| Q |
310 |
tatcttttttatgttgttattgtggattctcgtatcatcatgtgtatatgtttggggacgaccagcaacttttaatcaagactttcatgtcacgtg |
405 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
40320853 |
tgtcttttttatgttgttattgtggattgtcgtatcatc---------tgtttggggaagaccagcaacttttaatcaagattttcatgtcacgtg |
40320767 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 65 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 40314002 - 40313667
Alignment:
| Q |
65 |
ttaggtaggtcctaatgacttcaagcccttagctgtatagaaagcaat----gttatatgttttaacatcttccatttcaatgagacaataaactgattg |
160 |
Q |
| |
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||||||||||||||| | | ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
40314002 |
ttaggtaggtcctaaggtcggcaagcacttagctgtatagaaagcaatatatgttatatgttttaacatcttccatttcaatgagacaatgaactgattg |
40313903 |
T |
|
| Q |
161 |
attattctcttctttttcctttccaaattctcatgtataaatataggacactatgctcatttacattgcacaatcaaatattttcttccaatatattaca |
260 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
40313902 |
attattctcttcgttttcctttccaaattctcatgtataaatataggacactatgctcatttacattgcacaatcaaatattttcttcctatatattaca |
40313803 |
T |
|
| Q |
261 |
ttacgtaatacacatccatggccatattttacccctttaaaaacaatggtatcttttttatgttgttattgtggattctcgtatcatcatgtgtatatgt |
360 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |
|
|
| T |
40313802 |
ttacgtaatacacaaccatgaccatattttacccttttaaaaacaatggtatcttttttatgttgttattgtggattgtcgtatcatc---------tgt |
40313712 |
T |
|
| Q |
361 |
ttggggacgaccagcaacttttaatcaagactttcatgtcacgtg |
405 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40313711 |
ttggggaagaccagcaacttttaatcaagactttcatgtcacgtg |
40313667 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 65 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 40324078 - 40323743
Alignment:
| Q |
65 |
ttaggtaggtcctaatgacttcaagcccttagctgtatagaaagcaat----gttatatgttttaacatcttccatttcaatgagacaataaactgattg |
160 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| | | ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
40324078 |
ttaggtaggtcctaaggtcggcaagcacttagctgtatagaaagcaatatatgttatatgttttaacatcttccatttcaatgagacaatgaactgattg |
40323979 |
T |
|
| Q |
161 |
attattctcttctttttcctttccaaattctcatgtataaatataggacactatgctcatttacattgcacaatcaaatattttcttccaatatattaca |
260 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
40323978 |
attattctcttcgttttcctttccaaattctcatgtataaatataggacactatgctcatttacattgcacaatcaaatattttcttcctatatattaca |
40323879 |
T |
|
| Q |
261 |
ttacgtaatacacatccatggccatattttacccctttaaaaacaatggtatcttttttatgttgttattgtggattctcgtatcatcatgtgtatatgt |
360 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |
|
|
| T |
40323878 |
ttacgtaatacacaaccatgaccatattttacccttttaaaaacaatggtatcttttttatgttgttattgtggattgtcgtatcatc---------tgt |
40323788 |
T |
|
| Q |
361 |
ttggggacgaccagcaacttttaatcaagactttcatgtcacgtg |
405 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40323787 |
ttggggaagaccagcaacttttaatcaagactttcatgtcacgtg |
40323743 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 38 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 40330627 - 40330233
Alignment:
| Q |
38 |
aaaggggccaagcagaggacaa-----actgcttaggtaggtcctaatgacttcaagcccttagctgtatagaaagcaatgttatatgttttaacatctt |
132 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40330627 |
aaaggggccaagcagaggacaagacaaactgtttaggtaggtccaaatgacggcaaacccttagctgtatagaaagcaatgttatatgttttaacatctt |
40330528 |
T |
|
| Q |
133 |
ccatttcaatgagacaataaactgattgattattctcttctttttcct---------------ttccaaattctcatgtataaatataggacactatgct |
217 |
Q |
| |
|
|||||| ||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| || ||| || |
|
|
| T |
40330527 |
ccattttaattggacaatgaactgatttattattctcttctttttcctttcccttaattttctttccaaaacttcatgtatatatatag-accctactct |
40330429 |
T |
|
| Q |
218 |
catttacattgcacaatcaaatattttcttc--------ca---atatattacattacgtaatacacatccatggccatattttacccctttaaaaacaa |
306 |
Q |
| |
|
||||| |||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||| | | ||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| |||| |
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|
| T |
40330428 |
catttccattccacaatcaaatattttcttcatcaaacacattcatataatacacaatattataca-atccatggccatattttccccttttaaacacaa |
40330330 |
T |
|
| Q |
307 |
tggtatcttttttatgttgttattgtggattctcgtatcatcatgtgtatatg-tttggggacgaccagcaacttttaatcaagactttcatgtcacgtg |
405 |
Q |
| |
|
| || |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||| | || |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
40330329 |
tagtgtcttttttatattgttgatgtggattctcttatcat---gtgtttttggtttggggaagaccagcaacttttaatcaagattttcatgtcacgtg |
40330233 |
T |
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