View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF3028_low_9 (Length: 432)
Name: NF3028_low_9
Description: NF3028
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3028_low_9 |
 | |
|
| [»] chr7 (2 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 416; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 416; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 14813012 - 14812584
Alignment:
| Q |
2 |
aaaccacatgcttagattaatccggatagaaaattcttggttagtaactctctttcttaataatagatatgaagatttgagaaacttgtaccagattttc |
101 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14813012 |
aaaccacatgcttagattaatccggatagaaaattcttggttagtaactctctttcttaataatagatatgaagatttgagaaacttgtaccagattttc |
14812913 |
T |
|
| Q |
102 |
tctacatatcctaatggactctttacaatacagaaagtagcgaatctctgttagaaacacaggtgaaaagtttgtaaaagatccaaaaaggttaaaggat |
201 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14812912 |
tctacatatcctaatggactctttacaatacagaaagtagcgaatctctgttagaaacacaggtgaaaagtttgtaaaagatccaaaaaggttaaaggat |
14812813 |
T |
|
| Q |
202 |
cctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataagtatgatatagtatattaaacttggcatttaatcatgatgaagaattccatggagtgct |
301 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14812812 |
cctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataaatatg--atagtatattaaacttggcatttaatcatgatgaagaattccatggagtgct |
14812715 |
T |
|
| Q |
302 |
ggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgccagagtttctttcgtcgttcttggatgtcaaattaaggaaaggtttcgaaggaaat |
401 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14812714 |
ggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgccagagtttctttcgtcgttcttggatgtcaaattaaggaaaggtttcgaaggaaat |
14812615 |
T |
|
| Q |
402 |
agtgaggaaattattcttgacaaggtgatga |
432 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14812614 |
agtgaggaaattattcttgacaaggtgatga |
14812584 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 416; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 15260007 - 15259579
Alignment:
| Q |
2 |
aaaccacatgcttagattaatccggatagaaaattcttggttagtaactctctttcttaataatagatatgaagatttgagaaacttgtaccagattttc |
101 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15260007 |
aaaccacatgcttagattaatccggatagaaaattcttggttagtaactctctttcttaataatagatatgaagatttgagaaacttgtaccagattttc |
15259908 |
T |
|
| Q |
102 |
tctacatatcctaatggactctttacaatacagaaagtagcgaatctctgttagaaacacaggtgaaaagtttgtaaaagatccaaaaaggttaaaggat |
201 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15259907 |
tctacatatcctaatggactctttacaatacagaaagtagcgaatctctgttagaaacacaggtgaaaagtttgtaaaagatccaaaaaggttaaaggat |
15259808 |
T |
|
| Q |
202 |
cctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataagtatgatatagtatattaaacttggcatttaatcatgatgaagaattccatggagtgct |
301 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15259807 |
cctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataaatatg--atagtatattaaacttggcatttaatcatgatgaagaattccatggagtgct |
15259710 |
T |
|
| Q |
302 |
ggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgccagagtttctttcgtcgttcttggatgtcaaattaaggaaaggtttcgaaggaaat |
401 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15259709 |
ggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgccagagtttctttcgtcgttcttggatgtcaaattaaggaaaggtttcgaaggaaat |
15259610 |
T |
|
| Q |
402 |
agtgaggaaattattcttgacaaggtgatga |
432 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15259609 |
agtgaggaaattattcttgacaaggtgatga |
15259579 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 412; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 412; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 428
Target Start/End: Original strand, 17521168 - 17521592
Alignment:
| Q |
2 |
aaaccacatgcttagattaatccggatagaaaattcttggttagtaactctctttcttaataatagatatgaagatttgagaaacttgtaccagattttc |
101 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17521168 |
aaaccacatgcttagattaatccggatagaaaattcttggttagtaactctctttcttaataatagatatgaagatttgagaaacttgtaccagattttc |
17521267 |
T |
|
| Q |
102 |
tctacatatcctaatggactctttacaatacagaaagtagcgaatctctgttagaaacacaggtgaaaagtttgtaaaagatccaaaaaggttaaaggat |
201 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17521268 |
tctacatatcctaatggactctttacaatacagaaagtagcgaatctctgttagaaacacaggtgaaaagtttgtaaaagatccaaaaaggttaaaggat |
17521367 |
T |
|
| Q |
202 |
cctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataagtatgatatagtatattaaacttggcatttaatcatgatgaagaattccatggagtgct |
301 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17521368 |
cctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataaatatg--atagtatattaaacttggcatttaatcatgatgaagaattccatggagtgct |
17521465 |
T |
|
| Q |
302 |
ggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgccagagtttctttcgtcgttcttggatgtcaaattaaggaaaggtttcgaaggaaat |
401 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17521466 |
ggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgccagagtttctttcgtcgttcttggatgtcaaattaaggaaaggtttcgaaggaaat |
17521565 |
T |
|
| Q |
402 |
agtgaggaaattattcttgacaaggtg |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17521566 |
agtgaggaaattattcttgacaaggtg |
17521592 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University