View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3029R-Insertion-1 (Length: 1070)

Name: NF3029R-Insertion-1
Description: NF3029R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3029R-Insertion-1
NF3029R-Insertion-1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (7-965)||(31776265-31777248)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 769; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 769; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 965
Target Start/End: Original strand, 31776265 - 31777248
Alignment:
Q  7 cattctcacctaatcttccagtaagaaagatccacaagaagaagaggaaaaccttgcaagcttaagtatgttaaggaagattgattctgaaagcacatat 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31776265 cattctcacctaatcttccagtaagaaagatccacaagaagaagaggaaaaccttgcaagcttaagtatgttaaggaagattgattctgaaagcacatat 31776364  T
Q  107 gttaaggaataaaacatccaagacaggccttgatgtgacggatcataaatgcttggcaactgctgcaagtagagataaatggatctatcattacaagctt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31776365 gttaaggaataaaacatccaagacaggccttgatgtgacggatcataaatgcttggcaactgctgcaagtagagataaatggatctatcattacaagctt 31776464  T
Q  207 aagtatcttaattttagagacttaaatttgatgcacaagaaagtcatggtgacatgattggcttcaattcacatgccaacagaagtgtgtgaaatattgt 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31776465 aagtatcttaattttagagacttaaattcgatgcacaagaaagtcatggtgacatgattggcttcaattcacatgtcaacagaagtgtgtgaaatattgt 31776564  T
Q  307 ttacaagcaaagcaacatacatgaaacttcagcaaagatgcagaaagcaaaaccaaatcccaacttgaggtggtgttcactgatgtgtgtcccctagaat 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31776565 ttacaagcaaagcaacatacatgaaacttcagcaaagatgcaggaagcaaaaccaaatcccaacatgaggtggtgttcactgatgtgtgtcccctagaat 31776664  T
Q  407 ttagagccatgtgcagttgctcctttcgcacaccctctagacagccactgaaaaaggatgataggaaatttatagctggttacatcttcatgcttggagg 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31776665 ttagagccatgtgcagttgctcctttcgcacaccctctagacggccactgaaaaagaatgataggaaatttatagctggttacatcttcatgcttggagg 31776764  T
Q  507 agcaccgatctactgatgttcgattaaggaagtcatggtagctctaacattttttgaagttgtgtgtatttcaacacctcttaagtgtttttcaagcaat 606  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31776765 agcaccgatctactggtgttcgattaaggaagtcatggtagctctaacattttttgaagttgtgtgtatttcaacacctcttaagtgtttttcaagcaat 31776864  T
Q  607 atggttaaggaatctcgtggaagaacttgtgaagtgaagtgcaatgtcgtgacaatcaaagttgataagatatcaacaagtaatatagcnnnnnnnncca 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||        |||    
T  31776865 atggttaaggaatctcgtggaagaacttgtgaagtgaagtgcaatgtcgtgacaatcaaagttgataagataccaacaagtaatatagcaaaaaaaacca 31776964  T
Q  707 attgcacatgggat------------------aggttccattacttaggtaacaagtaagtaaagggaatttgaaattggaacactacagaagtgaagaa 788  Q
    ||||||||||||||                  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31776965 attgcacatgggatagttagcatatggagatgagattccattacttaggtaacaagtaagtaaagggaatttgaaattggaacactacagaagtgaagaa 31777064  T
Q  789 ggagtagctagaatttcgacttaagggaatatccattcaagtgtttaaaaaattaagaagtctcatgggttgttgagtctttgtctagcatgaatt-atg 887  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  31777065 ggagtagctagaatttcgacttaa-ggaatatccattcaagtgtttaaaaaattaagaagtctcat-ggttgttgagtctttgtctagcatgaattaatg 31777162  T
Q  888 tgtg-tatga--ttattaatacatgttaaacctgtt--actgctatgcaagttag-tgggtta-ggatcaaaaaac-atttcagat 965  Q
    |||| |||||  | ||||||||||||||||| ||||    ||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||| |||||||||    
T  31777163 tgtgttatgaattaattaatacatgttaaacttgtttgcttgctatgcaagttagttgggttagggataaaaaaacaatttcagat 31777248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University