View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3029R-Insertion-3 (Length: 980)

Name: NF3029R-Insertion-3
Description: NF3029R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3029R-Insertion-3
NF3029R-Insertion-3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (9-959)||(26574876-26575848)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (139-481)||(33765583-33765922)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 806; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 806; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 959
Target Start/End: Original strand, 26574876 - 26575848
Alignment:
Q  9 cgaactccgtagtatcagagtccccttcaccta----taaaccggagggttaagacagaaaaaataaagaaatttg-------------tttgtctttan 91  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             ||||||||||     
T  26574876 cgaactccgtagtatcagagtccccttcacctacctataaaccggagggttaagacagaaaaaataaagaaatttgcatatgaaatttgtttgtctttat 26574975  T
Q  92 nnnnnn---atgagcattacaattattcactatgtgatttgtcaggtttgtcaagttgtacaattgtcaaagagctatatcttgctgagaacaagataag 188  Q
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26574976 tttttttttatgagcattacaattattcactatgtgatttgtcaggtttgtcaagttgtacaattgtcaaagagctatatcttgctgacaacaagataag 26575075  T
Q  189 tgatgttgaggggcttcataggttgtttaagctaacagttctggacttgagcttcaacaaaatcacgacaacaaaagcattaggccagctagtggctaac 288  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26575076 tgatgttgaggggcttcataggttgtttaagctaacagttctggacttgagcttcaacaaaatcacgacaacaaaagcattaggccagctagtggctaac 26575175  T
Q  289 tacaactcactccaggcacttaatctactcggaaatgctattcagagaaacatcggcgatgaacaactaaacaaagcagtatctggtctacttccaaagc 388  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26575176 tacaactcactccaggcacttaatctactcggaaatgctattcagagaaacatcggtgatgaacaactaaacaaagcagtatctggtctacttccaaagc 26575275  T
Q  389 tggtatacctgaataaacaacccatcaaggctaaaagggcgatgcgggaaatattgaccgatagtgttgcaaaagctgcacttgggaacagcaagaagcg 488  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26575276 tggtgtacctgaataaacaacccatcaaggctaaaagggcgatgcgggaaatattgaccgatagtgttgcaaaagctgcacttgggaacagcaagaagcg 26575375  T
Q  489 gagctatgtaaaaagatcggtaagccaaggaggttcaagttccagcagaggtcatagaagcagtgcaagtgttgcaccaaatagcaggatccggagaagg 588  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26575376 gagctatgtaaaaagatcggtaagccaaggaggttcaagttccagcagaggtcatagaagcagtgcaagtgttgcaccgaatagcaggatccggagaagg 26575475  T
Q  589 aggtgaaattcaggttaacagttggtcgtaaaagaaacaactcattaaaaactgtttattttggtattttacaatgtttcatttgtttataaataagagg 688  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26575476 aggtgaaattcaggttaacagttggtcgttaaagaaacaactcattaaaaactgtttattttggtattttacaatgtttcatttgtttataaataagagg 26575575  T
Q  689 gtagttgctcttaaagtaacaactcattagaaaactatttattttggtaacttacaatgtttcatttgtttatacaattagatgaaactttgtgttatgc 788  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  26575576 gtagttgctcttaaagtaacaactcattagaaaactatttattttggtaacttacaatgtttaatttgtttatacaataagatgaaactttgcgttatgc 26575675  T
Q  789 gatgaataatgtctcttggtttgttaagtgttgaactgatgagttattcattgtcttcaacttttgtgtgtgaaactcgatatgatcatctggattccat 888  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||    
T  26575676 gatgaataatgtctcttggtttgttaagtgttgaactgatgagttattcattgtcttcaacttttgtgtgtgaaacttgatatgatcatctgggtttcat 26575775  T
Q  889 gagtactatgaacattatgtgaataatgatgtgattatatta--atttcatttcgacgtacgtatttaccact 959  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||  | |||||||||||||||||||||||||||    
T  26575776 gagtgctatgaacattatgtgaataattatgtgactatattattaattcatttcgacgtacgtatttaccact 26575848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 101; Significance: 2e-49; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 139 - 481
Target Start/End: Original strand, 33765583 - 33765922
Alignment:
Q  139 tcaagttgtacaattgtcaaagagctatatcttgctgagaacaagataagtgatgttgaggggcttcataggttgtttaagctaacagttctggacttga 238  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| || || ||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  33765583 tcaagttgtacactggtcaaagagctatatcttgcgggaaacaagataagtgatgttgagggcctacacaggttattcaagctaacagttctggacttga 33765682  T
Q  239 gcttcaacaaaatcacgacaacaaaagcattaggccagctagtggctaactacaactcactccaggcacttaatctactcggaaatgctattcagagaaa 338  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||| |  ||||||| || ||||||||||||||| | | |||  | ||||| ||||||||| | ||||| || ||    
T  33765683 gctttaacaagatcacgacaacaaaagcactgcgccagcttgtagctaactacaactcagttctggccttgaatctgctcggaaatccaattcaaagcaa 33765782  T
Q  339 catcggcgatgaacaactaaacaaagcagtatctggtctacttccaaagctggtatacctgaataaacaacccatcaaggctaaaagggcgatgcgggaa 438  Q
    |||| | ||||| ||  |   ||||||||| | || ||| || |||||||| || |||||||| || ||| |||||||| || |||||||    || ||     
T  33765783 catcagtgatgagcagttgcgcaaagcagtttgtgatcttctgccaaagctagtgtacctgaacaagcaatccatcaagcctcaaagggc---acgagag 33765879  T
Q  439 atattgaccgatagtgttgcaaaagctgcacttgggaacagca 481  Q
    ||  | || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  33765880 atgctcactgatagtgttgccaaagctgcacttggaaacagca 33765922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University