View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3031_low_7 (Length: 345)

Name: NF3031_low_7
Description: NF3031
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3031_low_7
NF3031_low_7
[»] scaffold0115 (1 HSPs)
scaffold0115 (127-303)||(21815-21991)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (127-303)||(39800605-39800781)
chr5 (127-303)||(40056734-40056910)
chr5 (131-302)||(35188798-35188969)
chr5 (126-302)||(23428984-23429160)
chr5 (129-271)||(39207331-39207473)
chr5 (142-302)||(42836748-42836908)
chr5 (127-297)||(33742927-33743089)
chr5 (126-247)||(3925963-3926082)
chr5 (127-297)||(2209288-2209460)
chr5 (127-203)||(26621224-26621300)
chr5 (173-302)||(42879090-42879219)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (127-303)||(7668-7844)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (127-303)||(12148783-12148959)
chr3 (127-302)||(13825659-13825834)
chr3 (127-294)||(25874917-25875084)
chr3 (126-302)||(4127750-4127927)
chr3 (127-238)||(21287866-21287977)
chr3 (127-302)||(48251849-48252024)
chr3 (127-302)||(27926825-27927000)
chr3 (135-201)||(5294979-5295045)
chr3 (136-263)||(36584156-36584283)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (127-303)||(42625216-42625391)
chr2 (130-297)||(5938489-5938656)
chr2 (127-302)||(5109959-5110133)
chr2 (127-247)||(13807323-13807443)
chr2 (136-302)||(13626499-13626665)
chr2 (172-302)||(5704399-5704529)
chr2 (165-302)||(31576149-31576286)
chr2 (131-240)||(45151486-45151595)
chr2 (226-302)||(45458586-45458662)
chr2 (63-126)||(5127277-5127340)
chr2 (128-231)||(42604217-42604320)
chr2 (136-258)||(31604592-31604714)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (127-303)||(27336693-27336869)
chr7 (130-302)||(23809880-23810052)
chr7 (126-297)||(33189143-33189314)
chr7 (126-247)||(5972730-5972851)
chr7 (127-302)||(11039390-11039564)
chr7 (131-302)||(2944271-2944442)
chr7 (125-297)||(7766809-7766981)
chr7 (127-302)||(25501894-25502069)
chr7 (148-288)||(30541697-30541837)
chr7 (127-302)||(22519393-22519568)
chr7 (127-302)||(38440649-38440818)
chr7 (132-248)||(1053336-1053453)
chr7 (135-295)||(36298538-36298697)
chr7 (127-213)||(47924740-47924826)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (135-303)||(40572095-40572261)
chr4 (125-302)||(41039082-41039259)
chr4 (131-302)||(8819504-8819674)
chr4 (127-297)||(23626606-23626776)
chr4 (128-302)||(51356934-51357107)
chr4 (127-302)||(19841495-19841668)
chr4 (125-284)||(22278059-22278217)
chr4 (130-302)||(38951375-38951547)
chr4 (127-256)||(36465061-36465190)
chr4 (127-296)||(40715062-40715223)
chr4 (126-297)||(24916600-24916771)
chr4 (124-218)||(42555079-42555171)
chr4 (126-263)||(24912916-24913053)
chr4 (127-231)||(47223056-47223160)
chr4 (127-219)||(42595793-42595886)
chr4 (190-302)||(17120485-17120597)
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (126-266)||(25294162-25294302)
chr1 (127-302)||(48379292-48379467)
chr1 (134-302)||(31292956-31293124)
chr1 (125-302)||(31585432-31585609)
chr1 (127-302)||(29678520-29678695)
chr1 (127-297)||(38264528-38264698)
chr1 (130-302)||(47140542-47140714)
chr1 (127-302)||(17562985-17563160)
chr1 (127-288)||(2192002-2192163)
chr1 (127-302)||(19884608-19884783)
chr1 (127-302)||(36728953-36729124)
chr1 (222-302)||(15378741-15378821)
chr1 (127-219)||(25987142-25987233)
chr1 (131-176)||(15378687-15378732)
chr1 (127-259)||(11894055-11894184)
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (12-126)||(35925302-35925416)
chr8 (132-302)||(7987428-7987598)
chr8 (126-247)||(8227485-8227606)
chr8 (127-302)||(7968636-7968810)
chr8 (127-297)||(31005767-31005937)
chr8 (126-297)||(36583096-36583267)
chr8 (130-302)||(11481187-11481359)
chr8 (162-256)||(9765250-9765344)
chr8 (162-302)||(13355588-13355728)
chr8 (126-200)||(6870791-6870865)
chr8 (125-165)||(9766107-9766147)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (127-302)||(8576501-8576676)
chr6 (127-302)||(35167914-35168089)
chr6 (127-302)||(34435001-34435176)
chr6 (127-302)||(7622115-7622290)
chr6 (126-302)||(28581898-28582076)
chr6 (142-302)||(5999308-5999459)
chr6 (126-228)||(32292657-32292759)
chr6 (132-261)||(10788326-10788457)
chr6 (131-264)||(642297-642430)
chr6 (127-245)||(10409193-10409311)
[»] scaffold0057 (1 HSPs)
scaffold0057 (129-292)||(66350-66513)
[»] scaffold0155 (2 HSPs)
scaffold0155 (127-225)||(7156-7253)
scaffold0155 (251-302)||(7094-7145)
[»] scaffold0246 (1 HSPs)
scaffold0246 (183-288)||(10735-10840)


Alignment Details
Target: scaffold0115 (Bit Score: 165; Significance: 3e-88; HSPs: 1)
Name: scaffold0115
Description:

Target: scaffold0115; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 127 - 303
Target Start/End: Original strand, 21815 - 21991
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21815 tagggatgtaaatggatatccatggatgcggatagtgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 21914  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataag 303  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21915 tatccatatagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataag 21991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 161; Significance: 8e-86; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 8e-86
Query Start/End: Original strand, 127 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 39800781 - 39800605
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  39800781 tagggatgtaaatggatatccatggatgcggatagtgtgatatccgtgtccactccgttagataaatataaaatccgtaccctatccatatccatgcaga 39800682  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataag 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39800681 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataag 39800605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 8e-86
Query Start/End: Original strand, 127 - 303
Target Start/End: Original strand, 40056734 - 40056910
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  40056734 tagggatgtaaatggatatccatggatgcggatagtgtgatatccgtttccactccgttagataaatatgaaattcgtaccctatccatatccatgcgga 40056833  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataag 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40056834 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataag 40056910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 131 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 35188969 - 35188798
Alignment:
Q  131 gatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatatc 230  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| |||| |||||    
T  35188969 gatgtaaatggatatccatggatgcggatagtgtgatattcgtgtccgctccgttagataaatatgaaatctgtatcctatctatatccgtgcgaatatc 35188870  T
Q  231 catttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | | |||||||  |||||||||||||||||| ||||    
T  35188869 catttagcggataatccatggatttttaggtatccgcaggtttatacaaatatccatggataacatttataa 35188798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 126 - 302
Target Start/End: Original strand, 23428984 - 23429160
Alignment:
Q  126 ctagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgg 225  Q
    |||||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||||||||| ||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23428984 ctagggatgtaaatagatattcatggatgcggatagtgtgatatccttgtctgctccgatagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccgtgcgg 23429083  T
Q  226 atatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    |||||||||||||||  |||||| ||||||| |||||||| ||  |||||||  |||||||||||||||||| ||||    
T  23429084 atatccatttagcgggcaatccacggatttttaggtatccgcgagtttatacatatatccatggataacatttataa 23429160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 129 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 39207473 - 39207331
Alignment:
Q  129 gggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggata 228  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  39207473 gggatgtaaatggatatccatggatgcggatagtgtgatatccgtgtctgctccgttagataaatatgaaatccgtaccctttccatatccgtgcggata 39207374  T
Q  229 tccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggat 271  Q
    ||| |||||||| ||||||  |||||||||| |||||| ||||    
T  39207373 tccgtttagcgggtaatccgcggattttgagatatccatggat 39207331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 142 - 302
Target Start/End: Original strand, 42836748 - 42836908
Alignment:
Q  142 atatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatatccatttagcgga 241  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||    
T  42836748 atatccatggatgcggatagtgtgatatctgtgtccgctccgttagataaatatgaaatatgtaccatatccatatccgtgcagatatccatttaacgga 42836847  T
Q  242 taatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    ||||||  ||| ||| |||||||| ||| |||| || ||||| ||||||||||||| ||||    
T  42836848 taatccgaggagttttaggtatccgcgggtttacacagatattcatggataacatttataa 42836908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 127 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 33743089 - 33742927
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||        | |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||    
T  33743089 tagggatgtaaatggatatccatggatgcggatagtgtgata--------cgctccgttacataaatatgtaatccgtaccctatccatatccgtgtcga 33742998  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacatt 297  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||   ||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  33742997 tatccttttagcgggtaatccgtggattttgaggtatatgcgggtttatacagatatccatggataacatt 33742927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 126 - 247
Target Start/End: Original strand, 3925963 - 3926082
Alignment:
Q  126 ctagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgg 225  Q
    ||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |    
T  3925963 ctagggatgtaaat--atatccatggatgtggatagtgtgatatttgtgtccgctccgttagataaatatgaaatccgtaccatatccatatccgtgcag 3926060  T
Q  226 atatccatttagcggataatcc 247  Q
    ||||||||||||||| ||||||    
T  3926061 atatccatttagcgggtaatcc 3926082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 127 - 297
Target Start/End: Original strand, 2209288 - 2209460
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcg--gatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcg 224  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||| |  |||| |||||||||||||| |  || ||| || |||||| |||||||  ||||||||||| ||| ||     
T  2209288 tagggatgtaaatgaatatccatagatgtgtagatagtgtgatatccgtgtacgttctgttggacaaatataaaatccgcgccctatccatacccacgca 2209387  T
Q  225 gatatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacatt 297  Q
     |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||   ||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  2209388 aatatccgtttagcgggtaatccatggattttgaggtatatgcgggtttatacagatatccatggataacatt 2209460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 127 - 203
Target Start/End: Original strand, 26621224 - 26621300
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccg 203  Q
    |||||||||||||| |||||| || |||| |||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  26621224 tagggatgtaaatgaatatctttgaatgcagatagtgtgatatccgtgtccactccgctaaataaatatgaaatccg 26621300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 173 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 42879219 - 42879090
Alignment:
Q  173 tgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatt 272  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||  ||||  |||||||||||  |||||||||| |||||||| |||||| | ||| ||||||||| | | | ||    
T  42879219 tgtctactccgttggataaatatgaaatatgtacaatatccatatcccggcggatatccgtttagcgggtaatccgtagatgttgaggtattcgcaggtt 42879120  T
Q  273 tatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    |||||  |||| ||||||||||||| ||||    
T  42879119 tatacatatattcatggataacatttataa 42879090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 157; Significance: 2e-83; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 127 - 303
Target Start/End: Original strand, 7668 - 7844
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7668 tagggatgtaaatcgatatccatggatgcggatagtgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 7767  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataag 303  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7768 tatccatttagcggataatcaatggattttgaggtatccacgaatttatacggatatccatggataacattcataag 7844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 157; Significance: 2e-83; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 127 - 303
Target Start/End: Original strand, 12148783 - 12148959
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12148783 tagggatgtaaatcgatatccatggatgcggatagtgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 12148882  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataag 303  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12148883 tatccatttagcggataatcaatggattttgaggtatccacgaatttatacggatatccatggataacattcataag 12148959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 127 - 302
Target Start/End: Original strand, 13825659 - 13825834
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  13825659 tagggatgtaaatggatatccatggatgcggatagtgtgatatatgtgtccgctccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccgcgcgga 13825758  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    |||||||||||||| |||||   |||||||||| ||||  | | ||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  13825759 tatccatttagcgggtaatctgcggattttgagatatctgcaggtttatacagatatccatggataacatttataa 13825834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 127 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 25875084 - 25874917
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||  |    
T  25875084 tagggatgtaaatggatatacatggatgtggatagtgtgatatccgtgtccgctccgttagataaagatgaaatccgtaccctatccatatccgcgcaaa 25874985  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataac 294  Q
    ||||| |||||||| ||||||  ||||||||||||||||  || ||||||| ||||||||||||||||    
T  25874984 tatccgtttagcgggtaatccgcggattttgaggtatccgtgggtttatacagatatccatggataac 25874917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 126 - 302
Target Start/End: Original strand, 4127750 - 4127927
Alignment:
Q  126 ctagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgg 225  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||      
T  4127750 ctagggatgtaaatggatatccatggatgcggatagtgtgatatccgtgtccgttccgttggataaatatgaaatccgaaccctatccatattcacgcat 4127849  T
Q  226 atatc-catttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    |||||  |||||| || |||||||  ||||||||||||||| ||| |||||||  |||||||||||||||||| ||||    
T  4127850 atatcaaatttagggggtaatccacagattttgaggtatccgcgggtttatacatatatccatggataacatttataa 4127927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 127 - 238
Target Start/End: Original strand, 21287866 - 21287977
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||    
T  21287866 tagggatgtaaatggatatccatggatgcagatagtgtgatatctgtgtcccctccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatattcgtgcaga 21287965  T
Q  227 tatccatttagc 238  Q
    ||||| ||||||    
T  21287966 tatccgtttagc 21287977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 127 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 48252024 - 48251849
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||||| | |||  |||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | |||    
T  48252024 tagggatgtaaatggatatccatgaatgtggatagtgtgatatccatatccgttccgttggataaatatgaaattcgtaccctatcgatatccacgtgga 48251925  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    ||||| |||||| | ||||||| | ||||||||||||| || | |||||||  ||||||||| |||||||| ||||    
T  48251924 tatccgtttagcaggtaatccacgaattttgaggtatctactggtttatacatatatccatgaataacatttataa 48251849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 127 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 27927000 - 27926825
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    ||||||| |||||||||||  |||||||  |||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||| |  |||     
T  27927000 tagggatataaatggatattcatggatgtagatagtgtcatatccgtgtccgctccgttagataaatatgaaatatgtactctatctatatcgacacggt 27926901  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    ||||| |||| ||| |||| ||| ||||||||| || || ||  ||||||| |||||| |||||||||||| ||||    
T  27926900 tatccgtttaacgggtaatgcatagattttgagctacccgcgagtttatacagatatcgatggataacatttataa 27926825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 135 - 201
Target Start/End: Original strand, 5294979 - 5295045
Alignment:
Q  135 taaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatc 201  Q
    |||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5294979 taaatggatattcatggatgcggatagtgtgatatccgtgtcccctccgttagataaatatgaaatc 5295045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 136 - 263
Target Start/End: Original strand, 36584156 - 36584283
Alignment:
Q  136 aaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatatccattt 235  Q
    ||||||||||| |||||||| |||| | ||||||| || ||  |||| || |||||||||||||| | | | |||| |||||||  ||||||||||||||    
T  36584156 aaatggatatccatggatgcagatagtatgatatctgtatctgctccattggataaatatgaaattcatgctctattcatatccgcgcggatatccattt 36584255  T
Q  236 agcggataatccatggattttgaggtat 263  Q
    | ||||||||||| | ||||||||||||    
T  36584256 aacggataatccacgaattttgaggtat 36584283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 153; Significance: 5e-81; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 127 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 42625391 - 42625216
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42625391 tagggatgtaaatggatatccatggatgcggagagtgtgatatccgtgtccactc-gttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 42625293  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataag 303  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42625292 tattcatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataag 42625216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 130 - 297
Target Start/End: Original strand, 5938489 - 5938656
Alignment:
Q  130 ggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatat 229  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  | ||||||    
T  5938489 ggatgtaaatggatatccatggatgtgaatagtgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaattcgtaccctatccatatccgcgtggatat 5938588  T
Q  230 ccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacatt 297  Q
    || |||||||| |||||||  |||||||| |||||  ||| |||||||  ||||||||||||||||||    
T  5938589 ccgtttagcgggtaatccacagattttgaagtatctgcgggtttatacaaatatccatggataacatt 5938656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 127 - 302
Target Start/End: Original strand, 5109959 - 5110133
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    ||||||||||||| |||||| ||| ||||||||| ||||||||  |||| | ||| || ||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||    
T  5109959 tagggatgtaaatagatatccatg-atgcggatagtgtgatatttgtgtgcgctctgtcagataaatatgaaatccgtattctatccatattcatgcgga 5110057  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    ||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  5110058 tatccgtttagcgggtaatccacggattttgaggtatccgcggatttttacagatatccatggataacatttataa 5110133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 127 - 247
Target Start/End: Original strand, 13807323 - 13807443
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| |||||| |  ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  13807323 tagggatgtaaatggatatccatggacgcggatagtgtgatatctgtgtccgcctcgttagaaaaatatgaaatccgtatcctatccatatccgtgcgga 13807422  T
Q  227 tatccatttagcggataatcc 247  Q
    |||||||||||||| ||||||    
T  13807423 tatccatttagcgggtaatcc 13807443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 136 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 13626665 - 13626499
Alignment:
Q  136 aaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatatccattt 235  Q
    ||||||||||| || |||||||||| |||||||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||  ||    
T  13626665 aaatggatatccatagatgcggatagtgtgatattcgtgtccgtttcgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccgggcggatatcctctt 13626566  T
Q  236 agcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    || || ||||||    |||||||| ||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||    
T  13626565 agagggtaatccgcatattttgagatatccgcgggtttatacagatattcatggataacatttataa 13626499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 172 - 302
Target Start/End: Original strand, 5704399 - 5704529
Alignment:
Q  172 gtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggat 271  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||  |||||||||| |||||||| |||||||  ||||||||||||||| ||| |    
T  5704399 gtgtccgctccattagataaatatgaaatctgtactctatctatatccgcgcggatatccgtttagcgggtaatccaatgattttgaggtatccgcgggt 5704498  T
Q  272 ttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  5704499 ttatacagatatccatggataacatttataa 5704529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 165 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 31576286 - 31576149
Alignment:
Q  165 gatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatatccatttagcggataatccatggattttgaggtatc 264  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||  ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||  | ||||| |||||||    
T  31576286 gatatccgtgtccactccattatataaatatgaaatttgtaccctatccatatccgtgtggatatccatttagcgggtaatccgcgaatttttaggtatc 31576187  T
Q  265 cacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    |  || ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  31576186 cgtgggtttgtacagatatccatggataacatttataa 31576149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 131 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 45151595 - 45151486
Alignment:
Q  131 gatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatatc 230  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||  || |||||||    
T  45151595 gatgtaaatggatatccatgcatgcggatagtgtgatatccgtgtccgctctgttagataaatatgaaatctgtatcctattcatatctgtgtggatatc 45151496  T
Q  231 catttagcgg 240  Q
    ||||||||||    
T  45151495 catttagcgg 45151486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 226 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 45458662 - 45458586
Alignment:
Q  226 atatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    ||||||||||||||| |||||||  |||||||| ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  45458662 atatccatttagcgggtaatccacagattttgaagtatccacaaatttatacagatatccatggataacatttataa 45458586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 63 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 5127340 - 5127277
Alignment:
Q  63 agatggaaagagggcagaacttgatgctgcaatttataatctcagggagattgacagtaagcac 126  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  5127340 agatgcaaagagggaagagcttgatgctgctatttttaatctcagggagattgagagtaagcac 5127277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 128 - 231
Target Start/End: Original strand, 42604217 - 42604320
Alignment:
Q  128 agggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggat 227  Q
    ||||||||||||||||||| |||  || ||||| | |||||||||||||| |||  ||||||||| |||| ||  ||  ||| ||||| |||||||||||    
T  42604217 agggatgtaaatggatatccatgtgtgtggatagtatgatatccgtgtccgctctattagataaaaatgatatatgtgtcctctccatttccatgcggat 42604316  T
Q  228 atcc 231  Q
    ||||    
T  42604317 atcc 42604320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 136 - 258
Target Start/End: Original strand, 31604592 - 31604714
Alignment:
Q  136 aaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatatccattt 235  Q
    ||||||||||  |||||  |||||| ||||||||  |||||  ||||||| ||||||||||||||  ||||| |||| |||||  ||||||||||  |||    
T  31604592 aaatggatattcatggacacggatagtgtgatatttgtgtctgctccgttggataaatatgaaatttgtaccttatctatatctgtgcggatatctgttt 31604691  T
Q  236 agcggataatccatggattttga 258  Q
    | ||| |||||||  ||||||||    
T  31604692 aacgggtaatccacagattttga 31604714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 127 - 303
Target Start/End: Original strand, 27336693 - 27336869
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  27336693 tagggatgtaaatggatgtccatggatgcagatagtgtgatatccgtgtccacttcgttagataaatatgaaatccagaccctatccatatccatgcgga 27336792  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataag 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27336793 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataag 27336869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 130 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 23810052 - 23809880
Alignment:
Q  130 ggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatat 229  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  23810052 ggatgtaaatggatatccatggatgcggatagtgcgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccgtggggatat 23809953  T
Q  230 ccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    ||||||||||  ||||||| ||||||| |||||||| ||  ||||||| |||||||||  |||||||| ||||    
T  23809952 ccatttagcgagtaatccacggatttttaggtatccgcgagtttatacagatatccataaataacatttataa 23809880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 126 - 297
Target Start/End: Original strand, 33189143 - 33189314
Alignment:
Q  126 ctagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgg 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  || ||||||| ||||||    ||    
T  33189143 ctagggatgtaaatggatatctatggatgcagatagtttgatatccgtgtccactccgtttgataaatatgaaatatgtgccctatcaatatccgcatgg 33189242  T
Q  226 atatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacatt 297  Q
    |||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||  ||||||| |||||||||||||||||||    
T  33189243 atatccgtttagcgggtaatccatagattttgaggtattcacgagtttatacagatatccatggataacatt 33189314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 126 - 247
Target Start/End: Original strand, 5972730 - 5972851
Alignment:
Q  126 ctagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgg 225  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  5972730 ctagggatgtaaatggatatccatgaatgcggatagtgtgatatccgtgtctgctccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatacgtgcgg 5972829  T
Q  226 atatccatttagcggataatcc 247  Q
    ||||||||||||||| ||||||    
T  5972830 atatccatttagcgggtaatcc 5972851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 127 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 11039564 - 11039390
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||| |||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||     
T  11039564 tagggatgtaaatagatatccatggatgcagataatatgatatccgtgtccactccgttggataaatatgaaatttgtaccatatccatatccgtgcggg 11039465  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    ||||| || ||||| | ||||| | |||||||||||||  ||| ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||    
T  11039464 tatccgttcagcgggt-atccacgaattttgaggtatctgcgggtttatacagatatccatggatgacatttataa 11039390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 131 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 2944442 - 2944271
Alignment:
Q  131 gatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatatc 230  Q
    |||||||||||| ||| ||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| |||  |||| ||||||| | ||||||||| ||||||  | | ||||||    
T  2944442 gatgtaaatggacatccatggatgtggatggtgtgatatccgtgtccgctctgttgtataagtatgaaaactgtaccctattcatatctgtccagatatc 2944343  T
Q  231 catttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    | |||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| ||| ||||    
T  2944342 cgtttagcgggtaatccacggattttgaggtatccgcgggtttatacagatatccatggataatatttataa 2944271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 125 - 297
Target Start/End: Original strand, 7766809 - 7766981
Alignment:
Q  125 actagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcg 224  Q
    |||| ||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| | ||||| ||||||| ||||||||||||||  ||| | ||||||||||| || |    
T  7766809 actatggatgtaaatggatatacatggatgcggatagtgtgatattcatgtccgctccgttggataaatatgaaatatgtatcttatccatatccgtgtg 7766908  T
Q  225 gatatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacatt 297  Q
    ||||||| |||||||| ||||||   |||||||| |||| | ||  ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  7766909 gatatccgtttagcgggtaatccgcagattttgaagtattcgcgcgtttatacagatttccatggataacatt 7766981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 127 - 302
Target Start/End: Original strand, 25501894 - 25502069
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||  || | |||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||| |  || ||    
T  25501894 tagggatgtaaatggatatccatgaatgttgaaagtgtgatatccatgttcgctccgttagataaatatgaaatttataccctattcatatacgcgcaga 25501993  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    ||||| ||||||   ||||||| | |||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  25501994 tatccgtttagctagtaatccacgaattttgaggtatccgcgggtttatacagatatccatggataacatttataa 25502069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 148 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 30541837 - 30541697
Alignment:
Q  148 atggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatatccatttagcggataatcc 247  Q
    ||||||||||||| | |||||| ||| ||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| | ||  || |||    
T  30541837 atggatgcggatagtatgatattcgtatccgctccgttggattaatatgaaatccgtaccctatccatatccgcgcggatatccattgaacgagtactcc 30541738  T
Q  248 atggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatg 288  Q
     ||||||||||||||||| | | ||||||| ||||||||||    
T  30541737 gtggattttgaggtatccgcaggtttatacagatatccatg 30541697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 127 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 22519568 - 22519393
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| ||||   ||||  ||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||  | |||    
T  22519568 tagggatgtaaatggatatccatggatacggatagtgtaatatttttgtctgctcggttggataattatgaaatccgtaccctatccgtatccgcgtgga 22519469  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    |||||||||||| | ||||||| | ||||| |||||||  ||| |||||||  ||||||||||||| |||| ||||    
T  22519468 tatccatttagcaggtaatccacgaattttaaggtatcatcgggtttatacaaatatccatggatatcatttataa 22519393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 127 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 38440818 - 38440649
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||| || |||| |||||||||||||| ||||       |||||||  ||| |    
T  38440818 tagggatgtaaatgaatatccatggatgcggatagtgtgatattcgtgtccgcttcgttggataaatatgaaattcgta------tcatatccgcgcgaa 38440725  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    |||||||||||| | |||| | ||||||||||||||||  | | ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||    
T  38440724 tatccatttagcaggtaattcgtggattttgaggtatctgcaggtttatacagatatccatagataacatttataa 38440649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 132 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 1053453 - 1053336
Alignment:
Q  132 atgtaaatggata-tctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatatc 230  Q
    ||||||||||||| || |||||||| |||| |||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| || || ||| ||||||||  |||||||     
T  1053453 atgtaaatggataatccatggatgcagatagtgtgatatccgtgtccgctccattagacaaatatgaaatctgtgccttattcatatccacacggatata 1053354  T
Q  231 catttagcggataatcca 248  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  1053353 catttagtggataatcca 1053336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 135 - 295
Target Start/End: Original strand, 36298538 - 36298697
Alignment:
Q  135 taaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatatccatt 234  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||| ||| | |||||||| ||||||||| |  |||||||||||  || || ||| |||||||  ||  |||||||||    
T  36298538 taaatggatatccatggatgcgaatagtgtcacatccgtgttcactccgttgggcaaatatgaaatttgtgcc-tattcatatccgcgcaaatatccatt 36298636  T
Q  235 tagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataaca 295  Q
    |||||| ||||| | | ||||||||||||||  | |||||||| |||||||||||||||||    
T  36298637 tagcgggtaatctacgaattttgaggtatccgtgaatttatacagatatccatggataaca 36298697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 127 - 213
Target Start/End: Original strand, 47924740 - 47924826
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatcc 213  Q
    ||||||| |||||||||||  |||||||  |||| | | |||| |||||||  | | || |||||||||||||||||||||||||||    
T  47924740 tagggatataaatggatattcatggatgtagatagtctaatatacgtgtccgtttcattggataaatatgaaatccgtaccctatcc 47924826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 126; Significance: 6e-65; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 135 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 40572261 - 40572095
Alignment:
Q  135 taaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatatccatt 234  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40572261 taaatggatatccatggatgtggatagtgtgatattcgtgtccactccgttagataaatgtgaaatt--taccctatccatatccatgcggatatccatt 40572164  T
Q  235 tagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataag 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  40572163 tagcggataatccatggattttgaggtatctacggatttatacggatatctatggataacattcataag 40572095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 125 - 302
Target Start/End: Original strand, 41039082 - 41039259
Alignment:
Q  125 actagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcg 224  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  41039082 actagggatgtaaatggatatccatggatgcggataatgtgatatccgtgtccgctccgttagataaatatgaaatccgtaccatatccatatccgtgcg 41039181  T
Q  225 gatatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  41039182 gatatccatttagcgggtaatccgcggatttttaggtatccgcagatttatacagatatccatggataacatttataa 41039259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 131 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 8819674 - 8819504
Alignment:
Q  131 gatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatatc 230  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| || |||||||||||| || ||||||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||||    
T  8819674 gatgtaaatggatatccatggatgcggatagtgtgatattcgcgtccactccgttggacaaatatgaaattcgttccctatccatatccgcgcggatatc 8819575  T
Q  231 catttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    |||||||||| ||||||| | ||||| ||||||||  |||||||||| ||||||| | ||||||||| ||||    
T  8819574 catttagcgggtaatccacgaattttaaggtatccgtggatttatacagatatcc-tagataacatttataa 8819504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 127 - 297
Target Start/End: Original strand, 23626606 - 23626776
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||  |||||| ||||||  |||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||    
T  23626606 tagggatgtaaatggatatccatggatgcaaatagtgtgatatttgtgtccgctccgtcggataaatatgaaattcgtacactattcatatccatgcgga 23626705  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacatt 297  Q
    ||||| |||||| | |||||||  ||||||||||||||| ||  |||||||  ||||||||||||||||||    
T  23626706 tatccgtttagcaggtaatccacagattttgaggtatccgcgagtttatacatatatccatggataacatt 23626776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 128 - 302
Target Start/End: Original strand, 51356934 - 51357107
Alignment:
Q  128 agggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggat 227  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||| || |||||||||||  || |||||||||||||||  |||||    
T  51356934 agggatgtaaatggatatccatggatgcggatagtgtgatatctgtgtccgctccgttggacaaatatgaaatttgtgccctatccatatccacacggat 51357033  T
Q  228 atccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    ||| ||||||||| ||||||| | ||||||| ||| || | | ||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  51357034 atcaatttagcgggtaatccacgaattttga-gtacccgcaggtttatacagatatccatggataacatttataa 51357107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 127 - 302
Target Start/End: Original strand, 19841495 - 19841668
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||  ||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||    
T  19841495 tagggatgtaaatgg-tatc-atggatgcggatagtgtgatatctatgtccgctctgtcggataaatatgaaatccgtaccctatcgatatctgtgcgga 19841592  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    ||||| |||||||| |||||    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||    
T  19841593 tatccgtttagcgggtaatctgctgattttgaggtatccgcggatttatacagatattcatggataacatttataa 19841668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 125 - 284
Target Start/End: Original strand, 22278059 - 22278217
Alignment:
Q  125 actagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcg 224  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||  |||| | ||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  22278059 actagggatgtaaatggatatccatggatgtagatattatgatatccgtgtccgttccgttggataaatatgaaatccgtaccctatcaatatctatgcg 22278158  T
Q  225 gatatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatc 284  Q
    ||||||| |||| ||| | ||||| ||||||||||||||   ||| ||||||| ||||||    
T  22278159 gatatccgtttatcgggt-atccacggattttgaggtatttgcgggtttatacagatatc 22278217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 130 - 302
Target Start/End: Original strand, 38951375 - 38951547
Alignment:
Q  130 ggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatat 229  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||| |||||||  |||||||||||||||| |||| | ||| ||||||||||||  ||||||||    
T  38951375 ggatgtaaatggatatccatggatgcggagagtgtgatattcgtgtccgttccgttagataaatataaaattcatactctatccatatccgcgcggatat 38951474  T
Q  230 ccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    || |||| |||||||||   | |||||||||||  | ||| ||||||  ||||||| ||||||||||| ||||    
T  38951475 ccgtttaacggataatctgcgaattttgaggtaatcgcgggtttatatagatatccgtggataacatttataa 38951547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 127 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 36465190 - 36465061
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  || ||| ||||||| || ||||||||||||  |   ||||||||||||    ||     
T  36465190 tagggatgtaaatggatatctacggatgcggatagtgtgatatttgtatccgctccgttggacaaatatgaaatcaatgttctatccatatccgcatggt 36465091  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggatttt 256  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  36465090 tatccatttagcgggtaatccatggatttt 36465061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 40715223 - 40715062
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||| |||| |||||||| ||||||   ||||||  |||| |||||||| | |||||||      |||| |||||    
T  40715223 tagggatgtaaatggatatccaaggatgcagatagtgtgatattcgtgtctgatccgttgaataagtatgaaattcatacccta------tccacgcgga 40715130  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacat 296  Q
    ||||| |||||||| |||| |||||||||| ||||||||   | |||||||  |||||||||||||||||    
T  40715129 tatccgtttagcgg-taat-catggattttaaggtatccgtaggtttatacatatatccatggataacat 40715062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 126 - 297
Target Start/End: Original strand, 24916600 - 24916771
Alignment:
Q  126 ctagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgg 225  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||| || |||| | |||||||||||||| || |||| ||||||||||| || | |  ||| |  ||||||||||      
T  24916600 ctagagatgcaaatggatatccatggacgcagatagtatgatatccgtgtccgcttcgttggataaatatgatattcatgtcctctttatatccatgcaa 24916699  T
Q  226 atatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacatt 297  Q
    |||||  || ||||||||||||||| ||||| |||||| ||||  | |||||  |||| || ||||||||||    
T  24916700 atatctgttaagcggataatccatgaattttaaggtatgcacgagtatatacaaatattcaaggataacatt 24916771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 124 - 218
Target Start/End: Original strand, 42555079 - 42555171
Alignment:
Q  124 cactagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatc 218  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| |   | ||| ||||||| ||||||||||||||  |||| |||||||||||    
T  42555079 cactagggatgtagatggatatccatggatgcggatagtgtgatgt--atatccgctccgtttgataaatatgaaatttgtactctatccatatc 42555171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 126 - 263
Target Start/End: Original strand, 24912916 - 24913053
Alignment:
Q  126 ctagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgg 225  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||| ||  ||| | ||||||  ||||||||| |||| ||||||||||| || | |  ||| |  |||||||||||     
T  24912916 ctagagatgcaaatggatatccatggacgcatatagtatgatatatgtgtccacttcgttggataaatatgatattcatgtcctctttatatccatgcga 24913015  T
Q  226 atatccatttagcggataatccatggattttgaggtat 263  Q
    |||||  || ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24913016 atatctgttaagcggataatccatgaattttgaggtat 24913053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 231
Target Start/End: Original strand, 47223056 - 47223160
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||||||||||| |||  |||||||| | ||||||   | || | |||||| ||||||||||| ||  || |||| ||||||||| ||||||    
T  47223056 tagggatgtaaatggatatccatgagtgcggatagtatgatatttatatctattccgttggataaatatgatatttgtgccctctccatatccgtgcgga 47223155  T
Q  227 tatcc 231  Q
    |||||    
T  47223156 tatcc 47223160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 127 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 42595886 - 42595793
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccc-tatccatatcc 219  Q
    ||||||||| ||||| |||| |||||| |||||| | |||||||| |  || ||||||| ||||||||||| | |||| ||| |||||||||||    
T  42595886 tagggatgtcaatgggtatccatggatacggatagtatgatatccattcccgctccgttggataaatatgacacccgtgcccgtatccatatcc 42595793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 190 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 17120597 - 17120485
Alignment:
Q  190 aaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatgg 289  Q
    |||||||||||  ||||| ||| |||||||| | | |||||| |||||||| |||||||   |||||||| ||||| ||  ||||||  |||||| |||     
T  17120597 aaatatgaaatttgtaccatattcatatccacgagaatatccgtttagcgggtaatccacaaattttgagctatccgcgagtttatatagatatctatga 17120498  T
Q  290 ataacattcataa 302  Q
    |||||||| ||||    
T  17120497 ataacatttataa 17120485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 125; Significance: 2e-64; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 126 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 25294302 - 25294162
Alignment:
Q  126 ctagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgg 225  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25294302 ctagggatgtaaatggatatccatggatgcggatagtgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatctgtaccctatccatatccatgcgg 25294203  T
Q  226 atatccatttagcggataatccatggattttgaggtatcca 266  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25294202 atatccatttagcggataatccatggattttgagatatcca 25294162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 127 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 48379467 - 48379292
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  48379467 tagggatgtaaatggatatccatggatgcggatagtgtgaaatccgtgtccgctccgttagataaatatgaaatccgtaccatatccatatccgtgcgga 48379368  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    |||| ||||||| | ||||||  ||||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  48379367 tatcaatttagcaggtaatccgcggatttttaggtatccgcgggtttatacagatatccatggataacatttataa 48379292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 134 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 31293124 - 31292956
Alignment:
Q  134 gtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatatccat 233  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||   | ||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||  |||||||||||||    
T  31293124 gtaaatgaatatctatggatgcggataatgtgatatttatatccgctccgttagataaatatgaaatccgcagcctatccatatctgtgcggatatccat 31293025  T
Q  234 ttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  31293024 ttagcggataatccatggatttttaggtatccgcggatttatacagatatccatggataacatttataa 31292956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 125 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 31585609 - 31585432
Alignment:
Q  125 actagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcg 224  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||    
T  31585609 actaaggatgtaaatggatatccatggatgcggatagtgtaatatccttgtccgctccgttagataaatataaaatccgtaccctatccatatcaacgcg 31585510  T
Q  225 gatatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    ||||||| |||||||| ||||||   |||||||| |||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||    
T  31585509 gatatccgtttagcgggtaatccgcagattttgaagtatccgcgggtttatacagatattcatggataacatttataa 31585432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 127 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 29678695 - 29678520
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||| |||| | ||||||  |||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||    
T  29678695 tagggatgtaaatggatatccattgatgcagatagtatgatatatgtgtccgctccgttggataaatatgaaatccataccctatccatatccgcgcgga 29678596  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    ||||| ||||  || ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  29678595 tatccgtttaatgggtaatccgcggattttgaggtatccacgggtttatacagatatccatggataacatttataa 29678520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 127 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 38264698 - 38264528
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||  ||||||  ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  || ||    
T  38264698 tagggatgtaaatggatattcatggatacggatactgtgatatatgtgtccgttccgttagacaaatatgaaatccgtgccctatccatatccgcgcaga 38264599  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacatt 297  Q
    ||||| |||||| | ||||||| | ||||||| |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  38264598 tatccgtttagccggtaatccacgaattttgaagtatccgcgggtttatacagatatccatggataacatt 38264528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 130 - 302
Target Start/End: Original strand, 47140542 - 47140714
Alignment:
Q  130 ggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatat 229  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||| || | |||| ||||||  ||||||||    
T  47140542 ggatgtaaatagatatccatggatgcggatagtgtgatattcgtgtccgctccgttggataaatatgaaatccatatcttatctatatccgcgcggatat 47140641  T
Q  230 ccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
     | |||||||| ||||||  |||||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  47140642 tcgtttagcgggtaatccgcggattttgaggtatccgcgggtttgtacagatatccatggataacatttataa 47140714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 127 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 17563160 - 17562985
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||  ||||| ||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| | |||||    
T  17563160 tagggatgtaaatggatatccatggatgcggatagtgtaatatctttgtccgctctgttagataaatataaaatccataccctatccatatcaacgcgga 17563061  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
     |||| |||||||| ||||||   |||||||| |||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||    
T  17563060 catccgtttagcgggtaatccgcagattttgaagtatccgcgggtttatacagatattcatggataacatttataa 17562985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 127 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 2192163 - 2192002
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||  |  |||||||||||||  ||| |    
T  2192163 tagggatgtaaatggatgtccatggatgcggataatgtgatatccgtgtccgctccattagacaaatatgaaatctatgtcctatccatatccgcgcgaa 2192064  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatg 288  Q
     ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||  ||  ||||||| ||||||||||    
T  2192063 catccatttagcagataatccacagattttgaggtatctgcgagtttatacagatatccatg 2192002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 127 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 19884783 - 19884608
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||| | | ||||||| ||||||   || |    
T  19884783 tagggatgtaaatggatattcatggatgcggatagtgtgatatctgtgtccgctccgttggacaaatatgaaattcatgccctatctatatccgcacgaa 19884684  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    ||| |||||| |||  |||||| | |||||||||||||| ||| ||||||  ||||||||||||||||||| ||||    
T  19884683 tattcatttaacggggaatccacgaattttgaggtatccgcgggtttatatagatatccatggataacatttataa 19884608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 127 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 36729124 - 36728953
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||||||||||     |||||||||| ||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||    
T  36729124 tagggatgtaaatggatata----gatgcggatagtgtgatatccgtgtccgatccgttggataaatatgaaattcgtaccctatcaatatccgtgcgga 36729029  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    ||||| |||||||| || |||  |||||||||  ||||| | | || ||||  |||| ||||||||||||| ||||    
T  36729028 tatccgtttagcgggtagtccgcggattttgacatatccgcaggttcatacaaatattcatggataacatttataa 36728953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 222 - 302
Target Start/End: Original strand, 15378741 - 15378821
Alignment:
Q  222 gcggatatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||    
T  15378741 gcggatatccatttagcgggtaatccatggattttgaggtatcaacggatttatacaaatatccatggataacatttataa 15378821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 127 - 219
Target Start/End: Original strand, 25987142 - 25987233
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatcc 219  Q
    |||||||||||||| ||| | ||| ||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||  ||| | |||||||||||    
T  25987142 tagggatgtaaatgaatacccatg-atgtggatagtgtgatatacgtgtccgctccgttagataagtatgaaatatgtatcttatccatatcc 25987233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 131 - 176
Target Start/End: Original strand, 15378687 - 15378732
Alignment:
Q  131 gatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtc 176  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||    
T  15378687 gatgtaaatggatatccgtggatgcggatagtgtgatatccgtgtc 15378732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 259
Target Start/End: Original strand, 11894055 - 11894184
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||| ||||  |||||   ||| || ||||||||||||||| ||||| ||| ||||| | | ||||    
T  11894055 tagggatgtaaatggatat-tatg-atgcggatagtgtaatatttgtgtctgttccattggataaatatgaaatctgtaccatattcatat-cgtacgga 11894151  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgag 259  Q
    ||||  |||||||| |||||||  |||||||||    
T  11894152 tatctgtttagcgggtaatccacagattttgag 11894184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 12 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 35925416 - 35925302
Alignment:
Q  12 atcatcatgctgttgctgcccctccagcaaagaagtgtcaagggtttctagagatggaaagagggcagaacttgatgctgcaatttataatctcagggag 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35925416 atcatcatgctgttgctgcccctccagcaaagaagtgtcaagggtttctagagatggaaagagggcagaacttgatgctgcaatttataatctcagggag 35925317  T
Q  112 attgacagtaagcac 126  Q
    |||||||||||||||    
T  35925316 attgacagtaagcac 35925302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 132 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 7987598 - 7987428
Alignment:
Q  132 atgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatatcc 231  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7987598 atgtaaatggatatccatggatgcagatattgtgatatctgtgtccgctccgttggataaatatgaaatccgtaccctatccatatccgtgcggatatcc 7987499  T
Q  232 atttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
     |||||||| |||||   |||||||||||||||  ||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  7987498 gtttagcgggtaatctgcggattttgaggtatctgcgggtttatacagatatccatggataacatttataa 7987428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 126 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 8227606 - 8227485
Alignment:
Q  126 ctagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgg 225  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8227606 ctagggatgtaaatggatatccatggatgtggatagtgtgatatccgtgtccgctccgttagataaatatgaaatccgtactctatccatatccatgcgg 8227507  T
Q  226 atatccatttagcggataatcc 247  Q
    ||||||||||||||| ||||||    
T  8227506 atatccatttagcgggtaatcc 8227485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 127 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 7968810 - 7968636
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||| ||| ||  |||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7968810 tagggatgtaaaggga-attaatggatgcagatagtgtgatatccgtgtccgctccgttggataaatatgaaatccgtaccctatccatatccgtgcgga 7968712  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    ||||| |||||||| ||||||  |||||||||||||||||||| |||||||  |||||||| ||| ||||| ||||    
T  7968711 tatccgtttagcgggtaatccgcggattttgaggtatccacgggtttatacatatatccatagatgacatttataa 7968636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 127 - 297
Target Start/End: Original strand, 31005767 - 31005937
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||| |  |||||    
T  31005767 tagggatgtaaatgtatatccatggatgcagatagtgtgatatccgtgtccgctccgttggacaaatatgaaatccgtgccctatccatattcgcgcgga 31005866  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacatt 297  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||  ||| || ||||||||||||    
T  31005867 tatccgtttagcggataatccacggattttgaggtatctgcggatttataaagatctctatggataacatt 31005937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 126 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 36583267 - 36583096
Alignment:
Q  126 ctagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgg 225  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| | ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||    
T  36583267 ctagggatgtaaatggatatccatggatgcgtatagtatgatatccgtgtccgttccgttagataaatatgaaatccgtaccctattcatatccgcgcgg 36583168  T
Q  226 atatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacatt 297  Q
    |||||| |||| ||| |||||||  ||||||||||||||  ||  ||||||  |||||||||||||||||||    
T  36583167 atatccgtttaacgggtaatccacagattttgaggtatcagcgagtttatatagatatccatggataacatt 36583096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 130 - 302
Target Start/End: Original strand, 11481187 - 11481359
Alignment:
Q  130 ggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatat 229  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||  |||||| ||||  |||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||    
T  11481187 ggatgtaaatggatatccatagatgcggatagtgtgatatttgtgtccgctccaatagataaatatgaaattcgtatcctatccatatccgtgcggatat 11481286  T
Q  230 ccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
     ||||||||  |||||||  ||||||| || |||    || ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||    
T  11481287 tcatttagccaataatccgcggatttttagatatatgtgggtttatacagatattcatggataacatttataa 11481359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 162 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 9765344 - 9765250
Alignment:
Q  162 tgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatatccatttagcggataatccatggatttt 256  Q
    ||||||||  |||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  9765344 tgtgatatatgtgtccgcttcgttagataaatattaaatccgtaccctatccatatccgcgtggatatccatttagcgggtaatccgtggatttt 9765250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 162 - 302
Target Start/End: Original strand, 13355588 - 13355728
Alignment:
Q  162 tgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatatccatttagcggataatccatggattttgaggt 261  Q
    |||||||||| | |||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| | || |||||||| |||||| | |||||| |||||||||||||    
T  13355588 tgtgatatccatatccgttccattagataaatatgaaatacgtaccctatctatattcgtgtggatatccgtttagcaggtaatccgtggattttgaggt 13355687  T
Q  262 atccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    ||||  || ||||||| |||||| |  ||||||||| ||||    
T  13355688 atccgtgggtttatacagatatcgaaagataacatttataa 13355728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 126 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 6870865 - 6870791
Alignment:
Q  126 ctagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaat 200  Q
    ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||  ||  ||| ||||||||||||||    
T  6870865 ctagggatgtaaatatatatccatggatgcggataatgtaatatccgtgtctgctatgttggataaatatgaaat 6870791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 125 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 9766147 - 9766107
Alignment:
Q  125 actagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtg 165  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||    
T  9766147 actagggatgtaaatggatattcatggatgcggatagtgtg 9766107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 108; Significance: 3e-54; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 127 - 302
Target Start/End: Original strand, 8576501 - 8576676
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||    
T  8576501 tagggatgtaaatggatatccatggatgcggatagtgtgatatccgtgtccgttccgttaaataaatatgaaatccgtactctatccatatccgcgcgga 8576600  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    |||||||||||||  ||||||   ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  8576601 tatccatttagcgagtaatccgccgattttgaggtatccgcgggtttatacagatatccatggataacatttataa 8576676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 127 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 35168089 - 35167914
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| | |||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  35168089 tagggatgtaaatggatatccatggatgcgaatagtatgatatccgtatccactccattagataaatataaaatccgtaccctattcatatccgtgcgga 35167990  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    ||||| ||| |||| |||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  35167989 tatccgtttcgcgggtaatccgtggattttgaggtatccgcgggtttatacagatatccatggataacatttataa 35167914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 127 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 34435176 - 34435001
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||  ||||||||| |||||| |||||     
T  34435176 tagggatgtaaatggatattcatggatgcggatagtgtgatatccgtatccgctccattagataaatatgaaatctctaccctatctatatccgtgcggg 34435077  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    ||||| |||||||| |||| | |||||||||||||||||   | ||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  34435076 tatccgtttagcgggtaattcgtggattttgaggtatccgttggtttatacagatatccatggataacatttataa 34435001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 127 - 302
Target Start/End: Original strand, 7622115 - 7622290
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    |||||||||||||||||||| |  ||||| |||| ||||||||| ||||||  ||||||  |||||||||||||| ||||| |||||||||||  | |||    
T  7622115 tagggatgtaaatggatatccacagatgcagatagtgtgatatctgtgtccgttccgttgaataaatatgaaatctgtaccttatccatatccgcgtgga 7622214  T
Q  227 tatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||    
T  7622215 tatccatttagcggataatccgtggattttgagttatccgcgggtttatacagatattcatggataacatttataa 7622290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 126 - 302
Target Start/End: Original strand, 28581898 - 28582076
Alignment:
Q  126 ctagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgg 225  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||||    
T  28581898 ctagagatgtaaatggatatccatggatgtggatagtgtgatatccatgtctgctccgttagataaatatgaaatccataccctattcatatccgcgcgg 28581997  T
Q  226 atatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatt--tatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    |||||| |||||||| |||||||   |||| ||||||||| ||| ||  ||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  28581998 atatccgtttagcgggtaatccacatatttagaggtatccgcgggtttatatacagatatccatggataacatttataa 28582076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 142 - 302
Target Start/End: Original strand, 5999308 - 5999459
Alignment:
Q  142 atatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatatccatttagcgga 241  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||     ||        
T  5999308 atatccatggatgcggatagtgtgatatccgtgtccgctccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccgcgcggatatc-----ag---- 5999398  T
Q  242 taatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    ||||||  |||||||||||||||  ||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  5999399 taatccgcggattttgaggtatctgcgggtttatacagatatccatggataacatttataa 5999459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 126 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 32292759 - 32292657
Alignment:
Q  126 ctagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgg 225  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  32292759 ctagggatgtaaatggatatcgatggatgcggatagtatgatatccgtgtccgctccgttggataaatatgaaatccataccctatccatatccgtgcgg 32292660  T
Q  226 ata 228  Q
    |||    
T  32292659 ata 32292657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 132 - 261
Target Start/End: Original strand, 10788326 - 10788457
Alignment:
Q  132 atgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgt--ccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatat 229  Q
    ||||||||||||||  ||| ||||||||| ||||||||||||||  || |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||    
T  10788326 atgtaaatggatattcatgtatgcggatagtgtgatatccgtgtgtccgctccgttagataaacatgaaatccataccctatccatatccgcgcggatat 10788425  T
Q  230 ccatttagcggataatccatggattttgaggt 261  Q
    || ||||| ||||||| |   |||||||||||    
T  10788426 ccgtttagtggataattcgcagattttgaggt 10788457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 131 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 642430 - 642297
Alignment:
Q  131 gatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatatc 230  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||| ||| ||||||   |||  ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||    
T  642430 gatgtaaatggatatccaaggatgcggatagtgtaatatcctcatccgttccgttaaaaaaatatgaaatccgtactctatcaatatccgtgcggatatc 642331  T
Q  231 catttagcggataatccatggattttgaggtatc 264  Q
    | |||||| | ||||||  |||||||||||||||    
T  642330 cgtttagcaggtaatccgcggattttgaggtatc 642297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 127 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 10409311 - 10409193
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgga 226  Q
    ||||||| | |||||||||  |||||||  |||| ||||||||  |||| | ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||    
T  10409311 tagggatatcaatggatattcatggatgatgatagtgtgatatatgtgttcgctccgttggataaatataaaatccgtaccctatccatatccacatgga 10409212  T
Q  227 tatccatttagcggataat 245  Q
    ||||| |||||||| ||||    
T  10409211 tatccgtttagcgggtaat 10409193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057 (Bit Score: 68; Significance: 3e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0057
Description:

Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 129 - 292
Target Start/End: Original strand, 66350 - 66513
Alignment:
Q  129 gggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggata 228  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||  |||||  |||| || || |||||||||||| |  |||||||||||||  |||| |||    
T  66350 gggatgtaaatggatgtccatggatgcggatagtgtgatatttgtgtcagctccattggacaaatatgaaatctgagccctatccatatctgtgcgaata 66449  T
Q  229 tccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggata 292  Q
    |  ||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||  |||||| ||||||||||||||    
T  66450 tttatttagcgggtaattcatggattttgaggtatccgcgggattatacagatatccatggata 66513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0155 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 2)
Name: scaffold0155
Description:

Target: scaffold0155; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 127 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 7253 - 7156
Alignment:
Q  127 tagggatgtaaatggatatctatggatgcggatactgtgatatccgtgtccactccgttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcgg 225  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| || ||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  7253 taggtatgtaaatggatatccatggatgcagatagtgtgatatctgtatccgctc-gttagataaatatgaaattcgtaccctatctatatccatgcgg 7156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0155; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 251 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 7145 - 7094
Alignment:
Q  251 gattttgaggtatccacggatttatacggatatccatggataacattcataa 302  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  7145 gatttttaggtattcacggatttatacagatatccatggataacatttataa 7094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0246 (Bit Score: 54; Significance: 6e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0246
Description:

Target: scaffold0246; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 183 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 10840 - 10735
Alignment:
Q  183 gttagataaatatgaaatccgtaccctatccatatccatgcggatatccatttagcggataatccatggattttgaggtatccacggatttatacggata 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||| ||||   |||||   ||| ||||||| ||||    
T  10840 gttagataaatatgaaatccgtaccctattcatatccacgcggatatccgtttagcgggtaatccatgtatttcatggtatttgcgggtttatacagata 10741  T
Q  283 tccatg 288  Q
    ||||||    
T  10740 tccatg 10735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University