View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF3034_high_1 (Length: 1143)
Name: NF3034_high_1
Description: NF3034
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3034_high_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 615; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 615; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 291 - 1026
Target Start/End: Original strand, 1251924 - 1252661
Alignment:
| Q |
291 |
gcttttgtgttcctcaaatttgctaattaatccaagatttgaggtgaacacaacatattcaaaaagtccctttcagtgtttctaaaagaatctctagtgt |
390 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1251924 |
gcttttgtgttcctcaaacttgctaattaatccaagatttgaggtgcacacaacatattcaaaaagtcccttgcagtgtttctaaaagaatctctagtgt |
1252023 |
T |
|
| Q |
391 |
catattgccaaccaccaccattcctatgtgctccagcggcagcttcaaacaacacactctcactgactgcctgtgtactgccggcaactgctttaccagc |
490 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1252024 |
catattgccaaccaccaccattcctatgtgctccagcggcagcttcaaactccacactctcgctggctgcctgtgtgctgccggcaactgctttaccagc |
1252123 |
T |
|
| Q |
491 |
agttcagctcctgccacactgacactgtgtgcatcacggtaactgcaagtctgcaacttctcctcttacagcgtaagcctagtggacgatttcaacagat |
590 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1252124 |
agttcagctcctgccacactgacaccgtgtgcatcgcggtaactgcaagtctgcaacttctcctcttacagcgtaagcctagtggacgatttcaacagat |
1252223 |
T |
|
| Q |
591 |
gatcgtcgtaataattctcccccatatcgtcacccagaaaactttcaccatcatattcccacatgcaatcattgtccaagtcannnnnnnnaccattgtt |
690 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
1252224 |
gatcgtcgtaataattctcccccatatcgtcacccagaaaactttcaccatcatattcccacatgcaatcattgtccaagtcattttttttaccattgtt |
1252323 |
T |
|
| Q |
691 |
atcatcaaacatccctttaaaacatgtcaaaataagtttatcaagcaatttttgaaaagatgtttttcaattgatattggcatatagttttttaatttac |
790 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1252324 |
atcatcaaacatccctttaaaacatgtcaaaataagtttatcaagcaatttttaaaaagatgtttttcaattaatattggcatatagttttttaatttac |
1252423 |
T |
|
| Q |
791 |
ttaaaaagatttgtcttataaaagataggttgaacattcttacagtatattatttcaaaacagaaaatgcaactcagtcaaacaagcactttgataccaa |
890 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1252424 |
tt--caagatttgtcttgtaaaagataggttgaacattcttacagtatattatttcaaaacagaaaatgcaacacagtcaaacaagcactttgataccaa |
1252521 |
T |
|
| Q |
891 |
gtaccatcatatggttgttccaggtggtaaaagactgcagcaacttaactggtcacaacaatcaataaatggaagcatttgattctca---atgacccat |
987 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |
|
|
| T |
1252522 |
gtaccatcatatggttgttccaggtggtaaaagactgcagcaacttaactggtcacaacaatcaataaatggaagcatttgattctcaattatcacccat |
1252621 |
T |
|
| Q |
988 |
agtacatagaaggaagaacc-ttattcataaaataataca |
1026 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1252622 |
agaacatagaaggaagaacctttattcataaaataataca |
1252661 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 2 - 291
Target Start/End: Original strand, 1251508 - 1251797
Alignment:
| Q |
2 |
caagaagatacttatgctgctcgtgctgttgtctgtgctgcggtagcggtcactatcgcctataactgttacaaacaattgacataggaggaatcaactt |
101 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1251508 |
caagaagatacttatgctgctcttgctgttgtctgtgctgctgtatcggtcactatcgcctataactgctgcaaacaattgacataggaggaatcaactt |
1251607 |
T |
|
| Q |
102 |
tgtcagtgttattattatttaggtcagtttgcttaagctttaacatatttacatttatatcagcttcatgtttttgatgcttctgctgttatttagatca |
201 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1251608 |
tgtcagtgttattattatttaggtcagtttgcttaagctttaacatatttacatttatatcagcttcatgtttttgatgcttctgctgttatttagatca |
1251707 |
T |
|
| Q |
202 |
atccttattggacatgcagggaacgagtgggagctcaatcgttaatgtgaatttgtgtgctttactgattgtggaatattattggctgtg |
291 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1251708 |
atccttattggacatgcagggaacgagtgggagctcaatcgttaatgtgaatttgtgtgctttactgattgtggaatattattggctgtg |
1251797 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 580; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 580; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 291 - 1095
Target Start/End: Original strand, 42018701 - 42019519
Alignment:
| Q |
291 |
gcttttgtgttcctcaaatttgctaattaatccaagatttgaggtgaacacaacatattcaaaaagtccctttcagtgtttctaaaagaatctctagtgt |
390 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
42018701 |
gcttttgtgttcctcaaacttgctaattaatccaagatttgaggtgcacacaacatattcaaaaagtcccttgcagtgtttctcaaagaatctctagtgt |
42018800 |
T |
|
| Q |
391 |
catattgccaaccaccaccattcctatgtgctccagcggcagcttcaaacaacacactctcactgactgcctgtgtactgccggcaactgctttaccagc |
490 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
42018801 |
catattgccaaccaccaccattcctatgtgctccagcagcagcttcaaactccacactc--actggctgcctgtgtgctgccggcaactgctttac-agc |
42018897 |
T |
|
| Q |
491 |
agttcagctcctgccacactgacactgtgtgcatcacggtaactgcaagtctgcaacttctcctcttacagcgtaagcctagtggacgatttcaacagat |
590 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |
|
|
| T |
42018898 |
agttcagctcctgccaca-tgacaccgtgtgcatcgcggtaactgcaagtctgcaacttcttctcttacagcgtaagcctagtggtcggtttcaacagat |
42018996 |
T |
|
| Q |
591 |
gatcgtcgtaataattctcccccatatcgtcacccagaaaactttcaccatcatattcccacatgcaatc----------attgtccaagtcannnnnnn |
680 |
Q |
| |
|
|||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
42018997 |
gatcgttgaaataattctcccccatatcgtcacccagaaaactttcagcatcatattcccacatgcaatccttcacaatcattgtccaagtcattttttt |
42019096 |
T |
|
| Q |
681 |
naccattgttatcatcaaacatccctttaaaacatgtcaaaataagtttatcaagcaatttttgaaa-------agatgtttttcaattgatattggcat |
773 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
42019097 |
taccattgttatcatcaaacatccctttaaaacatgccaaaataagtttatcaagcaatttttaaaatttttaaagatgtttttcaattaatattggcat |
42019196 |
T |
|
| Q |
774 |
atagttttttaatttacttaaaaagatttgtcttataaaagataggttgaacattcttacagtatattatttcaaaacagaaaatgcaactcagtcaaac |
873 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||| |
|
|
| T |
42019197 |
atagttttttaatttacttaaaaagatttgtcttataaaagataggttgaacattcttacagtatattatttcaaaacagaaaatgcaacacatt--aac |
42019294 |
T |
|
| Q |
874 |
aagcactttgataccaagtaccatcatatggttgttccaggtggtaaaagactgcagcaacttaactggtcacaacaatcaataaatggaagcatttgat |
973 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42019295 |
aagcactttgataccaagtaccatcatatggttgttccaagtggtaaaagactgcagcaacttaactggtcacaacaatcaataaatggaagcatttgat |
42019394 |
T |
|
| Q |
974 |
tctca---atgacccatagtacatagaaggaagaaccttattcataaaataatacagaggaaggaaccttgcatgattaggtggtgacaaacaactcaat |
1070 |
Q |
| |
|
||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
42019395 |
tctcaattatcacccatagaacatagaaggaagaaccttattcataaaataatacagaggaaggaactttgcatgattaggtggtgacaaacaacccaat |
42019494 |
T |
|
| Q |
1071 |
gttagagaagatgagacatgtgacc |
1095 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42019495 |
gttagagaagatgagacatgtgacc |
42019519 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 274; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 2 - 291
Target Start/End: Original strand, 42018288 - 42018577
Alignment:
| Q |
2 |
caagaagatacttatgctgctcgtgctgttgtctgtgctgcggtagcggtcactatcgcctataactgttacaaacaattgacataggaggaatcaactt |
101 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42018288 |
caagaagatacttatgctgctcttgctgttgtctgtgctgctgtatcggtcactatcgcctataactgctacaaacaattgacataggaggaatcaactt |
42018387 |
T |
|
| Q |
102 |
tgtcagtgttattattatttaggtcagtttgcttaagctttaacatatttacatttatatcagcttcatgtttttgatgcttctgctgttatttagatca |
201 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42018388 |
tgtcagtgttattattatttaggtcagtttgcttaagctttaacatatttacatttatatcagcttcatgtttttgatgcttctgctgttatttagatca |
42018487 |
T |
|
| Q |
202 |
atccttattggacatgcagggaacgagtgggagctcaatcgttaatgtgaatttgtgtgctttactgattgtggaatattattggctgtg |
291 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42018488 |
atccttattggacatgcagggaacgagtgggagctcaatcgttaatgtgaatttgtgtgctttactgattgtggaatattattggctgtg |
42018577 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University