View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3036-Insertion-1 (Length: 1147)

Name: NF3036-Insertion-1
Description: NF3036
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3036-Insertion-1
NF3036-Insertion-1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (7-997)||(51223456-51224450)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (415-468)||(5484917-5484970)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 890; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 890; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 997
Target Start/End: Complemental strand, 51224450 - 51223456
Alignment:
Q  7 atggatttaccgtgccactcaaggaagaacacaagttgtttcttgcgagagtgttgattcctttacataagactaaagggatgcaagtttatcatagaca 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51224450 atggatttaccgtgccactcaaggaagaacacaagttgtttcttatgagagtgttgattcctttacataagactaaagggatgcaagtttatcatagaca 51224351  T
Q  107 acttgcttattgtatatcacagtttgtgcagaaggagcctatgcttggaggtgttgttgttaggggaattttgaggtattggcctgttagtaactgccag 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  51224350 acttgcttattgtatatcacagtttgtgcagaaggagcctatgcttggaggtgttgttgttaggggaattttgaggtattggcctgttagtaactgtcag 51224251  T
Q  207 aaagaaattttgttgattggtgagttggaagatcttgtagagaatttggatcccgatcaatatcgaaagttggccttgcctatatgtactcagattacaa 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51224250 aaagaaattttgttgattggtgagttggaagatcttgtagagaatttggatcccgatcaatatcgaaagttggccttgcctatatgtactcagattacaa 51224151  T
Q  307 aatgcatcaacagttggaattctcaggtnnnnnnn-tctctttttagtttccaaaatgttttctcatgaaaatatgagaataactgctatgcactgtatt 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  51224150 aatgcatcaacagttggaattctcaggtaaaaaaaatctctttttagtttccaaaatgttttctcatgaaaatatgagaataactgatatgcactgtatt 51224051  T
Q  406 tgtaaaaagcatgcatcaaatcacatctcaacacatagataattgtggagatattttaggaattaacattaaccgtttggcataatgataagatgcgatt 505  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  51224050 tgtaaaaagtatgcatcaaatcccatctcaacacatagataattgtggagatattttaggaattaacattaaccgtttggcataatgatgagatgtgatt 51223951  T
Q  506 ggatgcaagtgaaaaatatttttacactgacagtgaaatttgtttatgatgatgcatataaatgtggtttcaggtagctgagagggcactgtatgtgtgg 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51223950 ggatgcaagtgaaaaatatttttacactgacagtgaaatttgtttatgatgatgcatataaatgtggtttcaggtagctgagagggcactgtatgtgtgg 51223851  T
Q  606 aacaacgagcagttctacaaaatggcaacaacaggaacggtagaagtacttccggtgatagtacaaggtgttgaggagaacctgaagttgcattggagca 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  51223850 aacaacgagcagttctacaaaatggcaacaacaggaacggtagaagtacttccggtgatagtacaaggtgttgagaagaacctgaagttgcattggagca 51223751  T
Q  706 agagtgttaggcagctaacagaaagtgtgaaggtggtggtggaagatattgatcctgatctatatgcaaaagctcaaatggatttaaaagctaaagaatc 805  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  51223750 agagtgttaggcagctaacagaaagtgtgaaggtggtggtggaagatattgatcctgatctatatgcaaaagctcaaatggatttgaaagttaaagaatc 51223651  T
Q  806 agtggcacatcaagaagatatgaatagaaaaaagagatgggaaagaattgaattggcagcttctaagaatcaatttgtcaatccacaacgatacatatgt 905  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51223650 agtggcacatcaagaagatatgaatagaaaaaagagatgggaaagaattgaattggcagcttctaagaatcaatttgtcaatccacaacgatacatatgt 51223551  T
Q  906 g-ttcccactgaatattaataatttaatgtatgcaacatata-ttcctgtcaattcagccttctt-atcataagaaatgtttagaagctgaaata 997  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  51223550 gtttcccactgaatattaataatttaatgtatgcaacatatatttcctgtcaatccaaccttcttaatcataagaaatgtttagaagctgaaata 51223456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 415 - 468
Target Start/End: Original strand, 5484917 - 5484970
Alignment:
Q  415 catgcatcaaatcacatctcaacacatagataattgtggagatattttaggaat 468  Q
    |||||||| |||||||||||| |   |||||| |||||||||||||||||||||    
T  5484917 catgcatccaatcacatctcaccttttagatatttgtggagatattttaggaat 5484970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University