View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3036R-Insertion-1 (Length: 897)

Name: NF3036R-Insertion-1
Description: NF3036R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3036R-Insertion-1
NF3036R-Insertion-1
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (392-897)||(33628109-33628614)
chr3 (515-895)||(33609626-33610006)
chr3 (543-897)||(33618906-33619260)
chr3 (258-542)||(33624556-33624844)
chr3 (662-897)||(33623722-33623957)
chr3 (546-895)||(33596199-33596548)
chr3 (544-895)||(33603330-33603681)
chr3 (546-895)||(33589027-33589376)
chr3 (9-237)||(33624884-33625117)
chr3 (638-871)||(33563470-33563703)
chr3 (101-147)||(33628610-33628656)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (325-421)||(12059786-12059882)
chr5 (295-414)||(12053055-12053171)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 470; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 470; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 392 - 897
Target Start/End: Complemental strand, 33628614 - 33628109
Alignment:
392 tgaatgatagattttatcaaatctaaacaaaactgaattttaaaaaatctagtacaaatataagaaatagtacatataatgtttcaaaaaatacatcaat 491  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
33628614 tgaattatagattttatcaaatctaaacaaaactgaattttaaaaaatctagtacaaatataagaaatagtacatataatgtttcaaaaaatacatcaac 33628515  T
492 aatttttctttcaattttgcatgcaaacttcatggatgatttccttctccgtcttctcctttaacaaaccgataccaaaaccaatgtttaccccatatga 591  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33628514 aatttttctttcaattttgcatgcaaacttcatggatgatttccttctccgtcttctcctttaacaaaccgataccaaaaccaatgtttaccccatatga 33628415  T
592 tgtgcattgaatccaaagcaattcctttagtctccggcnnnnnnnntataatgaaaagagtcatcacaacaacccaaccagcatagaacaaaaatgcccc 691  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33628414 tgtgcattgaatccaaagcaattcctttagtctccggcaaaaaaaatataatgaaaagagtcatcacaacaacccaaccagcatagaacaaaaatgcccc 33628315  T
692 aaacttcaagtggcataacatagtcaagaatgtttgcgataacacaaatatcattatgaaatgcacagcaactgctatgctttgtccagtgcttcttata 791  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
33628314 aaacttcaagtggcataacatagtcaagaatgtttgcgataacacaaatatcattatgaaatgcacagcaacagctatgctttgtccagtgcttcttata 33628215  T
792 tttactggaaaaatctcagttggaattagccatgttagaggactccacgacaaaccaaaacccgcagcatagaaacacattagtaccaataccaatattg 891  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33628214 tttactggaaaaatctcagttggaattagccatgttagaggactccacgacaaaccaaaacccgcagcatagaaacacattagtaccaataccaatattg 33628115  T
892 cattgc 897  Q
    ||||||    
33628114 cattgc 33628109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 515 - 895
Target Start/End: Complemental strand, 33610006 - 33609626
Alignment:
515 caaacttcatggatgatttccttctccgtcttctcctttaacaaaccgataccaaaaccaatgtttaccccatatgatgtgcattgaatccaaagcaatt 614  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |  ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||  |||||||| ||| |||||||||||||| ||||    
33610006 caaacttcatggatgattttcttgacgatcttctcctttaacaaatcgacaccaaaaccaatgtttttcccatatggtgtacattgaatccaaaggaatt 33609907  T
615 cctttagtctccggcnnnnnnnntataatgaaaagagtcatcacaacaacccaaccagcatagaacaaaaatgccccaaacttcaagtggcataacatag 714  Q
    ||||||||||| |||        |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||| |||||||| |    
33609906 cctttagtctcaggcaagaaaaatataataaaaagagtcatcacagcaacccaaccagcatagaacaagaaggctccaaacttaaagtgacataacattg 33609807  T
715 tcaagaatgtttgcgataacacaaatatcattatgaaatgcacagcaactgctatgctttgtccagtgcttcttatatttactggaaaaatctcagttgg 814  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||  |||||||| || | |||||  |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||    
33609806 tcaagaatgtttgtgatagcacaaatactattatgaattgtatagcaatagctatgctttgtcctgtggttcttatatttactgggaaaatctcacttgg 33609707  T
815 aattagccatgttagaggactccacgacaaaccaaaacccgcagcatagaaacacattagtaccaataccaatattgcatt 895  Q
    ||| |||||||||||||||| ||| ||| |||||||||| ||||  || ||||| | ||| |||||||| |||||||||||    
33609706 aataagccatgttagaggaccccatgaccaaccaaaaccagcagagtataaacataatagcaccaatactaatattgcatt 33609626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 543 - 897
Target Start/End: Complemental strand, 33619260 - 33618906
Alignment:
543 tcttctcctttaacaaaccgataccaaaaccaatgtttaccccatatgatgtgcattgaatccaaagcaattcctttagtctccggcnnnnnnnntataa 642  Q
    |||| |||||||||| ||||| |||||||||| ||| | ||||||||  ||| |||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||         ||||    
33619260 tcttgtcctttaacataccgagaccaaaaccagtgtctgccccatatagtgtacattgactccaaaggaattcctttggtctcaggcaagaagaagataa 33619161  T
643 tgaaaagagtcatcacaacaacccaaccagcatagaacaaaaatgccccaaacttcaagtggcataacatagtcaagaatgtttgcgataacacaaatat 742  Q
      || ||||||||||||| |||||||  ||||||||| |  || ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
33619160 caaacagagtcatcacaataacccaaaaagcatagaagacgaaggccccaaacttcatgtggcataacattgtcaagaatgtttgcgataacacaaagat 33619061  T
743 cattatgaaatgcacagcaactgctatgctttgtccagtgcttcttatatttactggaaaaatctcagttggaattagccatgttagaggactccacgac 842  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||  |||| ||| |||    
33619060 tattatgaattgcacagcaacagctatgctttgtcctgtggttcttatttttactgggaaaatctcacttggaataagccatgttaatggaccccatgac 33618961  T
843 aaaccaaaacccgcagcatagaaacacattagtaccaataccaatattgcattgc 897  Q
     |||||||||| ||||  |||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||    
33618960 caaccaaaacctgcagagtagaaacacaatagcaccaataccactattgcattgc 33618906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 258 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 33624844 - 33624556
Alignment:
258 atcatgaagattacattcttattgcattgtggtgttaa----atatacactcacacatgctaattaacttgctaaaaactctcaattattaacaaacttc 353  Q
    |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
33624844 atcatgaaaatttcattctaattgcattgtggtgttaagcttatatacactcacacattctaattaacttgctaaaaactctcaattattaacacacttc 33624745  T
354 ttaactaacttttaacacaagtgaactcctaacaactatgaatgatagattttatcaaatctaaacaaaactgaatt-ttaaaaaatctagtacaaatat 452  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| | ||| || | ||||||| ||| || |||||    
33624744 ttaactaacctttaacacaagtgaactcctaacaactatgaattatagatttcatcaaatctaagcaacattgacttctgaaaaaatatagcactaatat 33624645  T
453 aagaaatagtacatataatgtttcaaaaaatacatcaata-atttttctttcaattttgcatgcaaacttcatggatgatttccttctccg 542  Q
    ||||||||||  ||||| | ||||||| |||| ||||| |  |||||||||||  |||| || ||||||||||||| ||||||||||||||    
33624644 aagaaatagt--atatattttttcaaagaatatatcaacatttttttctttcatgtttgtatacaaacttcatggacgatttccttctccg 33624556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 662 - 897
Target Start/End: Complemental strand, 33623957 - 33623722
Alignment:
662 aacccaaccagcatagaacaaaaatgccccaaacttcaagtggcataacatagtcaagaatgtttgcgataacacaaatatcattatgaaatgcacagca 761  Q
    ||||||||| |||||||||||||  |||||||| |  || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||| ||    
33623957 aacccaacccgcatagaacaaaatggccccaaagtataactggcataacatagtcaagaatgtttgcgatagcacaaagaccattatgaaatgcacaaca 33623858  T
762 actgctatgctttgtccagtgcttcttatatttactggaaaaatctcagttggaattagccatgttagaggactccacgacaaaccaaaacccgcagcat 861  Q
    || ||||||||||||| | |||||| |||||  |  || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||     
33623857 acagctatgctttgtcgaatgcttcctatataaatggggaaaatctcagttggaattagccatgttagagggctccacgacaaatctaaacccgcagcac 33623758  T
862 agaaacacattagtaccaataccaatattgcattgc 897  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
33623757 agaaacatattagtaccaatatcaatattgcattgc 33623722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 546 - 895
Target Start/End: Complemental strand, 33596548 - 33596199
Alignment:
546 tctcctttaacaaaccgataccaaaaccaatgtttaccccatatgatgtgcattgaatccaaagcaattcctttagtctccggcnnnnnnnntataatga 645  Q
    |||||||||||||||||   |||| |||||||||| |||||||| || | |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||         || || |    
33596548 tctcctttaacaaaccgccgccaataccaatgtttgccccatataatatacattgactccaaagcaattcctttggtctcaggcaaaaagaaaatgataa 33596449  T
646 aaagagtcatcacaacaacccaaccagcatagaacaaaaatgccccaaacttcaagtggcataacatagtcaagaatgtttgcgataacacaaatatcat 745  Q
    | |||||||||||  ||||||||   ||||||||||| || || |||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| |  ||    
33596448 atagagtcatcactgcaacccaaaatgcatagaacaagaaagcaccaaacttgaagtggcatagcattgtcaagaatgtttgtgataacacaaacaagat 33596349  T
746 tatgaaatgcacagcaactgctatgctttgtccagtgcttcttatatttactggaaaaatctcagttggaattagccatgttagaggactccacgacaaa 845  Q
    |||||| || ||| |||||||||| |||||||||||  |||| || ||||  || ||||| ||| ||||||||||||| || || |||| ||| ||| ||    
33596348 tatgaattgtacaccaactgctatactttgtccagttgttctgatttttaaggggaaaatttcacttggaattagccaggtgagtggaccccaagaccaa 33596249  T
846 ccaaaacccgcagcatagaaacacattagtaccaataccaatattgcatt 895  Q
    |||||||| || || |||||||| | ||  |||||||||||| |||||||    
33596248 ccaaaacctgcggcgtagaaacatagtaaaaccaataccaatgttgcatt 33596199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 544 - 895
Target Start/End: Complemental strand, 33603681 - 33603330
Alignment:
544 cttctcctttaacaaaccgataccaaaaccaatgtttaccccatatgatgtgcattgaatccaaagcaattcctttagtctccggcnnnnnnnntataat 643  Q
    ||||| |||||||||||||   |||| |||||||||| |||||||| || | |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||         || ||    
33603681 cttctactttaacaaaccgccgccaataccaatgtttgccccatataatatacattgactccaaagcaattcctttggtctcaggcaaaaagaaaatgat 33603582  T
644 gaaaagagtcatcacaacaacccaaccagcatagaacaaaaatgccccaaacttcaagtggcataacatagtcaagaatgtttgcgataacacaaatatc 743  Q
     || |||||||||||  ||||||||   ||||||||||| || || |||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| |      
33603581 aaatagagtcatcactgcaacccaaaatgcatagaacaagaaagcaccaaacttgaagtggcatagcattgtcaagaatgtttgtgataacacaaacaag 33603482  T
744 attatgaaatgcacagcaactgctatgctttgtccagtgcttcttatatttactggaaaaatctcagttggaattagccatgttagaggactccacgaca 843  Q
    |||||||| || ||| |||||||||| |||||||||||  |||| || ||||  || ||||| ||| ||||||||||||| || || |||| ||| |||     
33603481 attatgaattgtacaccaactgctatactttgtccagttgttctgatttttaaggggaaaatttcacttggaattagccaggtgagtggaccccaagacc 33603382  T
844 aaccaaaacccgcagcatagaaacacattagtaccaataccaatattgcatt 895  Q
    |||||||||| || || |||||||| | ||  |||||||||||| |||||||    
33603381 aaccaaaacctgcggcgtagaaacatagtaaaaccaataccaatgttgcatt 33603330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 546 - 895
Target Start/End: Complemental strand, 33589376 - 33589027
Alignment:
546 tctcctttaacaaaccgataccaaaaccaatgtttaccccatatgatgtgcattgaatccaaagcaattcctttagtctccggcnnnnnnnntataatga 645  Q
    |||||||||||||||||   |||| |||||||||| |||||||| || | |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||         || || |    
33589376 tctcctttaacaaaccgccgccaataccaatgtttgccccatataatatacattgactccaaagcaattcctttggtctcaggcaaaaagaaaatgataa 33589277  T
646 aaagagtcatcacaacaacccaaccagcatagaacaaaaatgccccaaacttcaagtggcataacatagtcaagaatgtttgcgataacacaaatatcat 745  Q
    | |||||||||||  ||||||||   ||||||||||| || || |||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||| |  ||    
33589276 atagagtcatcactgcaacccaaaatgcatagaacaagaaagcaccaaacttgaagtggcatagcattgtcaagaatgtttgtgataacataaacaagat 33589177  T
746 tatgaaatgcacagcaactgctatgctttgtccagtgcttcttatatttactggaaaaatctcagttggaattagccatgttagaggactccacgacaaa 845  Q
    |||||| || ||| |||||||||| |||||||||||  |||| || ||||  || ||||| ||| ||||||||||||| || || |||| ||| ||| ||    
33589176 tatgaattgtacaccaactgctatactttgtccagttgttctgatttttaaggggaaaatttcacttggaattagccaggtgagtggaccccaagaccaa 33589077  T
846 ccaaaacccgcagcatagaaacacattagtaccaataccaatattgcatt 895  Q
    |||||||| || || |||||||| | ||  |||||||||||| |||||||    
33589076 ccaaaacctgcggcgtagaaacatagtaaaaccaataccaatgttgcatt 33589027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 9 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 33625117 - 33624884
Alignment:
9 ctcaagaacatcttgaaacgtgaatatgactctcatatgtgcgcaccatctgtcatagtgttcttctttgaaaactagcagatttgca-gggaattggtt 107  Q
    |||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||||||  ||||||| || ||| |||||||    
33625117 ctcaagaaaatcttgaagcttgaatatgactctcatatgtgcgcaccatctctcataatgttctcctttaaaaacttacagatttacatggggattggtt 33625018  T
108 tgaggttgtgcttccatttgccattgac-gaaagcttgaatcgaaccaatgctctttgataccaatttgttgcgataaatcttgctta----atgaattc 202  Q
    ||||||||  |||||||| || || |||  ||||||| ||||||||| || ||||| |||| |||||||| | |||||||||| ||||    |||||||     
33625017 tgaggttgatcttccattcgctatcgacataaagcttaaatcgaacc-atactcttagatagcaatttgtggggataaatctttcttaattgatgaattg 33624919  T
203 taaaaggaacgtgtatagcaaagaaaagaaggaaa 237  Q
    |||||  || |||||||| |||||||| |||||||    
33624918 taaaattaaagtgtataggaaagaaaacaaggaaa 33624884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 638 - 871
Target Start/End: Complemental strand, 33563703 - 33563470
Alignment:
638 tataatgaaaagagtcatcacaacaacccaaccagcatagaacaaaaatgccccaaacttcaagtggcataacatagtcaagaatgtttgcgataacaca 737  Q
    |||||| || || ||||| ||||||| |||| ||  || |||||| || || ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||||    
33563703 tataataaagagggtcatgacaacaatccaagcactatggaacaagaaagcaccatacttcaagtgacataacattgtcaagaatgtctgagacaacaca 33563604  T
738 aatatcattatgaaatgcacagcaactgctatgctttgtccagtgcttcttatatttactggaaaaatctcagttggaattagccatgttagaggactcc 837  Q
    |||||  ||||||| ||||||| ||  |||||||||||||||||  |||| || || |  |||||||| ||| ||||||||| ||||  |||||||| ||    
33563603 aatatagttatgaattgcacagaaatagctatgctttgtccagttgttctgattttcaaaggaaaaatttcacttggaattatccataatagaggacccc 33563504  T
838 acgacaaaccaaaacccgcagcatagaaacacat 871  Q
    | ||| |||||||||| ||||  |||||||||||    
33563503 atgaccaaccaaaacctgcagagtagaaacacat 33563470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 101 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 33628656 - 33628610
Alignment:
101 attggtttgaggttgtgcttccatttgccattgacgaaagcttgaat 147  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33628656 attggtttgaggttgtgcttccatttgccattgacgaaagcttgaat 33628610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 49; Significance: 1e-18; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 325 - 421
Target Start/End: Original strand, 12059786 - 12059882
Alignment:
325 ctaaaaactctcaattattaacaaacttcttaactaacttttaacacaagtgaactcctaacaactatgaatgatagattttatcaaatctaaacaa 421  Q
    |||||| ||||||  || |||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||    
12059786 ctaaaatctctcatctaataacaaacttcttaactaacctgtaacacaagtaaactcgtaacaactatgaattatggatttgatcaaatccaaacaa 12059882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 295 - 414
Target Start/End: Original strand, 12053055 - 12053171
Alignment:
295 aatatacactcacacatgctaattaacttgctaaaaactctcaattattaacaaacttcttaactaacttttaacacaagtgaactcctaacaactatga 394  Q
    ||||||||||||||  | ||||  ||||||||||||  |||||| || ||||| |||||||||||    | |||||||||| ||||||||||||||||||    
12053055 aatatacactcacaattactaagaaacttgctaaaatttctcaactactaacatacttcttaact----tgtaacacaagtaaactcctaacaactatga 12053150  T
395 atgataga-ttttatcaaatc 414  Q
    || || || ||||||||||||    
12053151 attatggatttttatcaaatc 12053171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University