View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3037R-Insertion-11 (Length: 910)

Name: NF3037R-Insertion-11
Description: NF3037R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3037R-Insertion-11
NF3037R-Insertion-11
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (9-910)||(5331415-5332309)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 767; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 767; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 910
Target Start/End: Complemental strand, 5332309 - 5331415
Alignment:
Q  9 tgatctactatatgcatgagccatgttgtatgaagtctgtggaagaaatctcccatttcttctgcattcctcttttgtatcatcttggtggcatgtgaac 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5332309 tgatctactatatgcatgagccatgttgtatgaagtctgtggaagaaatctcccatttcttctgcattcctcttttgtatcatcttggtggcatgtgaac 5332210  T
Q  109 cttacaagaacctataacgtataaatacatgagtcaattatctatatacttgcatttcaaataaaacttgggattaaattaaattatattggtgtattac 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5332209 cttacaagaacctataacgtataaatacatgagtcaaatatctatatacttgcatttcaaataaaacttgggattaaattaaattatattggtgtattac 5332110  T
Q  209 ttgagaatttgttatgacttaaagtttatgaggagagttcaaccnnnnnnnttagtctattaaacgatagaacgtcatagtttaagtatcacactgaact 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||       |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5332109 ttgagaatttgttatgacttaaagtttataaggagagttcaaccaaaaaaattagtctattaaacgagagaacgtcatagtttaagtatcacactgaact 5332010  T
Q  309 ttattttctactcgacatgtaactcataacattgccactcctttaagaaccgatgatcacaacgactttcactccctttacactgatctggtggacgatg 408  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||     ||||||||||    
T  5332009 ttcttttctactcgacatgtaactcataacattgccactcctttaagaaccgatgatcacaacgacttttactctctttacactg-----gtggacgatg 5331915  T
Q  409 gtagtcatttcctctttggcagcttcactcgtctattggtattcaatggtgaaccttaataaagtctataggccgccttttacgtaacttaactctcaag 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  5331914 gtagtcatttcctctttggcagcttcactcgtctattggtattcaatggtgaaccttaataaagtctataggccgcccgttacgtaacttaactctcaag 5331815  T
Q  509 aaaagcactagtagaccgtaggtatgacttaggcctatgagaaaagtcgaatcttacaagactattcgttcagcgtgagagtttcgtgacttacttttgg 608  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5331814 aaaagcactagtagaccgtagttatgacttaagcctatgagaaaagtcgaatcttacaagactattcatttagcgtgagagtttcgtgacttacttttgg 5331715  T
Q  609 taaatctccaatccgaatggcatcacgagggcaattgtgtgggctgtagctgtagtttggtggccctgagaaagggttacaaattttcacgagtccaatt 708  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5331714 taaatctccaatccgaatggcatcacgagggcaattgtgtggactgtagctgtagtttggtggccctgagaaagggttacaaattttcacgagtccaatt 5331615  T
Q  709 aattcttcattttcttcacctattcctagcagctgatacatgagtgatacgtcggaattcaactgagacacaaacaaaccattatatcagaaactatcaa 808  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5331614 aattcttcattttcttcacctattcctagcagctgatacatgagtgatacgtcagaattcaactgagacacaaacaaaccattatatcagaaactatcaa 5331515  T
Q  809 acaattgtatgcatttccttttgaataggtgaatgacnnnnnnnnnnnttgtacctcaacaatgaaagtgtggattgtgctgccaatttgagctatcaat 908  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5331514 acaattgtatgcatttccttttgaataggtgaatgac--aaaaaaaaattgtacctcaacaatgaaagtgtggattgtgctgccaatttgagctatcaat 5331417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University