View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3037R-Insertion-13 (Length: 985)

Name: NF3037R-Insertion-13
Description: NF3037R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3037R-Insertion-13
NF3037R-Insertion-13
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (13-971)||(33594046-33595029)
chr3 (13-971)||(33601177-33602160)
chr3 (13-971)||(33586874-33587857)
chr3 (92-422)||(33608200-33608530)
chr3 (92-422)||(33626481-33626811)
chr3 (92-422)||(33615984-33616314)
chr3 (835-920)||(33561694-33561780)
chr3 (92-394)||(33621388-33621690)
chr3 (270-331)||(33562050-33562111)
chr3 (96-224)||(33562157-33562285)
chr3 (837-916)||(33607998-33608078)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 644; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 644; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 971
Target Start/End: Complemental strand, 33595029 - 33594046
Alignment:
Q  13 ttgcttttgtacaatagaaa-ttttatattgttgacgaagttggactacaa---ttaacaaatgtgtttaattgtatatgttcacttacttgactagtga 108  Q
    |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| |   ||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  33595029 ttgcttatgtataatagaaaattttatattgttgacgaggttgaactactactattaacaaatgtgtatgattgtatatgttcatttacttgactagaga 33594930  T
Q  109 aaccgaccccaaaaccaagaagaatgcgaccaaggatgagcatagcagtattttcagaacctccattaatagcagcaccagcaagaaagatggaaccacc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33594929 aaccgaccccaaaaccaagaagaatacgaccaaggatgagcatagcaatattttcagaaccgcaattaatagcagcaccagcaagaaagatggcaccacc 33594830  T
Q  209 caacataatggtgtttttccgaccgatagctgcagtgact---------------------ttgctagcgacaagagctgacactaacgcagctagatat 287  Q
    |||||  ||||  ||| | |||||||||||||||||||||                     |||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||     
T  33594829 caacacgatggaatttcttcgaccgatagctgcagtgactttgccgatagctgcagtgactttgctagctacaagagttgacactaacccagctagatac 33594730  T
Q  288 agagaagacgtaaataatgttaacatttgactgtcatacacacagtacatgtttacttcagtaccagctgcccttcttagaatatctgggaagaatttat 387  Q
    ||||| |||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33594729 agagaggacgtaaacaacgtcaacatctgactgtcatacacacagtacatatttacttcagtaccagctgcctttcttagaatatctgggaagaatttat 33594630  T
Q  388 tgagaaacggcaccattgttgtaacacctcctgaatttgataacatttttcattagtaaaaagggtgagctttatgactttggttcttctccaagtacat 487  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33594629 tgagaaatggcaccattgttgtaacacctcctgaatttgataacatttttcattagtaaaaagggtgagctttatgactttggttcttctccaagtacat 33594530  T
Q  488 tttgaagataaaatgtaaaactaatgtatagcatcatgattaaaatgcaattagactttgtccaaaacctatttagatttgtactactataatagtttta 587  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  33594529 tttgaagataaaatgtaaaaataatgtatagcatcatgattaaaatgcaattagactttgtccaaaacctatttagatttgttctactataatagtttta 33594430  T
Q  588 aatttgatgattaagcttgtgcaattatgttaatttctttaatgattttgacattttataggtacaannnnnnnnagaattttctacagaaacaaacacc 687  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||    
T  33594429 aattggatgattaagcttgtgcaattatgttaatttctttaatgattttgacattttataggtacaa-tttttttagaattttctacagaaacaaacacc 33594331  T
Q  688 ttgctgagtctgagtttaattctcgagttatatgatcaaatcattcaatttttgagcaaagattgatgtagcagaatacaagatactttagaaagcaaaa 787  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33594330 ttgctgagtc-gagtttaattctcgagttatatgatcaaatcattcaatttttgagcaatgattgatgtagcagaatacaagatactttagaaagcaaaa 33594232  T
Q  788 aacatggtctaattggatacctttataatgnnnnnnnnnnnnggaagaaaacctgaaatcccaatgtcatatcc-aaaatgagtccactagatgcagcaa 886  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33594231 aacatggtctaattggata-ctttataatgaaaaaacaaaaaggaagaaaacctgaaatcccaatgtcatatccaaaaatgagtccactagatgcagcaa 33594133  T
Q  887 cgatacaagtaatgataactgagagtgttatctttccatc-aagccattggaaggtgcatcaatggc-aaccccccacctgccattt 971  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  33594132 cgatacaagtaatgataactgagagtgttatctttccatcaaagccattggaaggtgcatcaatggcaaaccctccacctgccattt 33594046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 644; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 971
Target Start/End: Complemental strand, 33602160 - 33601177
Alignment:
Q  13 ttgcttttgtacaatagaaa-ttttatattgttgacgaagttggactacaa---ttaacaaatgtgtttaattgtatatgttcacttacttgactagtga 108  Q
    |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| |   ||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  33602160 ttgcttatgtataatagaaaattttatattgttgacgaggttgaactactactattaacaaatgtgtatgattgtatatgttcatttacttgactagaga 33602061  T
Q  109 aaccgaccccaaaaccaagaagaatgcgaccaaggatgagcatagcagtattttcagaacctccattaatagcagcaccagcaagaaagatggaaccacc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33602060 aaccgaccccaaaaccaagaagaatacgaccaaggatgagcatagcaatattttcagaaccgcaattaatagcagcaccagcaagaaagatggcaccacc 33601961  T
Q  209 caacataatggtgtttttccgaccgatagctgcagtgact---------------------ttgctagcgacaagagctgacactaacgcagctagatat 287  Q
    |||||  ||||  ||| | |||||||||||||||||||||                     |||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||     
T  33601960 caacacgatggaatttcttcgaccgatagctgcagtgactttgccgatagctgcagtgactttgctagctacaagagttgacactaacccagctagatac 33601861  T
Q  288 agagaagacgtaaataatgttaacatttgactgtcatacacacagtacatgtttacttcagtaccagctgcccttcttagaatatctgggaagaatttat 387  Q
    ||||| |||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33601860 agagaggacgtaaacaacgtcaacatctgactgtcatacacacagtacatatttacttcagtaccagctgcctttcttagaatatctgggaagaatttat 33601761  T
Q  388 tgagaaacggcaccattgttgtaacacctcctgaatttgataacatttttcattagtaaaaagggtgagctttatgactttggttcttctccaagtacat 487  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33601760 tgagaaatggcaccattgttgtaacacctcctgaatttgataacatttttcattagtaaaaagggtgagctttatgactttggttcttctccaagtacat 33601661  T
Q  488 tttgaagataaaatgtaaaactaatgtatagcatcatgattaaaatgcaattagactttgtccaaaacctatttagatttgtactactataatagtttta 587  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  33601660 tttgaagataaaatgtaaaaataatgtatagcatcatgattaaaatgcaattagactttgtccaaaacctatttagatttgttctactataatagtttta 33601561  T
Q  588 aatttgatgattaagcttgtgcaattatgttaatttctttaatgattttgacattttataggtacaannnnnnnnagaattttctacagaaacaaacacc 687  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||    
T  33601560 aattggatgattaagcttgtgcaattatgttaatttctttaatgattttgacattttataggtacaa-tttttttagaattttctacagaaacaaacacc 33601462  T
Q  688 ttgctgagtctgagtttaattctcgagttatatgatcaaatcattcaatttttgagcaaagattgatgtagcagaatacaagatactttagaaagcaaaa 787  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33601461 ttgctgagtc-gagtttaattctcgagttatatgatcaaatcattcaatttttgagcaatgattgatgtagcagaatacaagatactttagaaagcaaaa 33601363  T
Q  788 aacatggtctaattggatacctttataatgnnnnnnnnnnnnggaagaaaacctgaaatcccaatgtcatatcc-aaaatgagtccactagatgcagcaa 886  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33601362 aacatggtctaattggata-ctttataatgaaaaaacaaaaaggaagaaaacctgaaatcccaatgtcatatccaaaaatgagtccactagatgcagcaa 33601264  T
Q  887 cgatacaagtaatgataactgagagtgttatctttccatc-aagccattggaaggtgcatcaatggc-aaccccccacctgccattt 971  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  33601263 cgatacaagtaatgataactgagagtgttatctttccatcaaagccattggaaggtgcatcaatggcaaaccctccacctgccattt 33601177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 628; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 971
Target Start/End: Complemental strand, 33587857 - 33586874
Alignment:
Q  13 ttgcttttgtacaatagaaa-ttttatattgttgacgaagttggactacaa---ttaacaaatgtgtttaattgtatatgttcacttacttgactagtga 108  Q
    |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| |   ||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  33587857 ttgcttatgtataatagaaaattttatattgttgacgaggttgaactactactattaacaaatgtgtatgattgtatatgttcatttacttgactagaga 33587758  T
Q  109 aaccgaccccaaaaccaagaagaatgcgaccaaggatgagcatagcagtattttcagaacctccattaatagcagcaccagcaagaaagatggaaccacc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33587757 aaccgaccccaaaaccaagaagaatacgaccaaggatgagcatagcaatattttcagaaccgcaattaatagcagcaccagcaagaaagatggcaccacc 33587658  T
Q  209 caacataatggtgtttttccgaccgatagctgcagtgact---------------------ttgctagcgacaagagctgacactaacgcagctagatat 287  Q
    |||||  ||||  ||| | |||||||||||||||||||||                     |||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||     
T  33587657 caacacgatggaatttcttcgaccgatagctgcagtgactttgccgatagctgcagtgactttgctagctacaagagttgacactaacccagctagatac 33587558  T
Q  288 agagaagacgtaaataatgttaacatttgactgtcatacacacagtacatgtttacttcagtaccagctgcccttcttagaatatctgggaagaatttat 387  Q
    ||||| |||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33587557 agagaggacgtaaacaacgtcaacatctgactgtcatacacacagtacatatttacttcagtaccagctgcctttcttagaatatctgggaagaatttat 33587458  T
Q  388 tgagaaacggcaccattgttgtaacacctcctgaatttgataacatttttcattagtaaaaagggtgagctttatgactttggttcttctccaagtacat 487  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33587457 tgagaaatggcaccattgttgtaacacctcctgaatttgataacatttttcattagtaaaaagggtgagctttatgactttggttcttctccaagtacat 33587358  T
Q  488 tttgaagataaaatgtaaaactaatgtatagcatcatgattaaaatgcaattagactttgtccaaaacctatttagatttgtactactataatagtttta 587  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  33587357 tttgaagataaaatgtaaaattaatgtatagcatcatgattaaaatgcaattagactttgtccaaaacctatttagatttgttctactataatagtttta 33587258  T
Q  588 aatttgatgattaagcttgtgcaattatgttaatttctttaatgattttgacattttataggtacaannnnnnnnagaattttctacagaaacaaacacc 687  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||    
T  33587257 aattggatgattaagcttgtgcaattatgttaatttctttaatgattttgacattttataggtacaa-tttttttagaattttctacagaaacaaacacc 33587159  T
Q  688 ttgctgagtctgagtttaattctcgagttatatgatcaaatcattcaatttttgagcaaagattgatgtagcagaatacaagatactttagaaagcaaaa 787  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33587158 ttgctgagtc-gagtttaattctcgagttatatgatcaaatcattcaatttttgagcaatgattgatgtagcagaatacaagatactttagaaagcaaaa 33587060  T
Q  788 aacatggtctaattggatacctttataatgnnnnnnnnnnnnggaagaaaacctgaaatcccaatgtcatatcc-aaaatgagtccactagatgcagcaa 886  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33587059 aacatggtctaattggata-ctttataatgaaaaaacaaaaaggaagaaaacctgaaatcccaatgtcatatccaaaaatgagtccactagatgcagcaa 33586961  T
Q  887 cgatacaagtaatgataactgagagtgttatctttccatc-aagccattggaaggtgcatcaatggc-aaccccccacctgccattt 971  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  33586960 cgatacaagtaatgataaccgagagtgttatatttccgtcgaagccattcgaaggtgcatcaatggcaaatcccccacctgccattt 33586874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 92 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 33608530 - 33608200
Alignment:
Q  92 acttacttgactagtgaaaccgaccccaaaaccaagaagaatgcgaccaaggatgagcatagcagtattttcagaacctccattaatagcagcaccagca 191  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||| || |||| ||  ||||| |  |||||||| | | ||||||| ||||| |||||||||||| |||| |||    
T  33608530 acttacttgattagtgaaaccaaccccaaacccgagaaaaacacgacccaaaatgagcatgggaatattttccgaaccaccattaatagcaccaccggca 33608431  T
Q  192 agaaagatggaaccacccaacataatggtgtttttccgaccgatagct-gcagtgactttgctagcgacaagagctgacactaacgcagctagatataga 290  Q
    | |||||  | |||||| |  || |||  |||| | ||||| ||| |  || || |||||||||||  |||| | |||||||||  |||||||||| |||    
T  33608430 ataaagagagcaccacctattatgatgacgtttcttcgacc-ataccacgcggtaactttgctagctgcaagggatgacactaatccagctagataaaga 33608332  T
Q  291 gaagacgtaaataatgttaacatttgactgtcatacacacagtacatgtttacttcagtaccagctgcccttcttagaatatctgggaagaatttattga 390  Q
    ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||| |||||||||| | |||||||||||||| |||||||| |  |    
T  33608331 gaagacgtaaataatgtcaatgtttgactatcatacacacaatacatattcacttcagcaccagctgccttccttagaatatctggaaagaatttttgaa 33608232  T
Q  391 gaaacggcaccattgttgtaacacctcctgaa 422  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  33608231 gaaacggcaccatcgttgtgacacctcctgaa 33608200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 92 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 33626811 - 33626481
Alignment:
Q  92 acttacttgactagtgaaaccgaccccaaaaccaagaagaatgcgaccaaggatgagcatagcagtattttcagaacctccattaatagcagcaccagca 191  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||  ||||| | ||| |||||||   |||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||    
T  33626811 acttacttgattagtgaaaccgacccccaacccaagaagaacacgacccaagataagcatagagatattttcagaacctccgttaattgcaccaccagca 33626712  T
Q  192 agaaagatggaaccacccaacataatggtgtttttccgaccgatagctgcagtgactttgctagcgacaagagctgacactaacgcagctagatatagag 291  Q
    || ||||    ||||||||  || |||  |||| ||||||| |     |  ||  |||||||||| ||||| |  ||||  ||  |||||||||| ||||    
T  33626711 aggaagacaataccacccattatgatgacgtttctccgaccaaacatcgttgtagctttgctagctacaagtgacgacataaatccagctagataaagag 33626612  T
Q  292 aagacgtaaataatgttaacatttgactgtcatacacacagtacatgtttacttcagtaccagctgcccttcttagaatatctgggaagaatttattgag 391  Q
    ||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| || ||    
T  33626611 aagacgtgaataatgtcaatatttgactatcatacacacagtacatgttcaccttagtaccaactgcctttcttagaatgtctgggaagaattttttaag 33626512  T
Q  392 aaacggcaccattgttgtaacacctcctgaa 422  Q
    ||| |||  ||| ||||| ||||||||||||    
T  33626511 aaatggcttcatagttgtgacacctcctgaa 33626481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 92 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 33616314 - 33615984
Alignment:
Q  92 acttacttgactagtgaaaccgaccccaaaaccaagaagaatgcgaccaaggatgagcatagcagtattttcagaacctccattaatagcagcaccagca 191  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||  ||||| |  |||||||| |   ||||||| ||||| |||||||| ||  |||| |||    
T  33616314 acttacttgattagtgaaaccaaccccaaacccaagaagaacacgacccaaaatgagcatggggatattttccgaaccaccattaatggcgccaccggca 33616215  T
Q  192 agaaagatggaaccacccaacataatggtgtttttccgaccgatagctgcagtgactttgctagcgacaagagctgacactaacgcagctagatatagag 291  Q
    |  ||||  | ||| || |  || |||  |||| |||||||   ||| || ||||||||||||||  |||  | |||||||||  |||||||||| ||||    
T  33616214 atgaagagagcacctcctattatgatgacgtttctccgaccataagccgccgtgactttgctagctgcaatggatgacactaatccagctagataaagag 33616115  T
Q  292 aagacgtaaataatgttaacatttgactgtcatacacacagtacatgtttacttcagtaccagctgcccttcttagaatatctgggaagaatttattgag 391  Q
    |||||||||||| ||| || |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| | ||  |||||| |||| ||||| ||||| |||||||| | |||    
T  33616114 aagacgtaaatagtgtcaatatttgactatcatacacacaatacatattcacttcggcactggctgcctttctcagaatgtctggaaagaatttttggag 33616015  T
Q  392 aaacggcaccattgttgtaacacctcctgaa 422  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  33616014 aaatggcaccatcgttgtaacacctcctgaa 33615984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 835 - 920
Target Start/End: Complemental strand, 33561780 - 33561694
Alignment:
Q  835 aaaacctgaaatcccaatgtcatatccaaaa-tgagtccactagatgcagcaacgatacaagtaatgataactgagagtgttatctt 920  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  33561780 aaaacctgaaattccaaggtcatatccaaaaatgagtccactagatgctgcaacaatgcaagtgatgacaactgagagtgttatctt 33561694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 92 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 33621690 - 33621388
Alignment:
Q  92 acttacttgactagtgaaaccgaccccaaaaccaagaagaatgcgaccaaggatgagcatagcagtattttcagaacctccattaatagcagcaccagca 191  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||   ||||||| ||| ||||||    |||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||    
T  33621690 acttacttgattagtgaaaccgacccccaacccaagaagagcacgaccaaagataagcatatggatattttcagaacctccgttaatggcaccaccagca 33621591  T
Q  192 agaaagatggaaccacccaacataatggtgtttttccgaccgatagctgcagtgactttgctagcgacaagagctgacactaacgcagctagatatagag 291  Q
    || ||||    |||||| |  || |||  |||| ||||||| |     |  ||  |||||||||| || || |  ||||| ||  |||||||||| || |    
T  33621590 aggaagacaataccaccaattatgatgacgtttctccgaccaaacatcgtcgtagctttgctagccacgagtgacgacacaaatccagctagataaagtg 33621491  T
Q  292 aagacgtaaataatgttaacatttgactgtcatacacacagtacatgtttacttcagtaccagctgcccttcttagaatatctgggaagaatttattgag 391  Q
    |||| || |||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||| || | ||||||||||||  |||| ||||| | |||||| ||||| || ||    
T  33621490 aagatgtgaataatgtcaatatttgactatcatacacacaatacatgttcaccttagtaccagctgcatttctaagaatgtatgggaataattttttaag 33621391  T
Q  392 aaa 394  Q
    |||    
T  33621390 aaa 33621388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 270 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 33562111 - 33562050
Alignment:
Q  270 actaacgcagctagatatagagaagacgtaaataatgttaacatttgactgtcatacacaca 331  Q
    |||||| |||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33562111 actaacccagctagatacagtgaggacgtgaataatgttaacatttgactatcatacacaca 33562050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 96 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 33562285 - 33562157
Alignment:
Q  96 acttgactagtgaaaccgaccccaaaaccaagaagaatgcgaccaaggatgagcatagcagtattttcagaacctccattaatagcagcaccagcaagaa 195  Q
    |||||| |||||||||| |  ||||| || ||||| || |||||||  |||||||||| | |||||| || ||||||| |||| |||  |||  ||||||    
T  33562285 acttgattagtgaaaccaattccaaagccgagaagtattcgaccaataatgagcatagtaatattttgagcacctccagtaatggcactacccacaagaa 33562186  T
Q  196 agatggaaccacccaacataatggtgttt 224  Q
    |||||  ||| |||||||| |||||||||    
T  33562185 agatgataccccccaacatgatggtgttt 33562157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 837 - 916
Target Start/End: Complemental strand, 33608078 - 33607998
Alignment:
Q  837 aacctgaaatcccaatgtcatatccaaaatg-agtccactagatgcagcaacgatacaagtaatgataactgagagtgtta 916  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| | || ||||| || ||||||||||| || |||||||| | ||| |||||||    
T  33608078 aacctgaaattccaatgtcatatccaaaaagaagaccactggaagcagcaacgatgcatgtaatgatgattgaaagtgtta 33607998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University