View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF3039_high_1 (Length: 929)
Name: NF3039_high_1
Description: NF3039
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3039_high_1 |
 | |
|
| [»] scaffold0697 (4 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 732; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 732; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 776
Target Start/End: Original strand, 10639177 - 10639952
Alignment:
| Q |
1 |
tggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatagaacaaggaagggtg |
100 |
Q |
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| T |
10639177 |
tggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatagaacaaggaagggtg |
10639276 |
T |
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| Q |
101 |
agatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggaacagctgctaactctagagtccttag |
200 |
Q |
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|
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| T |
10639277 |
agatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactctagagtccttag |
10639376 |
T |
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| Q |
201 |
agatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatattttatggatttta |
300 |
Q |
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| T |
10639377 |
agatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatagtttatgggtttta |
10639476 |
T |
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| Q |
301 |
acttcaggtttatttatgatagggtattattatttatgtgatgctggatacatgaatggagaaggatttcttactccttatagaggtcaaaggtatcacc |
400 |
Q |
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| T |
10639477 |
acttcagttttatttatgatagggtattattatttatgtgatgctggatacatgaatggagaaggatttcttactccttatagaggtcaaaggtatcacc |
10639576 |
T |
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| Q |
401 |
ttagtgagtggaggaatggattacaaccatctacccctaaagaatttttcaatatgaaacattcttcagctaggaatgtaatagaaagatgttttagact |
500 |
Q |
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| T |
10639577 |
ttagtgagtggaggaatggattacaaccatctacccctaaagaatttttcaatatgaaacattcttcagctaggaatgtaatagaaagatgttttggact |
10639676 |
T |
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| Q |
501 |
tttgaaaggacgttgggctatattgagagagaagtcattttatcctgtaaaaactcaaggaagaataatagcagcttgttgtcttctacataatcatatt |
600 |
Q |
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|
| T |
10639677 |
tttgaaaggacgttgggctatattgagagagaagtcattttatcctgtaaaaactcaaggaagaataatagcagcttgttgtcttctacataatcatatt |
10639776 |
T |
|
| Q |
601 |
cgcaaagaaatgacattagatactttggaattgaatttaatagctgatgagttctctgatgaagtcatgtccggtgacatgataactacggtggagccaa |
700 |
Q |
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| T |
10639777 |
cgcaaagaaatgacattggatcctttggaattgaatttaggagatgatgagttctctgatgaagtcatgtccggtgacatgataactacggtggagccaa |
10639876 |
T |
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| Q |
701 |
gtacgacatggagtcaatggagagatagtttttcattagatatatttaataggtggagaggtggaaatcattgaaa |
776 |
Q |
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| T |
10639877 |
gtacgacatggagtcaatggagagatagtttttcattagatatatttaataggtggagaggtggaaatcattgaaa |
10639952 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 712; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 776
Target Start/End: Complemental strand, 32716434 - 32715659
Alignment:
| Q |
1 |
tggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatagaacaaggaagggtg |
100 |
Q |
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|
|
| T |
32716434 |
tggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatagaacaaggaagggtg |
32716335 |
T |
|
| Q |
101 |
agatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggaacagctgctaactctagagtccttag |
200 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
32716334 |
agatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatttatgttttacctggttgggagggatcagctgctgactctagagtccttag |
32716235 |
T |
|
| Q |
201 |
agatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatattttatggatttta |
300 |
Q |
| |
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|
|
| T |
32716234 |
agatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatacgtcttgcatagtttatgggtttta |
32716135 |
T |
|
| Q |
301 |
acttcaggtttatttatgatagggtattattatttatgtgatgctggatacatgaatggagaaggatttcttactccttatagaggtcaaaggtatcacc |
400 |
Q |
| |
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|
|
| T |
32716134 |
acttcagttttatttatgatagggtattattatttatgtgatgctggatacatgaatggagaaggatttcttactccttatagaggtcaaaggtatcacc |
32716035 |
T |
|
| Q |
401 |
ttagtgagtggaggaatggattacaaccatctacccctaaagaatttttcaatatgaaacattcttcagctaggaatgtaatagaaagatgttttagact |
500 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
32716034 |
ttagtgagtggaggaatggattacaaccatctacccctaaagaatttttcaatatgaaacattcttcagctaggaatgtaatagaaagatgttttggact |
32715935 |
T |
|
| Q |
501 |
tttgaaaggacgttgggctatattgagagagaagtcattttatcctgtaaaaactcaaggaagaataatagcagcttgttgtcttctacataatcatatt |
600 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32715934 |
tttgaaaggacgttgggctatattgagagagaaatcattttatcctgtaaaaactcaaggaagaataatagcagcttgttgtcttctacataatcatatt |
32715835 |
T |
|
| Q |
601 |
cgcaaagaaatgacattagatactttggaattgaatttaatagctgatgagttctctgatgaagtcatgtccggtgacatgataactacggtggagccaa |
700 |
Q |
| |
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||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32715834 |
cgcaaggaaatgacattggatcctttggaattgaatttaggagatgatgagttctctgatgaagtcatgtccggtgacatgataactacggtggagccaa |
32715735 |
T |
|
| Q |
701 |
gtacgacatggagtcaatggagagatagtttttcattagatatatttaataggtggagaggtggaaatcattgaaa |
776 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32715734 |
gtacgacatggagtcaatggagagatagtttttcattagatatatttaataggtggagaggtggaaatcattgaaa |
32715659 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 850 - 912
Target Start/End: Original strand, 10640026 - 10640088
Alignment:
| Q |
850 |
aaaagttttattaatcaaatctgtttctttttatgagtttttatttgtaaaatatgtacttgt |
912 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10640026 |
aaaagttttattaatcaaatctgtttctttttatgagtttttatttgtaaaatatgtacttgt |
10640088 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 850 - 912
Target Start/End: Complemental strand, 32715585 - 32715523
Alignment:
| Q |
850 |
aaaagttttattaatcaaatctgtttctttttatgagtttttatttgtaaaatatgtacttgt |
912 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32715585 |
aaaagttttattaatcaaatctgtttctttttatgagtttttatttgtaaaatatgtacttgt |
32715523 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 720; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 720; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 776
Target Start/End: Original strand, 26662978 - 26663753
Alignment:
| Q |
1 |
tggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatagaacaaggaagggtg |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26662978 |
tggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgctggaagctgacaaaagtagatatagaacaaggaagggtg |
26663077 |
T |
|
| Q |
101 |
agatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggaacagctgctaactctagagtccttag |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
26663078 |
agatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactctagagtccttag |
26663177 |
T |
|
| Q |
201 |
agatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatattttatggatttta |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
26663178 |
agatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatagtttatggatttta |
26663277 |
T |
|
| Q |
301 |
acttcaggtttatttatgatagggtattattatttatgtgatgctggatacatgaatggagaaggatttcttactccttatagaggtcaaaggtatcacc |
400 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26663278 |
acttcaggtttatttatgatagggtattattatttatgtgatgctggatacatgaatggagaaggatttcttactccttatagaggtcaaaggtatcacc |
26663377 |
T |
|
| Q |
401 |
ttagtgagtggaggaatggattacaaccatctacccctaaagaatttttcaatatgaaacattcttcagctaggaatgtaatagaaagatgttttagact |
500 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
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|
| T |
26663378 |
ttagtgagtagaggaatggattacaagcatctacccctaaagaatttttcaatatgaaacattcttcagctaggaatgtaatagaaagatgttttggact |
26663477 |
T |
|
| Q |
501 |
tttgaaaggacgttgggctatattgagagagaagtcattttatcctgtaaaaactcaaggaagaataatagcagcttgttgtcttctacataatcatatt |
600 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26663478 |
tttgaaaggatgttgggctatattgagagagaagtcattttatcctgtaaaaactcaaggaagaataatagcagcttgttgtcttctacataatcatatt |
26663577 |
T |
|
| Q |
601 |
cgcaaagaaatgacattagatactttggaattgaatttaatagctgatgagttctctgatgaagtcatgtccggtgacatgataactacggtggagccaa |
700 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
26663578 |
cgcaaagaaatgacattggatcctttggaattgaatttaggagatgatgagttctctgatgaagtcatgtccggtgacatgataactacggtggagccaa |
26663677 |
T |
|
| Q |
701 |
gtacgacatggagtcaatggagagatagtttttcattagatatatttaataggtggagaggtggaaatcattgaaa |
776 |
Q |
| |
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||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26663678 |
gtacgacgtggagtcaatggagagatagtttttcattagatatatttaataggtggagaggtggaaatcattgaaa |
26663753 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 850 - 912
Target Start/End: Original strand, 26663828 - 26663890
Alignment:
| Q |
850 |
aaaagttttattaatcaaatctgtttctttttatgagtttttatttgtaaaatatgtacttgt |
912 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26663828 |
aaaagttttattaatcaaatctgtttctttttatgagtttttatttgtaaaatatgtacttgt |
26663890 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 720; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 720; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 776
Target Start/End: Original strand, 22903237 - 22904012
Alignment:
| Q |
1 |
tggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatagaacaaggaagggtg |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22903237 |
tggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatagaacaaggaagggtg |
22903336 |
T |
|
| Q |
101 |
agatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggaacagctgctaactctagagtccttag |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
22903337 |
agatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactctagagtccttag |
22903436 |
T |
|
| Q |
201 |
agatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatattttatggatttta |
300 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||| |
|
|
| T |
22903437 |
agatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatacgtcttgcatagtttatgggtttta |
22903536 |
T |
|
| Q |
301 |
acttcaggtttatttatgatagggtattattatttatgtgatgctggatacatgaatggagaaggatttcttactccttatagaggtcaaaggtatcacc |
400 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22903537 |
acttcagttttatttatgatagggtattattatttatgtgatgctggatacatgaatggagaaggatttcttactccttatagaggtcaaaggtatcacc |
22903636 |
T |
|
| Q |
401 |
ttagtgagtggaggaatggattacaaccatctacccctaaagaatttttcaatatgaaacattcttcagctaggaatgtaatagaaagatgttttagact |
500 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
22903637 |
ttagtgagtggaggaatggattacaaccatctacccctaaagaatttttcaatatgaaacattcttcagctaggaatgtaatagaaagatgttttggact |
22903736 |
T |
|
| Q |
501 |
tttgaaaggacgttgggctatattgagagagaagtcattttatcctgtaaaaactcaaggaagaataatagcagcttgttgtcttctacataatcatatt |
600 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22903737 |
tttgaaaggacgttgggctatattgagagagaagtcattttatcctgtaaaaactcaaggaagaataatagcagcttgttgtcttctacataatcatatt |
22903836 |
T |
|
| Q |
601 |
cgcaaagaaatgacattagatactttggaattgaatttaatagctgatgagttctctgatgaagtcatgtccggtgacatgataactacggtggagccaa |
700 |
Q |
| |
|
||||| |||||| |||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22903837 |
cgcaaggaaatggcattggatcctttggaattgaatttaggagatgatgagttctctgatgaagtcatgtccggtgacatgataactacggtggagccaa |
22903936 |
T |
|
| Q |
701 |
gtacgacatggagtcaatggagagatagtttttcattagatatatttaataggtggagaggtggaaatcattgaaa |
776 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22903937 |
gtacgacatggagtcaatggagagatagtttttcattagatatatttaataggtggagaggtggaaatcattgaaa |
22904012 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 850 - 912
Target Start/End: Original strand, 22904085 - 22904147
Alignment:
| Q |
850 |
aaaagttttattaatcaaatctgtttctttttatgagtttttatttgtaaaatatgtacttgt |
912 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22904085 |
aaaagttttattaatcaaatctgtttctttttatgagtttttatttgtaaaatatgtacttgt |
22904147 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 660; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 660; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 776
Target Start/End: Complemental strand, 5670563 - 5669788
Alignment:
| Q |
1 |
tggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatagaacaaggaagggtg |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
5670563 |
tggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatataggacaaggaagggtg |
5670464 |
T |
|
| Q |
101 |
agatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggaacagctgctaactctagagtccttag |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
5670463 |
agatagctacaaatatgttaggtatatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactctagagtccttag |
5670364 |
T |
|
| Q |
201 |
agatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatattttatggatttta |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| |
|
|
| T |
5670363 |
agatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaaacatgtcttgcatagtttatagatttta |
5670264 |
T |
|
| Q |
301 |
acttcaggtttatttatgatagggtattattatttatgtgatgctggatacatgaatggagaaggatttcttactccttatagaggtcaaaggtatcacc |
400 |
Q |
| |
|
||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5670263 |
actattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatgctggatacatgaatggagaaggatttcttactccttatagaggtcaaaggtatcacc |
5670164 |
T |
|
| Q |
401 |
ttagtgagtggaggaatggattacaaccatctacccctaaagaatttttcaatatgaaacattcttcagctaggaatgtaatagaaagatgttttagact |
500 |
Q |
| |
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|
| T |
5670163 |
ttagtgagtggaggaatggattacaaccatctacccctaaagaatttttcaatatgaaacattcttcagctaggaatgtaatagaaagatgttttggact |
5670064 |
T |
|
| Q |
501 |
tttgaaaggacgttgggctatattgagagagaagtcattttatcctgtaaaaactcaaggaagaataatagcagcttgttgtcttctacataatcatatt |
600 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
5670063 |
tttgaaaggacgttgggctatattgagagagaagtcattttatcctgtaaaaactcaaggaagaataatagcagcttgttgtcttttacataatcatatt |
5669964 |
T |
|
| Q |
601 |
cgcaaagaaatgacattagatactttggaattgaatttaatagctgatgagttctctgatgaagtcatgtccggtgacatgataactacggtggagccaa |
700 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
5669963 |
cgcaaagaaatgacattggatcctttggaattgaatttaggagatgatgagttctctaatgaagtcatgtccggtgacatgataactattgtggagccaa |
5669864 |
T |
|
| Q |
701 |
gtacgacatggagtcaatggagagatagtttttcattagatatatttaataggtggagaggtggaaatcattgaaa |
776 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
5669863 |
gtacgacatggagtcaatggagagatagtttttcattagatatatttaataggtggagaggtgaaaatcattgaaa |
5669788 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 850 - 912
Target Start/End: Complemental strand, 5669714 - 5669652
Alignment:
| Q |
850 |
aaaagttttattaatcaaatctgtttctttttatgagtttttatttgtaaaatatgtacttgt |
912 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
5669714 |
aaaagttttattaatcaaatctgtttctttttatgatcttttatttgtaaaatatgtaattgt |
5669652 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 652; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 652; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 776
Target Start/End: Complemental strand, 13341030 - 13340255
Alignment:
| Q |
1 |
tggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatagaacaaggaagggtg |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
13341030 |
tggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatataggacaaggaagggtg |
13340931 |
T |
|
| Q |
101 |
agatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggaacagctgctaactctagagtccttag |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
13340930 |
agatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactctagagtccttag |
13340831 |
T |
|
| Q |
201 |
agatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatattttatggatttta |
300 |
Q |
| |
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|
|
| T |
13340830 |
agatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaaacatgtcttgcatagtttatagatttta |
13340731 |
T |
|
| Q |
301 |
acttcaggtttatttatgatagggtattattatttatgtgatgctggatacatgaatggagaaggatttcttactccttatagaggtcaaaggtatcacc |
400 |
Q |
| |
|
||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
13340730 |
actattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatgctggatacatgaatggagaaggatttcttactccttatagaggtcaaaggtatcatc |
13340631 |
T |
|
| Q |
401 |
ttagtgagtggaggaatggattacaaccatctacccctaaagaatttttcaatatgaaacattcttcagctaggaatgtaatagaaagatgttttagact |
500 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
13340630 |
ttagtgagtggaggaatggattacaaccatctacccctaaagaatttttcaatatgaaacattcttcagctaggaatgtaatagaaagatgttttggact |
13340531 |
T |
|
| Q |
501 |
tttgaaaggacgttgggctatattgagagagaagtcattttatcctgtaaaaactcaaggaagaataatagcagcttgttgtcttctacataatcatatt |
600 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
13340530 |
tttgaatggacgttgggctatatttagagagaattcattttatcctgtaaaaactcaaggaagaataatagcagcttgttgtcttttacataatcatatt |
13340431 |
T |
|
| Q |
601 |
cgcaaagaaatgacattagatactttggaattgaatttaatagctgatgagttctctgatgaagtcatgtccggtgacatgataactacggtggagccaa |
700 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
13340430 |
cgcaaagaaatgacattggatcctttggaattgaatttaggagatgatgagttctctaatgaagtcatgtccggtgacatgataactattgtggagccaa |
13340331 |
T |
|
| Q |
701 |
gtacgacatggagtcaatggagagatagtttttcattagatatatttaataggtggagaggtggaaatcattgaaa |
776 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
13340330 |
gtacgacatggagtcaatggagagatagtttttcattagatatatttaataggtggagaggtgaaaatcattgaaa |
13340255 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 13330115 - 13330030
Alignment:
| Q |
1 |
tggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatag |
86 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13330115 |
tggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatatag |
13330030 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 850 - 912
Target Start/End: Complemental strand, 13340179 - 13340117
Alignment:
| Q |
850 |
aaaagttttattaatcaaatctgtttctttttatgagtttttatttgtaaaatatgtacttgt |
912 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
13340179 |
aaaagttttattaatcaaatctgtttctttttatgatcttttatttgtaaaatatgtaattgt |
13340117 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0697 (Bit Score: 376; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: scaffold0697
Description:
Target: scaffold0697; HSP #1
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 187 - 637
Target Start/End: Complemental strand, 5529 - 5083
Alignment:
| Q |
187 |
tctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcata |
286 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5529 |
tctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaagatacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcata |
5430 |
T |
|
| Q |
287 |
ttttatggatttt-aacttcaggtttatttatgatagggtattattatttatgtgatgctggatacatgaatggagaaggatttcttactccttatagag |
385 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5429 |
gtttatggatttttaacttcaggtttatttatgacagggtattattatttatgtgatgctggatacatgaatggagaaggatttcttactccttatagag |
5330 |
T |
|
| Q |
386 |
gtcaaaggtatcaccttagtgagtggaggaatggattacaaccatctacccctaaagaatttttcaatatgaaacattcttcagctaggaatgtaataga |
485 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
5329 |
gtcaaaggtatcaccttagtgagtggaagaatggattacaaccatctacccctaaagaatttttcaatatgaaacattcttcagctaggaacgtaataga |
5230 |
T |
|
| Q |
486 |
aagatgttttagacttttgaaaggacgttgggctatattgagagagaagtcattttatcctgtaaaaactcaaggaagaataatagcagcttgttgtctt |
585 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
5229 |
aagatgttttggacttttgaaagga-----agctatattgagagagaagtcattttatcttgtaaaaactcaaggaagaataatagcggcttgttgtctt |
5135 |
T |
|
| Q |
586 |
ctacataatcatattcgcaaagaaatgacattagatactttggaattgaatt |
637 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| |
|
|
| T |
5134 |
ctacataatcatattcgcaaagaaatgacattggatcctttggaatggaatt |
5083 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0697; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 5667 - 5529
Alignment:
| Q |
1 |
tggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatagaacaaggaagggtg |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5667 |
tggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcattgtgccagaagctgacaaaagtagatatagaacaaggaagggtg |
5568 |
T |
|
| Q |
101 |
agatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatt |
139 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
5567 |
agatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcactagatt |
5529 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0697; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 702 - 776
Target Start/End: Complemental strand, 5077 - 5003
Alignment:
| Q |
702 |
tacgacatggagtcaatggagagatagtttttcattagatatatttaataggtggagaggtggaaatcattgaaa |
776 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5077 |
tacgacatggagtcaatggagagatagtttttcattagatatatttaataggtggagaggtggaaatcattgaaa |
5003 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0697; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 850 - 912
Target Start/End: Complemental strand, 4928 - 4866
Alignment:
| Q |
850 |
aaaagttttattaatcaaatctgtttctttttatgagtttttatttgtaaaatatgtacttgt |
912 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4928 |
aaaagttttattaatcaaatctgtttctttttatgagtttttttttgtaaaatatgtacttgt |
4866 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 767
Target Start/End: Original strand, 34149051 - 34149803
Alignment:
| Q |
16 |
aattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatagaacaaggaagggtgagatagctacaaatg |
115 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | |
|
|
| T |
34149051 |
aattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgcccgaagctgacaaaactagattcagaacaaggaagggtgagatagcaacaaacg |
34149150 |
T |
|
| Q |
116 |
tgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggaacagctgctaactctagagtccttagagatgctatttctcg |
215 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||| ||||| || |||||||| | ||||||||||| ||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
34149151 |
tgttgggtgtatgctcaccagatatgcaatttatatatgtgttgcctgggtgggaaggttcagctgctgattctagagtcctcagaaatgctatttctcg |
34149250 |
T |
|
| Q |
216 |
accaaatggtttaaaggttcctcaaggtaca-atagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatattttatggattttaacttcaggtttatt |
314 |
Q |
| |
|
| ||||||| |||| |||||||||||||| | | | ||||||| || | || ||| || ||||||| ||||||| ||| ||| || | |||||| |
|
|
| T |
34149251 |
aacaaatgggttaagggttcctcaaggtatacacaacataaattcatgttaatatagaacatgtcttacatatttataggaaaataattttaattttatt |
34149350 |
T |
|
| Q |
315 |
tatgatagggtattattatttatgtgatgctggatacatgaatggagaaggatttcttactccttatagaggtcaaaggtatcaccttagtgagtggagg |
414 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
34149351 |
tgtgatagggtattattatttatgtgatgctggctatatgaatggagaaggttttcttactccttatagaggtcaaaggtatcacctcagtgagtggagg |
34149450 |
T |
|
| Q |
415 |
aatggattacaaccatctacccctaaagaatttttcaatatgaaacattcttcagctaggaatgtaatagaaagatgttttagacttttgaaaggacgtt |
514 |
Q |
| |
|
||||| |||||||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
34149451 |
aatggcttacaaccggctacacctaaagagttttttaatatgaaacattcatcagctagaaatgtaatagaaagatgttttggactgttgaaaggacgtt |
34149550 |
T |
|
| Q |
515 |
gggctatattgagagagaagtcattttatcctgtaaaaactcaaggaagaataatagcagcttgttgtcttctacataatcatattcgcaaagaaatgac |
614 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| || |||||| | ||||||||| |||||| ||| | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | |
|
|
| T |
34149551 |
gggctatattgagagagaagtctttctatcctctgaaaactcaaataagaattataaccgcttgttgtcttctacataaccatattcggaaagaaatggc |
34149650 |
T |
|
| Q |
615 |
attagatactttggaattgaatttaatagctgatgagttctctgatgaagtcatgtccggtgacatgataactacggtggagccaagtacgacatggagt |
714 |
Q |
| |
|
| ||| |||||||| | ||||| || || ||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
34149651 |
acgagaccctttggaaagggatttaggagatgttgagtcctctaatgagttcatgtccggtgacatgataacggttgtggagccaagtaatgcatggagt |
34149750 |
T |
|
| Q |
715 |
caatggagagatagtttttcattagatatatttaataggtggagaggtggaaa |
767 |
Q |
| |
|
|| |||||||||| ||| |||| || | |||||||| |||||||| ||||| |
|
|
| T |
34149751 |
cagtggagagataatttagcattggaaaactttaatagatggagagggggaaa |
34149803 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 53; Significance: 6e-21; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 16 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 48943486 - 48943430
Alignment:
| Q |
16 |
aattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgac |
72 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
48943486 |
aattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgcccgaagctgac |
48943430 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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