View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3040R-Insertion-16 (Length: 775)

Name: NF3040R-Insertion-16
Description: NF3040R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3040R-Insertion-16
NF3040R-Insertion-16
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (9-768)||(51688869-51689641)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 655; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 655; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 768
Target Start/End: Complemental strand, 51689641 - 51688869
Alignment:
Q  9 tcctctgtaccgttgcatattttccgatcacctcactccggttcttgcttatcggtgtttggttaaagaagatgaaagagatgctcctagctttctcttt 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51689641 tcctctgtaccgttgcatattttccgatcacctcactccggttcttgcttatcggtgtttggttaaagaagatgaaagagatgctcctagctttctcttt 51689542  T
Q  109 gaatctgctgaacccggtcttcacatttctagcaccgtaagttacttcaattctatgaagcacaaacaccaggcaca-----------ttgacaccggac 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||           ||||||||||||    
T  51689541 gaatctgctgaacccggtcttcacatttctagcaccgtaagttacttcaattctatgaagcacaaacaccagacacaatactgacacattgacaccggac 51689442  T
Q  198 atgaaataattggatgtaatcacgtgtgttcgatcgtatggacacgcgtgagaagcttcaatcgtaagtgtcggtgctaacgtcattgtttatcctctct 297  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51689441 atgaaataattgaatgtaatcacgtgtgttccttcgtatggacacgcgtgagaagcttcaatcataagtgtcggtgctaacgtcattgtttatcctctct 51689342  T
Q  298 gtttttt--gcgttctttggnnnnnnngattggttgtgaaaatgtgatgtgtttggttgttggattgtggtagggaaggtatagtgtggtgggagcacaa 395  Q
    |||||||  |||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51689341 gttttttttgcgttctttggtttttttgattggttgtgaaaatgtgatgtgtttggttgttggattgtggtagggaaggtatagtgtggtgggagcacaa 51689242  T
Q  396 ccgtgtatggaaattgcggcaaaagagaatatggttactataatggaccacgaggaagggcgtaagacggaggaaattgcgttggatcctttggtcattc 495  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51689241 ccgtgtatggaaattgtggcaaaagagaatatggttactataatggaccacgaggaagggcgtaagacggaggaaattgcgttggatcctttggtcattc 51689142  T
Q  496 ctcgtaggattatggagaagcggacgccccaactcattgatgaccttcctgaagctttttgtggtatttgaattgtacttataatcggtatttatttatt 595  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51689141 ctcgtaggattatggagaagtggacgcctcaactcattgatgaccttcctgaagctttttgtggtatttgaattgtacttataatcggtatttatttatt 51689042  T
Q  596 gtgttgtataattttactatgctttgatgtttctgtttgttgtatatgtgtgatattcatgtcttaaattaaagttggggtcttttatgttgtaccagta 695  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  51689041 gtgttgtataattttactatgctttgatgtttctgtttgttgtatatgtgtgatattcatgtcttaaattaaagttgggggtttttatgttgtaccagta 51688942  T
Q  696 cttaaaaagcacccaagactctaatgatgatcaatgacgccactcaaaagcagaagctcgcagtcctcttgtt 768  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  51688941 cttaaaaagcacccaaaactctaatgatgatcaatgacgccactcaaaagcagaagctcgcagtccttttgtt 51688869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University