View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3040R-Insertion-18 (Length: 1030)

Name: NF3040R-Insertion-18
Description: NF3040R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3040R-Insertion-18
NF3040R-Insertion-18
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-1003)||(7037334-7038338)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 896; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 896; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1003
Target Start/End: Original strand, 7037334 - 7038338
Alignment:
Q  8 aatttgaaacttgtgaacaaactcaactccacagatctcctcatcaacatatgaaatccttcagcaactatgagaaacaaaaacggcaacaaaggatcac 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7037334 aatttgaaacttgtgaacaaactcaactccacagatctcctcatcaacatatgaaatccttcagcaactatgagaaacaaaaacggcaacaaaggatcac 7037433  T
Q  108 cttgtctcaatcgaagacccatttcaaattccttagtggggcttccattcgccaatatggaaattgacgttgtcttcaagcattttaagatccatttcct 207  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7037434 cttgtctcaatcgaagacccgtttcaaattccttaatggggcttccattcgccaatatggaaattgacgttgtcttcaagcattttaagatccatttcct 7037533  T
Q  208 tcatgtttcatgaaaccccatttcaacatgacaaagtcaggaaatttcaatcaactaagtcatacgccttttcgaagtctactttaaacatgagcacttc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7037534 tcatgtttcatgaaaccccatttcaacatgacaaagtcaggaaatttcaatcaactaagtcatacgccttttcgaagtctactttaaacatgagcacttc 7037633  T
Q  308 ttttttctacctttttgcctcatccataatttctttagctataaggatcctatccaaaaatattctaccgaatatgaaagccaactgtgtctctgatatg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7037634 ttttttctacctttttgcctcatccataatttctttagctataaggatcctatccaaaaatattctaccgaatatgaaagccaactgtgtctctgatatg 7037733  T
Q  408 actgtaccgggtaccttttctaatatattagccaacacttttgctaaaaccttgtagatacacacaatcaaggatataggcctgaagtccaacatatacc 507  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7037734 actgtaccggttaccttttctaatatattagccaacacttttgctaaaaccttgtagatacacacaatcaaggatataggcctgaagtccaacatatacc 7037833  T
Q  508 ctggatttttctttaggattaagacaatgaaagaacaattcacccctttaactatccgaccatttgcatgaaatttggtcataactctcatgaaatcagt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7037834 ctggatttttctttaggattaagacaatgaaagaacaattcacccctttaactatccgaccatttgcatgaaatttggtcataactctcatgaaatcagt 7037933  T
Q  608 tttgacatcttcccaaaattctttcacaagccaaaattcacaccatccgggcttggacttttagaactatcgcactgccaaattaccttgcgaaattttg 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7037934 tttgacatcttcccaaaattctttcacaagccaaaattcacaccatccgggcttggacttttagaactatcgcactgccaaattaccttgcgaaattttg 7038033  T
Q  708 cttatgaaaattcccgcactaactccatcatgtcttcactattaattctttttaagtttatgttagtcgggataagtctgttacccctggctgagaagtg 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7038034 cttatgaaaattcccgcactaactccatcatgtcttcactattaattctttttaagtttatgttagtcgggataagtctgttacccctggctgagaagtg 7038133  T
Q  808 tcactgaaaatgatcaacgatggctttctttatgtcgtccgcttcattcaaccttctgccattccactccaaagtaagaatttcatg-tcttttc-tctc 905  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  7038134 tcactgaaaatgatcaacgatggctttctttatgtcgtccgcttcattcaaccttctgccattccactccaaagtaagaatttcatgttcttttcttctc 7038233  T
Q  906 t--attataacaccatg-aagtacttagtgtttgcatccccatatcc-tcag-catctagctcctca--ttttgccactgaatattgcagtttaga-tcg 997  Q
    |   |||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  7038234 ttatttatacacccatgaaagtacttagtgtttgcatccccatatccttcagccatctagct-ctcaatttttgccactggatattgcagtttagattcg 7038332  T
Q  998 taagct 1003  Q
    ||||||    
T  7038333 taagct 7038338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University