View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3042_low_1 (Length: 997)

Name: NF3042_low_1
Description: NF3042
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3042_low_1
NF3042_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (18-989)||(9545258-9546229)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (674-813)||(40393678-40393817)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 952; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 952; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 989
Target Start/End: Complemental strand, 9546229 - 9545258
Alignment:
Q  18 caattgtcggagtttggcaagagaacaatgctgagaaggctcttgaggctcttaaagagttgcaatgtgaatctataaaagtgttaagggatggatattt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9546229 caattgtcggagtttggcaagagaacaatgctgaaaaggctcttgaggctcttaaagagttgcaatgtgaatctataaaagtgttaagggatggatattt 9546130  T
Q  118 tgttcctgatttgcctgcacgggagcttgttccaggcgacattgttgagttgcgagttggagataaagtcccggctgacatgagagttgcagctttgaaa 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9546129 tgttcctgatttgcctgcacgggagcttgttccaggcgacattgttgagttgcgcgttggagataaagtcccggccgacatgagagttgcagctttgaaa 9546030  T
Q  218 acatcaacactgagattggaacaaagctcgttaaccggagaagcaatgccagttctcaaaggaaccaatcctattttcatggatgattgtgaattgcagg 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9546029 acatcaacactgagattggaacaaagctcgttaaccggagaagcaatgccggttctcaaaggaaccaatcctattttcatggatgattgtgaattgcagg 9545930  T
Q  318 ccaaagaaaatatggtatttgcaggcacaactgttgtcaatggaagctgtatttgcattgttattaccacggcaatgaacaccgaaatcggaaagataca 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9545929 ccaaagaaaatatggtatttgcaggcacaactgttgtcaatggaagctgtatttgcattgttattaccacggcaatgaacaccgaaatcggaaagataca 9545830  T
Q  418 gaagcaaatacacgaggcttcgttggaggaaagcgatactcccttgaagaagaagttagacgaatttggtggcaggcttacaacttctattggaatagtt 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9545829 gaagcaaatacacgaggcttcgttggaggaaagcgatactcccttgaagaagaagttagacgaatttggtggcaggcttacaacttctattggaatagtt 9545730  T
Q  518 tgtcttgttgtttggattataaactacaaaaatttcatatcttgggatgttgttgatggatggcctacaaacattcaattttcttttcagaaatgcactt 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9545729 tgtcttgttgtttggattataaactacaaaaatttcatatcttgggatgttgttgatggatggcctacaaacattcaattttcttttcagaaatgcactt 9545630  T
Q  618 actatttcaaaattgctgttgctcttgctgtggctgcaattccagaaggtcttccggcggttattacaacttgtttagcacttggtacaaggaaaatggc 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9545629 actatttcaaaattgctgttgctcttgctgtggctgcaattccagaaggtcttccggcggttattacaacttgtttagcacttggtacaaggaaaatggc 9545530  T
Q  718 acaaaagaatgcaattgtgagaaagcttccaagtgttgaaactttgggatgtaccactgtgatttgttcagataaaaccggtacactgactacaaatcaa 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9545529 acaaaagaatgcaattgtgagaaagcttccaagtgttgaaactttgggatgtaccactgtgatttgttcagataaaaccggtacactgactacaaatcaa 9545430  T
Q  818 atgtctgcgacggagttctttactttgggagggaaaacaactgcttgtagagtcattagtgttgaagggacaacatatgatccaaaagatggagggattg 917  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9545429 atgtctgcgacggagttctttactttgggagggaaaacaactgcttgtagagtcattagtgttgaagggacaacatatgatccaaaagatggagggattg 9545330  T
Q  918 ttgattggacttgctataacatggatgctaacttgttagccatggcggaaatttgtgctgtttgtgatgatg 989  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9545329 ttgattggacttgctataacatggatgctaacttgttagccatggcggaaatttgtgctgtttgtaatgatg 9545258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 48; Significance: 6e-18; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 674 - 813
Target Start/End: Complemental strand, 40393817 - 40393678
Alignment:
Q  674 gcggttattacaacttgtttagcacttggtacaaggaaaatggcacaaaagaatgcaattgtgagaaagcttccaagtgttgaaactttgggatgtacca 773  Q
    ||||| ||||| |||||| | |||||||||||  | |||||||| || ||||||||  | || || ||||| ||||||||||||||  |||| || || |    
T  40393817 gcggtcattacgacttgtctcgcacttggtactcgcaaaatggcccagaagaatgccctggttaggaagctaccaagtgttgaaaccctgggttgcacaa 40393718  T
Q  774 ctgtgatttgttcagataaaaccggtacactgactacaaa 813  Q
    ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  40393717 ctgtgatatgttctgataaaactggtacactgactacaaa 40393678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University