View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3048-Insertion-11 (Length: 433)

Name: NF3048-Insertion-11
Description: NF3048
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3048-Insertion-11
NF3048-Insertion-11
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (7-433)||(15645366-15645792)
chr2 (7-433)||(15654418-15654841)
chr2 (19-431)||(15624743-15625152)
chr2 (87-433)||(15533965-15534311)
chr2 (87-433)||(15517452-15517798)
chr2 (92-372)||(15601210-15601490)
chr2 (113-433)||(15493626-15493946)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 394; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 15645792 - 15645366
Alignment:
Q  7 aaataaaactcttaattgagtatgtgtttgtcactgtgtcaatagcaatataaattttttacatatctgtatgtattttactaacatatatacattttca 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15645792 aaataaaactcttaattgagtatgtgtttgtcactgtgtcaatagcaatataaattttttacatatctgtatgtattttactaacatatatacattttca 15645693  T
Q  107 tgtgacagaaagtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagctattctcaattgagcatgaaac 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15645692 tgtgacagaaagtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagctattctcaattgagcatgaaac 15645593  T
Q  207 actaagagaaaatgcagagtcatggatgnnnnnnnctgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtgtttgctgctgcaactact 306  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||       | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15645592 actaagagaaaatgcagagtcgtggatgaaaaaaacggccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtgtttgctgctgcaactact 15645493  T
Q  307 ttaccaggcggtaccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgttttcaatatcagatgcatctgcattcatctcatctg 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15645492 ttaccaggcggtaccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgtttgcaatatcagatgcatctgcattcatctcatctg 15645393  T
Q  407 cgactgcgatattgattttcttgtcta 433  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  15645392 cgactgcgatattgattttcttgtcta 15645366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 15654841 - 15654418
Alignment:
Q  7 aaataaaactcttaattgagtatgtgtttgtcactgtgtcaatagcaatataaattttttacatatctgtatgtattttact-aacatatatacattttc 105  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||   || |||||||| |||    |||||| ||| |||||||||||||    
T  15654841 aaataaagctcttcattgagtatgtatttgccactgtgtcaatagcaatataaaaaattaacatatctatat----tttacttaacgtatatacattttc 15654746  T
Q  106 atgtgacagaaagtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagctattctcaattgagcatgaaa 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15654745 atgtgacagaaagtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagctattctcaattgagcatgaaa 15654646  T
Q  206 cactaagagaaaatgcagagtcatggatgnnnnnnnctgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtgtttgctgctgcaactac 305  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15654645 cactaagagaaaatgcagagtcgtggatgaaaaaaactgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtgtttgctgctgcaactac 15654546  T
Q  306 tttaccaggcggtaccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgttttcaatatcagatgcatctgcattcatctcatct 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15654545 tttaccaggcggtaccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgtttgcaatatcagatgcatctgcattcatctcatct 15654446  T
Q  406 gcgactgcgatattgattttcttgtcta 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15654445 gcgactgcgatattgattttcttgtcta 15654418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 19 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 15625152 - 15624743
Alignment:
Q  19 taattgagtatgtgtttgtcactgtgtcaatagcaatataaattttttacatatctgtatgtattttact-aacatatatacattttcatgtgacagaaa 117  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||   || ||||| || |||    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15625152 taattgagtatttgtttgccactgtgtcaatagcaatataaaaaattaacatagctatat----tttacttaacatatatacattttcatgtgacagaaa 15625057  T
Q  118 gtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagctattctcaattgagcatgaaacactaagagaaa 217  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15625056 gtaaagaagataatgttgcctggacagataaagatgagaaactctgaaggctttacagcacaagagctattctcaattgagcatgaaacactaagagaaa 15624957  T
Q  218 atgcagagtcatggatgnnnnnnnctgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtgtttgctgctgcaactactttaccaggcgg 317  Q
    | |||||||| ||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15624956 acgcagagtcgtggatgaaaaaaactgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtgtttgctgctgcaactactttaccaggcgg 15624857  T
Q  318 taccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgttttcaatatcagatgcatctgcattcatctcatctgcgactgcgata 417  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  15624856 taccgatgattctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgtttgcaatatcagatgcatttgcattcatctcatctgcgaccgcgata 15624757  T
Q  418 ttgattttcttgtc 431  Q
    ||||||||||||||    
T  15624756 ttgattttcttgtc 15624743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 87 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 15534311 - 15533965
Alignment:
Q  87 ctaacatatatacattttcatgtgacagaaagtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagcta 186  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||    
T  15534311 ctaacatatatacattttcatatgatagaatgtaaagaagataatgttgccagcacaaataaagttgaaaaactctgaacgcttgactgcacaagagtta 15534212  T
Q  187 ttctcaattgagcatgaaacactaagagaaaatgcagagtcatggatgnnnnnnnctgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggag 286  Q
    ||||||| |||||||| || |||||| ||  |||||||||| ||||||       |||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15534211 ttctcaaatgagcatgcaaaactaagggaggatgcagagtcttggatgaaaaaaactgcggagtcatgtatgctaatttcaacagtcattgctaccggag 15534112  T
Q  287 tgtttgctgctgcaactactttaccaggcggtaccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgttttcaatatcagatgc 386  Q
    |||| |||||||||  |||||||||||| |||||||||||| | ||||||||| |||| ||||  |||||| |||||||||| ||| ||| |||||||||    
T  15534111 tgttcgctgctgcagttactttaccaggtggtaccgatgacaccggaaaaccaaactagttgacgaaaacaccattcttggtatttgcaacatcagatgc 15534012  T
Q  387 atctgcattcatctcatctgcgactgcgatattgattttcttgtcta 433  Q
    |||||||||||| |||||| |||| || |||||||||||||||||||    
T  15534011 atctgcattcatttcatcttcgaccgccatattgattttcttgtcta 15533965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 87 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 15517798 - 15517452
Alignment:
Q  87 ctaacatatatacattttcatgtgacagaaagtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagcta 186  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||  || ||||||  ||||| | |||||| |||| ||     
T  15517798 ctaacatatatacattttcatatgatagaatgtaaagaagataatgctgcccgcacagattaagtcgaaaaactccaaaggcgtgactgcagaagaactg 15517699  T
Q  187 ttctcaattgagcatgaaacactaagagaaaatgcagagtcatggatgnnnnnnnctgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggag 286  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||       |||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15517698 ttctcaaatgagcatgaaaaactaagggaagatgcagagtcttggatgaaaaaaactgcggagtcgtgtatgctaatttcaacagtcattgctaccggag 15517599  T
Q  287 tgtttgctgctgcaactactttaccaggcggtaccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgttttcaatatcagatgc 386  Q
    |||| |||||||||  |||||||||||| |||| |||| || | ||||||||| ||| |||||| ||| ||||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  15517598 tgttcgctgctgcagttactttaccaggtggtatcgataacacaggaaaaccaaactttttgaagaaaccatcatttttggggtttgcaatatcagatgc 15517499  T
Q  387 atctgcattcatctcatctgcgactgcgatattgattttcttgtcta 433  Q
    |||||| ||||| |||||| |||| || |||||||||||||||||||    
T  15517498 atctgcgttcatttcatcttcgacagccatattgattttcttgtcta 15517452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 92 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 15601490 - 15601210
Alignment:
Q  92 atatatacattttcatgtgacagaaagtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagctattctc 191  Q
    ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||||    
T  15601490 atataaacattttcatatgatagaaagtaaagaagataatgctgccagcacaaataaacatgagaaactctgaaggccttactgcacaagaagtcttctc 15601391  T
Q  192 aattgagcatgaaacactaagagaaaatgcagagtcatggatgnnnnnnnctgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtgttt 291  Q
    ||  |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||       | || |||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  15601390 aaaagagcatcaaaaactaagagaaaatgcagagtcatggatgaagaaaaccgcagagtcttgtatgctaatttcagccgtcattgctaccggagtgttt 15601291  T
Q  292 gctgctgcaactactttaccaggcggtaccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgttt 372  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| | ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| |||||||||    
T  15601290 gctgctgcaactactgtaccaggcggtatcgatgacacaggaaaaccaaattatttgaagaaaccatcatttttggtgttt 15601210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 113 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 15493946 - 15493626
Alignment:
Q  113 agaaagtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagctattctcaattgagcatgaaacactaag 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||   | ||||||  ||| | | |||||| |||| || ||||| | ||||||||||| ||||||    
T  15493946 agaaagtaaagaagataatgttgccagcacaaattaagtcaaaaaactccaaagacatgactgcagaagaactgttctcgaatgagcatgaaaaactaag 15493847  T
Q  213 agaaaatgcagagtcatggatgnnnnnnnctgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtgtttgctgctgcaactactttacca 312  Q
     ||| |||||||||| ||||||       ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15493846 ggaagatgcagagtcttggatgaaaaaaactgccgagtcttgtatgctaatttcaacagtcattgctactggagtgttcgctgctgcaactactttacca 15493747  T
Q  313 ggcggtaccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgttttcaatatcagatgcatctgcattcatctcatctgcgactg 412  Q
    || |||||||||||| | ||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||  ||| |||||| |||||| || |||| |    
T  15493746 ggtggtaccgatgacacaggaaaaccaaactacttgaagaaaccatcattcttggtgtttgcaatatcagacacatttgcatttatctcagcttcgaccg 15493647  T
Q  413 cgatattgattttcttgtcta 433  Q
    |||||||||| ||||||||||    
T  15493646 cgatattgatattcttgtcta 15493626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University