View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3055_high_20 (Length: 412)

Name: NF3055_high_20
Description: NF3055
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3055_high_20
NF3055_high_20
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (39-399)||(30648194-30648555)
chr8 (83-399)||(26088487-26088804)
chr8 (78-399)||(14726623-14726945)
chr8 (207-399)||(28865346-28865539)
chr8 (207-399)||(15329250-15329442)
chr8 (207-399)||(15509619-15509811)
chr8 (199-398)||(29552110-29552309)
chr8 (318-371)||(24508488-24508541)
chr8 (225-278)||(31040487-31040540)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (99-399)||(6611950-6612251)
chr7 (330-399)||(17294011-17294080)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (214-398)||(4819132-4819316)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (79-395)||(26087147-26087464)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 270; Significance: 1e-151; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 39 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 30648555 - 30648194
Alignment:
Q  39 atataaaaggagacatgtggttttaataatggaataagaataagattacctgcgggtcactacttagtgctgaaatatgcaaaatggtgttgtgtgcctt 138  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||    
T  30648555 atataaaagaagacatgtggttttaataatggaataagaacaagattacctgcgggtcactacttagtgctgaaatatgcaaaattgtgttgcttgcctt 30648456  T
Q  139 atcccttctgtttaatattttattttccagattttgagcccctctctgtgtannnnnnnn-agccagctaacaagtacttgaagggcctcatattgttca 237  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30648455 atccctttggtttaatattttattttccagcttttgagcccctctctgtgtattttttttgagccagctaacaagtacttgaagggcctcatattgttca 30648356  T
Q  238 ttcttaacagcaatatggagtgccgtctcacgcctcacagtcaagtattcaattgattccggacacaaacggagaaagtaagctaacattttaacctcac 337  Q
    || ||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30648355 tttttaacagaaatatggagtgcagtctcgcgcctcacagtcaagtattcaattgattccggacacaaacggagaaagtaagctaacatttgaacctcac 30648256  T
Q  338 caatttgacttgcaaaatgaagaggagttatgccttctcttcctctaactctaacaaggtct 399  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30648255 cattttgacatgcaaaatgaagaggagttatgccttctcttcctctaactctaacaaggtct 30648194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 83 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 26088804 - 26088487
Alignment:
Q  83 attacctgcgggtcactacttagtgctgaaatatgcaaaatggtgttgtgtgccttatcccttctgtttaatattttattttccagattttgagcccctc 182  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||    |||||||||| ||||||||||  ||||||||| ||    
T  26088804 attacctgcgggtcactacgtagtgctgaaatatgcaaaatcgtgttgcgtgcctcatcccactggtttaatattctattttccagcatttgagcccttc 26088705  T
Q  183 tctgtgtannnnnnnn-agccagctaacaagtacttgaagggcctcatattgttcattcttaacagcaatatggagtgccgtctcacgcctcacagtcaa 281  Q
    ||| |||          |||||| |||||||||||||||| |||||| | ||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||| ||    
T  26088704 tctttgtgtttgttctgagccagataacaagtacttgaagagcctcaaactgtccattcttaacagcaatatgcagtgcagtctcgtgcctcacagttaa 26088605  T
Q  282 gtattcaattgattccggacacaaacggagaaagtaagctaacattttaacctcaccaatttgacttgcaaaatgaagaggagttatgccttctcttcct 381  Q
    ||||||||| ||||||||||||||   |||||||||  ||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26088604 gtattcaatagattccggacacaagaagagaaagtattctaaatgattaacctcaccaatttgacttgcaaaatgaagaggagttataccttctcttcct 26088505  T
Q  382 ctaactctaacaaggtct 399  Q
     ||| |||||||||||||    
T  26088504 ttaattctaacaaggtct 26088487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 78 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 14726945 - 14726623
Alignment:
Q  78 ataagattacctgcgggtcactacttagtgctgaaatatgcaaaatggtgttgtgtgccttatcccttctgtttaatattttattttccagattttgagc 177  Q
    |||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    ||| |||||||  ||||||||| |||||||| || |||| |||    
T  14726945 ataaaattacctgcagctcactacttagggctgaaatatgcaaaatggtgttgccgtcctcatccctttggtttaatatattattttctaggttttcagc 14726846  T
Q  178 ccctctctgtgtannnnnnnn-agccagctaacaagtacttgaagggcctcatattgttcattcttaacagcaatatggagtgccgtctcacgcctcaca 276  Q
     |||||||    |         ||||||| ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||| |||    
T  14726845 acctctcttacaattttctttgagccagccaacaagtacttgaagtgcctcaaactgttcattcttaacagcaatatgcagtgcagtctcctgccttaca 14726746  T
Q  277 gtcaagtattcaattgattccggacacaaacggagaaagtaagctaacattttaacctcaccaatttgacttgcaaaatgaagaggagttatgccttctc 376  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||   ||||||| || |||| |  | |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  14726745 gtcaagtattcaatggattccggacacaataagagaaagcaaactaaaagatcaacctcaccattttgacttgcgaaatgaagaggagttaagccttctc 14726646  T
Q  377 ttcctctaactctaacaaggtct 399  Q
    ||||| |||||||||||||||||    
T  14726645 ttcctttaactctaacaaggtct 14726623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 207 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 28865539 - 28865346
Alignment:
Q  207 aacaagtacttgaagggcctcatattgttcattcttaacagcaatatggagtgccg-tctcacgcctcacagtcaagtattcaattgattccggacacaa 305  Q
    |||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||  | |||||| |||||||||| | | |||||| ||||| ||||||||    
T  28865539 aacaagcacttgaaaggcctcaaattgttcattcttaatagcaatatgcagtgggggtctcacacctcacagtccaatcttcaatggattctggacacaa 28865440  T
Q  306 acggagaaagtaagctaacattttaacctcaccaatttgacttgcaaaatgaagaggagttatgccttctcttcctctaactctaacaaggtct 399  Q
       |||||||| |||||| |  | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  28865439 taagagaaagtgagctaaaagatcaacctcaccaatttggcttgcaaaatgaagaggagttaagccgtctcgtcctctaactctaacaaggtct 28865346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 207 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 15329442 - 15329250
Alignment:
Q  207 aacaagtacttgaagggcctcatattgttcattcttaacagcaatatggagtgccgtctcacgcctcacagtcaagtattcaattgattccggacacaaa 306  Q
    |||||| ||||||| || |||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||  ||||| | |||||||||| | | |||||| ||||| |||||| |     
T  15329442 aacaagcacttgaaaggactcaaattgttcattcttaatagcaatatgcagtggggtctcgcacctcacagtccaatcttcaatggattctggacacgag 15329343  T
Q  307 cggagaaagtaagctaacattttaacctcaccaatttgacttgcaaaatgaagaggagttatgccttctcttcctctaactctaacaaggtct 399  Q
      |||||||| |||||| |  | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| |||||||||||||||||    
T  15329342 aagagaaagtgagctaaaagatcaacctcaccaatttggcttgcaaaatgaagaggagttaagccgtctcgtcctataactctaacaaggtct 15329250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 207 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 15509811 - 15509619
Alignment:
Q  207 aacaagtacttgaagggcctcatattgttcattcttaacagcaatatggagtgccgtctcacgcctcacagtcaagtattcaattgattccggacacaaa 306  Q
    |||||| ||||||| || |||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||  ||||| | |||||||||| | | |||||| ||||| |||||| |     
T  15509811 aacaagcacttgaaaggactcaaattgttcattcttaatagcaatatgcagtggggtctcgcacctcacagtccaatcttcaatggattctggacacgag 15509712  T
Q  307 cggagaaagtaagctaacattttaacctcaccaatttgacttgcaaaatgaagaggagttatgccttctcttcctctaactctaacaaggtct 399  Q
      |||||||| |||||| |  | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| |||||||||||||||||    
T  15509711 aagagaaagtgagctaaaagatcaacctcaccaatttggcttgcaaaatgaagaggagttaagccgtctcgtcctataactctaacaaggtct 15509619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 199 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 29552309 - 29552110
Alignment:
Q  199 agccagctaacaagtacttgaagggcctcatattgttcattcttaacagcaatatggagtgccgtctcacgcctcacagtcaagtattcaattgattccg 298  Q
    ||||||| ||| |||||||  ||||| ||  | ||| |||| |||| ||||||||| ||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  29552309 agccagccaactagtacttttagggcgtcgaactgtgcattattaatagcaatatgaagtgcggtctcgcacctcacagtcaagtattcaatagattcag 29552210  T
Q  299 gacacaaacggagaaagtaagctaacattttaacctcaccaatttgacttgcaaaatgaagaggagttatgccttctcttcctctaactctaacaaggtc 398  Q
    ||||      ||||||||||||||| |  | |||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| | ||||||  | ||| ||||||| ||||||||    
T  29552209 gacatgcgttgagaaagtaagctaaaaggtcaacctctccaatttggcttgcataatgaagaggagtcaagccttccttccctttaactctgacaaggtc 29552110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 318 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 24508541 - 24508488
Alignment:
Q  318 agctaacattttaacctcaccaatttgacttgcaaaatgaagaggagttatgcc 371  Q
    |||||| |||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24508541 agctaaaatttcatcctcaccattttgacttgcaaaatgaagaggagtcatgcc 24508488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 225 - 278
Target Start/End: Original strand, 31040487 - 31040540
Alignment:
Q  225 ctcatattgttcattcttaacagcaatatggagtgccgtctcacgcctcacagt 278  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||    
T  31040487 ctcataatgttcatttttcacagcaatatgaagtgcagtctcacccctcacagt 31040540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 99 - 399
Target Start/End: Original strand, 6611950 - 6612251
Alignment:
Q  99 tacttagtgctgaaatatgcaaaatggtgttgtgtgccttatcccttctgtttaatattttattttccagattttgagcccctctctgtgtannnnnnnn 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||| ||||| || ||| ||  |  |            
T  6611950 tacttagtgctgaaatatgcaaaatggtgttgcctgcctcatccctcttgtttaatatttgattttccagcttttgcgcacctatcgctacatgtgttct 6612049  T
Q  199 -agccagctaacaagtacttgaagggcctcatattgttcattcttaacagcaatatggagtgccgtctcacgcctcacagtcaagtattcaattgattcc 297  Q
     ||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  6612050 cagccagccaacaagtactcgaagggcctcaaattgttgattcttaatagcaatatgcagtgcagtctcgtgcctcacagtcaaatattcaatggattcc 6612149  T
Q  298 ggacacaaacggagaaagtaagctaacattttaacctcaccaatttgacttgcaaaatgaagaggagttatgccttctcttcctctaactctaacaaggt 397  Q
    ||||||||   |||||| | |||||| |  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  || |||||||||||    
T  6612150 ggacacaacttgagaaatttagctaaaagatcaacctcaccaatttgacttgcaaaatgaagaggagttatggcttcttttccttgaattctaacaaggt 6612249  T
Q  398 ct 399  Q
    ||    
T  6612250 ct 6612251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 330 - 399
Target Start/End: Original strand, 17294011 - 17294080
Alignment:
Q  330 aacctcaccaatttgacttgcaaaatgaagaggagttatgccttctcttcctctaactctaacaaggtct 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||  ||||| ||||||||||    
T  17294011 aacctcaccaatttgacttgcaaaatgaagaggagttaagccttctctcccttgaactcgaacaaggtct 17294080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 89; Significance: 9e-43; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 214 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 4819316 - 4819132
Alignment:
Q  214 acttgaagggcctcatattgttcattcttaacagcaatatggagtgccgtctcacgcctcacagtcaagtattcaattgattccggacacaaacggagaa 313  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||| | ||| ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||   |  |||||    
T  4819316 acttgaagggcctcatactgttcattcatgacagcaatatgcaatgcagtctcaaacctcacagtcaagtattcaatagattccggacaagcaaagagaa 4819217  T
Q  314 agtaagctaacattttaacctcaccaatttgacttgcaaaatgaagaggagttatgccttctcttcctctaactctaacaaggtc 398  Q
    | | |||||| | || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||  |||||||||||||||    
T  4819216 aattagctaaaagttcaacctcgccaatttgacttgcaaaatgaagaggagttatgccatttcttccttcaactctaacaaggtc 4819132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 82; Significance: 1e-38; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 79 - 395
Target Start/End: Original strand, 26087147 - 26087464
Alignment:
Q  79 taagattacctgcgggtcactacttagtgctgaaatatgcaaaatggtgttgtgtgccttatcccttctgtttaatattttattttccagattttgagcc 178  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||| |  |||||  |||||||||||  ||||||||| | |  |||     
T  26087147 taagattacctgcggctcaatacttagtgctgaaacatgcaaaatggtgttgcctgcatcgtccctcttgtttaatattccattttccagctctacagcg 26087246  T
Q  179 cctctctgtgtannnnnnnn-agccagctaacaagtacttgaagggcctcatattgttcattcttaacagcaatatggagtgccgtctcacgcctcacag 277  Q
    ||||| ||| ||         ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | ||| ||||||| ||||||||    
T  26087247 cctctttgtttatttgtttcgagccatccaacaagtacttgaagggcctcatattgttcattcttgatagcaatatgcaatgcggtctcacacctcacag 26087346  T
Q  278 tcaagtattcaattgattccggacacaaacggagaaagtaagctaacattttaacctcaccaatttgacttgcaaaatgaagaggagttatgccttctct 377  Q
    |||  | |  ||| || |  ||||| | | |||| || | |||||| |  | |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  26087347 tcacatctctaatggaattaggacatacaaggaggaatttagctaaaaggtcaacctctccaatttgacttgcaaaatgaagagcagttaagccttctct 26087446  T
Q  378 tcctctaactctaacaag 395  Q
    ||||  ||||||||||||    
T  26087447 tccttgaactctaacaag 26087464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University