View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3056-2-Insertion-1 (Length: 1122)

Name: NF3056-2-Insertion-1
Description: NF3056-2
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3056-2-Insertion-1
NF3056-2-Insertion-1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-1106)||(55162524-55163612)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 947; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 947; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1106
Target Start/End: Original strand, 55162524 - 55163612
Alignment:
Q  8 aatatattctgggaagaccctaaatacaatcctgcatgggttcttaaccttacaggtacacagttaagatctgctgtgaattcacgaattcaaagtctca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55162524 aatatattctgggaagaccctaaatacaatcctgcatgggttcttaaccttacaggtacacagttaagatctgctgtgaattcacgaattcaaagtctca 55162623  T
Q  108 tgaaccaatacaaaacagaattcatacattgggatatcagtaacgaaatgcttcattttgatttctacgaacaaaggcttggacccaatgctacatttca 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55162624 tgaaccaatacaaaacagaattcatacattgggatatcagtaacgaaatgcttcattttgatttctacgaacaaaggcttggacccaatgctacatttca 55162723  T
Q  208 tttctttgaggcagcacatgaatcagatcctctagcaactctgtttatgaatgacttcaatgttgtagaaacgtgcagtgatgtaaattctagcgttgac 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55162724 tttctttgaggcagcacatgaatcagatcctctagcaactctgtttatgaatgacttcaatgttgtagaaacgtgcagtgatgtaaattctagcgttgac 55162823  T
Q  308 gcttatatctcgcgaataagagaactaagacaatatggtgtttttatggatggaattggtctcgagggtcacttcacaataccaaatcctccacttataa 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  55162824 gcttatatctcgcgaataagagaactaagacaatatggtgtttttatggatggaattggtctcgagggtcacttcacaataccaaatcttccacttataa 55162923  T
Q  408 gagctatcctagacaaattggcaacactagatcttcccgtttggcttactgagattgatataagcaacacacttgatcatgatactcaggtgaggtagct 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |    
T  55162924 gagctatcctagacaaattggcaacactagatcttcccgtttggcttactgagattgatataagcaacacacttgatcatgatactcaggtgagg----t 55163019  T
Q  508 agctagctagaggaattcaagttctacaaaaatgaataaataaatgtttcaatatgnnnnnnnnaccacaattatatatttgtttttaagccttgcagct 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  55163020 agctagctagaggaattcaagttctacaaaaatgaataaataaatgttttaatatgttttttttaccacaattatatatttgtttttaagccttccagct 55163119  T
Q  608 atacatatttcttgtaatgtttgtagtattcatttttcgtttttatataatcaatactagaggactaagatcaaaatctgttattatctttttgttaaat 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||     
T  55163120 atacatatttcttgtaatgtttgtagtattcatttttcgtttttatataatcaatactagaggactaacatcaaaatgtgttattatctttttgttaaaa 55163219  T
Q  708 tgaatctgattgccttcattctgtatttgtaggcaatttatttggaacaggtattgagggaaggattctcacacccttcagtgaatgggataatgctttg 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55163220 tgaatctgattgccttcattctgtatttgtaggcaatttatttggaacaggtattgagggaaggattctcacacccttcagtgaatgggataatgctttg 55163319  T
Q  808 gacagcacttcatccatatgggtgctaccaaatgtgcctcacagacaatgatttcaacaacttaccatcaggtgatgtggtggataaacttcttcaagag 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55163320 gacagcacttcatccatatgggtgctaccaaatgtgcctcacagacaatgatttcaacaacttaccatcaggtgatgtggtggataaacttcttcaagag 55163419  T
Q  908 tggcaaactagttctgtacaaggtatcacagatgagcatggttcaaatagcttttatggattcttaggagaatataagaattagggtcgaggtatccgca 1007  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||    
T  55163420 tggcaaactagttctgtacaaggtatcacagatgagcatggttcacatagcttttatggattcttaggagaatat-agaattagggtcga-gtat-cgca 55163516  T
Q  1008 acaagaccaaaagatc-actttctctctaatgtagaaggtgaagaaactaaacatgtccctgtgacactgtggacttattttttatttatggaacctcct 1106  Q
    ||||||| | ||  || ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||    
T  55163517 acaagactataaattcaactttctctct-atgtag-aggtgaagaaactaaacatgtccctgtgacactgt-gacttaatttttatttat-gaacctcct 55163612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University