View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3056-2-Insertion-8 (Length: 897)

Name: NF3056-2-Insertion-8
Description: NF3056-2
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3056-2-Insertion-8
NF3056-2-Insertion-8
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (8-897)||(5920975-5921862)
chr4 (78-772)||(5934558-5935252)
chr4 (88-744)||(5532251-5532907)
chr4 (152-738)||(38176916-38177502)
chr4 (816-896)||(5934412-5934494)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (87-712)||(40916226-40916851)
chr8 (90-699)||(45320029-45320638)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (152-717)||(34841384-34841949)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (194-750)||(45452322-45452878)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (88-675)||(53145991-53146578)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (152-684)||(11731826-11732358)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 815; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 815; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 897
Target Start/End: Complemental strand, 5921862 - 5920975
Alignment:
Q  8 tttctttaatccatatctgttttcaagtttgttacatttgttcaaaaaggtttctaattttggtgtttgcttttttgtgatgcagttggtgatcttaacc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5921862 tttctttaatccatatctgttttcaagtttgttacatttgttcaaaaaggtttctaattttggtgtttgcttttttgtgatgcagttggtgatcttaacc 5921763  T
Q  108 atttgatatcagcaaccatgtctggtgtcacatgttgtttgaggttccctggtcagctaaactccgatctgaggaagcttgctgtgaatctcattccatt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5921762 atttgatatcagcaaccatgtctggtgtcacatgttgtttgaggttccctggtcagctaaactccgatctgaggaagcttgctgtgaatctcattccatt 5921663  T
Q  208 ccctcgtcttcactttttcatgttgggttttgcacctctgacttcaagaggttctcagcagtaccgggctttgagtgtaccagagctcacacagcaaatg 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5921662 ccctcgtcttcactttttcatgttgggttttgcacctttgacttcaagaggttctcagcagtaccgtgctttgagtgtaccagagctcactcagcaaatg 5921563  T
Q  308 tgggattctaagaacatgatgtgtgctgctgaccctagacacggacgatacctcactgcatcagccatcttcagaggcaaaatgagcactaaagaagttg 407  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5921562 tgggattccaagaatatgatgtgtgctgccgaccctagacacggacgatacctcactgcatcagccatcttcagaggcaaaatgagcactaaagaagttg 5921463  T
Q  408 atgaacaaatgatcaatgttcagaacaagaactcgtcctacttcgtcgaatggattccaaacaatgtcaaatcaactgtttgtgatattccaccaacagg 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5921462 atgaacaaatgatcaatgttcagaacaagaactcatcctacttcgtcgaatggattccaaacaatgtcaaatcaactgtttgtgatattccaccaacagg 5921363  T
Q  508 gttgaagatggcttctacgttcattggaaactcgacatcaattcaggaaatgttccgaagggtgagtgaacagttcactgctatgttcaggagaaaggct 607  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5921362 gttgaagatggcttctacattcatcggaaactcaacttcaattcaagaaatgttccgaagggtgagtgagcagtttactgctatgttcaggagaaaggct 5921263  T
Q  608 ttcttgcattggtacacaggtgaaggaatggatgagatggagttcactgaggctgagagcaacatgaatgatcttgtgtcggaatatcaacagtatcaag 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5921262 ttcttgcattggtacacaggtgaaggaatggatgagatggagttcactgaggctgagagcaacatgaatgatcttgtgtctgaatatcaacagtatcaag 5921163  T
Q  708 atgctactgcagaggaggatgagtatgaagatgaagaggaggattatcagcaggaacatgatgagatgtgagcatgttgatgctttttgcaatggataac 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5921162 atgctactgcagaggaggatgagtatgaagatgaagaggaggattatcagcaggaacatgatgagatgtgagcatgttgatgctttttgcaatggataac 5921063  T
Q  808 acatatctgcaacttcctgttgccggttcgtaatctctgttgtaaggggatacttttgttccggctgttatgaaattgtttctggttttc 897  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5921062 ac--atctgcaacttcctgttgccggttcgtaatctctgttgtaagggaatacttttgttccggctgttatgaaattgtttctggttttc 5920975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 579; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 78 - 772
Target Start/End: Complemental strand, 5935252 - 5934558
Alignment:
Q  78 ttttttgtgatgcagttggtgatcttaaccatttgatatcagcaaccatgtctggtgtcacatgttgtttgaggttccctggtcagctaaactccgatct 177  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5935252 ttttttgtgatgcagttggtgatcttaaccatttgatatcagcaactatgtctggtgtcacatgttgtttgaggttccctggtcagctgaactccgatct 5935153  T
Q  178 gaggaagcttgctgtgaatctcattccattccctcgtcttcactttttcatgttgggttttgcacctctgacttcaagaggttctcagcagtaccgggct 277  Q
     ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5935152 taggaagcttgcagtgaatctggttccattccctcgcctccactttttcatgttagggtttgcacctttgacttcaagaggttctcagcagtacagggct 5935053  T
Q  278 ttgagtgtaccagagctcacacagcaaatgtgggattctaagaacatgatgtgtgctgctgaccctagacacggacgatacctcactgcatcagccatct 377  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5935052 ttgagtgttccagagatcacacagcaaatgtgggattccaagaacatgatgtgtgctgctgaccctagacacggacggtacctcactgcatcagccatct 5934953  T
Q  378 tcagaggcaaaatgagcactaaagaagttgatgaacaaatgatcaatgttcagaacaagaactcgtcctacttcgtcgaatggattccaaacaatgtcaa 477  Q
    |||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5934952 tcagaggcaagatgagcacaaaggaagttgatgaacaaatgatcaatgttcagaacaagaactcatcctacttcgttgaatggattccaaacaatgtcaa 5934853  T
Q  478 atcaactgtttgtgatattccaccaacagggttgaagatggcttctacgttcattggaaactcgacatcaattcaggaaatgttccgaagggtgagtgaa 577  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  5934852 atcaactgtttgtgatattccaccaacagggttgaagatggcttctacattcatcggaaactcaacttcaattcaagaaatgttccgaagggtgagtgag 5934753  T
Q  578 cagttcactgctatgttcaggagaaaggctttcttgcattggtacacaggtgaaggaatggatgagatggagttcactgaggctgagagcaacatgaatg 677  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5934752 cagtttactgctatgttcaggagaaaggctttcttgcattggtacacaggtgaaggaatggatgagatggagttcactgaggctgagagcaacatgaatg 5934653  T
Q  678 atcttgtgtcggaatatcaacagtatcaagatgctactgcagaggaggatgagtatgaagatgaagaggaggattatcagcaggaacatgatgag 772  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5934652 atcttgtgtcagaatatcaacagtatcaagatgctactgcagaggaggatgagtatgaagatgaagaggaggattatcagcaggaacatgatgag 5934558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 88 - 744
Target Start/End: Original strand, 5532251 - 5532907
Alignment:
Q  88 tgcagttggtgatcttaaccatttgatatcagcaaccatgtctggtgtcacatgttgtttgaggttccctggtcagctaaactccgatctgaggaagctt 187  Q
    ||||||||||||| | || ||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  5532251 tgcagttggtgatttgaatcatctgatatcagcaactatgtctggtgtcacctgttgtttgaggttccctggtcagctgaactctgatcttaggaagctt 5532350  T
Q  188 gctgtgaatctcattccattccctcgtcttcactttttcatgttgggttttgcacctctgacttcaagaggttctcagcagtaccgggctttgagtgtac 287  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||| ||| |||||||  | || || ||||||||| || || | ||||| |    
T  5532351 gctgtgaatctcattccattcccgcgtcttcactttttcatggtgggatttgctcctttgacttcccgtggctcccagcagtacaggactctaagtgtcc 5532450  T
Q  288 cagagctcacacagcaaatgtgggattctaagaacatgatgtgtgctgctgaccctagacacggacgatacctcactgcatcagccatcttcagaggcaa 387  Q
    | |||||||| || |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||| || ||||||||    
T  5532451 ctgagctcactcaacaaatgtgggatgccaagaacatgatgtgtgctgctgaccctaggcatgggcgatacctcactgcttcagccatgtttagaggcaa 5532550  T
Q  388 aatgagcactaaagaagttgatgaacaaatgatcaatgttcagaacaagaactcgtcctacttcgtcgaatggattccaaacaatgtcaaatcaactgtt 487  Q
     |||||||| || || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || || |||||     
T  5532551 gatgagcaccaaggaggttgatgaacaaatgatgaatgtccagaacaagaactcatcctactttgttgaatggattccaaacaatgtgaagtctactgtc 5532650  T
Q  488 tgtgatattccaccaacagggttgaagatggcttctacgttcattggaaactcgacatcaattcaggaaatgttccgaagggtgagtgaacagttcactg 587  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  5532651 tgtgatattcccccaacagggttgaaaatggcttcaacattcattggaaactccacatccattcaggaaatgttccgtagggtgagtgagcagttcactg 5532750  T
Q  588 ctatgttcaggagaaaggctttcttgcattggtacacaggtgaaggaatggatgagatggagttcactgaggctgagagcaacatgaatgatcttgtgtc 687  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |    
T  5532751 ctatgttcaggagaaaggctttcttgcattggtacactggtgaaggcatggacgaaatggaattcactgaggctgagagcaacatgaatgatctggttgc 5532850  T
Q  688 ggaatatcaacagtatcaagatgctactgcagaggaggatgagtatgaagatgaaga 744  Q
     || ||||||||||| |||||||| || || || ||||||||||||| ||| |||||    
T  5532851 tgagtatcaacagtaccaagatgccaccgctgatgaggatgagtatggagaagaaga 5532907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 152 - 738
Target Start/End: Complemental strand, 38177502 - 38176916
Alignment:
Q  152 ttccctggtcagctaaactccgatctgaggaagcttgctgtgaatctcattccattccctcgtcttcactttttcatgttgggttttgcacctctgactt 251  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||||| || || || |||||||||||||| || || || ||| | || ||||||||  |||| |    
T  38177502 ttccctgggcagctgaactctgatcttagaaagcttgctgtcaaccttatcccattccctcgtctccatttctttatggttgggtttgcacccttgacat 38177403  T
Q  252 caagaggttctcagcagtaccgggctttgagtgtaccagagctcacacagcaaatgtgggattctaagaacatgatgtgtgctgctgaccctagacacgg 351  Q
    ||||||| || || ||||||||    |||  ||| || ||  | || ||||| ||||||||| ||||||| |||||||| ||||| || ||  | |||||    
T  38177402 caagaggatcccaacagtaccgcaacttgtctgtgcctgaattgactcagcagatgtgggatgctaagaatatgatgtgcgctgcagatccacgccacgg 38177303  T
Q  352 acgatacctcactgcatcagccatcttcagaggcaaaatgagcactaaagaagttgatgaacaaatgatcaatgttcagaacaagaactcgtcctacttc 451  Q
     || ||  | ||||| ||||| || ||| | || || |||||||| || || || || || || ||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||     
T  38177302 tcgttatttgactgcttcagcaatgttccgtggtaagatgagcaccaaggaggtggacgagcagatgattaatgtacagaacaaaaactcttcttacttt 38177203  T
Q  452 gtcgaatggattccaaacaatgtcaaatcaactgtttgtgatattccaccaacagggttgaagatggcttctacgttcattggaaactcgacatcaattc 551  Q
    || || ||||| || ||||| ||||| || |  || |||||||| |||||||| ||  | ||| |||| || || |||||||| || || ||||| ||||    
T  38177202 gttgagtggatacccaacaacgtcaagtctagcgtgtgtgatataccaccaacgggtcttaagttggcatccactttcattggcaattcaacatctattc 38177103  T
Q  552 aggaaatgttccgaagggtgagtgaacagttcactgctatgttcaggagaaaggctttcttgcattggtacacaggtgaaggaatggatgagatggagtt 651  Q
    | || |||||| | || || || || |||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  38177102 aagagatgttcaggagagtcagcgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcattggtacactggtgagggaatggatgaaatggagtt 38177003  T
Q  652 cactgaggctgagagcaacatgaatgatcttgtgtcggaatatcaacagtatcaagatgctactgcagaggaggatgagtatgaaga 738  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||| | ||| | || || || || || || ||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  38177002 cactgaggccgagagtaacatgaatgatttggtggcagagtaccagcaataccaggatgctactgctgatgaggaagagtatgaaga 38176916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 816 - 896
Target Start/End: Complemental strand, 5934494 - 5934412
Alignment:
Q  816 gcaacttcctgttgccggttcgtaatctc--tgttgtaaggggatacttttgttccggctgttatgaaattgtttctggtttt 896  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||  |||||| ||| ||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||    
T  5934494 gcaacttcctgttgccggttcataatctctttgttgttgggggatgcttatgttctggctgttctgaaattgattctgatttt 5934412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 166; Significance: 2e-88; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 87 - 712
Target Start/End: Complemental strand, 40916851 - 40916226
Alignment:
Q  87 atgcagttggtgatcttaaccatttgatatcagcaaccatgtctggtgtcacatgttgtttgaggttccctggtcagctaaactccgatctgaggaagct 186  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||| |||| |||  ||| || ||||||||  |  | || ||||| || || ||||| ||||| |||||  |    
T  40916851 atgcagttggtgatttgaaccatttgatatcaacaacaatgagtggagtaacatgttgcctccgatttcctggccaactcaactctgatcttaggaaatt 40916752  T
Q  187 tgctgtgaatctcattccattccctcgtcttcactttttcatgttgggttttgcacctctgacttcaagaggttctcagcagtaccgggctttgagtgta 286  Q
     || || || ||||| || ||||| ||||| |||||||||||| | |||||||| ||  | || ||||| |||||||| |||||| |  |  | |   |     
T  40916751 agcagttaacctcatccctttcccacgtctacactttttcatggttggttttgctcccttaacatcaaggggttctcaacagtacagttccctcaccatt 40916652  T
Q  287 ccagagctcacacagcaaatgtgggattctaagaacatgatgtgtgctgctgaccctagacacggacgatacctcactgcatcagccatcttcagaggca 386  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| | |  |||||||||||||||||||| || ||||| ||  | || || || || || || || ||| | ||||    
T  40916651 ccagaactcacacagcaaatgtgggatgcaagaaacatgatgtgtgctgctgatccaagacatggtaggtatctaacagcctcggcaatgttccgtggca 40916552  T
Q  387 aaatgagcactaaagaagttgatgaacaaatgatcaatgttcagaacaagaactcgtcctacttcgtcgaatggattccaaacaatgtcaaatcaactgt 486  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  40916551 aaatgagcacaaaagaagttgatcaacagatgataaatgttcagaacaagaactcgtcttactttgtggaatggattccaaacaatgtgaaatcaagtgt 40916452  T
Q  487 ttgtgatattccaccaacagggttgaagatggcttctacgttcattggaaactcgacatcaattcaggaaatgttccgaagggtgagtgaacagttcact 586  Q
    |||||||||||| ||||||||||||  |||| |||| || || || || || |||||||| ||||| ||||||||  || | ||    || ||||| |||    
T  40916451 ttgtgatattccgccaacagggttgtcgatgtcttcgacatttatggggaattcgacatctattcaagaaatgtttagacgtgtttcggagcagtttact 40916352  T
Q  587 gctatgttcaggagaaaggctttcttgcattggtacacaggtgaaggaatggatgagatggagttcactgaggctgagagcaacatgaatgatcttgtgt 686  Q
    | |||||| | ||||||||| || ||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||| | || |    
T  40916351 gttatgtttaagagaaaggcatttttgcattggtatactgctgaaggaatggatgagatggagtttactgaggctgagagtaatatgaatgatttggttt 40916252  T
Q  687 cggaatatcaacagtatcaagatgct 712  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||    
T  40916251 ctgaatatcaacaatatcaagatgct 40916226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 90 - 699
Target Start/End: Original strand, 45320029 - 45320638
Alignment:
Q  90 cagttggtgatcttaaccatttgatatcagcaaccatgtctggtgtcacatgttgtttgaggttccctggtcagctaaactccgatctgaggaagcttgc 189  Q
    ||||||| ||| | || |||||||| |||||||| |||  ||| || || ||||| || || ||||| ||||||||||| || || ||| ||||||| ||    
T  45320029 cagttggagatttgaatcatttgatctcagcaacaatgagtggagtgacttgttgcttaagattcccgggtcagctaaattcagacctgcggaagctagc 45320128  T
Q  190 tgtgaatctcattccattccctcgtcttcactttttcatgttgggttttgcacctctgacttcaagaggttctcagcagtaccgggctttgagtgtacca 289  Q
     |||||  | || ||||| || || |||||||| |||||| ||||||| || || ||||| ||   ||| || ||| | ||||| ||  | |  ||||||    
T  45320129 agtgaacttgatcccatttccacgccttcacttcttcatggtgggtttcgctcccctgacatctcaaggatcgcagaactaccgtgcacttaccgtacca 45320228  T
Q  290 gagctcacacagcaaatgtgggattctaagaacatgatgtgtgctgctgaccctagacacggacgatacctcactgcatcagccatcttcagaggcaaaa 389  Q
    || || ||||| || ||||||||| | ||||||||||||||||| || || ||  | || || || ||  | || || |||||  | || ||||| ||||    
T  45320229 gaacttacacaacagatgtgggatgccaagaacatgatgtgtgcggcggatccacgccatggccgttatttaacagcctcagcggtgtttagagggaaaa 45320328  T
Q  390 tgagcactaaagaagttgatgaacaaatgatcaatgttcagaacaagaactcgtcctacttcgtcgaatggattccaaacaatgtcaaatcaactgtttg 489  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||  | || ||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||||||||| || ||||| || || | ||| ||    
T  45320329 tgagcacaaaagaagtggatgaacaggtaatgaatgtgcagaacaagaattcttcttacttcgttgaatggattcccaataatgtgaagtccagtgtctg 45320428  T
Q  490 tgatattccaccaacagggttgaagatggcttctacgttcattggaaactcgacatcaattcaggaaatgttccgaagggtgagtgaacagttcactgct 589  Q
    |||| | ||||| | |||  |   ||||||||| || ||  |||| || |||||||| || ||||| |||||  | || ||||||||||||||| ||||     
T  45320429 tgatgtcccacctagaggcctttcgatggcttcgacatttgttggcaattcgacatctatacaggagatgtttaggagagtgagtgaacagttctctgcc 45320528  T
Q  590 atgttcaggagaaaggctttcttgcattggtacacaggtgaaggaatggatgagatggagttcactgaggctgagagcaacatgaatgatcttgtgtcgg 689  Q
    |||||||| || || || |||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||| || ||||| || || ||||| ||||||||||||||  | |    
T  45320529 atgttcagaaggaaagcattcttgcattggtataccggagaaggaatggatgaaatggaatttactgaagcagaaagcaatatgaatgatcttgttgctg 45320628  T
Q  690 aatatcaaca 699  Q
    ||||||||||    
T  45320629 aatatcaaca 45320638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 158; Significance: 1e-83; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 152 - 717
Target Start/End: Original strand, 34841384 - 34841949
Alignment:
Q  152 ttccctggtcagctaaactccgatctgaggaagcttgctgtgaatctcattccattccctcgtcttcactttttcatgttgggttttgcacctctgactt 251  Q
    ||||| ||||| || ||||| |||||  |||| || || ||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||| | |||||||| ||||| || |    
T  34841384 ttcccgggtcaactcaactctgatctccggaaactggcagtgaatctcatcccattccctcgcctgcacttcttcatggttggttttgctcctcttacat 34841483  T
Q  252 caagaggttctcagcagtaccgggctttgagtgtaccagagctcacacagcaaatgtgggattctaagaacatgatgtgtgctgctgaccctagacacgg 351  Q
    |  | || |||||||| ||||| || |||| ||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || ||    
T  34841484 cccgtggctctcagcaataccgtgcattgactgttccagaactcacccagcagatgtgggattccaaaaacatgatgtgtgctgctgatcctaggcatgg 34841583  T
Q  352 acgatacctcactgcatcagccatcttcagaggcaaaatgagcactaaagaagttgatgaacaaatgatcaatgttcagaacaagaactcgtcctacttc 451  Q
     |||||||||||||| || ||||| ||||| || || |||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||     
T  34841584 tcgatacctcactgcgtctgccatgttcaggggtaagatgagcaccaaagaggtggatgagcaaatgataaatgtccagaacaagaactcttcctacttt 34841683  T
Q  452 gtcgaatggattccaaacaatgtcaaatcaactgtttgtgatattccaccaacagggttgaagatggcttctacgttcattggaaactcgacatcaattc 551  Q
    || || ||||| || |||||||| || |||| ||||||||| ||| | || | |||  |    ||||| || || || || || ||||| || |||||||    
T  34841684 gttgagtggatccccaacaatgttaagtcaagtgtttgtgacattgctcctagaggtctctccatggcctccacctttatcggtaactcaacctcaattc 34841783  T
Q  552 aggaaatgttccgaagggtgagtgaacagttcactgctatgttcaggagaaaggctttcttgcattggtacacaggtgaaggaatggatgagatggagtt 651  Q
    ||||||||||  | |||||||| || || || || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||    
T  34841784 aggaaatgtttaggagggtgagcgagcaatttaccgctatgtttaggaggaaggctttcttgcattggtacactggtgaaggcatggatgaaatggaatt 34841883  T
Q  652 cactgaggctgagagcaacatgaatgatcttgtgtcggaatatcaacagtatcaagatgctactgc 717  Q
    ||| || || ||||||||||||||||| || ||||| || || || ||||| || ||||| |||||    
T  34841884 cacagaagcagagagcaacatgaatgacctcgtgtctgagtaccagcagtaccaggatgccactgc 34841949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 149; Significance: 3e-78; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 194 - 750
Target Start/End: Complemental strand, 45452878 - 45452322
Alignment:
Q  194 aatctcattccattccctcgtcttcactttttcatgttgggttttgcacctctgacttcaagaggttctcagcagtaccgggctttgagtgtaccagagc 293  Q
    ||||||||||| ||||||||| | || || |||||| |||| ||||| || || |||||  | ||||| ||||||||| | ||| | | |||||| ||||    
T  45452878 aatctcattcctttccctcgtttgcatttcttcatggtgggatttgccccactcacttctcgtggttcacagcagtacagagctcttactgtacctgagc 45452779  T
Q  294 tcacacagcaaatgtgggattctaagaacatgatgtgtgctgctgaccctagacacggacgatacctcactgcatcagccatcttcagaggcaaaatgag 393  Q
    | || ||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||| | ||||| || ||  | || ||||| ||||| ||| | || || |||||    
T  45452778 tgacccagcagatgtgggattcaaagaacatgatgtgcgccgctgatcctcgccacggtcgttatttgacagcatctgccatgttccgtggtaagatgag 45452679  T
Q  394 cactaaagaagttgatgaacaaatgatcaatgttcagaacaagaactcgtcctacttcgtcgaatggattccaaacaatgtcaaatcaactgtttgtgat 493  Q
    ||| || || |||||||| || ||||||||||||||||||||||| || || ||||| || || |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  45452678 caccaaggaggttgatgagcagatgatcaatgttcagaacaagaattcatcatactttgttgagtggattcccaacaatgtgaaatccactgtctgtgat 45452579  T
Q  494 attccaccaacagggttgaagatggcttctacgttcattggaaactcgacatcaattcaggaaatgttccgaagggtgagtgaacagttcactgctatgt 593  Q
    || || ||||| ||  | || ||||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||  | ||||||||||| || ||||| |||||||    
T  45452578 atccctccaactggtcttaaaatggcttctacttttattggtaactccacatctattcaagaaatgtttaggagggtgagtgagcaattcacggctatgt 45452479  T
Q  594 tcaggagaaaggctttcttgcattggtacacaggtgaaggaatggatgagatggagttcactgaggctgagagcaacatgaatgatcttgtgtcggaata 693  Q
    || | ||||| ||||||||||||||||| || || || || ||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||| ||||| || || ||    
T  45452478 tccgcagaaaagctttcttgcattggtatactggagagggtatggatgagatggagtttactgaagcagaaagcaacatgaatgaccttgtctcagagta 45452379  T
Q  694 tcaacagtatcaagatgctactgcagaggaggatgagtatgaagatgaagaggagga 750  Q
     || || || ||||||||||||||||| || || | ||||||  ||||||| |||||    
T  45452378 ccagcaataccaagatgctactgcagatgaagaggggtatgactatgaagatgagga 45452322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 140; Significance: 7e-73; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 88 - 675
Target Start/End: Complemental strand, 53146578 - 53145991
Alignment:
Q  88 tgcagttggtgatcttaaccatttgatatcagcaaccatgtctggtgtcacatgttgtttgaggttccctggtcagctaaactccgatctgaggaagctt 187  Q
    ||||||||| ||||| |||||| |||| || ||||| |||  ||| || || |||||| ||||||| ||||| ||  | ||||| ||||| ||||||||     
T  53146578 tgcagttggggatctgaaccatctgatttccgcaactatgagtggggttacctgttgtctgaggtttcctggacaattgaactctgatctcaggaagctg 53146479  T
Q  188 gctgtgaatctcattccattccctcgtcttcactttttcatgttgggttttgcacctctgacttcaagaggttctcagcagtaccgggctttgagtgtac 287  Q
    ||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||| | || ||||||||||| |||||  | || |||||||||||     |  | | ||| |    
T  53146478 gctgtcaatctgatcccattcccacgtcttcacttttttatggttgggtttgcacctctcacttctcgtgggtctcagcagtatgtatcccttactgtcc 53146379  T
Q  288 cagagctcacacagcaaatgtgggattctaagaacatgatgtgtgctgctgaccctagacacggacgatacctcactgcatcagccatcttcagaggcaa 387  Q
    | || || || || |||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||| |||| || |||||| | |||||||| || || |||||||| ||    
T  53146378 cggaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaa 53146279  T
Q  388 aatgagcactaaagaagttgatgaacaaatgatcaatgttcagaacaagaactcgtcctacttcgtcgaatggattccaaacaatgtcaaatcaactgtt 487  Q
     |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| || ||||||||||| |||||||| || || | |||     
T  53146278 gatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtg 53146179  T
Q  488 tgtgatattccaccaacagggttgaagatggcttctacgttcattggaaactcgacatcaattcaggaaatgttccgaagggtgagtgaacagttcactg 587  Q
    |||||||| ||||| |     ||||||||| | || || || ||||| ||||| || ||||||||||| |||||| | ||||| ||||| ||||| ||||    
T  53146178 tgtgatatcccacccaagaatttgaagatgtcgtccacttttattgggaactctacttcaattcaggagatgttcaggagggtcagtgagcagtttactg 53146079  T
Q  588 ctatgttcaggagaaaggctttcttgcattggtacacaggtgaaggaatggatgagatggagttcactgaggctgagagcaacatgaa 675  Q
    | |||||| || | ||||| || ||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||    
T  53146078 caatgttccggcgcaaggcctttttgcattggtatactggggagggaatggatgagatggagttcacggaggcagaaagtaacatgaa 53145991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 133; Significance: 1e-68; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 152 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 11732358 - 11731826
Alignment:
Q  152 ttccctggtcagctaaactccgatctgaggaagcttgctgtgaatctcattccattccctcgtcttcactttttcatgttgggttttgcacctctgactt 251  Q
    |||||||| || || ||||| |||||  | ||||||||||| ||||| || ||||||||||| || || || |||||| | || ||||||||  |||| |    
T  11732358 ttccctggacaactgaactctgatcttcgtaagcttgctgtcaatcttatcccattccctcggctccatttcttcatggttgggtttgcacccttgacat 11732259  T
Q  252 caagaggttctcagcagtaccgggctttgagtgtaccagagctcacacagcaaatgtgggattctaagaacatgatgtgtgctgctgaccctagacacgg 351  Q
    ||||||| || ||||| || || ||||||| |||||||||  | || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  | || ||    
T  11732258 caagaggatcccagcaatatcgtgctttgactgtaccagaattgactcagcagatgtgggattcaaagaacatgatgtgtgctgctgatccacgccatgg 11732159  T
Q  352 acgatacctcactgcatcagccatcttcagaggcaaaatgagcactaaagaagttgatgaacaaatgatcaatgttcagaacaagaactcgtcctacttc 451  Q
     || ||  | || |||||||| || ||| | || || |||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||| || |||||     
T  11732158 ccgttatttgaccgcatcagcaatgttccgtggtaagatgagcacaaaggaagtagatgagcagatgatcaatgtgcaaaacaagaactcttcatacttt 11732059  T
Q  452 gtcgaatggattccaaacaatgtcaaatcaactgtttgtgatattccaccaacagggttgaagatggcttctacgttcattggaaactcgacatcaattc 551  Q
    || || ||||| ||||| ||||| || || |  || |||||||| |||||||  ||  | |||||||| || || ||||| || || || || || || |    
T  11732058 gttgagtggataccaaataatgttaagtccagcgtatgtgatatcccaccaaagggccttaagatggcatcaactttcatcggtaattcaacttcgatcc 11731959  T
Q  552 aggaaatgttccgaagggtgagtgaacagttcactgctatgttcaggagaaaggctttcttgcattggtacacaggtgaaggaatggatgagatggagtt 651  Q
    |||| |||||| | || || ||||| |||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||    
T  11731958 aggagatgttcaggagagttagtgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcattggtacactggtgagggaatggacgaaatggagtt 11731859  T
Q  652 cactgaggctgagagcaacatgaatgatcttgt 684  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11731858 cactgaggctgagagtaacatgaatgatcttgt 11731826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University