View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3056-3-Insertion-3 (Length: 974)

Name: NF3056-3-Insertion-3
Description: NF3056-3
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3056-3-Insertion-3
NF3056-3-Insertion-3
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (7-974)||(37833698-37834666)
chr8 (7-482)||(37843046-37843526)
chr8 (796-974)||(37842127-37842306)
chr8 (507-568)||(37842978-37843039)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 945; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 945; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 974
Target Start/End: Complemental strand, 37834666 - 37833698
Alignment:
Q  7 agatcttacctaacatgtcatactaattgtaaaattggaattgtgatagatgatcaagaaaggttgcctgtctttcgtcaggtagattatatcccactca 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37834666 agatcttacctaacatgtcatactaattgtaaaattggaattgtgatagatgatcaagaaaggttgcctgtctttcgtcaggtagattatatcccactca 37834567  T
Q  107 gtcaagctaatgaaaccagacacattaataatgttggatcggcatgtgaaccgtcaaaactccttggctattattcatcatggcaacatatcttggacaa 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37834566 gtcaagctaatgaaaccagacacattaataatgttggatcggcatgtgaaccgtcaaaactccttggctattattcatcatggcaacatatcttggacaa 37834467  T
Q  207 tactgctgcaagttatgacgagctttttcagccttcttttcctgagatacaatccaataacatggaaataaatagtacttctcaacaatatgaggtaatg 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37834466 tactgctgcaagttatgacgagctttttcagccttcttttcctgagatacaatccaataacatggaaataaatagtacttctcaacaatatgaggtaatg 37834367  T
Q  307 gggcaaccttttagcagcaccattactaaacggcatcagaatggaagtcttatgcaaagtgtaggaaattggctggtattggattagttatacggcaaag 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37834366 gggcaaccttttagcagcaccattactaaacagcatcagaatggaagtcttatacaaagtgtaggaaattggcaggtattggattagttatacggcaaag 37834267  T
Q  407 aaatatgtgtcattctgatactggtctgtataagtactttaggcaacgactatttctgcaagtaaaattgatacttcatctgcaattaatactcatttgt 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37834266 aaatatgtgtcattctgatactggtctgtataagtactttaggcaacgactatttctgcaagtaaaattgatacttcatctgcaattaatactcatttgt 37834167  T
Q  507 ttgcattatttcatgtttatatagtatattgtttagttctaaatcaggatctattgtctgtttcatataagcttttgctttatgtatgagtaactcttta 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37834166 ttgcattatttcatgtttatatagtatattgtttagttctaaatcaggatctattgtctgtttcatataagcttttgctttatgtatgagtaactcttta 37834067  T
Q  607 acatttatctttttaattctctccatcaaactcatttaattgctaaaagctcaactttccatatgaacaggcaactggttttaattccttaaccagttgg 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37834066 acatttatctttttaattctctccatcaaactcatttaattgctaaaagctcaactttccatatgaacaggcaactggttttaattccttaaccagttgg 37833967  T
Q  707 ctcctagatggtgatcattcagtctcaacatgtgagattagttataataacaacgaacaggaagaactgagaaagccatctacttctaatgcttattggg 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37833966 ctcctagatggtgatcattcagtctcaacatgtgagattagttataataacaacgaacaggaagaactgagcaagccatctacttctaatgcttattggg 37833867  T
Q  807 atacaattgaaagcgaaaatggattcgacagtacaattattccctcccaagatcactttgacgactgtgtactgtgcccatctattttctgtgatcatct 906  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37833866 atacaattgaaagcgaaaatggattcgacagtacaattattccctcccaagatcactttgacgactgtgtactgtgcccatctattttctgtgatcatct 37833767  T
Q  907 tttcagcatcattaatatttctcctagctggacatttg-agactcagaaattaaggtattctattttga 974  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37833766 tttcagcatcattaatatttctcctagctggacatttgaagactcagaaattaaggtattctattttga 37833698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 7 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 37843526 - 37843046
Alignment:
Q  7 agatcttacctaacatgtcatactaattgtaaaattggaattgtgatagatgatcaagaaaggttgcctgtctttcgtcaggtagattatatcccactca 106  Q
    ||||||||||  ||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||| ||| ||||| ||||||    
T  37843526 agatcttaccatacatgccatactaattgtgaaattgaaattgtgatagatgatcaggaaaggttgcctgtcattcctcaggttgatgatatctcactca 37843427  T
Q  107 gtcaagctaatgaaaccagacacattaataatgttggatcggcatgtgaaccgtcaaaactccttggctattattcatcatggcaacatatcttggacaa 206  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||||| |||||||||| | |||||||||  |||||| | ||||||   | ||||||||||||| ||||||| || ||    
T  37843426 gtcaaactaatgaaaccaaatacattaacaatgttggattgacatgtgaactctcaaaagttcttggc---ttttcatcatggcaagatatcttagaaaa 37843330  T
Q  207 tactgctgcaagttatgacgagctttttcagccttcttttcctgagatacaatccaataacatggaaataaatagtacttctcaacaatatgaggtaatg 306  Q
    ||  |||| |||| || | | || |||||||   ||||||||||| | | || |||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||  ||||    
T  37843329 taaggctggaagtcataatgtgccttttcag---tcttttcctgaaaaagaacccaataacatggaaatcaatagtacttctcaaggatatgagacaatg 37843233  T
Q  307 gggcaaccttttagcagcaccattactaaacggcatcagaatggaagtcttatgca-----aag-tgtaggaaattggctggtattggattagttatac- 399  Q
    ||||||| ||| | || || ||||||||||| |||| ||||| ||||| |||| ||     ||| || ||||||||||| |||||  || |||||||||     
T  37843232 gggcaacatttaaccatcagcattactaaacagcatgagaatagaagttttatacaagctgaagctgaaggaaattggcaggtatgtgactagttatact 37843133  T
Q  400 -----ggcaaagaaatatgtgtcattctgatactggtctgtataagtactttaggcaacgactatttctgcaagtaaaattgatactt 482  Q
         || |||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37843132 tttatggtaaagaaatttgtgtcattctgatattggtctgtttaagtac-ttaggaaacaactatgtctgcaagtaaaattgatactt 37843046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 796 - 974
Target Start/End: Complemental strand, 37842306 - 37842127
Alignment:
Q  796 tgcttattgggatacaattgaaagcgaaaatggattcgacagtacaattattccctcccaagatcactttgacgactgtgtactgtgcccatctattttc 895  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||  | |||||||||| |||||| ||||| |  ||| | ||  ||| |||||||   |||||||||| |    
T  37842306 tgcttattgggatacagttgaaagcgaaaatggtgttgacagtacaactattccttcccaggtgcacctggagaactatgtactggatccatctatttgc 37842207  T
Q  896 tgtgatcatcttttcagcatcattaatatttctcctagctggacatttg-agactcagaaattaaggtattctattttga 974  Q
    | |||||| ||||||||||||||| ||  ||| || || |||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  37842206 tatgatcagcttttcagcatcattgattattccccaagttggacatttgaagactcggaaattgaggtattctattttga 37842127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 507 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 37843039 - 37842978
Alignment:
Q  507 ttgcattatttcatgtttatatagta-tattgtttagttctaaatcaggatctattgtctgtt 568  Q
    ||||||||||||||||| | |||||| |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  37843039 ttgcattatttcatgtt-acatagtaatattatttagttttaaatcaggatctatagtctgtt 37842978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University