View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF3056-Insertion-18 (Length: 562)
Name: NF3056-Insertion-18
Description: NF3056
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3056-Insertion-18 |
 | |
|
| [»] chr2 (2 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 508; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 508; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 562
Target Start/End: Original strand, 14923498 - 14924053
Alignment:
| Q |
7 |
acaaatccacatgcatattcaatccatgtgatcccttgtattttgttgatttccaacccattcatcaacttacacttcttgaatgatttttgtatggcta |
106 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
14923498 |
acaaatccacatgcatattcaatccatatgatcccttgtattttgttgatttccaaccaattcatcaacttacacttcttgaatgatttttgcatggcta |
14923597 |
T |
|
| Q |
107 |
gtgatgcaacagtttcctctaacattactttcatcttcttttctttactcttagcttttcactttgctatggcagtccaagaacacactttaacaaaaga |
206 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14923598 |
gtgatgcaacattttcctccaacattactttcatcttcttttctttactcttagcttttcactttgctatggcagtccaagaacacactttaacaaaaga |
14923697 |
T |
|
| Q |
207 |
tgatgccaagaagaggagcaacgaggtagctacttcaacaaacaaagaaagtgcacaaaatttgaataccacaaaaggtaaccgtatttctgatctacaa |
306 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14923698 |
tgatgccaagaagaggagcaacgaggtagctacttcaacaaacgaagaaagtgtacaaaatttgaataccacaaaaggtaaccgtatttctgatctacaa |
14923797 |
T |
|
| Q |
307 |
aagcatccgaagggaagaaactctagagcatcaaagcctctatttcaatggaaaaacaagatcttcaatgctagtgaacatgaagttcctagtggtccaa |
406 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14923798 |
aagcatcctaagggaagaaactctagagcatcaaagcctctatttcaatggaaaaacaagatcttcaatgctagtgaacatgaagttcctagtggtccaa |
14923897 |
T |
|
| Q |
407 |
accccatctcaaacaggtaaataattgtactcaatatcatttggtagaagtgaacacctaagaaatggaataagattttgggttgtggttttaattaggt |
506 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14923898 |
accccatctcaaacaggtaaataattgtactcaatatcatttggtagaagtgaacacctaagaaatggaataagattttggattgtggttttaattaggt |
14923997 |
T |
|
| Q |
507 |
tctttatgttgtttcatccttaattttgtaatattttattattattttgttgttca |
562 |
Q |
| |
|
||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
14923998 |
tctttatgttgttgcctccttaattttgtaatattttattaatattttgttgttca |
14924053 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 492; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 562
Target Start/End: Original strand, 14915007 - 14915561
Alignment:
| Q |
7 |
acaaatccacatgcatattcaatccatgtgatcccttgtattttgttgatttccaacccattcatcaacttacacttcttgaatgatttttgtatggcta |
106 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
14915007 |
acaaatccacatgcatattcaatccatgtgatcccttgtattttgttgattttcaaccaattcatcaacttacacttcttgaatgatttttgcatggcta |
14915106 |
T |
|
| Q |
107 |
gtgatgcaacagtttcctctaacattactttcatcttcttttctttactcttagcttttcactttgctatggcagtccaagaacacactttaacaaaaga |
206 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14915107 |
gtgatgcaacattttcctccaacattactttcatcttcttttctttactcttagcttttcactttgctatggcagtccaagaacacactttaacaaaaga |
14915206 |
T |
|
| Q |
207 |
tgatgccaagaagaggagcaacgaggtagctacttcaacaaacaaagaaagtgcacaaaatttgaataccacaaaaggtaaccgtatttctgatctacaa |
306 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14915207 |
tgaggccaagaagaggagcgacgaggtagctacttcaacaaacgaagaaagtgtacaaaatttgaataccacaaaaggtaaccgtatttctgatctacaa |
14915306 |
T |
|
| Q |
307 |
aagcatccgaagggaagaaactctagagcatcaaagcctctatttcaatggaaaaacaagatcttcaatgctagtgaacatgaagttcctagtggtccaa |
406 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14915307 |
aagcatcctaagggaagaaactctagagcatcaaagcctccatttcaatggaaaaacaagatcctcaatgctagtgaacgtgaagttcctagtggtccaa |
14915406 |
T |
|
| Q |
407 |
accccatctcaaacaggtaaataattgtactcaatatcatttggtagaagtgaacacctaagaaatggaataagattttgggttgtggttttaattaggt |
506 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14915407 |
accccatctcaaacaggtaaataattgtactcaatatcatttggtagaagtgaacacctaagaaatggaataagattttgggttgtggttttaattaggt |
14915506 |
T |
|
| Q |
507 |
tctttatgttgtttcatccttaattttgtaatattttattattattttgttgttca |
562 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14915507 |
tc-ttatgttgtttcctccttaattttgtaatattttattattattttgttgttca |
14915561 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University