View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF3056-Insertion-8 (Length: 997)
Name: NF3056-Insertion-8
Description: NF3056
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3056-Insertion-8 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 727; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 727; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 971
Target Start/End: Complemental strand, 3344591 - 3343627
Alignment:
| Q |
7 |
aatcgggtctctcaatgaactagaaattctcacagatgctattcaaaggtacggcatttctttctatgaaacatgaaaacatacatgatacaccgaacag |
106 |
Q |
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| T |
3344591 |
aatcgggtctctcaatgaactagaaattctcacagatgctattcaaaggtacggcatttctttctataaaacacgaacacatacatgatacaccgaacag |
3344492 |
T |
|
| Q |
107 |
gtcaactcaactaataatttgaaaaatcgaagtaaatataatcacatgtatgatgtatcattgtcacattggtgttgacacttatcggatatcgacacat |
206 |
Q |
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| T |
3344491 |
gtcaactccactaataatttgaaaaatcaaagtaaatataatcacatgtatgatgtatcattgtcacattggtgttgacac-----------------at |
3344409 |
T |
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| Q |
207 |
ggcatacattgaacacgcattcatttgaaatttcggtgatacgtggct---------atctctcttttgcac--acacattcataaattgtgtttcgagt |
295 |
Q |
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| T |
3344408 |
ggcatgcattgaacacgcattcatttgaaatttcggtgatacgtgcctgttttctatatctctcttttgcacgtacacattcataaattgtgtttcgagt |
3344309 |
T |
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| Q |
296 |
aatttgtttccatcttattagannnnnnnatgatatatatgtgtttacgaaaataactaacatattcataaattattttcaacttatttcaattagtttc |
395 |
Q |
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| T |
3344308 |
aatttgtttccatcttattagatttttttatgatatatatgtgtttacgaaaataactaacatattcataaattattttcaacttatttcaattagtttc |
3344209 |
T |
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| Q |
396 |
tcgcaataatttataaaaacacaacttagaacaaaaaatagtttaaccacactttctctttgataatagaaataatgaaaattacttaattaagttgttt |
495 |
Q |
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| T |
3344208 |
tcgcaataatttataaaaaca--acttagaacaaaaaatagtttaaccacactttctctttgataatagaaataatgaaaattacttaattaagttgttt |
3344111 |
T |
|
| Q |
496 |
agtgaaacacacaaat-----agtctaaaaactcaagatgtggttcttcaaaatgttaaatctctttcatatatgttcattctttttgaaataatagatg |
590 |
Q |
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| T |
3344110 |
agtcaaacacacaaattaaatagtctaaaaactcaagatgtggttcttcaaaatgttaaatctctttcatgtaagctcattctttttgaaataatagatg |
3344011 |
T |
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| Q |
591 |
ggatgccataggcctaagcagccacagcaaagtaatatttgatgcacttgatgatcttgtgagtgaagctactataaaatatctccaacaagaaggaaca |
690 |
Q |
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| T |
3344010 |
ggatgccataggcctaagcagccacagcaaagtaatatttgatgcacttgatgatcttgtgagtgaagctactataaaatatctccaacaagaaggaaca |
3343911 |
T |
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| Q |
691 |
tatgatgatatctctggcagcttaaaagatctagtatgaattaccaaatttatctaactatctctatctatatagttttcaaaatattttaatgaaaaac |
790 |
Q |
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| T |
3343910 |
tatgatgatatctctggcagcttaaaagatctagtatgaattaccaaagttatctaactatctctatctatatagttttcaaaatattttaatgaaaaac |
3343811 |
T |
|
| Q |
791 |
tctatagcaaagcaataacattgtaaattgtgtttga-tttgtgaagtgggtatgaagttttcctttcatggttcgtagaggcaacctggagtagaaatg |
889 |
Q |
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| T |
3343810 |
attatagcaaagcaataacattgtaaattgtgtttcattttgtgaagt-ggtatgaagttttcctttcatggttcatagaggcaacctggagtagaaatg |
3343712 |
T |
|
| Q |
890 |
gacacaaaccatccattgatgcttacttaaaaccaggcatgacttca--ttggtcacatatcat-gtactttcatcctcatgttt |
971 |
Q |
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| T |
3343711 |
gacacaaaccatccattgatgcttacttaaaaacaggcatgacttcaattgggtcacatatcatggtactttcatcctcatgttt |
3343627 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 537 - 791
Target Start/End: Complemental strand, 3369274 - 3369019
Alignment:
| Q |
537 |
ttcaaaatgttaaatc-tctttcatatatgttcattctttttgaaataatagatgggatgccataggcctaagcagccacagcaaagtaatatttgatgc |
635 |
Q |
| |
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| T |
3369274 |
ttcaaaatgttaaaacctcattcatgtaagctctttctttttgaaatagtagatgggatacaagaggcctaagcagccacagcaaagttatatttgatgc |
3369175 |
T |
|
| Q |
636 |
acttgatgatcttgtgagtgaagctactataaaatatctccaacaagaaggaacatatgatgatatctctggcagcttaaaagatctagtatgaattacc |
735 |
Q |
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|
|
| T |
3369174 |
acttgataatcttgtgagtgaagcttctagaaattatctccaacaagaaggaacatctgatgatatctcacgtagcttaaaagatctagtatgaattacc |
3369075 |
T |
|
| Q |
736 |
aaatttatctaactatctctatctatatagttttcaaaatattttaatgaaaaact |
791 |
Q |
| |
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| T |
3369074 |
aaatttatctatcaatctctatctatatagttttcaaaatattttaatgataaact |
3369019 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 787 - 936
Target Start/End: Complemental strand, 3368670 - 3368521
Alignment:
| Q |
787 |
aaactctatagcaaagcaataa-cattgtaaattgtgtttgatttgtgaagtgggtatgaagttttcctttcatggttcgtagaggcaacctggagtaga |
885 |
Q |
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||||| ||| |||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| ||| |
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| T |
3368670 |
aaactttatggcaaagcaataaacattgtaaaatgtgtttcatttgtgaagtgg-tatgaagttttcctttcatggctcatagaggcaaaatggagcaga |
3368572 |
T |
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| Q |
886 |
aatggacacaaaccatccattgatgcttacttaaaaccaggcatgacttca |
936 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||| ||||| |||| | ||| |||||||||||||| |
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| T |
3368571 |
aatggacacaaaccatcccttgattgttacctcaaaacaggcatgacttca |
3368521 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 11 - 58
Target Start/End: Complemental strand, 3370349 - 3370302
Alignment:
| Q |
11 |
gggtctctcaatgaactagaaattctcacagatgctattcaaaggtac |
58 |
Q |
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| T |
3370349 |
gggtctctcaatgaactacaaattctcacagatgcagttcaaaggtac |
3370302 |
T |
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