View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3057_low_5 (Length: 496)

Name: NF3057_low_5
Description: NF3057
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3057_low_5
NF3057_low_5
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (7-496)||(44631310-44631793)
chr4 (23-491)||(44681817-44682255)
chr4 (229-482)||(44637261-44637518)
chr4 (48-484)||(44652810-44653216)
chr4 (91-480)||(44691502-44691876)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 436; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 436; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 44631793 - 44631310
Alignment:
Q  7 tcgaagaatatatgagaaatgtacagagtgtcatgttatgcataaatatgaagtattgaaagtagcctgataccaattcatagtgaaagagataaccata 106  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||    
T  44631793 tcgaaaaatatatgagaaatgtacatagtgtcatgttatgcataaatatgaagtattgaaagtagcctgataccaat----agtgaaagagataaccata 44631698  T
Q  107 gttaagaaaacatatagatatcaaaataacatagcaccaggatgacacctaattataaaaatgaaaataaaatcctagccagagcgaaagtatatatgtt 206  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44631697 gttaagaaaacatatagaaatcaaaataacatagcaccaggatgacacctaat---aaaaatgaaaataaaatcctagccagagcgaaagtatatatgtt 44631601  T
Q  207 attgacttattggtatgcataaggaatgacatgaagatttggttgaattaaagtttgatacagtaacaaa-cctttgtcttggtctcacattttatatcc 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  44631600 attgacttattggtatgcataaggaatgacatgaagatttggttgaattaaagtttgagacagtaacaaaacctttgtcttggtctcacattttatatcc 44631501  T
Q  306 aattgttgtagccgaagggagagatgaccggcaattcgttttccaaggaaccatggcatgcaatggcatcctggctgaagcacctcttcaaattttccaa 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44631500 aattgttgtagccgaagggagagatgaccggcaattcgttttccaaggaaccatggcatgcaatggcatcctggctgaagcacctcttcaaattttccaa 44631401  T
Q  406 aaccttctctcatagccaccgtagactgatcaacttgcacgcaacacaaaagattccccatttgcttttaactgcaatgtttgaaatcaca 496  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44631400 aaccttctctcatagccaccgtagactgatcaacttgcacgcaacacaaaagattccccatttgcttttaactgcaatgtttgaaatcaca 44631310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 23 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 44682255 - 44681817
Alignment:
Q  23 aaatgtacagagtgtcatgttatgcataaatatgaagtattgaaagtagcctgataccaattcatagtgaaagagataaccatagttaagaaaacatata 122  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||       |||| ||||||||||||||| ||||||||||| | |    
T  44682255 aaatgcacaaagtgtcttgttatgcatacatatgaagtagtgaaagtggcctgatac-------tagttaaagagataaccatatttaagaaaacacaaa 44682163  T
Q  123 gatatcaaaataacatagcaccaggatgacacctaattataaaaatgaaaataaaatcctagccagagcgaaagtatatatgttattgacttattggtat 222  Q
    || |||||| |||||||| |||||||||||| ||||             ||  |||||||||||| |  |||||||| |||||||||||        ||     
T  44682162 gaaatcaaattaacatagtaccaggatgacaactaa-------------aaacaaatcctagccaaaaagaaagtatttatgttattga--------taa 44682084  T
Q  223 gcataaggaatgacatgaagatttggttgaattaaagtttgatacagtaacaaacctttgtcttggtctcacattttatatccaattgttgtagccgaag 322  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||| |||| | |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||| ||||||    
T  44682083 gcat--ggaatgacatgaagatttggtttaattgatgtttgagacagtaacaaacctttgtctttgtctcacacttgatatccaattgttgtacccgaag 44681986  T
Q  323 ggagagatgaccggcaattcgttttccaaggaaccatggcatgcaatggcatcctggctgaagcacctcttcaaattttccaaaaccttctctcatagcc 422  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  44681985 agagagatgaccagcaattcgttttccaaggaaccatggcatgcaatggcatcccggctgaagcaccttttcaaattttccaaaaccttctttcatagcc 44681886  T
Q  423 accgtagactgatcaacttgcacgcaacacaaaagattccccatttgcttttaactgcaatgtttgaaa 491  Q
    ||   ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||    
T  44681885 acttgagattgatcaacttgcacacaacacacaagattccccattttcttttcactgcaatgcttgaaa 44681817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 229 - 482
Target Start/End: Original strand, 44637261 - 44637518
Alignment:
Q  229 ggaatgacatgaagatttggttgaattaaagtttgatacagtaacaaac----ctttgtcttggtctcacattttatatccaattgttgtagccgaaggg 324  Q
    |||||||| ||||||||| ||| |||| |||||| | ||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  44637261 ggaatgacgtgaagatttcgttaaattgaagttttagacagtaacaaacgaacctttgtcttggtctcacattttatatccaattgctgtagccgaagag 44637360  T
Q  325 agagatgaccggcaattcgttttccaaggaaccatggcatgcaatggcatcctggctgaagcacctcttcaaattttccaaaaccttctctcatagccac 424  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  44637361 agagatgaccagcaattcgttttccaaggaaccatggcatgcaatggcatcctggctgaagcacctcttcaaattttccaaaaccctctttcatagccac 44637460  T
Q  425 cgtagactgatcaacttgcacgcaacacaaaagattccccatttgcttttaactgcaa 482  Q
     ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  44637461 tgtagattgatcaacttgcacacaacacaaaagattccccattttcttttaactgcaa 44637518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 48 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 44653216 - 44652810
Alignment:
Q  48 ataaatatgaagtattgaaagtagcctgataccaattcatagtgaaagagataaccatagttaagaaaacatatagatatcaaaataacatagcaccagg 147  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||       |||| ||||||||||||||| ||||||||||| | ||  |||||| |||||||||||||||    
T  44653216 ataattatgaagtattgaaagtggcctgatac-------tagtaaaagagataaccatatttaagaaaacacaaaggaatcaaattaacatagcaccagg 44653124  T
Q  148 atgacacctaattataaaaatgaaaataaaatcctagccagagcgaaagtatatatgttattgacttattggtatgcataaggaatgacatgaagatttg 247  Q
    |||||| ||||             ||  |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||        ||| ||||  ||||||||||||| | |||    
T  44653123 atgacaactaa-------------aaacaaatcctagccaaaaagaaagtatttatgttattg--------gtaagcat--ggaatgacatgaacacttg 44653047  T
Q  248 gttgaattaaagtttgatacagtaacaaacctttgtcttggtctcacattttatatccaattgttgtagccgaagggagagatgaccggcaattcgtttt 347  Q
    ||| |||| | |||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||    
T  44653046 gtttaattgatgtttgagaccgtaacgaacctttgtcttggtctcacatttgatatccaattgttgtacccgaagagagagatgaccagcaattcttttt 44652947  T
Q  348 ccaaggaaccatggcatgcaatggcatcctggctgaagcacctcttcaaattttccaaaaccttctctcatagccaccgtagactgatcaacttgcacgc 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||| |||||||||||||| |    
T  44652946 ccaaggaaccatggcatgcaatggcatcccggctgaagcaccttttcaaattttccaaaaccttctttcatagccacttgagattgatcaacttgcacac 44652847  T
Q  448 aacacaaaagattccccatttgcttttaactgcaatg 484  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  44652846 aacacacaagattccccattttcttttcactgcaatg 44652810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 91 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 44691876 - 44691502
Alignment:
Q  91 gaaagagataaccatagttaagaaaacatatagatatcaaaataacatagcaccaggatgacacctaattataaaaatgaaaataaaatcctagccagag 190  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||| |        |||| |||| ||    
T  44691876 gaaagagataaccatagttaagaaaatatataggaatcaaaataacatagcaccaggatgatacctaat---aaaaatta--------tcctggccaaag 44691788  T
Q  191 cgaaagtatat--atgttattgacttattggtatgcataaggaatgacatgaagatttggttgaattaaagtttgatacagtaacaaacc----tttgtc 284  Q
     ||||||||||  |||| |||||        || ||||  |||||| ||||||||||||||  |||| |||||| | | |||||||||||    ||||||    
T  44691787 agaaagtatatccatgtgattga--------taagcat--ggaatggcatgaagatttggtataattgaagttttagaaagtaacaaaccagcctttgtc 44691698  T
Q  285 ttggtctcacattttatatccaattgttgtagccgaagggagagatgaccggcaattcgttttccaaggaaccatggcatgcaatggcatcctggctgaa 384  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  44691697 ttggtctcacatttgatatccaattgttgaacccgaagagagagatgaccggcaattcgttttccaaggaaccatggcatgcaatggcatcccggatgaa 44691598  T
Q  385 gcacctcttcaaattttccaaaaccttctctcatagccaccgtagactgatcaacttgcacgcaacacaaaagattccccatttgcttttaactgc 480  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||    
T  44691597 gcaccttttcaaatttcccaaaaccttctttcatagccacttgagattgatcaacttgcacgcaacacacaatattccccattttcttttcactgc 44691502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University