View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3057_low_9 (Length: 445)

Name: NF3057_low_9
Description: NF3057
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3057_low_9
NF3057_low_9
[»] scaffold0531 (1 HSPs)
scaffold0531 (23-421)||(3113-3511)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (23-428)||(8031814-8032219)
chr6 (23-408)||(8041713-8042098)
chr6 (23-405)||(7971590-7971972)
chr6 (20-373)||(7979155-7979508)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (21-405)||(41381987-41382371)
chr2 (288-379)||(43853128-43853219)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (42-346)||(14198574-14198878)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (309-346)||(38827416-38827453)


Alignment Details
Target: scaffold0531 (Bit Score: 319; Significance: 1e-180; HSPs: 1)
Name: scaffold0531
Description:

Target: scaffold0531; HSP #1
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 23 - 421
Target Start/End: Original strand, 3113 - 3511
Alignment:
Q  23 ggacattactgctgcaaccaaagatacaccagaaatggagttgaagtcgggtagatgcgacaatacaaattgagcagaggcaaagatcataatgaaaaac 122  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  3113 ggacatgactgctgccaccaaagatacaccagaaatggagttcaagtttggtagatgacacaatacaaattgagcagaggcaaagatcataatgaaatat 3212  T
Q  123 gtcaatttgatatttttgcaacttggacacacggtatcgtggaccttccgcaaagatgcacctccggtgaccatgtagacaatgttcactccaacttcta 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  3213 gtcaatttgatatttttgcaacttggacacactgtattgtggaactttcgcagtgatgcacctccggtgaccatgtaaacaatgttcaccccaacttcta 3312  T
Q  223 ctacaagttgttgaggcaccacaatataaaggcctaacttttcgccaaacgcgtgttgtcccagttcatggtatctatcaaaacgttttccaggaaccat 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3313 ctacaagttgttgaggcaccacaatataaaggcctaacttttcgccaaacgcgtgttgtcccagttcatggtacctatcaaaacgttttccaggaaccat 3412  T
Q  323 ttcatgcatctcaaccatttgccacaatgtatacagagtgatgatccatgataagataagtatagtcaaacctggacccctgagtaatagaaatcttga 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  3413 ttcatgcatctcaaccatttgccacaatgtatacagagtgatgatccatgataagataagtatagtcaaacctggacccctgagtagtagaaatattga 3511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 23 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 8032219 - 8031814
Alignment:
Q  23 ggacattactgctgcaaccaaagatacaccagaaatggagttgaagtcgggtagatgcgacaatacaaattgagcagaggcaaagatcataatgaaaaac 122  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  8032219 ggacatgactgctgcaaccaaggatacaccggaaatggagttcaagtttggtagatgacacaatacaaattgagcagaggcaaagatcataatgaaatag 8032120  T
Q  123 gtcaatttgatatttttgcaacttggacacacggtatcgtggaccttccgcaaagatgcacctccggtgaccatgtagacaatgttcactccaacttcta 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||    
T  8032119 gtcaatttgatatttttgcaacttgaacacactgtattgtggaacttccgcaatgatgcacctccggtgaccatgtagacaatgtcgcccccaacttcta 8032020  T
Q  223 ctacaagttgttgaggcaccacaatataaaggcctaacttttcgccaaacgcgtgttgtcccagttcatggtatctatcaaaacgttttccaggaaccat 322  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || | ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  8032019 ctataagttgttgaggaaccacaatataaaggcctaacttttcgccaaacgcatgttgacctaattcatggtatctatcaaaacgttttcccggaatcat 8031920  T
Q  323 ttcatgcatctcaaccatttgccacaatgtatacagagtgatgatccatgataagataagtatagtcaaacctggacccctgagtaatagaaatcttgat 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8031919 ttcatgcatctcaaccatttgccacaatgtatacagagtgatggtccatgataagagaagtatagtcaaacctggacccctgagtaatagaaatgttgat 8031820  T
Q  423 tgatta 428  Q
    ||||||    
T  8031819 tgatta 8031814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 23 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 8042098 - 8041713
Alignment:
Q  23 ggacattactgctgcaaccaaagatacaccagaaatggagttgaagtcgggtagatgcgacaatacaaattgagcagaggcaaagatcataatgaaaaac 122  Q
    |||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  8042098 ggacatgacggctgccaccaaagatacaccggaaatggagttcaagtttggtagatgagacaatacaaaatgagcagaggcaaagatcataatgaaaaag 8041999  T
Q  123 gtcaatttgatatttttgcaacttggacacacggtatcgtggaccttccgcaaagatgcacctccggtgaccatgtagacaatgttcactccaacttcta 222  Q
     ||||||||||   ||||||||||||||| || |||| ||| |  ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |   || || | ||    
T  8041998 ctcaatttgattggtttgcaacttggacagactgtattgtgaaatttttgcaatgatgcacctccggtgaccatgtagacaatgtccgacccgacctgta 8041899  T
Q  223 ctacaagttgttgaggcaccacaatataaaggcctaacttttcgccaaacgcgtgttgtcccagttcatggtatctatcaaaacgttttccaggaaccat 322  Q
    | |||||||||||||||| ||||||  | |  ||||||||||| ||||| || ||||| || | |||||  ||| |||||| ||||||||| ||||||||    
T  8041898 ccacaagttgttgaggcatcacaatccacaaccctaacttttcaccaaaagcatgttgccctaattcattatatgtatcaagacgttttcctggaaccat 8041799  T
Q  323 ttcatgcatctcaaccatttgccacaatgtatacagagtgatgatccatgataagataagtatagtcaaacctggacccctgagta 408  Q
     |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8041798 ctcatgcatctcaaccatttgccacaaggtgtacagtgtgatgatccatgaaaggacaagtatagccaaacctggacccctgagta 8041713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 23 - 405
Target Start/End: Original strand, 7971590 - 7971972
Alignment:
Q  23 ggacattactgctgcaaccaaagatacaccagaaatggagttgaagtcgggtagatgcgacaatacaaattgagcagaggcaaagatcataatgaaaaac 122  Q
    |||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  7971590 ggacatgacggctgccaccaaagatacaccggaaatggagttcaagtttggtagatgagacaatacaaaatgagcagaggcaaagatcataatgaaaaag 7971689  T
Q  123 gtcaatttgatatttttgcaacttggacacacggtatcgtggaccttccgcaaagatgcacctccggtgaccatgtagacaatgttcactccaacttcta 222  Q
     ||||||||||   ||||||||||||||| || |||| ||| |  ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |   || || | ||    
T  7971690 ctcaatttgattggtttgcaacttggacagactgtattgtgaaatttttgcaatgatgcacctccggtgaccatgtagacaatgtccgacccgacctgta 7971789  T
Q  223 ctacaagttgttgaggcaccacaatataaaggcctaacttttcgccaaacgcgtgttgtcccagttcatggtatctatcaaaacgttttccaggaaccat 322  Q
    | |||||||||||||||| ||||||  | |  ||||||||||| ||||| || ||||| || | |||||  ||| |||||| ||||||||| ||||||||    
T  7971790 ccacaagttgttgaggcatcacaatccacaaccctaacttttcaccaaaagcatgttgccctaattcattatatgtatcaagacgttttcctggaaccat 7971889  T
Q  323 ttcatgcatctcaaccatttgccacaatgtatacagagtgatgatccatgataagataagtatagtcaaacctggacccctga 405  Q
     |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |  | |||||||| ||| |||||||||||||    
T  7971890 ctcatgcatctcaaccatttgccacaaggtgtacagtgtgatgatccatgaaagaacaagtatagccaatcctggacccctga 7971972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 20 - 373
Target Start/End: Original strand, 7979155 - 7979508
Alignment:
Q  20 gaaggacattactgctgcaaccaaagatacaccagaaatggagttgaagtcgggtagatgcgacaatacaaattgagcagaggcaaagatcataatgaaa 119  Q
    ||||||||| ||||||||  |||| || ||||||||||| |||||||| || || ||||| || || ||||| ||| | || ||||| ||||| ||||||    
T  7979155 gaaggacatgactgctgctgccaaggacacaccagaaattgagttgaaatcagggagatgagataacacaaagtgaactgaagcaaatatcatgatgaaa 7979254  T
Q  120 aacgtcaatttgatatttttgcaacttggacacacggtatcgtggaccttccgcaaagatgcacctccggtgaccatgtagacaatgttcactccaactt 219  Q
     | ||||| || || |||||||| |||||||||||  |||| |||| |||  |||| ||||  || || |||||||| || |||||||| || |||| ||    
T  7979255 taggtcaactttatctttttgcagcttggacacacaatatcatggaacttttgcaatgatgttcccccagtgaccatataaacaatgttaacaccaattt 7979354  T
Q  220 ctactacaagttgttgaggcaccacaatataaaggcctaacttttcgccaaacgcgtgttgtcccagttcatggtatctatcaaaacgttttccaggaac 319  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||| || ||||| || | |||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  7979355 ctaccacaagttgttgaggcaccacaatataaagacctaattttttcccaaaagcatgttgacctaattcatggtatctatcaaagcgttttcccggaac 7979454  T
Q  320 catttcatgcatctcaaccatttgccacaatgtatacagagtgatgatccatga 373  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||| || |  ||||||||||||||    
T  7979455 catttcatgcatctcaaccatttgccaaagtgtgtagaatgtgatgatccatga 7979508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 21 - 405
Target Start/End: Original strand, 41381987 - 41382371
Alignment:
Q  21 aaggacattactgctgcaaccaaagatacaccagaaatggagttgaagtcgggtagatgcgacaatacaaattgagcagaggcaaagatcataatgaaaa 120  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41381987 aaggacataactgctgcaacaaaagatacactagaaagggagttgaggttgggtagatgacacaatacaaattgagcagaggcaaagatcataatgaaaa 41382086  T
Q  121 acgtcaatttgatatttttgcaacttggacacacggtatcgtggaccttccgcaaagatgcacctccggtgaccatgtagacaatgttcactccaacttc 220  Q
    |  ||||||||||   ||||||||||||||| || |||| ||| |  ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||     
T  41382087 agctcaatttgattggtttgcaacttggacaaactgtattgtgaaatttttgcaatgatgcacctccggtgaccatgtagacaatgtccaccccaacttg 41382186  T
Q  221 tactacaagttgttgaggcaccacaatataaaggcctaacttttcgccaaacgcgtgttgtcccagttcatggtatctatcaaaacgttttccaggaacc 320  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||  | |  ||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||  ||| |||||| ||||||||| ||||||    
T  41382187 taccacaagttgttgaggcatcacaatccacaaccctaacttttcaccaaacgcatgttggcccaattcattatatgtatcaagacgttttcccggaacc 41382286  T
Q  321 atttcatgcatctcaaccatttgccacaatgtatacagagtgatgatccatgataagataagtatagtcaaacctggacccctga 405  Q
    || |||||||||||||||||||||||||  || || ||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  41382287 atctcatgcatctcaaccatttgccacagggtgtagagagtgatgatccatgaaaggataagtataatcaaacctggacccctga 41382371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 288 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 43853219 - 43853128
Alignment:
Q  288 tcatggtatctatcaaaacgttttccaggaaccatttcatgcatctcaaccatttgccacaatgtatacagagtgatgatccatgataagat 379  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |  || || || ||||| ||||||||||||||    
T  43853219 tcatggtacctatcaaaccgttttcctggaaccatttcatgcatttcaaccatttgccatagagtgtagagggtgattatccatgataagat 43853128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 105; Significance: 3e-52; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 42 - 346
Target Start/End: Original strand, 14198574 - 14198878
Alignment:
Q  42 aaagatacaccagaaatggagttgaagtcgggtagatgcgacaatacaaattgagcagaggcaaagatcataatgaaaaacgtcaatttgatatttttgc 141  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| ||||  || || || ||||| ||||| ||| |||||||||| ||||| || ||| | ||||||||||| |||||||    
T  14198574 aaagagacaccagaaatagagttcaagttagggaggtgagacaagacaaagtgaacagaggcaaaaatcattataaaataagtcaatttgatttttttgc 14198673  T
Q  142 aacttggacacacggtatcgtggaccttccgcaaagatgcacctccggtgaccatgtagacaatgttcactccaacttctactacaagttgttgaggcac 241  Q
    ||   | |||||||||||| || | |||| ||||||||   |||||||| ||||||||||||||||| || || ||||| || | ||||||||| |||||    
T  14198674 aatcggaacacacggtatcatgaaacttctgcaaagattttcctccggttaccatgtagacaatgttaacgccgacttcaacaataagttgttgtggcac 14198773  T
Q  242 cacaatataaaggcctaacttttcgccaaacgcgtgttgtcccagttcatggtatctatcaaaacgttttccaggaaccatttcatgcatctcaaccatt 341  Q
     |||||||| || || |||||||| ||||| || | ||| ||||||||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||    
T  14198774 aacaatatacagacccaacttttcaccaaaagcatattgacccagttcatgatatctatcgaaacgtttcccgggtaccatttcatgcatctcaaccatt 14198873  T
Q  342 tgcca 346  Q
    |||||    
T  14198874 tgcca 14198878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 309 - 346
Target Start/End: Original strand, 38827416 - 38827453
Alignment:
Q  309 tttccaggaaccatttcatgcatctcaaccatttgcca 346  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38827416 tttccgggaactatttcatgcatctcaaccatttgcca 38827453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University