View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3060-Insertion-10 (Length: 749)

Name: NF3060-Insertion-10
Description: NF3060
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3060-Insertion-10
NF3060-Insertion-10
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (8-749)||(340828-341569)
chr6 (8-741)||(336798-337531)
chr6 (8-373)||(332912-333277)
chr6 (410-540)||(332085-332215)
chr6 (236-500)||(347412-347676)
chr6 (251-500)||(356086-356335)
chr6 (8-78)||(377212-377282)
chr6 (355-500)||(376820-376965)
chr6 (8-75)||(347217-347284)
chr6 (8-63)||(355876-355931)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 693; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 693; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 341569 - 340828
Alignment:
Q  8 gtaagcgcggaagttatggtatctctcccagctacaaagagattgaatgcagcatctcttagaaacttgtcaccaagtgcttcactttcactacccttgn 107  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  341569 gtaagcgcagaagttatggtatctcttccagctacaaagagattgaatgcagcatctcttagaaacttgtcaccaagtgcttcactttcactacccttgt 341470  T
Q  108 nnnnnncttctctaatcaacgccgttagcatatcaacatgatgagcatcatcactttcagcattgatttcatttttgttacaatttttctttagctcttc 207  Q
          ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  341469 ttttttcttctctaatcaatgccgttaacatatcaacatgatgagcatcatcactttcagcattgatttcatttttgttacaatttttctttagctcttc 341370  T
Q  208 gcgctttgaagcaatacacgaaaagaggaattgatcaaataccttgcatgcctctgtcattttcttctcttctccgatttgaagccaactttgcaacttc 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  341369 gcgctttgaagcaatacacgaaaagaggaattgatcaaataccttgcatgcctcagtcattttcttctcttctccgatttgaagccaactttgcaacttc 341270  T
Q  308 caaacacaaatcggcacggtgtgtctatagaagatggactcttccgcttggttaaaagccttctcagatggaacttcggggaaatctgttgaaagacaat 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  341269 caaacacaaatcggcacggtgtgtctatagaagatggactcttccgcttggttaaaagccttctcagatggaacttcggggaaatctgttgaaagacaat 341170  T
Q  408 ttggatcatgtccaagaattatcaaacaaatgttatcaaatgtgaatcgattgaacacatcttgtaaatcgaccaccgaccctttttgttgtagaacatg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  341169 ttggatcatgtccaagaattatcaaacaaatgttatcgaatgtgaatcgattgaacacatcttgtaaatcgaccaccgaccctttttgttgtagaacatg 341070  T
Q  508 attcaatattggaatcaatgatttctcaactttgttgtgaattatcttctcttgaaaagcttcaaagcttctttgtttgaagagatattggagaagattc 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  341069 attcaatattggaatcaatgatttctcaactttgttgtgaattatcttctcttgaaaagcttcaaagcttctttgtttgaagagatattggagaagattc 340970  T
Q  608 ctattgtatttccattgatctgaatctgtagtgaaaattcctaaaccaaaaggttcaagcatttcacgaaacaaatcacctttgacaaagttgtcaaagc 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  340969 ctattgtatttccattgatctgaatctgtagtgaaaattcctaaaccaaaaggttcaaacatttcacgaaacaaatcacctttgacaaagttgtcaaagc 340870  T
Q  708 tcttgctcatgatgtagtgaacattcaatggatcagttgtga 749  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  340869 tcttgctcatgatgtagtgaacattcaatggatcagttgtga 340828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 741
Target Start/End: Complemental strand, 337531 - 336798
Alignment:
Q  8 gtaagcgcggaagttatggtatctctcccagctacaaagagattgaatgcagcatctcttagaaacttgtcaccaagtgcttcactttcactacccttgn 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||     
T  337531 gtaagcgcggaagttatggtatctctccccgctacaaagagattgaatgcagcatctcttagaaacttgttaccaattgattcactttcactacccttgc 337432  T
Q  108 nnnnnncttctctaatcaacgccgttagcatatcaacatgatgagcatcatcactttcagcattgatttcatttttgttacaatttttctttagctcttc 207  Q
          |||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | |||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  337431 tattttcttctctaattaatgccgttagcaaatcaacatgatgagcatcattactttgaccattaatttcatttttgttaccgtttttctttagctcttc 337332  T
Q  208 gcgctttgaagcaatacacgaaaagaggaattgatcaaataccttgcatgcctctgtcattttcttctcttctccgatttgaagccaactttgcaacttc 307  Q
    ||  |||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  337331 gcattttgaagctatacacgaatataggaattgatcaaatactttgcatgcttcagtcatttttttctcttcaccgatttgaagccaactttgcaacttc 337232  T
Q  308 caaacacaaatcggcacggtgtgtctatagaagatggactcttccgcttggttaaaagccttctcagatggaacttcggggaaatctgttgaaagacaat 407  Q
    |||||||||  |||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |   |||||| ||||||||  | ||||||||||    
T  337231 caaacacaagccggcacagtgtgtctgtagaagatggattcttcagcttggttaaaagccttctcgcacacaacttcagggaaatcaatggaaagacaat 337132  T
Q  408 ttggatcatgtccaagaattatcaaacaaatgttatcaaatgtgaatcgattgaacacatcttgtaaatcgaccaccgaccctttttgttgtagaacatg 507  Q
    | || |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  337131 tagggtcatgtccaagaattattgaacaaatgttatcaaatgtgaagcgattgaacacgtcttgtaaatcgaccaccgacccattttgttgttgaacatg 337032  T
Q  508 attcaatattggaatcaatgatttctcaactttgttgtgaattatcttctcttgaaaagcttcaaagcttctttgtttgaagagatattggagaagattc 607  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  337031 attcaataaaggaatcaatgatttctcaactttgttgtgaatgattttctcttgaaaagcttcaaagcttctttgtttgaagagatattggagaagattc 336932  T
Q  608 ctattgtatttccattgatctgaatctgtagtgaaaattcctaaaccaaaaggttcaagcatttcacgaaacaaatcacctttgacaaagttgtcaaagc 707  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | |||||||||||   ||||||||  |||| |||||||| |    
T  336931 ctattgtatttccattgatgtgaatctgtagtgaaaattcctaaaccaaaaggttggaacgtttcacgaaacctttcacctttctcaaaattgtcaaacc 336832  T
Q  708 tcttgctcatgatgtagtgaacattcaatggatc 741  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  336831 tcttgctcatgatgtagtgaacattcaatggatc 336798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 8 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 333277 - 332912
Alignment:
Q  8 gtaagcgcggaagttatggtatctctcccagctacaaagagattgaatgcagcatctcttagaaacttgtcaccaagtgcttcactttcactacccttgn 107  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || || ||||||||||||| ||||      
T  333277 gtaagggcggaagttatggtatctctccccgctacaaagagattgaatgcagcatctcttagaaacttgtcgataattgattcactttcactatccttat 333178  T
Q  108 nnnnnncttctctaatcaacgccgttagcatatcaacatgatgagcatcatcactttcagcattgatttcatttttgttacaatttttctttagctcttc 207  Q
          ||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  333177 ttttttcttctctaatcaacgtcgtaagcaaatcaacatgatgagcatcgtcactttcaacattgatttcatttttgttacaattttgctttagctcttc 333078  T
Q  208 gcgctttgaagcaatacacgaaaagaggaattgatcaaataccttgcatgcctctgtcattttcttctcttctccgatttgaagccaactttgcaacttc 307  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||  |||||| ||||    
T  333077 gcgctttgaagctatacacgaaaataggaatttatcaaatactttgcatgcctcggtcatttttttctcttccccaatttgaagccatttttgcatcttc 332978  T
Q  308 caaacacaaatcggcacggtgtgtctatagaagatggactcttccgcttggttaaaagccttctca 373  Q
     |||||||||  |||||| ||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||    
T  332977 taaacacaaacgggcacgatgtgtctatagaagatgcattcttcagcttggttaaaagccttctca 332912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 410 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 332215 - 332085
Alignment:
Q  410 ggatcatgtccaagaattatcaaacaaatgttatcaaatgtgaatcgattgaacacatcttgtaaatcgaccaccgaccctttttgttgtagaacatgat 509  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |    
T  332215 ggatcatgtccaagaattatcaagcaaatgttatcgaatgtgaagcgattgaatacatcttgtaaatcgaccatcgaccctttttgttgttgaacatgtt 332116  T
Q  510 tcaatattggaatcaatgatttctcaacttt 540  Q
    ||||||  ||||  |||||||||||||||||    
T  332115 tcaataaaggaaataatgatttctcaacttt 332085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 236 - 500
Target Start/End: Original strand, 347412 - 347676
Alignment:
Q  236 aattgatcaaataccttgcatgcctctgtcattttcttctcttctccgatttgaagccaactttgcaacttccaaacacaaatcggcacggtgtgtctat 335  Q
    |||||||||||||| |||||||| |  |||||||| |||||||| || |||||||||||  ||||||||||||||||||   | |||||  | |||||||    
T  347412 aattgatcaaatactttgcatgctttggtcatttttttctcttcaccaatttgaagccatttttgcaacttccaaacacttttaggcactatatgtctat 347511  T
Q  336 agaagatggactcttccgcttggttaaaagccttctcagatggaacttcggggaaatctgttgaaagacaatttggatcatgtccaagaattatcaaaca 435  Q
    |||| ||| |||||||   |||||||||||| |||||| | |  || ||||| |||||  | ||||||||||| ||||||  |||||||| ||   ||||    
T  347512 agaatatgcactcttcaatttggttaaaagctttctcacacgcgacatcgggaaaatcaatcgaaagacaattgggatcacatccaagaactacggaaca 347611  T
Q  436 aatgttatcaaatgtgaatcgattgaacacatcttgtaaatcgaccaccgaccctttttgttgta 500  Q
    |||||| |  |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||    
T  347612 aatgttgttgaatgtgaaacgattgaagacatcttgtaaatccaccactgacccttgttgttgta 347676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 251 - 500
Target Start/End: Original strand, 356086 - 356335
Alignment:
Q  251 ttgcatgcctctgtcattttcttctcttctccgatttgaagccaactttgcaacttccaaacacaaatcggcacggtgtgtctatagaagatggactctt 350  Q
    ||||||||||  ||||| || |||||||| || |||||||||||  ||||||||||||||||||   | |||||  | ||||||||||| |||  |||||    
T  356086 ttgcatgccttggtcatatttttctcttcaccaatttgaagccatttttgcaacttccaaacacttttaggcactttatgtctatagaatatgccctctt 356185  T
Q  351 ccgcttggttaaaagccttctcagatggaacttcggggaaatctgttgaaagacaatttggatcatgtccaagaattatcaaacaaatgttatcaaatgt 450  Q
    |   |||||| |||||||||||| | |  || ||||| |||||  | ||||||||||| ||||||  ||||||||  |   |||||||||| || |||||    
T  356186 cgatttggttgaaagccttctcacacgcgacatcgggaaaatcaatggaaagacaattaggatcacatccaagaaccacggaacaaatgttgtcgaatgt 356285  T
Q  451 gaatcgattgaacacatcttgtaaatcgaccaccgaccctttttgttgta 500  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||    
T  356286 gaaacgattgaagacatcttgtaaatccaccactgagccttgttgttgta 356335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 8 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 377282 - 377212
Alignment:
Q  8 gtaagcgcggaagttatggtatctctcccagctacaaagagattgaatgcagcatctcttagaaacttgtc 78  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  377282 gtaagcgctgaagttatagtatctcttccggctacaaagagattgaaagcagcatctcttagaaacttgtc 377212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 355 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 376965 - 376820
Alignment:
Q  355 ttggttaaaagccttctcagatggaacttcggggaaatctgttgaaagacaatttggatcatgtccaagaattatcaaacaaatgttatcaaatgtgaat 454  Q
    ||||| ||||||||||||| | | ||| || ||||| ||  | |||||||| || |||||   |||||||| ||   ||||||||||||||||||||||     
T  376965 ttggtcaaaagccttctcacaagcaacgtctgggaagtcaatggaaagacagttaggatcgcatccaagaactacagaacaaatgttatcaaatgtgaag 376866  T
Q  455 cgattgaacacatcttgtaaatcgaccaccgaccctttttgttgta 500  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||    
T  376865 cgattgaagacatcttgtaaatcaaccactgacccttgttgttgta 376820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 8 - 75
Target Start/End: Original strand, 347217 - 347284
Alignment:
Q  8 gtaagcgcggaagttatggtatctctcccagctacaaagagattgaatgcagcatctcttagaaactt 75  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||    
T  347217 gtaagcgctgaagttatagtatctctcccggctacaaaaagattgaatgcgacatctcttagaaactt 347284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 8 - 63
Target Start/End: Original strand, 355876 - 355931
Alignment:
Q  8 gtaagcgcggaagttatggtatctctcccagctacaaagagattgaatgcagcatc 63  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  355876 gtaagcgctgaagttatagtatctctccccgctacaaagagattgaatgcaacatc 355931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University