View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3060R-Insertion-11 (Length: 850)

Name: NF3060R-Insertion-11
Description: NF3060R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3060R-Insertion-11
NF3060R-Insertion-11
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (9-847)||(1968247-1969090)
chr8 (9-847)||(2007931-2008768)
chr8 (9-847)||(2004551-2005388)
chr8 (155-839)||(2011553-2012237)
chr8 (390-847)||(1964692-1965148)
chr8 (285-837)||(1962923-1963469)
chr8 (512-725)||(2015066-2015279)
chr8 (537-725)||(2018449-2018637)
chr8 (438-636)||(2432965-2433163)
chr8 (666-837)||(2436704-2436881)
chr8 (270-409)||(2018765-2018904)
chr8 (270-419)||(2015372-2015521)
chr8 (23-65)||(2015726-2015768)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (591-837)||(5902402-5902645)
chr1 (591-837)||(5905886-5906129)
chr1 (21-68)||(5901838-5901885)
chr1 (285-354)||(5902102-5902171)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (9-329)||(18189612-18189931)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 786; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 786; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 847
Target Start/End: Original strand, 1968247 - 1969090
Alignment:
Q  9 caaacatcaaccacacttttcttccacctgtgaatcccaatgacctaccacaagggactaccatggaaagccaaatgttcctcacactgaataactctct 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1968247 caaacatcaaccacacttttcttccacctgtgaatcccaatgacctaccacaagggactaccatggaaagccaaatgttcctcacactgaataactctct 1968346  T
Q  109 cccatatttacacgacgctttgacgtctttggctatagaaagtcctcttgtgaccttggtggttgattcttttgctgttgaagtactaaatattggtaag 208  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1968347 cccatatttacacgacgctttgaagtctttggctatagaaagtcctcttgtggccttggtggttgattcttttgctgttgaagtactaaatattggtaag 1968446  T
Q  209 gaactcaacatgttgtcttacgtatacttccctgcagctgctactacacctgcttggagcatctatttgcctaagctggatgaggaaacatcatgtgagt 308  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1968447 gaactcaacatgttgtcttatgtatacttccctgcagctgctactacacttgcttggagcatctatttgcctaagctggatgaggaaacatcatgtgagt 1968546  T
Q  309 atagagatataccagagcctataaaaataccaggctgtgtaccaatccatggcagggatctcttgagcgtagctcaagatagatcaagtcaagtttacaa 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1968547 atagagatataccagagcctataaaaataccaggctgtgtaccaatccatggcagggatctcttgagcgtagctcaagatagatcaagtcaagtttacaa 1968646  T
Q  409 acacttcctcccactttttaaacttttaagttttgctgatggtgtttttgttaatagcttcctggaattggagatgggacctataagtgaaatgaaagag 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1968647 acacttcctcccactttttaaacttttaagttttgctgatggtgtttttgttaatagcttcctggaattggagatgggacctataagtgcaatgaaagag 1968746  T
Q  509 gagggaagtgacaaccctccagtgtatcctgttggaccaattatccaaacagaaacaagttcaggtgatgatgctaatggcttggagtgtctggcctggt 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1968747 gagggaagtgacaaccctccagtgtatcctgttggaccaattatccaaacagaaacaagttcaggtgatgatgctaatggcttggagtgtctggcctggt 1968846  T
Q  609 tggataaacagcagccttgctcagttttgtatgtatctttcgggagtggtggtacactttcacacgaacaaattgtggagctgtctttaggtttggaatt 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1968847 tggataaacagcagccttgctcagttttgtatgtatctttcgggagtggtggtacactttcacacgaacaaattgtggagctggctttaggtttggaatt 1968946  T
Q  709 gagtaataaaaaattctcgtgggttttgcgagcaccgagtagcagttcatctagtgcaggatatctttcagcagaaaatgacattgacactttgcagttt 808  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1968947 gagtaataaaaaattctcgtgggttttgcgagcaccgagtagcagttcatctagtgcaggatatctttcagcagaaaatgatattgacactttgcagttt 1969046  T
Q  809 ttacc------atctgggttcttggagagaaccaaaggagaaagg 847  Q
    |||||      |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1969047 ttaccatctggatctgggttcttggagagaacc-aaggagaaagg 1969090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 599; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 847
Target Start/End: Complemental strand, 2008768 - 2007931
Alignment:
Q  9 caaacatcaaccacacttttcttccacctgtgaatcccaatgacctaccacaagggactaccatggaaagccaaatgttcctcacactgaataactctct 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||    
T  2008768 caaacatcaaccacacttttcttccacctgtgaaccccaatgacctaccacaagggactaccatggaaagccaaattctcctcacactgactaactctct 2008669  T
Q  109 cccatatttacacgacgctttgacgtctttggctatagaaagtcctcttgtgaccttggtggttgattcttttgctgttgaagtactaaatattggtaag 208  Q
    ||||||||||||  | |  |||| ||||||||||| ||||| ||| |||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2008668 cccatatttacatcagggattgaagtctttggctaaagaaattccccttgtggccttagtggttgatgctttttctgttgaagtactaaatattggtaag 2008569  T
Q  209 gaactcaacatgttgtcttacgtatacttccctgcagctgctactacacctgcttggagcatctatttgcctaagctggatgaggaaacatcatgtgagt 308  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2008568 gaactcaacatgttgtcttatatatacttcccttcagctgctactacacttgcttggtgcttctatttgcctaagctggatgaggaaacatcatgtgagt 2008469  T
Q  309 atagagatataccagagcctataaaaataccaggctgtgtaccaatccatggcagggatctcttgagcgtagctcaagatagatcaagtcaagtttacaa 408  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2008468 atagagatatactagagcctataaaaataccaggttgtgtaccactccatggcagggatttcttgagcatagctcaagatagatcaagtcaagcttacaa 2008369  T
Q  409 acacttcctcccactttttaaacttttaagttttgctgatggtgtttttgttaatagcttcctggaattggagatgggacctataagtgaaatgaaagag 508  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| | |||||||| ||| |||||| ||||||||||    
T  2008368 acacttcctcccatttgttaaacttttaagttctgctgatggtgttcttgttaatagcttcctagaaatagagatgggtcctctaagtgcaatgaaagag 2008269  T
Q  509 gagggaagtgacaaccctccagtgtatcctgttggaccaattatccaaacagaaacaagttcaggtgatgatgctaatggcttggagtgtctggcctggt 608  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2008268 gagggaggtgacaaccctccagtgtatcctgttggacctattatcgaaacagaaacaaaatctggtgatgatgctaatggcttggagtgtctggcctggt 2008169  T
Q  609 tggataaacagcagccttgctcagttttgtatgtatctttcgggagtggtggtacactttcacacgaacaaattgtggagctgtctttaggtttggaatt 708  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||  |||| |||||||||||    
T  2008168 tggataaacagcaaccttgttcggttttgtatgtatcttttgggagtggaggtacactttcacaggagcaaattgtggagctagctttgggtttggaatt 2008069  T
Q  709 gagtaataaaaaattctcgtgggttttgcgagcaccgagtagcagttcatctagtgcaggatatctttcagcagaaaatgacattgacactttgcagttt 808  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2008068 gagtaatacaaaattcttgtgggttttgcgagcaccgagtagcagttcatctagtgcaggatatctttcagcagaaaatgatattgacactttgcagttt 2007969  T
Q  809 ttaccatctgggttcttggagagaaccaaaggagaaagg 847  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2007968 ttaccatctgggttcttggagagaacc-aaggagaaagg 2007931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 459; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 847
Target Start/End: Complemental strand, 2005388 - 2004551
Alignment:
Q  9 caaacatcaaccacacttttcttccacctgtgaatcccaatgacctaccacaagggactaccatggaaagccaaatgttcctcacactgaataactctct 108  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  2005388 caaacatcaaccatacttttcttccacctgtgaaccctaatgacctaccacaagggactaccatggaaagccaaatgcacctcacactgaataactctct 2005289  T
Q  109 cccatatttacacgacgctttgacgtctttggctatagaaagtcctcttgtgaccttggtggttgattcttttgctgttgaagtactaaatattggtaag 208  Q
    ||||||||||||  | ||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||| ||||||||||||||| ||||||  |||||| ||| | ||||||||||    
T  2005288 cccatatttacatcaggctttgaagtctttggctaaagaaattccccttgtggccttggtggttgattgttttgcatttgaagcactgagtattggtaag 2005189  T
Q  209 gaactcaacatgttgtcttacgtatacttccctgcagctgctactacacctgcttggagcatctatttgcctaagctggatgaggaaacatcatgtgagt 308  Q
    ||| ||||||||||||| ||  | |||| |||| ||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  2005188 gaattcaacatgttgtcctatatttactaccctacagctgctactacacttgcttggatcttctatttgcctaagttggatgaagaaacatcatgtgagt 2005089  T
Q  309 atagagatataccagagcctataaaaataccaggctgtgtaccaatccatggcagggatctcttgagcgtagctcaagatagatcaagtcaagtttacaa 408  Q
    || |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||||| |||||||||| ||||||    
T  2005088 atggagatataccagtgcctataaaaataccaggttgtgtaccaatccatggcagggatctcatgagcccaactcaagataggtcaagtcaagcttacaa 2004989  T
Q  409 acacttcctcccactttttaaacttttaagttttgctgatggtgtttttgttaatagcttcctggaattggagatgggacctataagtgaaatgaaagag 508  Q
    ||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||| |||||||||     
T  2004988 acaattcctcgcacttcttaaacttttaagttttgctgatggtgttcttgttaatagcttcctagaaatggagatgggtcctataagtgcaatgaaagat 2004889  T
Q  509 gagggaagtgacaaccctccagtgtatcctgttggaccaattatccaaacagaaacaagttcaggtgatgatgctaatggcttggagtgtctggcctggt 608  Q
    || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||  ||   |  |||||| ||||||| |  | |||| ||||| |||||  | ||||    
T  2004888 gaaggaagtgaaaaccctcctgtgtatcctgttggacccatcatcccgacgatagaaagttccggtgatgctaatcatgggttggaatgtctaacatggt 2004789  T
Q  609 tggataaacagcagccttgctcagttttgtatgtatctttcgggagtggtggtacactttcacacgaacaaattgtggagctgtctttaggtttggaatt 708  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||| |||||||||||    
T  2004788 tggataaacagcaaccttgttcagttttgtatgtgtcttttgggagtggcggtacactttcacaagaacaaattgttgagctggctttgggtttggaatt 2004689  T
Q  709 gagtaataaaaaattctcgtgggttttgcgagcaccgagtagcagttcatctagtgcaggatatctttcagcagaaaatgacattgacactttgcagttt 808  Q
    ||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||   |||||||| |||||||    
T  2004688 gagtaataagatattcttgtgggttttgcgagcaccaagtagtagttcatctagtgcaggatatttttcagcacaaaatgatgctgacacttggcagttt 2004589  T
Q  809 ttaccatctgggttcttggagagaaccaaaggagaaagg 847  Q
    || ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2004588 ttgccatccgggttcttggagagaacc-aaggagaaagg 2004551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 155 - 839
Target Start/End: Complemental strand, 2012237 - 2011553
Alignment:
Q  155 cttgtgaccttggtggttgattcttttgctgttgaagtactaaatattggtaaggaactcaacatgttgtcttacgtatacttccctgcagctgctacta 254  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||  ||| ||| ||| ||||||||||||| ||  |||||||   |||||| |||| ||    
T  2012237 cttgtggccttggtggttgatgcttttgctgttgaagcactaaactttgctaaagaattcaacatgttgtcctatatatacttttgtgcagcagctagta 2012138  T
Q  255 cacctgcttggagcatctatttgcctaagctggatgaggaaacatcatgtgagtatagagatataccagagcctataaaaataccaggctgtgtaccaat 354  Q
    |||  ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| | ||||||||||| ||| |||| ||||| |||||| |    
T  2012137 cactggcttggagcttctatttgcctaagttggatgaggaaacaacatgtgagtacagagatctcccagagcctatcaaagtaccgggctgcgtaccact 2012038  T
Q  355 ccatggcagggatctcttgagcgtagctcaagatagatcaagtcaagtttacaaacacttcctcccactttttaaacttttaagttttgctgatggtgtt 454  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | || | |||||  ||||||||||||||||||||||    
T  2012037 ccatggcagggatctcttgaccatagttcaagatagatcaagtcaagcttacaaatacttccttcaacatgttaaaagtttaagttttgctgatggtgtt 2011938  T
Q  455 tttgttaatagcttcctggaattggagatgggacctataagtgaaatgaaagaggagggaagtgacaaccctccagtgtatcctgttggaccaattatcc 554  Q
     |||||||||||||| | ||| |||| ||||||||||||| || | ||| |||||| ||||||| ||||||| | || |||||||||||||| || ||||    
T  2011937 cttgttaatagcttcttagaaatggaaatgggacctataaatgcattgacagaggaaggaagtggcaacccttctgtctatcctgttggacccatcatcc 2011838  T
Q  555 aaacagaaacaagttcaggtgatgatgctaatggcttggagtgtctggcctggttggataaacagcagccttgctcagttttgtatgtatctttcgggag 654  Q
    | |||| |||| |||| | ||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| || ||||| ||  |||| |||||||||||||| |||||||| ||    
T  2011837 agacagtaacaggttctgttgatgatgctaatggtttggagtgtctgtcatggttagacaaacaacaatcttgttcagttttgtatgtgtctttcggtag 2011738  T
Q  655 tggtggtacactttcacacgaacaaattgtggagctgtctttaggtttggaattgagtaataaaaaattctcgtgggttttgcgagcaccgagtagcagt 754  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| | ||||||   |||||| |||||||||| ||||| |||    
T  2011737 tggtggtacactttcacacgaacaaattgttgagctggctttgggtttggaattgagtaatcagaaattcctatgggttgtgcgagcaccaagtagtagt 2011638  T
Q  755 tcatctagtgcaggatatctttcagcagaaaatgacattgacactttgcagtttttaccatctgggttcttggagagaaccaaag 839  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||  ||||  |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2011637 tcatctaatgcagcatatctttcagcacaaaatgatgttgatgctttacaatttttaccatctgggtttttggagagaaccaaag 2011553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 390 - 847
Target Start/End: Original strand, 1964692 - 1965148
Alignment:
Q  390 gatcaagtcaagtttacaaacacttcctcccactttttaaacttttaagttttgctgatggtgtttttgttaatagcttcctggaattggagatgggacc 489  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| | || | |||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||| ||||||||    
T  1964692 gatcaagtcaagattacaaacacttccttcaacatgttaaaagtttaagttttgctgatggtgttcttgttaatagcttcttagaaatggaaatgggacc 1964791  T
Q  490 tataagtgaaatgaaagaggagggaagtgacaaccctccagtgtatcctgttggaccaattatccaaacagaaacaagttcaggtgatgatgctaatggc 589  Q
    |||||  | |  || |||||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||| || ||| | |||| |||| |||| |    ||||||||||||     
T  1964792 tataaaagcaccgacagaggaaggaagtggcaacccttctgtgtatcctgttggacccatcatcgatacagtaacatgttctgaccgtgatgctaatggt 1964891  T
Q  590 ttggagtgtctggcctggttggataaacagcagccttgctcagttttgtatgtatctttcgggagtggtggtacactttcacacgaacaaattgtggagc 689  Q
    |||||||||||| | ||||| || ||||| ||  |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  1964892 ttggagtgtctgtcatggttagacaaacaacaatcttgttcagttttgtatgtgtctttcgggagtggtggtacactttcacacgaacaaattgttcagc 1964991  T
Q  690 tgtctttaggtttggaattgagtaataaaaaattctcgtgggttttgcgagcaccgagtagcagttcatctagtgcaggatatctttcagcagaaaatga 789  Q
    || || | || || |||||||||||| | ||||||   |||||| || ||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  1964992 tggctctggggttagaattgagtaatcagaaattcctatgggttgtgtgagcaccaagtagtagttcatctagtgcagcatatctttcagcacaaaatga 1965091  T
Q  790 cattgacactttgcagtttttaccatctgggttcttggagagaaccaaaggagaaagg 847  Q
    |  |||| ||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||    
T  1965092 cggtgaccctttgaaatttttaccatctgggtttttggagagaa-cgaaggagaaagg 1965148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 285 - 837
Target Start/End: Original strand, 1962923 - 1963469
Alignment:
Q  285 tggatgaggaaacatcatgtgagtatagagatataccagagcctataaaaataccaggctgtgtaccaatccatggcagggatct-cttgagcgtagctc 383  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||||||  |||||||||| ||||| || || |||||  ||||| | ||||| | ||||||    
T  1962923 tggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagcctattcaaataccaggttgtgtcccgattcatggtcgggattttcttgacc-tagctc 1963021  T
Q  384 aagatagatcaagtcaagtttacaaacacttcctcccactttttaaacttttaagttttgctgatggtgtttttgttaatagcttcctggaattggagat 483  Q
    |||||||||||||||||  ||||||   ||| |||| |  | || ||   ||  || ||  |||||||||| || ||||||||||||||||| | || |     
T  1963022 aagatagatcaagtcaatcttacaagttctttctccaatgtgttgaaaaattccgtctttttgatggtgttcttattaatagcttcctggaaattgaaaa 1963121  T
Q  484 gggacctataagtgaaatgaaagaggagggaagtgacaaccctccagtgtatcctgttggaccaattatccaaacagaaacaagttcaggtgatgatgct 583  Q
    ||| ||||||   | ||||| ||| || |||||||| |||| ||  |||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||  || ||||||||||||    
T  1963122 gggtcctatagaagcaatgacagatgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccattatccaaacactaacaacatctggtgatgatgct 1963221  T
Q  584 aatggcttggagtgtctggcctggttggataaacagcagccttgctcagttttgtatgtatctttcgggagtggtggtacactttcacacgaacaaattg 683  Q
    |||   || ||||||||| | |||||||| |||||    ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  1963222 aataagtttgagtgtctgacatggttggacaaacaatgtccttgttcagttttgtatgtttcttttggtagtggtggcacactttcgcaagaacaaattg 1963321  T
Q  684 tggagctgtctttaggtttggaattgagtaataaaaaattctcgtgggttttgcgagcaccgagtagcagttcatctagtgcaggatatctttcagcaga 783  Q
      ||| || |||| |||||||||||||||||| | |||||||  |||||| |  |||| || ||||| |   || | | ||| | |||||||||||||      
T  1963322 atgagttggctttgggtttggaattgagtaatcataaattcttatgggttgtaagagctccaagtagta---cagcaaatgctgcatatctttcagcatc 1963418  T
Q  784 aaatgacattgacactttgcagtttttaccatctgggttcttggagagaaccaa 837  Q
      |||   ||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1963419 tgatg---ttgatcctttacagtttttaccatctgggtttttggagagaaccaa 1963469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 512 - 725
Target Start/End: Complemental strand, 2015279 - 2015066
Alignment:
Q  512 ggaagtgacaaccctccagtgtatcctgttggaccaattatccaaacagaaacaagttcaggtgatgatgctaatggcttggagtgtctggcctggttgg 611  Q
    |||||||| |||| ||  |||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||  || |||||||||||||||   || || |||||||| |||||||    
T  2015279 ggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccattatccaaacactaacaacatctggtgatgatgctaataagtttgaatgtctggcatggttgg 2015180  T
Q  612 ataaacagcagccttgctcagttttgtatgtatctttcgggagtggtggtacactttcacacgaacaaattgtggagctgtctttaggtttggaattgag 711  Q
    | ||||| | |||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||   |||||| |||| ||||||||||||||    
T  2015179 acaaacaacggccttgttcagttctgtatgtgtctttcgggagtggtggaacactttcgcaagaacaaattaatgagctggctttgggtttggaattgag 2015080  T
Q  712 taataaaaaattct 725  Q
    |||| | |||||||    
T  2015079 taatcataaattct 2015066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 537 - 725
Target Start/End: Complemental strand, 2018637 - 2018449
Alignment:
Q  537 ctgttggaccaattatccaaacagaaacaagttcaggtgatgatgctaatggcttggagtgtctggcctggttggataaacagcagccttgctcagtttt 636  Q
    ||||||||||||||||||||||   ||| |  || |||||||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||||||  |||| ||||||||    
T  2018637 ctgttggaccaattatccaaacgccaaccaaatcgggtgatgatgataatgggttgaagtgtctggcatggttggacaaacagcaaacttgttcagtttt 2018538  T
Q  637 gtatgtatctttcgggagtggtggtacactttcacacgaacaaattgtggagctgtctttaggtttggaattgagtaataaaaaattct 725  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||   |||||| |||| |||||||||||||||||| | |||||||    
T  2018537 gtatgtttcttttgggagtggtggcacactttcgcaagaacaaattaatgagctggctttgggtttggaattgagtaatcataaattct 2018449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 438 - 636
Target Start/End: Original strand, 2432965 - 2433163
Alignment:
Q  438 gttttgctgatggtgtttttgttaatagcttcctggaattggagatgggacctataagtgaaatgaaagaggagggaagtgacaaccctccagtgtatcc 537  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||| | ||| |||| | ||| |||||||  | | ||| ||| || |||||||| || ||||  ||||||||    
T  2432965 gttttgttgatggtgttcttgttaatagcttcttagaaatggaaaggggtcctataaaagcactgacagatgaaggaagtgaaaatcctcttgtgtatcc 2433064  T
Q  538 tgttggaccaattatccaaacagaaacaagttcaggtgatgatgctaatggcttggagtgtctggcctggttggataaacagcagccttgctcagtttt 636  Q
    ||||||||| || ||||| |||  ||||||||| |  ||||||||||||   |||||||||||| | ||||||||| | || || ||||||||||||||    
T  2433065 tgttggacccatcatccagacaataacaagttctgacgatgatgctaatatgttggagtgtctgtcatggttggatgaccaacaaccttgctcagtttt 2433163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 666 - 837
Target Start/End: Original strand, 2436704 - 2436881
Alignment:
Q  666 tttcacacgaacaaattgtggagctgtctttaggtttggaattgagtaataaaaaattctcgtgggttttgcgagcaccgagtagcagttcatctagtgc 765  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| |||| ||| |||||| ||||||| | |||||||  |||||| |  ||||||| | ||| ||||||||||||||    
T  2436704 tttcacaagaacaaattgttgagctggctttcggtctggaatcgagtaatcagaaattcttatgggttgtaagagcaccaaatagtagttcatctagtgc 2436803  T
Q  766 aggata----tc--tttcagcagaaaatgacattgacactttgcagtttttaccatctgggttcttggagagaaccaa 837  Q
    || |||    ||  |||||||| |||||||  ||||| ||||||| |||||||||| ||||||| | |||||||||||    
T  2436804 agcatacttttcagtttcagcacaaaatgatgttgaccctttgcaatttttaccatgtgggttcatagagagaaccaa 2436881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 270 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 2018904 - 2018765
Alignment:
Q  270 tctatttgcctaagctggatgaggaaacatcatgtgagtatagagatataccagagcctataaaaataccaggctgtgtaccaatccatggcagggatc- 368  Q
    |||||||||  ||| || || |||||||||||||| |||| | |||| | | |||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||   |||||     
T  2018904 tctatttgctcaagttgaataaggaaacatcatgtcagtacaaagatcttctagagcctattcaaataccaggctgtgtaccaattcatggtcaggatct 2018805  T
Q  369 tcttgagcgtagctcaagatagatcaagtcaagtttacaaa 409  Q
    | |||| |  ||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  2018804 tgttga-ccaagctcaagatagatcaagtcaatcttacaaa 2018765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 270 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 2015521 - 2015372
Alignment:
Q  270 tctatttgcctaagctggatgaggaaacatcatgtgagtatagagatataccagagcctataaaaataccaggctgtgtaccaatccatggcagggatct 369  Q
    |||||||||  ||| | ||| ||||||||||||| ||||| |||||| | || | ||||||  ||||||||||  |||| || || |||||  |||||||    
T  2015521 tctatttgctcaagttagataaggaaacatcatgcgagtacagagatcttcctgggcctattcaaataccaggtagtgttccgattcatggtcgggatct 2015422  T
Q  370 ctt-gagcgtagctcaagatagatcaagtcaagtttacaaacacttcctcc 419  Q
     || |||| |||||||||||||||| ||||||  ||||||| |||| ||||    
T  2015421 ttttgagc-tagctcaagatagatccagtcaatcttacaaatacttactcc 2015372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 23 - 65
Target Start/End: Complemental strand, 2015768 - 2015726
Alignment:
Q  23 acttttcttccacctgtgaatcccaatgacctaccacaaggga 65  Q
    |||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||    
T  2015768 acttttcttccaccagtgaactccaatgacctaccacaaggga 2015726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 85; Significance: 5e-40; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 591 - 837
Target Start/End: Original strand, 5902402 - 5902645
Alignment:
Q  591 tggagtgtctggcctggttggataaacagcagccttgctcagttttgtatgtatctttcgggagtggtggtacactttcacacgaacaaattgtggagct 690  Q
    ||||||||||| | |||||  ||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||||| ||||||||||  ||| |    
T  5902402 tggagtgtctgacatggttacataaacaacaaccttgttcagttttgtatgtttcttttggaagtggtggtgcactttcacaagaacaaattgatgagtt 5902501  T
Q  691 gtctttaggtttggaattgagtaataaaaaattctcgtgggttttgcgagcaccgagtagcagttcatctagtgcaggatatctttcagcagaaaatgac 790  Q
    | || | |||||||||||||||||| | |||||||  |||||| |  ||||||| |||||   |||| | ||||  | |||||||||||||||||||||     
T  5902502 ggctattggtttggaattgagtaatcataaattcttatgggttgtaagagcaccaagtag---ttcagccagtggtgcatatctttcagcagaaaatgat 5902598  T
Q  791 attgacactttgcagtttttaccatctgggttcttggagagaaccaa 837  Q
     ||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5902599 gttgatcttttgcagtttttaccacctgggttcttggagagaaccaa 5902645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 591 - 837
Target Start/End: Original strand, 5905886 - 5906129
Alignment:
Q  591 tggagtgtctggcctggttggataaacagcagccttgctcagttttgtatgtatctttcgggagtggtggtacactttcacacgaacaaattgtggagct 690  Q
    |||||||| || | ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || || |||||| |||||||||| ||||||| ||  |||||    
T  5905886 tggagtgtttgacatggttagataaacagcagccttgttcagttttgtatgtttcttttggaagcggtggtgcactttcacaagaacaaactgatgagct 5905985  T
Q  691 gtctttaggtttggaattgagtaataaaaaattctcgtgggttttgcgagcaccgagtagcagttcatctagtgcaggatatctttcagcagaaaatgac 790  Q
      || | |||||||||||||||||| | |||||||  |||||| |  ||||||| |||   |||||| |  |||  | ||||||||||||| |||| ||     
T  5905986 agctattggtttggaattgagtaatcataaattcttatgggttgtaagagcaccaagt---agttcagcatgtggtgcatatctttcagcacaaaacgat 5906082  T
Q  791 attgacactttgcagtttttaccatctgggttcttggagagaaccaa 837  Q
     ||||   || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5906083 gttgatctttcgcaggttttaccatctgggttcttggagagaaccaa 5906129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 68
Target Start/End: Original strand, 5901838 - 5901885
Alignment:
Q  21 acacttttcttccacctgtgaatcccaatgacctaccacaagggacta 68  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  5901838 acacttttcttccacctgtgaatcccaacgacctacctcaagggacta 5901885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 285 - 354
Target Start/End: Original strand, 5902102 - 5902171
Alignment:
Q  285 tggatgaggaaacatcatgtgagtatagagatataccagagcctataaaaataccaggctgtgtaccaat 354  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||||  ||  |||||| |||||||||||    
T  5902102 tggataaggaaacatcatgtgagtacagagatctgccagaacctattcaagcaccaggttgtgtaccaat 5902171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 69; Significance: 2e-30; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 9 - 329
Target Start/End: Original strand, 18189612 - 18189931
Alignment:
Q  9 caaacatcaaccacacttttcttccacctgtgaatcccaatgacctaccacaagggactaccatggaaagccaaatgttcctcacactgaataactctct 108  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||||| ||  | ||  |||||||||| ||||| ||| || |||||| ||||||    |||||| | | ||| |||||    
T  18189612 caaatatcaaccacatgtttcttccaccggttcaacctgatgacctacctcaagg-actgccttggaaatccaaattcagctcacagttactaattctct 18189710  T
Q  109 cccatatttacacgacgctttgacgtctttggctatagaaagtcctcttgtgaccttggtggttgattcttttgctgttgaagtactaaatattggtaag 208  Q
    |||||||||||| || || |||| | || | ||| ||   | ||| |||||| ||||||||||| || |||||||||| |||| ||||||   || |||     
T  18189711 cccatatttacatgaggcattgaagactcttgctttatggactccccttgtggccttggtggttcatgcttttgctgtcgaagcactaaactatgctaaa 18189810  T
Q  209 gaactcaacatgttgtcttacgtatacttccctgcagctgctactacacctgcttggagcatctatttgcctaagctggatgaggaaacatcatgtgagt 308  Q
    ||| |||||||||| || ||  ||||||||  |||||| |||| |||||  ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  18189811 gaattcaacatgttatcctatatatacttctgtgcagcagctagtacactggcttggagcttctatttgcctaagttggatgaggaaacaacatgtgagt 18189910  T
Q  309 atagagatataccagagccta 329  Q
    | ||| || ||||||||||||    
T  18189911 acagaaatctaccagagccta 18189931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University